BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054G04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 25,916,772 - 26,061,738
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlgn1
Upstream geneLOC100039592, LOC621017
Downstream geneLOC229152, Spata16, LOC665258, Ect2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054G04.bB6Ng01-054G04.g
ACCDH877141DH877142
length1,2381,186
definitionDH877141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054G04, 5' end.DH877142|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054G04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,060,469 - 26,061,738)(25,916,772 - 25,917,979)
sequence
gaattcaaggtcagtgatagaccctgtctcaaaataaggtagatggcatt
actgaagattgaatcctgggactatactcttagatcctcatgcatgtttt
tctacatgtgaacagacacacacttgtatgcacatataattacaggtcat
gatctaagattcagtgtaaatattctatttcatgaatagtatataaaaac
aaacattaaaaacaatgaatttccccacaaagatataacattaattttag
ttattatcagctaaaatctttaaagatgaatatctctatatgtctgaagg
taaggtttatcacataatactagtataaattataaatatttaaattataa
atatttaaattataaatctttcaaaggtcaacataatagacctttaatta
gtatcacaatggcaccaatatttgtagcattttcaaattagtcaaaaaga
ttattaaacttgtttagaaagatccagatagatttccagcttttcccaac
ttcagagtactttaaaaatatttttcatccaggacaggaaagttcatact
ggatcacttctctgcatttgcatcaagcatccaggctacaggatgagaca
ctgcctcagaaaacagcagtaacaacaacaataacaataacaaaaacact
aacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacg
tacacacacaccttgccctcttaaacatccttgatgtagtgatcttatcc
taaaatatctagatttcatcatgatgccttggtttgcattagctgtcttc
aatggtgaaccttaaagatgcatctggtatatttagcatctaagcaggtg
tgttctcttagagcttaccttaaatattccacatcagtcaagtgtttaaa
gtagtcttttctaattaagcaggatcatgtgctgagcacagctaccagca
gagagctgggttgtaagcaaccatgtctgctgcagtgcatgttgcactga
tttttattttatacctctataatccagacaccactcctttagattcaagt
ctcaaatacatagtagtagtagtagacaatagaggattttaagagagcca
gggatgtttctcctctaggtgacttcagaaactggttttcaattgatcat
tttcttcttcgtgagaaacaatctaacctttgtagtagttgggcctagca
tctgactgtctaaggatataaggatctctccagacttg
gaattcactgagcccacatgatggacactgagctctaattcctcaaggtg
tcttctcacctcaatacccatgttatgacccacatgtgccagcacacagt
ggttaattaattaattaattaattaactaacacgaaaaattcaacataga
atcttgtgtgtatatatgaatgggtttatcaatatctgtcttaactcagc
tactacaaatatgtcaataattacaaataagacctcttgtcaacttaaat
ctgtccctgactgacctatattttcaatctgtaatctgaaggtcgatggt
catagttaacagtttgctgatgactgacaaatacaatggccacaggtcag
atcacccaggagctatcagaaagaagcagactaaagactaggcaggcaaa
tcagagtccaacaacgtaagtaaaatatagctaggaaaacagaaaatgct
aaatgtggaactaaaaacatccttatacttgtaggggacaagataagata
gaatttcctgcccaaatacctgggagccacagatctatctgaaagaatcc
actctaccaaggaaattaacaatataaagacacatggaaaggaatatgtg
ttatcattgttcacataatggggtaatttcaagagtccaagtcttaatga
tatgaattgtctacatcacagcagacgtatttcaggtgtgctacatacac
acctattaacaagtcctcctcatcccgttaagtgaacagaaaaatgattg
agcagtaaatgtagcatatctgcatagaagaggctaaaatacttgcttat
aaagtatacattagagcaaacaaatcctgaatgttctttagcacttttgg
acagtgtttgtggagtccagacaggtcttggctataaaatcttcctgttg
cagcttcccaagtgctgagactagagccatgaacatccataactggctgg
tataatctatttacatacattgggctgacagcaagatatgatatcatttt
gtttgtatatattgtttcatgatgtggaaggtaattataagtgtcattta
atcataacctactgctaagtctcatatttagatgtattaatctcaataaa
ttgcaatgcattatattttttctcagtataattgatcttcaagacactga
ggtaccttcatccacggatctatggagtcatgtgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_26060469_26061738
seq2: B6Ng01-054G04.b_45_1282 (reverse)

seq1  CAAGTCCTGAGAGATCCTTAATAACTTTTGATCAGGTCAGATGGCTTAAG  50
      ||||||  ||||||||||| ||| | || || || ||||||| |||  ||
seq2  CAAGTCTGGAGAGATCCTT-ATATCCTTAGA-CA-GTCAGAT-GCT--AG  44

seq1  CTCTAACTACTACCAAAAGTTTTTAGGATTGTGTTCTCACTGTAAGAAAG  100
        | |||||||||  |||| ||    |||||| |||||||   |||||  
seq2  GCCCAACTACTAC--AAAGGTT---AGATTGT-TTCTCAC--GAAGAA--  84

seq1  GAAAATAGCATCTACATGGAAAAACCAGTTTCTGAAGTCACCTAGAGGAG  150
      ||||||   |||   || | ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAT--GATC--AATTG-AAAACCAGTTTCTGAAGTCACCTAGAGGAG  129

seq1  AAACATTCCACTGCCTCTCTTTAAAATTCCTCTATTGTCTACTACTACTA  200
      ||||||  | ||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAT--CCCTGGCTCTCTT--AAAATCCTCTATTGTCTACTACTACTA  175

seq1  CTATGTATTTGAGACTTGAATCTAAAGGAGTGGTGTTCTGGAATTATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
seq2  CTATGTATTTGAGACTTGAATCTAAAGGAGTGGTG-TCTGG-ATTAT-AG  222

seq1  AGGTATAAAATAAAAATCAGTGCAACATTGCAACTGCAGCAGACATGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGTATAAAATAAAAATCAGTGCAACA-TGC-ACTGCAGCAGACATGGTT  270

seq1  GCTTACAACCCAGCTCCTTCTGCTGGTAGCTGTGCTCAGCACATGATCCT  350
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACAACCCAGCTC--TCTGCTGGTAGCTGTGCTCAGCACATGATCCT  318

seq1  GCTTAATTAGAAAAGACTACTTTAAACACTTGACTGATGTGGAATATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATTAGAAAAGACTACTTTAAACACTTGACTGATGTGGAATATTTA  368

seq1  AGGTAAGCTCTAAGAGAACACACCTGCTTAGATGCTAAATATACCAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGCTCTAAGAGAACACACCTGCTTAGATGCTAAATATACCAGATG  418

seq1  CATCTTTAAGGTTCACCATTGAAGACAGCTAATGCAAACCAAGGCATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTAAGGTTCACCATTGAAGACAGCTAATGCAAACCAAGGCATCAT  468

seq1  GATGAAATCTAGATATTTTAGGATAAGATCACTACATCAAGGATGTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAATCTAGATATTTTAGGATAAGATCACTACATCAAGGATGTTTAA  518

seq1  GAGGGCAAGGTGTGTGTGTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCAAGGTGTGTGTGTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  568

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAGTGTTTTTGTTATTGTTATTGTTGTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAGTGTTTTTGTTATTGTTATTGTTGTTGTT  618

seq1  ACTGCTGTTTTCTGAGGCAGTGTCTCATCCTGTAGCCTGGATGCTTGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTTTTCTGAGGCAGTGTCTCATCCTGTAGCCTGGATGCTTGATG  668

seq1  CAAATGCAGAGAAGTGATCCAGTATGAACTTTCCTGTCCTGGATGAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCAGAGAAGTGATCCAGTATGAACTTTCCTGTCCTGGATGAAAAA  718

seq1  TATTTTTAAAGTACTCTGAAGTTGGGAAAAGCTGGAAATCTATCTGGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAAAGTACTCTGAAGTTGGGAAAAGCTGGAAATCTATCTGGATC  768

seq1  TTTCTAAACAAGTTTAATAATCTTTTTGACTAATTTGAAAATGCTACAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAACAAGTTTAATAATCTTTTTGACTAATTTGAAAATGCTACAAA  818

seq1  TATTGGTGCCATTGTGATACTAATTAAAGGTCTATTATGTTGACCTTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTGCCATTGTGATACTAATTAAAGGTCTATTATGTTGACCTTTGA  868

seq1  AAGATTTATAATTTAAATATTTATAATTTAAATATTTATAATTTATACTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTATAATTTAAATATTTATAATTTAAATATTTATAATTTATACTA  918

seq1  GTATTATGTGATAAACCTTACCTTCAGACATATAGAGATATTCATCTTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATGTGATAAACCTTACCTTCAGACATATAGAGATATTCATCTTTA  968

seq1  AAGATTTTAGCTGATAATAACTAAAATTAATGTTATATCTTTGTGGGGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTAGCTGATAATAACTAAAATTAATGTTATATCTTTGTGGGGAA  1018

seq1  ATTCATTGTTTTTAATGTTTGTTTTTATATACTATTCATGAAATAGAATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTGTTTTTAATGTTTGTTTTTATATACTATTCATGAAATAGAATA  1068

seq1  TTTACACTGAATCTTAGATCATGACCTGTAATTATATGTGCATACAAGTG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACTGAATCTTAGATCATGACCTGTAATTATATGTGCATACAAGTG  1118

seq1  TGTGTCTGTTCACATGTAGAAAAACATGCATGAGGATCTAAGAGTATAGT  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGTTCACATGTAGAAAAACATGCATGAGGATCTAAGAGTATAGT  1168

seq1  CCCAGGATTCAATCTTCAGTAATGCCATCTACCTTATTTTGAGACAGGGT  1250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGATTCAATCTTCAGTAATGCCATCTACCTTATTTTGAGACAGGGT  1218

seq1  CTATCACTGACCTTGAATTC  1270
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACTGACCTTGAATTC  1238

seq1: chr3_25916772_25917979
seq2: B6Ng01-054G04.g_65_1250

seq1  GAATTCACTGAGCCCACATGATGGACACTGAGCTCTAATTCCTCAAGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGCCCACATGATGGACACTGAGCTCTAATTCCTCAAGGTG  50

seq1  TCTTCTCACCTCAATACCCATGTTATGACCCACATGTGCCAGCACACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCACCTCAATACCCATGTTATGACCCACATGTGCCAGCACACAGT  100

seq1  GGTTAATTAATTAATTAATTAATTAACTAACACGAAAAATTCAACATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATTAATTAATTAATTAATTAACTAACACGAAAAATTCAACATAGA  150

seq1  ATCTTGTGTGTATATATGAATGGGTTTATCAATATCTGTCTTAACTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTGTGTATATATGAATGGGTTTATCAATATCTGTCTTAACTCAGC  200

seq1  TACTACAAATATGTCAATAATTACAAATAAGACCTCTTGTCAACTTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACAAATATGTCAATAATTACAAATAAGACCTCTTGTCAACTTAAAT  250

seq1  CTGTCCCTGACTGACCTATATTTTCAATCTGTAATCTGAAGGTCGATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTGACTGACCTATATTTTCAATCTGTAATCTGAAGGTCGATGGT  300

seq1  CATAGTTAACAGTTTGCTGATGACTGACAAATACAATGGCCACAGGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTAACAGTTTGCTGATGACTGACAAATACAATGGCCACAGGTCAG  350

seq1  ATCACCCAGGAGCTATCAGAAAGAAGCAGACTAAAGACTAGGCAGGCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCAGGAGCTATCAGAAAGAAGCAGACTAAAGACTAGGCAGGCAAA  400

seq1  TCAGAGTCCAACAACGTAAGTAAAATATAGCTAGGAAAACAGAAAATGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCCAACAACGTAAGTAAAATATAGCTAGGAAAACAGAAAATGCT  450

seq1  AAATGTGGAACTAAAAACATCCTTATACTTGTAGGGGACAAGATAAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGGAACTAAAAACATCCTTATACTTGTAGGGGACAAGATAAGATA  500

seq1  GAATTTCCTGCCCAAATACCTGGGAGCCACAGATCTATCTGAAAGAATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCCTGCCCAAATACCTGGGAGCCACAGATCTATCTGAAAGAATCC  550

seq1  ACTCTACCAAGGAAATTAACAATATAAAGACACATGGAAAGGAATATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTACCAAGGAAATTAACAATATAAAGACACATGGAAAGGAATATGTG  600

seq1  TTATCATTGTTCACATAATGGGGTAATTTCAAGAGTCCAAGTCTTAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATTGTTCACATAATGGGGTAATTTCAAGAGTCCAAGTCTTAATGA  650

seq1  TATGAATTGTCTACATCACAGCAGACGTATTTCAGGTGTGCTACATACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATTGTCTACATCACAGCAGACGTATTTCAGGTGTGCTACATACAC  700

seq1  ACCTATTAACAAGTCCTCCTCATCCCGTTAAGTGAACAGAAAAATGATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTAACAAGTCCTCCTCATCCCGTTAAGTGAACAGAAAAATGATTG  750

seq1  AGCAGTAAATGTAGCATATCTGCATAGAAGAGGCTAAAATACTTGCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAAATGTAGCATATCTGCATAGAAGAGGCTAAAATACTTGCTTAT  800

seq1  AAAGTATACATTAGAGCAAACAAATCCTGAATGTTCTTTAGCACTTTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATACATTAGAGCAAACAAATCCTGAATGTTCTTTAGCACTTTTGG  850

seq1  ACAGTGTTTGTGGAGTCCAGACAGGTCTTGGCTATAAAATCTTCCTGTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTTGTGGAGTCCAGACAGGTCTTGGCTATAAAATCTTCCTGTTG  900

seq1  CAGCTTCCCAAGTGCTGAGACTAGAGCCATGAACATCCATAACTGGCTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCCAAGTGCTGAGACTAGAGCCATGAACATCCATAACTGGCTGG  950

seq1  TATAATCTATTTAACAATAACATT-GGCTGACAGCAAGAATTATGATAAT  999
      |||||||||||| |||   ||||| ||||||||||||||  |||||| ||
seq2  TATAATCTATTT-ACA--TACATTGGGCTGACAGCAAGA--TATGAT-AT  994

seq1  CATTTTGTTTGTATATATTGTTTCATGATGTGAAGGTTAATTATAAGTTG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||
seq2  CATTTTGTTTGTATATATTGTTTCATGATGTGGAAGGTAATTATAAG-TG  1043

seq1  TCATTTAATCATAACCTACTTGCTTAAGTCTCAATAATTTTAGGATGTA-  1098
      ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||  |||| |||||| 
seq2  TCATTTAATCATAACCTAC-TGC-TAAGTCTC-ATA--TTTA-GATGTAT  1087

seq1  TCATCTCAAATAATTGCAAATGCATTTATATTTTTTTCTCAGTTATAATT  1148
      | |||||||  |||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||
seq2  TAATCTCAATAAATTGC-AATGCA-TTATA-TTTTTTCTCAG-TATAATT  1133

seq1  GATCTTCTAAAGACTACTGAGGTAGCCTTCATACAACGGATTCTATGAAG  1198
      |||||||  ||||| ||||||||| ||||||| | ||||| |||||| ||
seq2  GATCTTC--AAGAC-ACTGAGGTA-CCTTCAT-CCACGGA-TCTATGGAG  1177

seq1  TCCATGTGCA  1208
      | ||||||||
seq2  T-CATGTGCA  1186