BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041M20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 94,060,618 - 94,216,505
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG212727, Them4, Them5, Gm659, Rorc, Lingo4
Upstream geneEG668300, LOC668304, Flg, LOC100042701, Hrnr, Rptn, EG383891, Tchh, Tchhl1, S100a11, S100a10, EG433623, Tdpoz2, Tdpoz1, LOC668325, LOC545550, EG436563, Tdpoz4, Tdpoz3, EG668341, LOC668344, EG668346, Tdpoz5, EG668353, EG668356, LOC668359, LOC100042761, LOC433624, LOC668367, LOC433625, LOC100043188, EG383977, EG245290, EG668385
Downstream geneTdrkh, Oaz3, Mrpl9, LOC668403, 2310007A19Rik, Tnrc4, Snx27, LOC100043228, EG668409, Tuft1, LOC100042793, BC021767, Selenbp2, LOC100042801, Cgn, Pogz, Psmb4, Selenbp1, Rfx5, Pik4cb, Zfp687, Psmd4, Pip5k1a, Vps72, Tmod4, Scnm1, Lysmd1, Tnfaip8l2, LOC668436, Sema6c, Gabpb2, Mllt11, Cdc42se1, Gm128, Bnipl, Prune, 4930504E06Rik, Anxa9, Lass2, Setdb1, LOC100043294, 4930558C23Rik, LOC277589
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041M20.bB6Ng01-041M20.g
ACCDH868360DH868361
length1,047981
definitionDH868360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041M20, 5' end.DH868361|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041M20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,060,618 - 94,061,665)(94,215,526 - 94,216,505)
sequence
gaattccttgaccactgccctcttccttgctcggaggggctcagagaccc
tagtgtctcaaagtgtagtctccggaatttctgtggagcctccaggaata
ttgtggggtgttcttctgaaaagtctccttgaacatgaatttaattttat
ggtatttaccctctaattgaattttttcttatatatcacatccctacacc
agttttccctccctcctttcttccaagtgctttgcgcaccccccccccaa
cactccctcttccacctccattcctctgcttcctttcagaagagagcagg
cctcccagggatatcagccaaacacaaccgtttacaataagactggcaca
tgccctcttactaagtcaagacaaagaaattcagtaggaggaaaatggtc
tcaaaaacaggcaaaagagtcagagaaattgagcaagtaattataaaaaa
caatccactctattcactgtcaaaagtggtcttctccctcctgcatggtt
tccatggctacctggctgctgagctgcccagatcttctcaggacaaccaa
ctgctttggctagctggcagatggacagttcaggctccatacccctacta
agggtctttggtggatcccccttgtagattccagggagtatccttggcaa
tggatttgtttctcacccctgaaaagattttcaattctagtgaactctcc
cagtactctctcctttgattatagaccctcagctttgctttatccatccc
cacctgtccccagtccccaggaaatgttttctattgttccttcctagaga
gatccctgcattctacacttgagctctccttgggattaattcctatcagt
ctgccatatgactatcctttgtattaaaactaatatagcagccttattta
tgatagccagaagctggaaagaaccctcaacagaggaatggatacaaaaa
aaaaatgtgggtacatttacacaatggagtactactcagctaattaaaaa
atgaatttatgaaatcctagcaatggatggacctggagggcatcatc
gaattccagccgccgtctgggtcgttcccgaaccgttaggaacggttggc
cctgctaccaccttcactttgaggcgagggcacagtcgctccgagtctcc
aggagatgttttgtgctggcacatgatgaatactcattaaacatttgttg
agtgaacatagctagcattgtgtctgacccagatgtctttgggtcaattt
cctattattattattattaccactactactgttatatgttgctatgttgt
ccaggctgttctcaaattttgttcccttaggctcttgagtagctgggctt
gcaaacatgctcgccttctagtcatccaaaatatatatttgggtaaataa
tacatgcactttcaagaagattcacaagtaacaaaaggttattgaagaaa
atgtcccttcagaggcaaccagtacaaccagtttcttgggaaatttttca
tcccacacttaaaatacacgtaaatgtatttttgcacagctgaaaacatg
ctatagatataattttataacttcctttttatatatgttagtgtttcaaa
gcaactacctttctgactcttagttaaatctcaagatatgacagggatat
agaagatgtatttaaccagaacttttaacatgtttacttttaagcatact
tcactttgcactttaatttttttttttttttacttataagacacagtatc
tctatatagtcgtggatggctttggaactcttttgggtggaccagttttt
tttttgttgttttgagacagggtctctctttgtagatgaggctggaatca
aacttaagagatgcacctgggcatgtatcaccatgctcagattaattttg
ctttaaaagactatccccatgggtactacttacaaatacaaacattagct
caaagattgtgcttgttatttcatttgaatggtacacagctttgcaaaag
atttcccacaaacattttttccggtttttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_94060618_94061665
seq2: B6Ng01-041M20.b_36_1082

seq1  GAATTCCTTGACCACTGCCCTCTTCCTTGCTCGGAGGGGCTCAGAGACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGACCACTGCCCTCTTCCTTGCTCGGAGGGGCTCAGAGACCC  50

seq1  TAGTGTCTCAAAGTGTAGTCTCCGGAATTTCTGTGGAGCCTCCAGGAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTCTCAAAGTGTAGTCTCCGGAATTTCTGTGGAGCCTCCAGGAATA  100

seq1  TTGTGGGGTGTTCTTCTGAAAAGTCTCCTTGAACATGAATTTAATTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGGTGTTCTTCTGAAAAGTCTCCTTGAACATGAATTTAATTTTAT  150

seq1  GGTATTTACCCTCTAATTGAATTTTTTCTTATATATCACATCCCTACACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTACCCTCTAATTGAATTTTTTCTTATATATCACATCCCTACACC  200

seq1  AGTTTTCCCTCCCTCCTTTCTTCCAAGTGCTTTGCGCACCCCCCCCCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCCCTCCCTCCTTTCTTCCAAGTGCTTTGCGCACCCCCCCCCCAA  250

seq1  CACTCCCTCTTCCACCTCCATTCCTCTGCTTCCTTTCAGAAGAGAGCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCTCTTCCACCTCCATTCCTCTGCTTCCTTTCAGAAGAGAGCAGG  300

seq1  CCTCCCAGGGATATCAGCCAAACACAACCGTTTACAATAAGACTGGCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGGGATATCAGCCAAACACAACCGTTTACAATAAGACTGGCACA  350

seq1  TGCCCTCTTACTAAGTCAAGACAAAGAAATTCAGTAGGAGGAAAATGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCTTACTAAGTCAAGACAAAGAAATTCAGTAGGAGGAAAATGGTC  400

seq1  TCAAAAACAGGCAAAAGAGTCAGAGAAATTGAGCAAGTAATTATAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAACAGGCAAAAGAGTCAGAGAAATTGAGCAAGTAATTATAAAAAA  450

seq1  CAATCCACTCTATTCACTGTCAAAAGTGGTCTTCTCCCTCCTGCATGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCACTCTATTCACTGTCAAAAGTGGTCTTCTCCCTCCTGCATGGTT  500

seq1  TCCATGGCTACCTGGCTGCTGAGCTGCCCAGATCTTCTCAGGACAACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGCTACCTGGCTGCTGAGCTGCCCAGATCTTCTCAGGACAACCAA  550

seq1  CTGCTTTGGCTAGCTGGCAGATGGACAGTTCAGGCTCCATACCCCTACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTGGCTAGCTGGCAGATGGACAGTTCAGGCTCCATACCCCTACTA  600

seq1  AGGGTCTTTGGTGGATCCCCCTTGTAGATTCCAGGGAGTATCCTTGGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTTTGGTGGATCCCCCTTGTAGATTCCAGGGAGTATCCTTGGCAA  650

seq1  TGGATTTGTTTCTCACCCCTGAAAAGATTTTCAATTCTAGTGAACTCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTGTTTCTCACCCCTGAAAAGATTTTCAATTCTAGTGAACTCTCC  700

seq1  CAGTACTCTCTCCTTTGATTATAGACCCTCAGCTTTGCTTTATCCATCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACTCTCTCCTTTGATTATAGACCCTCAGCTTTGCTTTATCCATCCC  750

seq1  CACCTGTCCCCAGTCCCCAGGAAATGTTTTCTATTGTTCCTTCCTAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTCCCCAGTCCCCAGGAAATGTTTTCTATTGTTCCTTCCTAGAGA  800

seq1  GATCCCTGCATTCTACACTTGAGCTCTCCTTGGTATTAA-TCCTATCAGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  GATCCCTGCATTCTACACTTGAGCTCTCCTTGGGATTAATTCCTATCAGT  850

seq1  CTGCCATATGACTATCCTTTGTATTAAAACTAATATAGCAGCCTTATTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATATGACTATCCTTTGTATTAAAACTAATATAGCAGCCTTATTTA  900

seq1  TGATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCTCAACAGAGGAATGGATACAAAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCTCAACAGAGGAATGGATACAAAAA  950

seq1  AAAAATGT-GGTACATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAA  998
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
seq2  AAAAATGTGGGTACATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTAATTAAAAA  1000

seq1  ATGAATTTATGATATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATC  1048
      |||||||||||| | ||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTATGA-AATCCTAG--CAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATC  1047

seq1: chr3_94215526_94216505
seq2: B6Ng01-041M20.g_68_1048 (reverse)

seq1  ATAAAAACTGGAAAAAATGTTTGTGGGAAAATCTTTGCAAAGCTGTGTA-  49
      |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| 
seq2  ATAAAAACCGGAAAAAATGTTTGTGGGAAATCTTTTGCAAAGCTGTGTAC  50

seq1  CATTCAAATGAAATAACAAGGCACAATTCTTTGAGCTAATGTTTGTATTC  99
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  CATTCAAATGAAATAACAA-GCACAA-TCTTTGAGCTAATGTTTGTATTT  98

seq1  GTTAAGTAGTTACCATGGGGATAGTCATTTAAAAGCAAAATTAATCTGAG  149
      | ||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  G-TAAGTAGTACCCATGGGGATAGTC-TTTTAAAGCAAAATTAATCTGAG  146

seq1  CATGGTGATACATGCCCAGGTGCATCTC-TAAGTTTGATTCCAGCCTCAT  198
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGATACATGCCCAGGTGCATCTCTTAAGTTTGATTCCAGCCTCAT  196

seq1  CTACAAAGAGAGACCCTGTCTCAAAACAAC-AAAACAAAACTGGTCCACC  247
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  CTACAAAGAGAGACCCTGTCTCAAAACAACAAAAAAAAAACTGGTCCACC  246

seq1  C-AAAGAGTTCC-AAGCCATCCACGACTATATAGAGATACTGTGTCTTAT  295
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGTTCCAAAGCCATCCACGACTATATAGAGATACTGTGTCTTAT  296

seq1  AAGTAAAAAAAAAAAAAAATTAAAGTGCAAAGTGAAGTATGCTTAAAAGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAAAAAAAAAAAAATTAAAGTGCAAAGTGAAGTATGCTTAAAAGT  346

seq1  AAACATGTTAAAAGTTCTGGTTAAATACATCTTCTATATCCCTGTCATAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGTTAAAAGTTCTGGTTAAATACATCTTCTATATCCCTGTCATAT  396

seq1  CTTGAGATTTAACTAAGAGTCAGAAAGGTAGTTGCTTTGAAACACTAACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGATTTAACTAAGAGTCAGAAAGGTAGTTGCTTTGAAACACTAACA  446

seq1  TATATAAAAAGGAAGTTATAAAATTATATCTATAGCATGTTTTCAGCTGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAAAAGGAAGTTATAAAATTATATCTATAGCATGTTTTCAGCTGT  496

seq1  GCAAAAATACATTTACGTGTATTTTAAGTGTGGGATGAAAAATTTCCCAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAATACATTTACGTGTATTTTAAGTGTGGGATGAAAAATTTCCCAA  546

seq1  GAAACTGGTTGTACTGGTTGCCTCTGAAGGGACATTTTCTTCAATAACCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGGTTGTACTGGTTGCCTCTGAAGGGACATTTTCTTCAATAACCT  596

seq1  TTTGTTACTTGTGAATCTTCTTGAAAGTGCATGTATTATTTACCCAAATA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTACTTGTGAATCTTCTTGAAAGTGCATGTATTATTTACCCAAATA  646

seq1  TATATTTTGGATGACTAGAAGGCGAGCATGTTTGCAAGCCCAGCTACTCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTGGATGACTAGAAGGCGAGCATGTTTGCAAGCCCAGCTACTCA  696

seq1  AGAGCCTAAGGGAACAAAATTTGAGAACAGCCTGGACAACATAGCAACAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTAAGGGAACAAAATTTGAGAACAGCCTGGACAACATAGCAACAT  746

seq1  ATAACAGTAGTAGTGGTAATAATAATAATAATAGGAAATTGACCCAAAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGTAGTAGTGGTAATAATAATAATAATAGGAAATTGACCCAAAGA  796

seq1  CATCTGGGTCAGACACAATGCTAGCTATGTTCACTCAACAAATGTTTAAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGGTCAGACACAATGCTAGCTATGTTCACTCAACAAATGTTTAAT  846

seq1  GAGTATTCATCATGTGCCAGCACAAAACATCTCCTGGAGACTCGGAGCGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATTCATCATGTGCCAGCACAAAACATCTCCTGGAGACTCGGAGCGA  896

seq1  CTGTGCCCTCGCCTCAAAGTGAAGGTGGTAGCAGGGCCAACCGTTCCTAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCTCGCCTCAAAGTGAAGGTGGTAGCAGGGCCAACCGTTCCTAA  946

seq1  CGGTTCGGGAACGACCCAGACGGCGGCTGGAATTC  980
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTCGGGAACGACCCAGACGGCGGCTGGAATTC  981