BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048F21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,771,453 - 40,905,111
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLarp2, Pgrmc2
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik
Downstream geneEG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048F21.bB6Ng01-048F21.g
ACCDH872945DH872946
length1,0031,092
definitionDH872945|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048F21, 5' end.DH872946|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048F21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,771,453 - 40,772,479)(40,903,985 - 40,905,111)
sequence
gaattcaaacaaacgtagctttagtgcttaccattggaactgtgtagagt
aaactgcaggcacatctctttgattctacaaatctttagaggacatgtct
aaagagtaggctgaatgttaacacaatgtaactgtctataatcttgttgg
tgtcttttatcttcttggtctttccagacagagtttctttatgcaggtct
ggctgtcctggaatcccctctgtagatcaggtcagcctgcctctgcttcc
tgagtactggaattcaaagtgtgtgccaccatcccctggcttaatatctt
attttatatattgagacaggacctcactatttaaatcactatctagccag
gcacatattatgtggtcctcctgcctcagcctcccaagtgccatcactct
agtctttttttaaagctttctgtctccccatctactttggcattacacat
tgctttagtttggttgctccttaatttccatcatgtcttaacagctcctc
tgctttgacttcctcgatattgatttttttaaatagataattggctggtg
atggtgattatgatttttcatgacagggtctctctctgtagcaatctctg
tctaggactcactgtgtaattctaggtggaccttgaactcagagattggc
ctgcctctgccttcaataaaattttggaattaaaggcaagataataaggt
cattttaaacagatattctttactttgggttatgttttgggtcatgcttt
cttatgactagtttttaatgacaaatttttagtagaactattttttcttt
ttttaaagacagggtctttctatataaaccagagatctaccagcctctct
tttatttcccaagtcttgggataaaggtgtgtgcacagtgcctggcatct
aaatacttttaatgacatttatgttaatacataacttttgtgagttgtat
ggtatgatgtaaatagctacttgggttagagctattagatctcatgatac
tgt
gaattcagtatgtatccatggataaccttgagtttctgagagtcctgcat
ctgtcttccaagttttgggtaagattccaatgtgtattaccacccctcat
ttataaggtacttgaagactgaatccagcaccttgtatgttctaggcaag
cactcaaccaacgcaatcacatccccaacccaagctgtccttctttttat
gtaaactttacccctgaggattttcttacagtaacagaaagctaacacag
cacatggaaatacttaactaaaaatactaagtcggggtgggggagaccta
agcatttcaagaactacataagtaataatttacatttatgtaaattaaca
ctcatgcctcaataaaactttaggatctttattcttttaaaagctcttat
tttgagacaatttcaaactatgaaaatgttgatgtattcccagcatggaa
aaatactttatggcatataaaaaaataaatgactattaaagtagcagcag
gaattttggaaaatgtaaaatatgccatataagtctctgaaataaaggga
gaggaaggttgcagttgagggtcttaaaaaccaagatggacaggtgaggc
cagctccctgggcacatcctaggggtggcttcaggctctgccattttgtt
tacacctggactgaagccagggcttctggaaattggccccttctccccaa
gatagcaggcacttggacagaaatgcacagttggaacgaccttatggatc
ttttacattttttgataagtgagaatcataaatgcctgactgctggctta
ggggacttatcaccaagaggtcatgaggctctgttaagagagtggatatg
atatcagagggctggactcagcccgtgactgtgagacagtcagattagca
cagaaatggcagagaaagtagagacagagatcccttaagactatgacgag
cctcactgctctgtagtctgtactggacagacagatgctgtgctgcagat
ctccaacgcatgaggctgagctcatgctatcttgctacatttttggttga
caagtattaagaacctactccgggccttaaaaaacacaatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40771453_40772479
seq2: B6Ng01-048F21.b_42_1044

seq1  GAATTCAAACAAACGTAGCTTTAGTGCTTACCATTGGAACTGTGTAGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACAAACGTAGCTTTAGTGCTTACCATTGGAACTGTGTAGAGT  50

seq1  AAACTGCAGGCACATCTCTTTGATTCTACAAATCTTTAGAGGACATGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCAGGCACATCTCTTTGATTCTACAAATCTTTAGAGGACATGTCT  100

seq1  AAAGAGTAGGCTGAATGTTAACACAATGTAACTGTCTATAATCTTGTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTAGGCTGAATGTTAACACAATGTAACTGTCTATAATCTTGTTGG  150

seq1  TGTCTTTTATCTTCTTGGTCTTTCCAGACAGAGTTTCTTTATGCAGGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTTATCTTCTTGGTCTTTCCAGACAGAGTTTCTTTATGCAGGTCT  200

seq1  GGCTGTCCTGGAATCCCCTCTGTAGATCAGGTCAGCCTGCCTCTGCTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCCTGGAATCCCCTCTGTAGATCAGGTCAGCCTGCCTCTGCTTCC  250

seq1  TGAGTACTGGAATTCAAAGTGTGTGCCACCATCCCCTGGCTTAATATCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACTGGAATTCAAAGTGTGTGCCACCATCCCCTGGCTTAATATCTT  300

seq1  ATTTTATATATTGAGACAGGACCTCACTATTTAAATCACTATCTAGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATATATTGAGACAGGACCTCACTATTTAAATCACTATCTAGCCAG  350

seq1  GCACATATTATGTGGTCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTGCCATCACTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATTATGTGGTCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTGCCATCACTCT  400

seq1  AGTCTTTTTTTAAAGCTTTCTGTCTCCCCATCTACTTTGGCATTACACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTTTTTAAAGCTTTCTGTCTCCCCATCTACTTTGGCATTACACAT  450

seq1  TGCTTTAGTTTGGTTGCTCCTTAATTTCCATCATGTCTTAACAGCTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAGTTTGGTTGCTCCTTAATTTCCATCATGTCTTAACAGCTCCTC  500

seq1  TGCTTTGACTTCCTCGATATTGATTTTTTTAAATAGATAATTGGCTGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGACTTCCTCGATATTGATTTTTTTAAATAGATAATTGGCTGGTG  550

seq1  ATGGTGATTATGATTTTTCATGACAGGGTCTCTCTCTGTAGCAATCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATTATGATTTTTCATGACAGGGTCTCTCTCTGTAGCAATCTCTG  600

seq1  TCTAGGACTCACTGTGTAATTCTAGGTGGACCTTGAACTCAGAGATTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGACTCACTGTGTAATTCTAGGTGGACCTTGAACTCAGAGATTGGC  650

seq1  CTGCCTCTGCCTTCAATAAAATTTTGGAATTAAAGGCAAGATAATAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTGCCTTCAATAAAATTTTGGAATTAAAGGCAAGATAATAAGGT  700

seq1  CATTTTAAACAGATATTCTTTACTTTGGGTTATGTTTTGGGTCATGCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAAACAGATATTCTTTACTTTGGGTTATGTTTTGGGTCATGCTTT  750

seq1  CTTATGACTAGTTTTTAATGACAAATTTTTAGTAGAACTA-TTTTTCTTT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTTATGACTAGTTTTTAATGACAAATTTTTAGTAGAACTATTTTTTCTTT  800

seq1  TTTTAAAGACAGGGTCTTTCTATATAAACCAGAGATCTACCAGCCTCTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGACAGGGTCTTTCTATATAAACCAGAGATCTACCAGCCTCTCT  850

seq1  TTTATTTCCCAAGTCTTGGGAATAAAGGTGTGTGCCACAGTGCCTGGCAT  899
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTATTTCCCAAGTCTTGGG-ATAAAGGTGTGTG-CACAGTGCCTGGCAT  898

seq1  CTAAATACTTTTTAAAATGACATTTATGTTTAAATAACATTAAACTTTTT  949
      ||||||||||||   |||||||||||||||  ||| ||||  ||| ||||
seq2  CTAAATACTTTT---AATGACATTTATGTT--AAT-ACAT--AAC-TTTT  939

seq1  GTGAGTTTGTTATGGTATGATGTAAAATAAGGCCTACTTTGGGTTAAGGA  999
      |||||||   ||||||||||||| |||||    |||| ||||||||    
seq2  GTGAGTT--GTATGGTATGATGT-AAATA---GCTAC-TTGGGTTA---G  979

seq1  AGCTATTTTAGATCTCATTGAATACTGT  1027
      |||||  |||||||||||   |||||||
seq2  AGCTA--TTAGATCTCAT--GATACTGT  1003

seq1: chr3_40903985_40905111
seq2: B6Ng01-048F21.g_67_1158 (reverse)

seq1  TCATTGTTGTTTGTTTTAAGGCCCCGGAAGTAGGTATCCTTTAGTGAGCT  50
      |||||| ||||  |||||||||||  | ||||||| ||  ||| |   ||
seq2  TCATTG-TGTT--TTTTAAGGCCC--GGAGTAGGT-TC--TTAAT--ACT  40

seq1  GTGTCACACAGGAAAATGTAGCATAAGATAGCATGAGCTCAGCCTCCATG  100
       |||||  ||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -TGTCAACCA--AAAATGTAGC--AAGATAGCATGAGCTCAGCCT-CATG  84

seq1  GCTGTTGGAGGATCTGCAGGCAACAGCATCTGTCTGTCCAGTACAGGACT  150
         |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  --CGTTGGA-GATCTGCAG--CACAGCATCTGTCTGTCCAGTACA-GACT  128

seq1  ACAGAGCAGTGAGGCTCTGTCATTATGTCTTTAGGGGATCTCTGTCTCTA  200
      ||||||||||||||||| |||||   ||| ||| ||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCAGTGAGGCTC-GTCAT--AGTC-TTAAGGGATCTCTGTCTCTA  174

seq1  CTTTTCTCTGCCATTTCTGTTGCTTAATCCTGACTGTCCTCACAGTCACG  250
      | ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||| 
seq2  C-TTTCTCTGCCATTTCTG-TGC-TAAT-CTGACTGT-CTCACAGTCAC-  218

seq1  GGGCTGGAGTCCAGCCCTCTGATATCATATCCACTCTCTTAACAAGAGCC  300
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGCT-GAGTCCAGCCCTCTGATATCATATCCACTCTCTTAAC-AGAGCC  266

seq1  TCATGACCTCTTGGTGATAAGTCCCCTAAGCCAGCAGTCAGGCATTTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCTCTTGGTGATAAGTCCCCTAAGCCAGCAGTCAGGCATTTATG  316

seq1  ATTCTCACTTATCAAAAAATGTAAAAGATCCATAAGGTCGTTCCAACTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCACTTATCAAAAAATGTAAAAGATCCATAAGGTCGTTCCAACTGT  366

seq1  GCATTTCTGTCCAAGTGCCCTGCTATCTTGGGGAGAAGGGGCCAATTTCC  450
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCTGTCCAAGTG-CCTGCTATCTTGGGGAGAAGGGGCCAATTTCC  415

seq1  AGAAGCCCTGGCTTCAGTCCAGGTGTAAACAAAATGGCAGAGCCTGAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCCTGGCTTCAGTCCAGGTGTAAACAAAATGGCAGAGCCTGAAGC  465

seq1  CACCCCTAGGATGTGCCCAGGGAGCTGGCCTCACCTGTCCATCTTGGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTAGGATGTGCCCAGGGAGCTGGCCTCACCTGTCCATCTTGGTTT  515

seq1  TTAAGACCCTCAACTGCAACCTTCCTCTCCCTTTATTTCAGAGACTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACCCTCAACTGCAACCTTCCTCTCCCTTTATTTCAGAGACTTATA  565

seq1  TGGCATATTTTACATTTTCCAAAATTCCTGCTGCTACTTTAATAGTCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATATTTTACATTTTCCAAAATTCCTGCTGCTACTTTAATAGTCATT  615

seq1  TATTTTTTTATATGCCATAAAGTATTTTTCCATGCTGGGAATACATCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTTATATGCCATAAAGTATTTTTCCATGCTGGGAATACATCAAC  665

seq1  ATTTTCATAGTTTGAAATTGTCTCAAAATAAGAGCTTTTAAAAGAATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATAGTTTGAAATTGTCTCAAAATAAGAGCTTTTAAAAGAATAAA  715

seq1  GATCCTAAAGTTTTATTGAGGCATGAGTGTTAATTTACATAAATGTAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTAAAGTTTTATTGAGGCATGAGTGTTAATTTACATAAATGTAAAT  765

seq1  TATTACTTATGTAGTTCTTGAAATGCTTAGGTCTCCCCCACCCCGACTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTTATGTAGTTCTTGAAATGCTTAGGTCTCCCCCACCCCGACTTA  815

seq1  GTATTTTTAGTTAAGTATTTCCATGTGCTGTGTTAGCTTTCTGTTACTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTAGTTAAGTATTTCCATGTGCTGTGTTAGCTTTCTGTTACTGT  865

seq1  AAGAAAATCCTCAGGGGTAAAGTTTACATAAAAAGAAGGACAGCTTGGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATCCTCAGGGGTAAAGTTTACATAAAAAGAAGGACAGCTTGGGT  915

seq1  TGGGGATGTGATTGCGTTGGTTGAGTGCTTGCCTAGAACATACAAGGTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATGTGATTGCGTTGGTTGAGTGCTTGCCTAGAACATACAAGGTGC  965

seq1  TGGATTCAGTCTTCAAGTACCTTATAAATGAGGGGTGGTAATACACATTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCAGTCTTCAAGTACCTTATAAATGAGGGGTGGTAATACACATTG  1015

seq1  GAATCTTACCCAAAACTTGGAAGACAGATGCAGGACTCTCAGAAACTCAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTACCCAAAACTTGGAAGACAGATGCAGGACTCTCAGAAACTCAA  1065

seq1  GGTTATCCATGGATACATACTGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATCCATGGATACATACTGAATTC  1092