BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059I18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 28,448,094 - 28,582,041
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnik
Upstream geneFndc3b, E030011K20Rik, Pld1
Downstream geneSlc2a2, EG624446, Eif5a2, Rpl22l1, Gm1527, 6130401L20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059I18.bB6Ng01-059I18.g
ACCDH880796DH880797
length8751,153
definitionDH880796|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059I18, 5' end.DH880797|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059I18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,448,094 - 28,448,967)(28,580,868 - 28,582,041)
sequence
gaattcttatatcaaccccgcacgctatgtgttctcttcacgttgcagct
gaggaaatggaatcccgactcttgctggcttggtcttgccactgtgtttc
cagctgtgtcagagacattcagagtctgtggctgcaggggtgcacaccag
gctcctggctagtccctcatccagagtggcagttttaacctagggatgct
ttgcttctcttccactctgatggggcagcccgggtcagaaagaatgcctt
ttgttttgtgtaggttactgtgtgccaaatgtccccaggccccagccaga
agctgtaccttgcgcctgccttctgagaggcactataatttgtctctgtt
ctgtttgtaatgtgcacagggatgggctgttagtcatgctgcaggcacgg
cagcccagtgctgaggaaagagtgaatttcccaccaccagtcaggatgag
ccgcaccatggccaggaggaaacgtaaggcctgcctcccccacttcctcc
ctgctcccctcttgccatcaccttgccagtgggaatggggcactttctcc
tttaagttctgaagtgtctttgggatccagtaatgcatctcaaggttagg
cagggcctgtcagggacgtttacagcttgcaacacaggcagttaagcaga
gattacaagcagctttggctttatctgaacaggaatttaagaacataaat
atttcctcttggaaaaatagtataactctagtccaaaatgatcctgttaa
taatggggaaacaaagacgtcaagaagcaatagtcatgtgactagcctgg
tcatgtgactagacaaggatgcacagtttatttggatggaatgatggggc
tttttggtataattggtgtgtgtgt
gaattcacactcacaagacttaggagcactagagacctggctttgttctc
tgtctgcaagggttgaatccttgagcatgggcaagtcttgcttcatgttt
ttttttgatacagtttgtaaggcaaggcagatgagctcttattatctcct
gcaagatgggaagagcattagttttagggattactgtagaacaaaatgac
ctagtctggaggtggtgctcagaacaaagcagaacacacatgatccgaac
acaccgtgatcacttgctggtgttggctggcaatgtttctatgctctcag
tttctgtaactctctcttctcaacaaacgtgctgtccaacagctaacatg
gattccttgggacctttgagctggctagctagagaagctatgctcggttt
tcccatctacagtttgtgatatttggccatcatggaatttttaattggaa
gagcaaggggccatttactgagtgggtatcccccagatttgtattgttca
taccccagaggtgtgacagtctgtggcaaattggtttgacagatgtgtat
tgatggcaatttctcggtgagcactgtcctaaattaattaatcaccaggc
aatttaatctaaattgaatgctagtgctgcaaacagaaaattttgtttat
aatccttgaatcatcccagtttaaatgaagtcaattaaaatgctctgttt
cctaaccactttttccaattgaatatacctaaatggacacagtactctgc
agggcatctttctcttatgagttggtctctctttaatgtccttgggttaa
tcatttttcagatactctttgagctatttttctgccattgctttgaaaag
catttgcaggtcatttgcaggctgcttgagggaggctgatgaggtggata
taaatacgggagcgaagatcatgaggtctcttgttgagagtaaacaaaca
atgtggctctgtgttattgatcacaggtcacagtgaaaggagcatgtcag
gcaaaggagtcgatgtcagctgttatgagataggagtctcaggaatgcat
ggaacagcgattggtgcaactcatgtgaacagtggttgaccaaggctctt
ttctctggattcttggaagggcccacttattacccctctcctctgggagg
ctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_28448094_28448967
seq2: B6Ng01-059I18.b_47_921

seq1  GAATTCTTATATCAACCCCGCACGCTATGTGTTCTCTTCACGTTGCAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATATCAACCCCGCACGCTATGTGTTCTCTTCACGTTGCAGCT  50

seq1  GAGGAAATGGAATCCCGACTCTTGCTGGCTTGGTCTTGCCACTGTGTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAATGGAATCCCGACTCTTGCTGGCTTGGTCTTGCCACTGTGTTTC  100

seq1  CAGCTGTGTCAGAGACATTCAGAGTCTGTGGCTGCAGGGGTGCACACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGTCAGAGACATTCAGAGTCTGTGGCTGCAGGGGTGCACACCAG  150

seq1  GCTCCTGGCTAGTCCCTCATCCAGAGTGGCAGTTTTAACCTAGGGATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGGCTAGTCCCTCATCCAGAGTGGCAGTTTTAACCTAGGGATGCT  200

seq1  TTGCTTCTCTTCCACTCTGATGGGGCAGCCCGGGTCAGAAAGAATGCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTCTTCCACTCTGATGGGGCAGCCCGGGTCAGAAAGAATGCCTT  250

seq1  TTGTTTTGTGTAGGTTACTGTGTGCCAAATGTCCCCAGGCCCCAGCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTGTAGGTTACTGTGTGCCAAATGTCCCCAGGCCCCAGCCAGA  300

seq1  AGCTGTACCTTGCGCCTGCCTTCTGAGAGGCACTATAATTTGTCTCTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTACCTTGCGCCTGCCTTCTGAGAGGCACTATAATTTGTCTCTGTT  350

seq1  CTGTTTGTAATGTGCACAGGGATGGGCTGTTAGTCATGCTGCAGGCACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGTAATGTGCACAGGGATGGGCTGTTAGTCATGCTGCAGGCACGG  400

seq1  CAGCCCAGTGCTGAGGAAAGAGTGAATTTCCCACCACCAGTCAGGATGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGTGCTGAGGAAAGAGTGAATTTCCCACCACCAGTCAGGATGAG  450

seq1  CCGCACCATGGCCAGGAGGAAACGTAAGGCCTGCCTCCCCCACTTCCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCACCATGGCCAGGAGGAAACGTAAGGCCTGCCTCCCCCACTTCCTCC  500

seq1  CTGCTCCCCTCTTGCCATCACCTTGCCAGTGGGAATGGGGCACTTTCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCCCTCTTGCCATCACCTTGCCAGTGGGAATGGGGCACTTTCTCC  550

seq1  TTTAAGTTCTGAAGTGTCTTTGGGATCCAGTAATGCATCTCAAGGTTAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTTCTGAAGTGTCTTTGGGATCCAGTAATGCATCTCAAGGTTAGG  600

seq1  CAGGGCCTGTCAGGGACGTTTACAGCTTGCAACACAGGCAGTTAAGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCTGTCAGGGACGTTTACAGCTTGCAACACAGGCAGTTAAGCAGA  650

seq1  GATTACAAGCAGCTTTGGCTTTATCTGAACAGGAATTTAAGAACATAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAAGCAGCTTTGGCTTTATCTGAACAGGAATTTAAGAACATAAAT  700

seq1  ATTTCCTCTTGGAAAAATAGTATAACTCTAGTCCAAAATGATCCTGTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTCTTGGAAAAATAGTATAACTCTAGTCCAAAATGATCCTGTTAA  750

seq1  TAAT-GGGAAACAAAGACGTCAAGAAGCAATAGTCATGTGACTAGCCTGG  799
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGGGAAACAAAGACGTCAAGAAGCAATAGTCATGTGACTAGCCTGG  800

seq1  TCATGTGACTAGACAAGGATGCACAGTTTATTTGGATGGAATGATGGGGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGACTAGACAAGGATGCACAGTTTATTTGGATGGAATGATGGGGC  850

seq1  TTTTGGTTATAACTGGTGTGTGTGT  874
      |||| | ||||| ||||||||||||
seq2  TTTTTGGTATAATTGGTGTGTGTGT  875

seq1: chr3_28580868_28582041
seq2: B6Ng01-059I18.g_69_1221 (reverse)

seq1  CAGCCTCCCAGGGAGGAAGGCGGGGCTAATAAAGTTGGGCACTTTTCAGA  50
      ||||||||||  |||||  | |||| ||||||   ||||| |||   |||
seq2  CAGCCTCCCA--GAGGA--GAGGGG-TAATAA--GTGGGCCCTTCCAAGA  43

seq1  GATCCACGAGGCAAAGGAGCCTTTGGGTCAACAACTTGTCCACATGGGGT  100
       ||||| |||  ||| |||||||  ||||||| || ||| ||||| | ||
seq2  -ATCCA-GAG--AAAAGAGCCTT--GGTCAACCAC-TGTTCACAT-GAGT  85

seq1  TGCACCATCTGCTTGTTTCCATGCATTCCTGGAGCTCCTATCTCATAAAC  150
      |||||||   |||   |||||||||||||||   |||||||||||| |||
seq2  TGCACCAATCGCT--GTTCCATGCATTCCTGAGACTCCTATCTCAT-AAC  132

seq1  AGCTGACATTCGACTCCTTTGGCCCTGACACTGCTCCTTTCACTGGTGAC  200
      |||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| 
seq2  AGCTGACA-TCGACTCCTTTG--CCTGACA-TGCTCCTTTCACT-GTGA-  176

seq1  CCTGTTGATCAATAACACAGAGCAACATTGTTTGTTAACTCTCAACAAG-  249
      |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| 
seq2  CCTG-TGATCAATAACACAGAGCCACATTGTTTGTTTACTCTCAACAAGA  225

seq1  GACCTCATGATCTTCGCTCCCGTATTTTATGTCCACCTCATCAGCTTCCC  299
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GACCTCATGATCTTCGCTCCCGTA-TTTATATCCACCTCATCAGCCTCCC  274

seq1  TC-AGCAGCCTGCAAATGACCTGCAAATGCTTTTCAAAGCAATGGCAG-A  347
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCAAGCAGCCTGCAAATGACCTGCAAATGCTTTTCAAAGCAATGGCAGAA  324

seq1  AAATAGCTCAAAGAGTATCTG-AAAATGATTAACCCAAGGACATTAAAGA  396
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCTCAAAGAGTATCTGAAAAATGATTAACCCAAGGACATTAAAGA  374

seq1  GAGACCAACTCATAAGAGAAAGATGCCCTGCAGAGTACTGTGTCCATTTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAACTCATAAGAGAAAGATGCCCTGCAGAGTACTGTGTCCATTTA  424

seq1  GGTATATTCAATTGGAAAAAGTGGTTAGG-AACAGAGCATTTTAATTGAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATTCAATTGGAAAAAGTGGTTAGGAAACAGAGCATTTTAATTGAC  474

seq1  TTCATTTAAACTGGGATGATTCAAGGATTATAAACAAAATTTTCTGTTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTAAACTGGGATGATTCAAGGATTATAAACAAAATTTTCTGTTTG  524

seq1  CAGCACTAGCATTCAATTTAGATTAAATTGCCTGGTGATTAATTAATTTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTAGCATTCAATTTAGATTAAATTGCCTGGTGATTAATTAATTTA  574

seq1  GGACAGTGCTCACCGAGAAATTGCCATCAATACACATCTGTCAAACCAAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGCTCACCGAGAAATTGCCATCAATACACATCTGTCAAACCAAT  624

seq1  TTGCCACAGACTGTCACACCTCTGGGGTATGAACAATACAAATCTGGGGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACAGACTGTCACACCTCTGGGGTATGAACAATACAAATCTGGGGG  674

seq1  ATACCCACTCAGTAAATGGCCCCTTGCTCTTCCAATTAAAAATTCCATGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCACTCAGTAAATGGCCCCTTGCTCTTCCAATTAAAAATTCCATGA  724

seq1  TGGCCAAATATCACAAACTGTAGATGGGAAAACCGAGCATAGCTTCTCTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAATATCACAAACTGTAGATGGGAAAACCGAGCATAGCTTCTCTA  774

seq1  GCTAGCCAGCTCAAAGGTCCCAAGGAATCCATGTTAGCTGTTGGACAGCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCCAGCTCAAAGGTCCCAAGGAATCCATGTTAGCTGTTGGACAGCA  824

seq1  CGTTTGTTGAGAAGAGAGAGTTACAGAAACTGAGAGCATAGAAACATTGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGTTGAGAAGAGAGAGTTACAGAAACTGAGAGCATAGAAACATTGC  874

seq1  CAGCCAACACCAGCAAGTGATCACGGTGTGTTCGGATCATGTGTGTTCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAACACCAGCAAGTGATCACGGTGTGTTCGGATCATGTGTGTTCTG  924

seq1  CTTTGTTCTGAGCACCACCTCCAGACTAGGTCATTTTGTTCTACAGTAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTCTGAGCACCACCTCCAGACTAGGTCATTTTGTTCTACAGTAAT  974

seq1  CCCTAAAACTAATGCTCTTCCCATCTTGCAGGAGATAATAAGAGCTCATC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAAACTAATGCTCTTCCCATCTTGCAGGAGATAATAAGAGCTCATC  1024

seq1  TGCCTTGCCTTACAAACTGTATCAAAAAAAAACATGAAGCAAGACTTGCC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGCCTTACAAACTGTATCAAAAAAAAACATGAAGCAAGACTTGCC  1074

seq1  CATGCTCAAGGATTCAACCCTTGCAGACAGAGAACAAAGCCAGGTCTCTA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCAAGGATTCAACCCTTGCAGACAGAGAACAAAGCCAGGTCTCTA  1124

seq1  GTGCTCCTAAGTCTTGTGAGTGTGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCTAAGTCTTGTGAGTGTGAATTC  1153