BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049J01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 4,890,567 - 5,017,514
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620283
Upstream geneLOC100039167, LOC667709
Downstream geneZfhx4, Pxmp3, EG620382, EG667759, LOC100041165
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049J01.bB6Ng01-049J01.g
ACCDH873789DH873790
length877847
definitionDH873789|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049J01, 5' end.DH873790|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,016,644 - 5,017,514)(4,890,567 - 4,891,425)
sequence
gaattcccatactgatacagaaaaagatactgtaattttataaatgttgt
gttttgagattaaatagattttcatgtagttgggagaaacatatataaag
gatatagtgtacaacttttgtagaatttttcctatttctaaataaatcat
tgttgtctacattgccaccacatggaaatttggataacccctatagtcat
ctcagatctgagagcaattttgaaggcaaaatggtgatgctgaaaatcat
ctcccatcttcttccatagttggcttgcaagtcatgcccagagcgtaagt
ggttgtagtgatccaaattgttttccttgaactagtggcaaagacagtca
tagtgaagaaagaatccaagcataatcttggctagatacagatcctaact
gctgtagaggcttttgggacctggacatattatcaatgtccatctttact
cactagacatgcatgtgttgacaataagcatagcccaagactatctcagc
tcagtgaattgggttgaatgctataccaaggccttttgttgtgaactcag
ccctaaattaaccaagtagagaaacagaagcaattaaagaaatttctact
gcaaattattattgatctgaaatctactggtacagaacacttaagtttga
ctgggatcaaagttataaatggaacacatatttgaaagacaaatgatatt
ttatcatgaaaagggaaacaaaaaggttgaggatgatatttaaagtattg
ttgtggggaatctaatgatgaggtatttgtgaagagtgcttttgttaata
tgaaataatattttaactgggtattaaacagcttgataattaatggttga
gtaactttttgtacaaaacccagtaga

gaattcagtgttgccatgggtcattggaaaatgagactatttgttgcatt
accaactggtgcagcttgatcaaatctggccgtggaatgacatactgtct
ttgaattaccagtataggtttgaccaccttcaaagatgactggagaactg
gacagcttgggccaatacgggatggtcatgcccttcatggggggtgacta
ggagagagtctcaaacacagatctgtttgacacactcaatgatggattgc
tgaatgccagcaatagtaattgcctgctcagttgagttggggagcatatc
ctctgtcacctgtacttgtgtccctatactctcttttaattccttgatct
tgcaacaaccttttccagtagacaaccaccagccataaggtaaccgaggg
tctactggaagctgcttatgtcctcttccagtttgtcaatgatcatagca
aaggctttgaagatggcattagtctgtacagtcaaggtgataattctctc
aggacaattcccttctgagatgttcatatgtgcaccacactcctcatgca
tcttctgaacagattctcctttctttctgatgatactgccaactttcttt
tccatgcataagtagcctgatggtgagagtgacatttaatccacttttaa
tcacactgggtgtccatgtctagcagttacaaggagctggactttgagtg
gtcaagtctttggttactggtgaaagtgaaagccaaaactggagcacatt
atactaaggggaaaaggggaatgggtgcaaggagctgggcaaacaatggg
gcagctagagatgaggctgccctgctaatgagcagagggggtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_5016644_5017514
seq2: B6Ng01-049J01.b_45_921 (reverse)

seq1  TCTACTGGGTTTTGTACAAAAAGTTACTC-ACCATTATTTATCAAGCTGT  49
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TCTACTGGGTTTTGTACAAAAAGTTACTCAACCATTAATTATCAAGCTGT  50

seq1  TTTATAACCAGTTAAAATAGTTATTCATATTTAACAAAGCACTC-TCACA  98
      || ||| |||||||||||| |  |||||||| |  ||||||||| |||||
seq2  TTAATACCCAGTTAAAATATTATTTCATATTAACAAAAGCACTCTTCACA  100

seq1  AATACTTCATCATTAGATT-CTCACAACAATAC-TTAAATATCAATCTCA  146
      ||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||  ||| 
seq2  AATACCTCATCATTAGATTCCCCACAACAATACTTTAAATATCATCCTC-  149

seq1  AACCTTTTTG-TTCCCCTTTCATGAT-AAATATCA-TTGTCTTTCAAATA  193
      |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  AACCTTTTTGTTTCCCTTTTCATGATAAAATATCATTTGTCTTTCAAATA  199

seq1  TGTGTTCCATTTATGAACTTGATCCCAGTCAAACTTAAGTGTTCTGTACC  243
      |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCCATTTATAACTTTGATCCCAGTCAAACTTAAGTGTTCTGTACC  249

seq1  AGTAGATTTCAGATCAATAATAATTTGCAGTAGAAATTTCTTTAATTGCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATTTCAGATCAATAATAATTTGCAGTAGAAATTTCTTTAATTGCT  299

seq1  TCTGTTTCTCTACTTGGTTAATTTAGGGCTGAGTTCACAACAAAAGGCCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTCTCTACTTGGTTAATTTAGGGCTGAGTTCACAACAAAAGGCCT  349

seq1  TGGTATAGCATTCAACCCAATTCACTGAGCTGAGATAGTCTTGGGCTATG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATAGCATTCAACCCAATTCACTGAGCTGAGATAGTCTTGGGCTATG  399

seq1  CTTATTGTCAACACATGCATGTCTAGTGAGTAAAGATGGACATTGATAAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGTCAACACATGCATGTCTAGTGAGTAAAGATGGACATTGATAAT  449

seq1  ATGTCCAGGTCCCAAAAGCCTCTACAGCAGTTAGGATCTGTATCTAGCCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCAGGTCCCAAAAGCCTCTACAGCAGTTAGGATCTGTATCTAGCCA  499

seq1  AGATTATGCTTGGATTCTTTCTTCACTATGACTGTCTTTGCCACTAGTTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATGCTTGGATTCTTTCTTCACTATGACTGTCTTTGCCACTAGTTC  549

seq1  AAGGAAAACAATTTGGATCACTACAACCACTTACGCTCTGGGCATGACTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAACAATTTGGATCACTACAACCACTTACGCTCTGGGCATGACTT  599

seq1  GCAAGCCAACTATGGAAGAAGATGGGAGATGATTTTCAGCATCACCATTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCCAACTATGGAAGAAGATGGGAGATGATTTTCAGCATCACCATTT  649

seq1  TGCCTTCAAAATTGCTCTCAGATCTGAGATGACTATAGGGGTTATCCAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCAAAATTGCTCTCAGATCTGAGATGACTATAGGGGTTATCCAAA  699

seq1  TTTCCATGTGGTGGCAATGTAGACAACAATGATTTATTTAGAAATAGGAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCATGTGGTGGCAATGTAGACAACAATGATTTATTTAGAAATAGGAA  749

seq1  AAATTCTACAAAAGTTGTACACTATATCCTTTATATATGTTTCTCCCAAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTACAAAAGTTGTACACTATATCCTTTATATATGTTTCTCCCAAC  799

seq1  TACATGAAAATCTATTTAATCTCAAAACACAACATTTATAAAATTACAGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAAAATCTATTTAATCTCAAAACACAACATTTATAAAATTACAGT  849

seq1  ATCTTTTTCTGTATCAGTATGGGAATTC  871
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTTCTGTATCAGTATGGGAATTC  877


seq1: chr3_4890567_4891425
seq2: B6Ng01-049J01.g_67_913

seq1  GAATTCAGTGTTGCCATGGGTCATTGGAAAATGAGACTATTTGTTGCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTTGCCATGGGTCATTGGAAAATGAGACTATTTGTTGCATT  50

seq1  ACCAACTGGTGCAGCTTGATCAAATCTGGCCGTGGAATGACATACTGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTGGTGCAGCTTGATCAAATCTGGCCGTGGAATGACATACTGTCT  100

seq1  TTGAATTACCAGTATAGGTTTGACCACCTTCAAAGATGACTGGAGAACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTACCAGTATAGGTTTGACCACCTTCAAAGATGACTGGAGAACTG  150

seq1  GACAGCTTGGGCCAATACGGGATGGTCATGCCCTTCATGGGGGGTGACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTTGGGCCAATACGGGATGGTCATGCCCTTCATGGGGGGTGACTA  200

seq1  GGAGAGAGTCTCAAACACAGATCTGTTTGACACACTCAATGATGGATTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAGTCTCAAACACAGATCTGTTTGACACACTCAATGATGGATTGC  250

seq1  TGAATGCCAGCAATAGTAATTGCCTGCTCAGTTGAGTTGGGGAGCATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCCAGCAATAGTAATTGCCTGCTCAGTTGAGTTGGGGAGCATATC  300

seq1  CTCTGTCACCTGTACTTGTGTCCCTATACTCTCTTTTAATTCCTTGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCACCTGTACTTGTGTCCCTATACTCTCTTTTAATTCCTTGATCT  350

seq1  TGCAACAACCTTTTCCAGTAGACAACCACCAGCCATAAGGTAACCGAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACAACCTTTTCCAGTAGACAACCACCAGCCATAAGGTAACCGAGGG  400

seq1  TCTACTGGAAGCTGCTTATGTCCTCTTCCAGTTTGTCAATGATCATAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGGAAGCTGCTTATGTCCTCTTCCAGTTTGTCAATGATCATAGCA  450

seq1  AAGGCTTTGAAGATGGCATTAGTCTGTACAGTCAAGGTGATAATTCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTTGAAGATGGCATTAGTCTGTACAGTCAAGGTGATAATTCTCTC  500

seq1  AGGACAATTCCCTTCTGAGATGTTCATATGTGCACCACACTCCTCATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAATTCCCTTCTGAGATGTTCATATGTGCACCACACTCCTCATGCA  550

seq1  TCTTCTGAACAGATTCTCCTTTCTTTCTGATGATACTGCCAAC-TTCTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTTCTGAACAGATTCTCCTTTCTTTCTGATGATACTGCCAACTTTCTTT  600

seq1  TCCATGCATAAGTAGCCTGATGGTGAGAGTGACATTTAATCCACTTTTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCATAAGTAGCCTGATGGTGAGAGTGACATTTAATCCACTTTTAA  650

seq1  TCACACT-GGTGTCCATGTCTAGCAGTTACAAGGAGCTGGACTTTGAGTG  698
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTGGGTGTCCATGTCTAGCAGTTACAAGGAGCTGGACTTTGAGTG  700

seq1  GTCAAGTCTTTGGTTACTGGTGAAAGTGAAAGCCAAAAACTGGAGGCACA  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  GTCAAGTCTTTGGTTACTGGTGAAAGTGAAAGCC-AAAACTGGA-GCACA  748

seq1  TTATACTAAGGGGAAAAGGGGAATGGGGTGCAAGGGAGGCCTGGGGCAGA  798
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||| |
seq2  TTATACTAAGGGGAAAAGGGGAAT-GGGTGCAA-GGAG--CT-GGGCA-A  792

seq1  ACAATGGGGGCAGGCTAGAAGATGAGGGCTGCCCCTGCTAATGAGCAGAG  848
      ||||| |||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| 
seq2  ACAAT-GGGGCA-GCTAG-AGATGA-GGCTG-CCCTGCTAATGAGCAGA-  836

seq1  GGGGGTGGGGG  859
      |||||||||||
seq2  GGGGGTGGGGG  847


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |