BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061E20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 53,152,224 - 53,302,538
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3
Upstream geneFoxo1, LOC100039762, LOC100039832, Cog6, Lhfp, LOC100039808
Downstream geneFrem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937, Trpc4, Postn, LOC100039951, LOC434807
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061E20.bB6Ng01-061E20.g
ACCDH882017DH882018
length1,1821,040
definitionDH882017|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061E20, 5' end.DH882018|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061E20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,152,224 - 53,153,423)(53,301,488 - 53,302,538)
sequence
gaattcaaatgttcttccttcctgagaccatctcccctcccacccctgcc
tacttctaactaaatttaatcacacttaaaacttttgctcaagtggcact
tctgtggggcctcttgatccccattttaattagactcccttgtcacaatc
tctcactgaacactgtattgttccttcagatactttcatatactttctat
acttttcagacatgtttgggggacattatgaaatgtctccaaagaccaat
atgttgaaagtacaatgtagcaaggcccagaggtaaagctttggggaagt
aattatattctgagggctttggcctcatctatgctttaatccactgatga
gtcataacctagtggactgttgtgagaagattgacactttataggagaaa
cctagttgaaaggaacggaacctcggcgatgtgtgctcaggagctaacct
gtctgtctgtccctgcctctttgtctccttcccctcttttcctttgctcc
ccaacccctttctcgcatccatcatcaggtgatcagctgtgctcaaccac
atgttccaaataataatgatctgtctttaccacaacacagaaacccaaag
tctaataactggactgtaataaaacggttccaatgttgttttcaacagtt
ttagcccaagaggcagcatatgtctgtccttgaaaagatggcacaaggca
acagatgtcatcctccgttgcttttggggtggaattatattgatcagaca
gaaatcctcatgttggcctactttctctgatgaagaataaatatcacgtg
aaacaatgaaaagagaaatccatttgtcaccttataaatgcagattgttt
tgcctggcagttctcatcaagtttcctaagctccaataggaaaagccctg
gtagagaagtacgcaggaatgtctgcatcaacaattacaaggagagggat
gggtatctaggtttgccaaataacataacaaatttcttgctggaaagcag
cataaattaggaaataaatgatgaaattagcatttacagttgctctataa
ttcttattagcaatggatcccaagaaggtctttaggtataatattgttct
aagaaattaaattaggacttcagcagcctacgaattattatttcttaatt
cccaccaatgtctgcctccgaattgcagaaaa
gaattcatttaagagggacacattctcttctggagctctccaagtggtag
ctactctgcctctgtcctgctccagttttatttttaacttgtaatcttgg
gtcctagtttaatggttcacagaggctattgactctcatctttgttccct
ggacctgactcatcagatccctgggaataaatgacatctagtcaatgtgt
tccatttattagagtacttgggggtgtgagttataaagcaggttcatatt
tcagaatgctcaaactcgtggtctctcccactcacatgctgtccggagca
acaactgtccgctgcctaaaacataaggtctcctactttctagatttttt
tcttggaccctcattagatgcccctggtggtggtaatggtagcaacagat
gcccacagcctctgccatacctggtcccttggctttatcagcttggatgc
gtcccagtctgaagacaacagcgcgctcatactccttaatgatctgagag
aataagggagaacctttaatcttagtatctgccagtttacaggaagatac
ccacttgtttccgggggcattaccttcaagcacatccatactgagattgg
gaaggtaacgagcatcagcaggaaggaaaggaaaaacaggatccagccgc
acacaccaagccggcttttgttggtgcctgggaagtgagagagaagcgag
cctgtaatctaagtgattctcagcaaagctctcaggcagcatcgatgagg
atccaagccctgcaggaatccatccgcaccataagtctaattgtacacag
atgtggagcaccctgcccccacttccatgtaacaccacatatgcgggatg
gtttgtggtagttctagaaattaagtcagtctgctcttcccaatcagcac
tcagcagtcaacagcgataactatgacaaccatggtgtatcattatcaga
catgaaaagatgtctggaacatgagcagaaccactcatatcagactcatc
gggttcttagggtcttgattcttcaatgagttcaaaacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_53152224_53153423
seq2: B6Ng01-061E20.b_49_1230

seq1  GAATTCAAATGTTCTTCCTTCCTGAGACCATCTCCCCTCCCACCCCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGTTCTTCCTTCCTGAGACCATCTCCCCTCCCACCCCTGCC  50

seq1  TACTTCTAACTAAATTTAATCACACTTAAAACTTTTGCTCAAGTGGCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTAACTAAATTTAATCACACTTAAAACTTTTGCTCAAGTGGCACT  100

seq1  TCTGTGGGGCCTCTTGATCCCCATTTTAATTAGACTCCCTTGTCACAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGGGCCTCTTGATCCCCATTTTAATTAGACTCCCTTGTCACAATC  150

seq1  TCTCACTGAACACTGTATTGTTCCTTCAGATACTTTCATATACTTTCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGAACACTGTATTGTTCCTTCAGATACTTTCATATACTTTCTAT  200

seq1  ACTTTTCAGACATGTTTGGGGGACATTATGAAATGTCTCCAAAGACCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCAGACATGTTTGGGGGACATTATGAAATGTCTCCAAAGACCAAT  250

seq1  ATGTTGAAAGTACAATGTAGCAAGGCCCAGAGGTAAAGCTTTGGGGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAAAGTACAATGTAGCAAGGCCCAGAGGTAAAGCTTTGGGGAAGT  300

seq1  AATTATATTCTGAGGGCTTTGGCCTCATCTATGCTTTAATCCACTGATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATTCTGAGGGCTTTGGCCTCATCTATGCTTTAATCCACTGATGA  350

seq1  GTCATAACCTAGTGGACTGTTGTGAGAAGATTGACACTTTATAGGAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAACCTAGTGGACTGTTGTGAGAAGATTGACACTTTATAGGAGAAA  400

seq1  CCTAGTTGAAAGGAACGGAACCTCGGCGATGTGTGCTCAGGAGCTAACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTGAAAGGAACGGAACCTCGGCGATGTGTGCTCAGGAGCTAACCT  450

seq1  GTCTGTCTGTCCCTGCCTCTTTGTCTCCTTCCCCTCTTTTCCTTTGCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCTGTCCCTGCCTCTTTGTCTCCTTCCCCTCTTTTCCTTTGCTCC  500

seq1  CCAACCCCTTTCTCGCATCCATCATCAGGTGATCAGCTGTGCTCAACCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCCTTTCTCGCATCCATCATCAGGTGATCAGCTGTGCTCAACCAC  550

seq1  ATGTTCCAAATAATAATGATCTGTCTTTACCACAACACAGAAACCCAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCCAAATAATAATGATCTGTCTTTACCACAACACAGAAACCCAAAG  600

seq1  TCTAATAACTGGACTGTAATAAAACGGTTCCAATGTTGTTTTCAACAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATAACTGGACTGTAATAAAACGGTTCCAATGTTGTTTTCAACAGTT  650

seq1  TTAGCCCAAGAGGCAGCATATGTCTGTCCTTGAAAAGATGGCACAAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCAAGAGGCAGCATATGTCTGTCCTTGAAAAGATGGCACAAGGCA  700

seq1  ACAGATGTCATCCTCCGTTGC-TTTGGGGTGGAATTATATTGATCAGACA  749
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTCATCCTCCGTTGCTTTTGGGGTGGAATTATATTGATCAGACA  750

seq1  GAAATCCTCATGTTGGCCTACTTTCTCTGATGAAGAATAAATATCACGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCTCATGTTGGCCTACTTTCTCTGATGAAGAATAAATATCACGTG  800

seq1  AAAACAATGAAAAGAGAAATCCATTTGTCACCTTATAAATGCAGATTG-T  848
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  -AAACAATGAAAAGAGAAATCCATTTGTCACCTTATAAATGCAGATTGTT  849

seq1  TTGCCTGGCAGTTCTCATCAAG-TTCCTAAGCTCCAATAGGAAAAGCCCT  897
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGGCAGTTCTCATCAAGTTTCCTAAGCTCCAATAGGAAAAGCCCT  899

seq1  GGTAGAGAAGTACGCAGGAATGTCTGCATCAACAATTACAAGGAGAGGGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGAAGTACGCAGGAATGTCTGCATCAACAATTACAAGGAGAGGGA  949

seq1  TGGGTATCTAGGTTTGCCAAATAACATAACAAATTTCTTGCTGGAAAGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATCTAGGTTTGCCAAATAACATAACAAATTTCTTGCTGGAAAGCA  999

seq1  GCATAAATTAGGAAATAAATGATGAAAATTAGCATTTACAGTTGGCCTAT  1047
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||
seq2  GCATAAATTAGGAAATAAATGATG-AAATTAGCATTTACAGTTGCTCTAT  1048

seq1  TAAAATGTCTTAATTAGCAATGGATCCCAGAGAGGTCCTAAGGGTATGAC  1097
         ||| |||| |||||||||||||||||   ||||| | | ||||| | 
seq2  ---AAT-TCTT-ATTAGCAATGGATCCCAAGAAGGTCTTTA-GGTATAAT  1092

seq1  ATATGTTCCATAGAAATATAAATTAGGAACTTCCAGGCAGCCTACGAAAT  1147
      || ||||| | |||||| ||||||||| |||||   ||||||||||||  
seq2  AT-TGTTCTA-AGAAAT-TAAATTAGG-ACTTC--AGCAGCCTACGAA--  1134

seq1  TAATTATTTTCCTTAATTCCCAGCAAATGGTCTGCCTCCGACTTTGCAGA  1197
      | |||||||  ||||||||||| |||   ||||||||||||  |||||||
seq2  TTATTATTT--CTTAATTCCCACCAA--TGTCTGCCTCCGA-ATTGCAGA  1179

seq1  AAA  1200
      |||
seq2  AAA  1182

seq1: chr3_53301488_53302538
seq2: B6Ng01-061E20.g_69_1108 (reverse)

seq1  TTGTTTTGAACTTCATCTGGAGAATCAAGAGCCCTAAGAACCCGATGGGT  50
      ||||||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TTGTTTTGAAC-TCAT-TGAAGAATCAAGA-CCCTAAGAACCCGATGAGT  47

seq1  CTGATATGAGTGGTTCCTGCTCATGTTCCAAGACATCTTTTCATGTCTGG  100
      ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  CTGATATGAGTGGTT-CTGCTCATGTTCC-AGACATCTTTTCATGTCT-G  94

seq1  ATAATGATACACCATGGTTGGTCATAAGTTATCGCTGTTGACTGCTGAGT  150
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGATACACCATGGTT-GTCAT-AGTTATCGCTGTTGACTGCTGAGT  142

seq1  GGCTGATTGGGAAGAGCAGACTGACTTAATTTCTAAGAACTACCACAAAC  200
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  -GCTGATTGGGAAGAGCAGACTGACTTAATTTCT-AGAACTACCACAAAC  190

seq1  CATCCCGCATATGTGGTGTTTACATGGAAGTGGGGGCAGGGTGCTCCACA  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCGCATATGTGGTG-TTACATGGAAGTGGGGGCAGGGTGCTCCACA  239

seq1  TCTGTGTACAATTAGACTTATGGTGCGGATGGATTCCTGCAGGGCTTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTACAATTAGACTTATGGTGCGGATGGATTCCTGCAGGGCTTGGA  289

seq1  TCCTCATCGATGCTGCCTGAGAGCTTTGCTGAGAATCACTTAGATTACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATCGATGCTGCCTGAGAGCTTTGCTGAGAATCACTTAGATTACAG  339

seq1  GCTCGCTTCTCTCTCACTTCCCAGGCACCAACAAAAGCCGGCTTGGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGCTTCTCTCTCACTTCCCAGGCACCAACAAAAGCCGGCTTGGTGTG  389

seq1  TGCGGCTGGATCCTGTTTTTCCTTTCCTTCCTGCTGATGCTCGTTACCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGCTGGATCCTGTTTTTCCTTTCCTTCCTGCTGATGCTCGTTACCTT  439

seq1  CCCAATCTCAGTATGGATGTGCTTGAAGGTAATGCCCCCGGAAACAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATCTCAGTATGGATGTGCTTGAAGGTAATGCCCCCGGAAACAAGTG  489

seq1  GGTATCTTCCTGTAAACTGGCAGATACTAAGATTAAAGGTTCTCCCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTTCCTGTAAACTGGCAGATACTAAGATTAAAGGTTCTCCCTTAT  539

seq1  TCTCTCAGATCATTAAGGAGTATGAGCGCGCTGTTGTCTTCAGACTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAGATCATTAAGGAGTATGAGCGCGCTGTTGTCTTCAGACTGGGA  589

seq1  CGCATCCAAGCTGATAAAGCCAAGGGACCAGGTATGGCAGAGGCTGTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATCCAAGCTGATAAAGCCAAGGGACCAGGTATGGCAGAGGCTGTGGG  639

seq1  CATCTGTTGCTACCATTACCACCACCAGGGGCATCTAATGAGGGTCCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTGCTACCATTACCACCACCAGGGGCATCTAATGAGGGTCCAAG  689

seq1  AAAAAAATCTAGAAAGTAGGAGACCTTATGTTTTAGGCAGCGGACAGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATCTAGAAAGTAGGAGACCTTATGTTTTAGGCAGCGGACAGTTG  739

seq1  TTGCTCCGGACAGCATGTGAGTGGGAGAGACCACGAGTTTGAGCATTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCGGACAGCATGTGAGTGGGAGAGACCACGAGTTTGAGCATTCTG  789

seq1  AAATATGAACCTGCTTTATAACTCACACCCCCAAGTACTCTAATAAATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAACCTGCTTTATAACTCACACCCCCAAGTACTCTAATAAATGG  839

seq1  AACACATTGACTAGATGTCATTTATTCCCAGGGATCTGATGAGTCAGGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATTGACTAGATGTCATTTATTCCCAGGGATCTGATGAGTCAGGTC  889

seq1  CAGGGAACAAAGATGAGAGTCAATAGCCTCTGTGAACCATTAAACTAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAACAAAGATGAGAGTCAATAGCCTCTGTGAACCATTAAACTAGGA  939

seq1  CCCAAGATTACAAGTTAAAAATAAAACTGGAGCAGGACAGAGGCAGAGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGATTACAAGTTAAAAATAAAACTGGAGCAGGACAGAGGCAGAGTA  989

seq1  GCTACCACTTGGAGAGCTCCAGAAGAGAATGTGTCCCTCTTAAATGAATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCACTTGGAGAGCTCCAGAAGAGAATGTGTCCCTCTTAAATGAATT  1039

seq1  C  1051
      |
seq2  C  1040