BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055I17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 52,891,487 - 53,032,373
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLhfp, LOC100039808
Upstream geneLOC433587, LOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1, LOC100039762, LOC100039832, Cog6
Downstream geneLOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937, Trpc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055I17.bB6Ng01-055I17.g
ACCDH877960DH877961
length1,0811,125
definitionDH877960|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055I17, 5' end.DH877961|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055I17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,031,283 - 53,032,373)(52,891,487 - 52,892,629)
sequence
gaattcttcaagtcagcttctctgaccttccaacaggcctgcaaaactta
aattgaatccacaggcttcctactaaagttacctagtgtggctcagtcca
tagctgactcatacctcattcatataagatacatgatacattttttaaaa
aatatattttcttatactgctcaaacagtatgtatatgttcaattaacca
tcatcttgaataaggtttggactaatttttaaagctctcagggatagaca
gacagtgatatatatctcagaaaggttagcctttaattgtctctgtggag
acctcttgggttagggaattggatatactgattaacctctctaggagtga
ggcttctgagcagatgcttcaaatgtcaactaactgccctacagctgtgg
attgcagttaaccagaattttatggtctccaatggaatgtaccacactgt
aaaataaaagccacaaaatgggaaggcaagagcatccttttagaggtgag
aggcctgccaccatccagttgctggaccccaggctgggatgtagaaatgt
tcaaccaaagcacagtgtggaagcccctggcttgtctgtgtggtcattac
accctatgccaaaatggggtcacagctaaagtatttgcgcaagtggtatc
ttaatgacccaacaggtttctgatagctctggttgcttaattttctcatc
aggaataaatggttcaatagaacctctagcttacaaactttaatacgacg
tatagagattttccttactatatttacagaccttgttcccatccaggctt
aattttaagcaagttcctttgccactacttaaaaacaaatcataaaaaaa
aatcacactatcacacattttgaaaagctgtgtagtcaggggcaagtggg
gaagggccctgggagctggggcagcatccttccggaagtgccaatggagg
tgcgatgccagggagcatgaagagtcagctcactgggactaggaaggatc
tatttttgtcatccagagactctgcacttttaacaggtcatgaagtaagt
cacaattaatacatcagacgagctccttttc
gaattctgccttgctttataatatgaacccacagtcaaatggcctctacc
cttctcacaggggactcgaattgaaagcagatgcaagcctgtgtgagcag
ccagaccgtcaacgagcaaagcttaaccaggcagaaaagaagtcagaaaa
atcacattttctggtttaaattttataaccatacatctcacaggaaaaaa
agattaatttataattgaagagggcaattagagatagaaataactggttg
ttactaaatctttgtttttgacaacttggccactgcctggcacctgaaaa
gatgtttccatgatgaaaataaagggaagtgtggaagtttctccccattc
cgctgggtttatattctctttgcaaaggttacaagcagctgtgaaagcaa
agaagcagagatgcaggagaaggaggaacacataacctaaagaagccttt
gtttgccaccaacactgggaagtccttgggttcagagcaagacttcaaac
ctcacatatttgctatgaccaagaagtgtttcatggttcaactactggga
gcctgatgtggccctgagggatgaacactgtcaggtccacgggtcacagt
atgaggctgtcttaggaaaaaagaaaaacacaaccccagatgggtcatct
gtgtaagaggtagattgctgggttgtgggacatcgtagggacagccatgg
ggtcagcagctcagagggaaaagagacaggaacagtaaacgtaaagttta
ctccaggaaagtgcttgactctttaagtttatgccaatctataatcagac
aggtgacgtcttactagtcaaaccatcttcacacaatgaaagtctttgct
gcaatgtcgaggccagctcagtgggtcaggagacagtcggggaaccacaa
agaaacacacaaaccccagaatgtcatattaaatacaaattttatgactg
tggagagaggaaaacaaactattaacaactggaagggaaattctagatat
tagcattagtgtatcaacatttgctgaacttagtgcctcgcagcactaag
aatggccaaatggcagtctttaagagatgttacttgtagacaatttatca
gaatttgacaaacagaatgtcattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_53031283_53032373
seq2: B6Ng01-055I17.b_44_1124 (reverse)

seq1  GAAAAGGGAAGGCTCGTCTGATGTATAATTTGTGACTTAC-TCATGACCT  49
      |||||||    ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||
seq2  GAAAAGG---AGCTCGTCTGATGTATTAATTGTGACTTACTTCATGACCT  47

seq1  GTTAAAAGTTGCAGAGTCTCTGGGATGACAAAAATAGATTCCTTCCTAGT  99
      |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTTAAAAG-TGCAGAGTCTCT-GGATGACAAAAATAGA-TCCTTCCTAGT  94

seq1  CCCAAGTGAGCCTGACTCTCATTGCTCCCTGGCATCGCACCTCCATTGGC  149
      ||| |||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCC-AGTGAG-CTGACTCTTCATGCTCCCTGGCATCGCACCTCCATTGGC  142

seq1  ACTTCCGGAAGGCTGCTGCCCCAGCTCCCAGGGCCCTTCCCACCTTGCCC  199
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  ACTTCCGGAAGGATGCTGCCCCAGCTCCCAGGGCCCTTCCCCACTTGCCC  192

seq1  CTGACTACACAGCTTTTTCAAAATGTGTGATAGTGTGATTTTTTTTTTAT  249
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGACTACACAGC-TTTTCAAAATGTGTGATAGTGTGA-TTTTTTTTTAT  240

seq1  GATTTGTTTTTAAAGTAGTGGCAAAGGAACTTGCTTAAAATTAAGCCTGG  299
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTTTTT-AAGTAGTGGCAAAGGAACTTGCTTAAAATTAAGCCTGG  289

seq1  ATGGAAACAAGGTCTGTAAATATAGTAAGGAAAATCTCTATACGTCGTAT  349
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAACAAGGTCTGTAAATATAGTAAGGAAAATCTCTATACGTCGTAT  339

seq1  TAAAGTTTGTAAGCTAGAGGTTCTATTGAACCATTTATTCCTGATGAGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTGTAAGCTAGAGGTTCTATTGAACCATTTATTCCTGATGAGAA  389

seq1  AATTAAGCAACCAGAGCTATCAGAAACCTGTTGGGTCATTAAGATACCAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGCAACCAGAGCTATCAGAAACCTGTTGGGTCATTAAGATACCAC  439

seq1  TTGCGCAAATACTTTAGCTGTGACCCCATTTTGGCATAGGGTGTAATGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGCAAATACTTTAGCTGTGACCCCATTTTGGCATAGGGTGTAATGAC  489

seq1  CACACAGACAAGCCAGGGGCTTCCACACTGTGCTTTGGTTGAACATTTCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGACAAGCCAGGGGCTTCCACACTGTGCTTTGGTTGAACATTTCT  539

seq1  ACATCCCAGCCTGGGGTCCAGCAACTGGATGGTGGCAGGCCTCTCACCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCCAGCCTGGGGTCCAGCAACTGGATGGTGGCAGGCCTCTCACCTC  589

seq1  TAAAAGGATGCTCTTGCCTTCCCATTTTGTGGCTTTTATTTTACAGTGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGATGCTCTTGCCTTCCCATTTTGTGGCTTTTATTTTACAGTGTG  639

seq1  GTACATTCCATTGGAGACCATAAAATTCTGGTTAACTGCAATCCACAGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTCCATTGGAGACCATAAAATTCTGGTTAACTGCAATCCACAGCT  689

seq1  GTAGGGCAGTTAGTTGACATTTGAAGCATCTGCTCAGAAGCCTCACTCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGCAGTTAGTTGACATTTGAAGCATCTGCTCAGAAGCCTCACTCCT  739

seq1  AGAGAGGTTAATCAGTATATCCAATTCCCTAACCCAAGAGGTCTCCACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGTTAATCAGTATATCCAATTCCCTAACCCAAGAGGTCTCCACAG  789

seq1  AGACAATTAAAGGCTAACCTTTCTGAGATATATATCACTGTCTGTCTATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATTAAAGGCTAACCTTTCTGAGATATATATCACTGTCTGTCTATC  839

seq1  CCTGAGAGCTTTAAAAATTAGTCCAAACCTTATTCAAGATGATGGTTAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGAGCTTTAAAAATTAGTCCAAACCTTATTCAAGATGATGGTTAAT  889

seq1  TGAACATATACATACTGTTTGAGCAGTATAAGAAAATATATTTTTTAAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATATACATACTGTTTGAGCAGTATAAGAAAATATATTTTTTAAAA  939

seq1  AATGTATCATGTATCTTATATGAATGAGGTATGAGTCAGCTATGGACTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATCATGTATCTTATATGAATGAGGTATGAGTCAGCTATGGACTGA  989

seq1  GCCACACTAGGTAACTTTAGTAGGAAGCCTGTGGATTCAATTTAAGTTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACTAGGTAACTTTAGTAGGAAGCCTGTGGATTCAATTTAAGTTTT  1039

seq1  GCAGGCCTGTTGGAAGGTCAGAGAAGCTGACTTGAAGAATTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCTGTTGGAAGGTCAGAGAAGCTGACTTGAAGAATTC  1081

seq1: chr3_52891487_52892629
seq2: B6Ng01-055I17.g_69_1193

seq1  GAATTCTGCCTTGCTTTATAATATGAACCCACAGTCAAATGGCCTCTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCTTGCTTTATAATATGAACCCACAGTCAAATGGCCTCTACC  50

seq1  CTTCTCACAGGGGACTCGAATTGAAAGCAGATGCAAGCCTGTGTGAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCACAGGGGACTCGAATTGAAAGCAGATGCAAGCCTGTGTGAGCAG  100

seq1  CCAGACCGTCAACGAGCAAAGCTTAACCAGGCAGAAAAGAAGTCAGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCGTCAACGAGCAAAGCTTAACCAGGCAGAAAAGAAGTCAGAAAA  150

seq1  ATCACATTTTCTGGTTTAAATTTTATAACCATACATCTCACAGGAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATTTTCTGGTTTAAATTTTATAACCATACATCTCACAGGAAAAAA  200

seq1  AGATTAATTTATAATTGAAGAGGGCAATTAGAGATAGAAATAACTGGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAATTTATAATTGAAGAGGGCAATTAGAGATAGAAATAACTGGTTG  250

seq1  TTACTAAATCTTTGTTTTTGACAACTTGGCCACTGCCTGGCACCTGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAATCTTTGTTTTTGACAACTTGGCCACTGCCTGGCACCTGAAAA  300

seq1  GATGTTTCCATGATGAAAATAAAGGGAAGTGTGGAAGTTTCTCCCCATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTCCATGATGAAAATAAAGGGAAGTGTGGAAGTTTCTCCCCATTC  350

seq1  CGCTGGGTTTATATTCTCTTTGCAAAGGTTACAAGCAGCTGTGAAAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGGGTTTATATTCTCTTTGCAAAGGTTACAAGCAGCTGTGAAAGCAA  400

seq1  AGAAGCAGAGATGCAGGAGAAGGAGGAACACATAACCTAAAGAAGCCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGAGATGCAGGAGAAGGAGGAACACATAACCTAAAGAAGCCTTT  450

seq1  GTTTGCCACCAACACTGGGAAGTCCTTGGGTTCAGAGCAAGACTTCAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCACCAACACTGGGAAGTCCTTGGGTTCAGAGCAAGACTTCAAAC  500

seq1  CTCACATATTTGCTATGACCAAGAAGTGTTTCATGGTTCAACTACTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATATTTGCTATGACCAAGAAGTGTTTCATGGTTCAACTACTGGGA  550

seq1  GCCTGATGTGGCCCTGAGGGATGAACACTGTCAGGTCCACGGGTCACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATGTGGCCCTGAGGGATGAACACTGTCAGGTCCACGGGTCACAGT  600

seq1  ATGAGGCTGTCTTAGGAAAAAAGAAAAACACAACCCCAGATGGGTCATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCTGTCTTAGGAAAAAAGAAAAACACAACCCCAGATGGGTCATCT  650

seq1  GTGTAAGAGGTAGATTGCTGGGTTGTGGGACATCGTAGGGACAGCCATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGAGGTAGATTGCTGGGTTGTGGGACATCGTAGGGACAGCCATGG  700

seq1  GGTCAGCAGCTCAGAGGGAAAAGAGACAGGAACAGTAAACGTAAAGTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCAGCTCAGAGGGAAAAGAGACAGGAACAGTAAACGTAAAGTTTA  750

seq1  CTCCAGGAAAGTGCTTGACTCTTTAAGTTTATGCCAATCTATAATCAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGAAAGTGCTTGACTCTTTAAGTTTATGCCAATCTATAATCAGAC  800

seq1  AGGTGACGTCTTACTAGTCAAACCATC-TCACACAATGAAAGTCTTTGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACGTCTTACTAGTCAAACCATCTTCACACAATGAAAGTCTTTGCT  850

seq1  GCAATGTCGAGGCCAGCTCAGT-GGTCAGGAGACAGTCGGG--AACACAA  896
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||
seq2  GCAATGTCGAGGCCAGCTCAGTGGGTCAGGAGACAGTCGGGGAACCACAA  900

seq1  AGAAACACACAAACCCCAGAATGTCATTATTAAATACAAAATCTTTATGA  946
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||
seq2  AGAAACACACAAACCCCAGAATGTCA-TATTAAATACAAA--TTTTATGA  947

seq1  CTGTGGAGAAGAGGAAAACAAACTATTAACAAACTGGAAGGGAAATTCTA  996
      |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAG-AGAGGAAAACAAACTATTAAC-AACTGGAAGGGAAATTCTA  995

seq1  GATATTTAGCATTTTAGTGTATCAAACATTGCTGAAACTTAAGTG-CTCG  1045
      |||| ||||||  ||||||||||||   |||||| ||||| |||| ||||
seq2  GATA-TTAGCA--TTAGTGTATCAACATTTGCTG-AACTT-AGTGCCTCG  1040

seq1  CAAGCACTAAGAATGGGCAAAATGGCAGTCATTTAAAGAGGAATGTATAA  1095
      | |||||||||||| ||| |||||||||||  || |||||  |||  | |
seq2  C-AGCACTAAGAAT-GGCCAAATGGCAGTC--TTTAAGAG--ATG--TTA  1082

seq1  CTTGTAGTACAATTTAGCAGATTTTTGAACAAACAGAATATGTCATTT  1143
      ||||||| |||||||| |||| |||   |||||||||  |||||||||
seq2  CTTGTAG-ACAATTTATCAGAATTT--GACAAACAGA--ATGTCATTT  1125