BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066M06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 29,079,050 - 29,188,619
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6130401L20Rik
Upstream geneTnik, Slc2a2, EG624446, Eif5a2, Rpl22l1, Gm1527
Downstream geneLOC100040676, Evi1, Mds1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066M06.bB6Ng01-066M06.g
ACCDH885851DH885852
length1,157230
definitionDH885851|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066M06, 5' end.DH885852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066M06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,079,050 - 29,080,238)(29,188,390 - 29,188,619)
sequence
gaattcaggaccttggtatgtcaggcaagagttctgtcactgaactatct
tctcaggcctcttcttactttttgttttgatccagggtctctttacaatg
ctctggaataactgggattattggtttgagatatcaggtccatgctaatc
atatgcttatatctgagtccaataaatttcttcttgaaattgctaatgag
aatcacattaactgctgggtcaagatctttatattcatccttaagatttg
ggtgtctggaggaggaaagtcagataaaagtactgtgcgattcagtgttt
atttacaacttgacaggatctttagtcaccaagaggcacaccttcaaggg
attatttagtttccaggcattcttatgagagattatgttgattaggttaa
tggaggtaagcagacccatcctgaaagtgattggttccatttcctggtgt
gggatcctagactgtatgaaaagcgtcctgtggtgagcacatggcatgat
gtgcccagccccttcaggatgctgccgtcttgactttactgccataatag
actgtatcctttaactaggaactgagttgcttttgttggagagtttatca
cagcagttatgaaaaaaaaaaccattactcatggttctcactcatgctgt
taatatgctaacaatcctcaaggtacactcagagacaagttgtatttgtg
tcctgtgaggaaatacagccagtatctcatgaagctataatatacgcctt
agataggtaattattgtggtttgaatatgtttggcccatgggaagtggca
ctattagtaagtgtggtgttattggagaagtgtgtcactgtgggaggtag
cctttgggtctctgtgttcaagctctctacctactttggaggaaagccac
cttcctggctgcctgcagaagacagtctcctcctggttgcctttgcatca
agatgtagaactcttggctcctcagaccaagtctgcctgcagactaccat
gtccacctcctctcactgatgatatggactaaacttaaaactatagccag
ccaattgaatgtgcttttataggtgcttgtcataggtctctccaagcatt
ggaaccctagctgtacgatgatcactgaacatggagatgcaatgtggccg
agagggt
ataagactggagcacatggaaaaagcaactcaagtttcaatgtctttttc
tatacatatttaaaataattaaacagcgtaccagaaggaatttcttactt
gttcttgaggaagacacaagtccttcctgtacatttttccttcaacatcc
aagcatgttatctaattaacattagtttcttaacttttttcttttaaaaa
atcctttatttgccaggcagtggtggcata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_29079050_29080238
seq2: B6Ng01-066M06.b_44_1200

seq1  GAATTCAGGACCTTGGTATGTCAGGCAAGAGTTCTGTCACTGAACTATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACCTTGGTATGTCAGGCAAGAGTTCTGTCACTGAACTATCT  50

seq1  TCTCAGGCCTCTTCTTACTTTTTGTTTTGATCCAGGGTCTCTTTACAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGCCTCTTCTTACTTTTTGTTTTGATCCAGGGTCTCTTTACAATG  100

seq1  CTCTGGAATAACTGGGATTATTGGTTTGAGATATCAGGTCCATGCTAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAATAACTGGGATTATTGGTTTGAGATATCAGGTCCATGCTAATC  150

seq1  ATATGCTTATATCTGAGTCCAATAAATTTCTTCTTGAAATTGCTAATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTTATATCTGAGTCCAATAAATTTCTTCTTGAAATTGCTAATGAG  200

seq1  AATCACATTAACTGCTGGGTCAAGATCTTTATATTCATCCTTAAGATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATTAACTGCTGGGTCAAGATCTTTATATTCATCCTTAAGATTTG  250

seq1  GGTGTCTGGAGGAGGAAAGTCAGATAAAAGTACTGTGCGATTCAGTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTGGAGGAGGAAAGTCAGATAAAAGTACTGTGCGATTCAGTGTTT  300

seq1  ATTTACAACTTGACAGGATCTTTAGTCACCAAGAGGCACACCTTCAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAACTTGACAGGATCTTTAGTCACCAAGAGGCACACCTTCAAGGG  350

seq1  ATTATTTAGTTTCCAGGCATTCTTATGAGAGATTATGTTGATTAGGTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTAGTTTCCAGGCATTCTTATGAGAGATTATGTTGATTAGGTTAA  400

seq1  TGGAGGTAAGCAGACCCATCCTGAAAGTGATTGGTTCCATTTCCTGGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTAAGCAGACCCATCCTGAAAGTGATTGGTTCCATTTCCTGGTGT  450

seq1  GGGATCCTAGACTGTATGAAAAGCGTCCTGTGGTGAGCACATGGCATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCTAGACTGTATGAAAAGCGTCCTGTGGTGAGCACATGGCATGAT  500

seq1  GTGCCCAGCCCCTTCAGGATGCTGCCGTCTTGACTTTACTGCCATAATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAGCCCCTTCAGGATGCTGCCGTCTTGACTTTACTGCCATAATAG  550

seq1  ACTGTATCCTTTAACTAGGAACTGAGTTGCTTTTGTTGGAGAGTTTATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATCCTTTAACTAGGAACTGAGTTGCTTTTGTTGGAGAGTTTATCA  600

seq1  CAGCAGTTATGAAAAAAAAAACCATTACTCATGGTTCTCACTCATGCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTTATGAAAAAAAAAACCATTACTCATGGTTCTCACTCATGCTGT  650

seq1  TAATATGCTAACAATCCTCAAGGTACACTCAGAGACAAGTTGTATTTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGCTAACAATCCTCAAGGTACACTCAGAGACAAGTTGTATTTGTG  700

seq1  TCCTGTGAGGAAATACAGCCAGTATCTCATGAAGCTATAATATACGCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGAGGAAATACAGCCAGTATCTCATGAAGCTATAATATACGCCTT  750

seq1  AGATAGGTAATTATTGTGGTTTGAATATGTTTGGCCCATGGGAAGTGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGTAATTATTGTGGTTTGAATATGTTTGGCCCATGGGAAGTGGCA  800

seq1  CTATTAGTAAGTGTGGTGTTATTGGAGAAGTGTGTCACTGTGGGAGGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGTAAGTGTGGTGTTATTGGAGAAGTGTGTCACTGTGGGAGGTAG  850

seq1  CCTTTGGGTCTCTGTGTTCAAGCTCTCTACCTACTTTGGAGGAAAGCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGTCTCTGTGTTCAAGCTCTCTACCTACTTTGGAGGAAAGCCAC  900

seq1  C-TCCTGGCTGCCTGCAGAAGACAGTCTCCTCCTGGTTGCCTTTGCATCA  949
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGCTGCCTGCAGAAGACAGTCTCCTCCTGGTTGCCTTTGCATCA  950

seq1  AGATGTAGAACTCTTGGCTCCTCCAGAACCAAGTCTGCCTGCAGACTACC  999
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTAGAACTCTTGGCTCCT-CAG-ACCAAGTCTGCCTGCAGACTACC  998

seq1  ATGTTCCCACCTCCTCTCACCATGATGATAATGGACTAAACCTTTAAAAC  1049
      ||||  ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||  |||||||
seq2  ATGT--CCACCTCCTCTCAC--TGATGAT-ATGGACTAAAC--TTAAAAC  1041

seq1  TATAAGCCAGCCCCAATTGAATGTTTGCTTTTATAAGAGTTGCTTTGGTC  1099
      ||| ||||||  |||||||||||  |||||||||   || |||||  |||
seq2  TAT-AGCCAG--CCAATTGAATG--TGCTTTTAT---AGGTGCTT--GTC  1081

seq1  ATAGTGTCTCTTCAAAGCAATGGAAACCCTAAGACTGTAACAGAATGATC  1149
      |||| ||||| || ||||| ||| |||||||   ||||   |  ||||||
seq2  ATAG-GTCTC-TCCAAGCATTGG-AACCCTA--GCTGT---ACGATGATC  1123

seq1  ACTGAACATATGGAGTATGCAATAGTGGCCCAAGGAGGGT  1189
      |||||||  |||||| ||||||| |||||| |  ||||||
seq2  ACTGAAC--ATGGAG-ATGCAAT-GTGGCCGA--GAGGGT  1157

seq1: chr3_29188390_29188619
seq2: B6Ng01-066M06.g_76_305 (reverse)

seq1  TATGCCACCACTGCCTGGCAAATAAAGGATTTTTTAAAAGAAAAAAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCACCACTGCCTGGCAAATAAAGGATTTTTTAAAAGAAAAAAGTTA  50

seq1  AGAAACTAATGTTAATTAGATAACATGCTTGGATGTTGAAGGAAAAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTAATGTTAATTAGATAACATGCTTGGATGTTGAAGGAAAAATGT  100

seq1  ACAGGAAGGACTTGTGTCTTCCTCAAGAACAAGTAAGAAATTCCTTCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGGACTTGTGTCTTCCTCAAGAACAAGTAAGAAATTCCTTCTGG  150

seq1  TACGCTGTTTAATTATTTTAAATATGTATAGAAAAAGACATTGAAACTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGCTGTTTAATTATTTTAAATATGTATAGAAAAAGACATTGAAACTTG  200

seq1  AGTTGCTTTTTCCATGTGCTCCTGTCTTAT  230
      |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGTTGCTTTTTCCATGTGCTCCAGTCTTAT  230