BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072K02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 154,384,194 - 154,498,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC007180, Tnni3k
Upstream geneSt6galnac3, Asb17, Msh4, Rabggtb, Acadm, Slc44a5, LOC100040980, Lhx8, LOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz
Downstream geneFpgt, Lrrc44, EG383956, Scp2-ps1, EG668902
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072K02.bB6Ng01-072K02.g
ACCDH889994DH889995
length1,1711,110
definitionDH889994|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072K02, 5' end.DH889995|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072K02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,497,020 - 154,498,202)(154,384,194 - 154,385,331)
sequence
gaattcaaagacaagaaagaataaggaaattgggctttgtgggtgagaat
ggtaacaggagtgaccaactgtggtgaaatataagacaaagaaagggatg
ggtaaagctggtaagatacaggaaatggagagttagatgatgctgtggtg
cctgaggtcctatggaaagtgtctcaatgagaaggctttgtttttcctgg
taagacgacttgggagaaccaggaattcagggtgttagagctaaaattct
acaagtgaggcacacgaaggaagagacttcgcatagactgagtaatgtca
gagtaggatggggaacacggaagaacctcatagacctgtttatgagactc
ggataggacccaagagagagcgcccatgtcaatggagagggaaaactcac
tagggagaaggagacaaggggcctgtaggccagggtgctaagactttcaa
tatgtacagtaaaggaactgagcatgcagagcttgactgtaaaccagtcg
ttaagacaccaaagaacagactgtgtggaagaggtgatgacatggtgctc
taaagggagaaacccttataggcagcagcaaggaagacacagctgctcac
ccaccaactcagaggagcaggactgagctctccagcaacgacgctcccat
ttgtgcaggctccggagccagcagtgtcctcgggggaggaatagatagag
agggagaaattgttctgctacggttctaaattagctggctgctgagcccg
cacgttcaatgggcctctccccctcctggcagtgaaactttcataaaagg
agacgtggcagggtgcacagtccttagtatctgacacagggaaacatatt
atttctttaaaagagaccaacgttttctaagatctcaagaatttttcctg
tatttcctcatttatttttatatcccctgtgacttgaacaaggcttgaaa
tatacaacggacacaataaccacttaaccaaacttattatggcattgcag
tttgtataaccaatatcttcgatggcaagtttggaagctaaactctaagt
tctgaagtagggcagaagttgtggaggtccttagttgctgctgtcaataa
gagaatgtcatttccagatgagctgaatacattgagggcaaggatcttcg
gatggccacaccacactgtga
gaattcactcaggtgtttctcagtcacatccagcattccttcccatctct
tcgtagatgagggagggaagatgcccctgagctggggtggcttttgaagg
atatccctatagctctggctaggtggggtggggactatggttcaatgcta
cctcagctttcagtagccaaagtgccaaccttttcctgaagggaaaggta
tgaattccaatgagctctgcatgtagggacagaggcacacacccttatct
taaaccaagcagctcggacacgattgtttttacaagtatgttgtctgggt
gttaatttatgagaatcaatgaaagtatctatcatgtaaaattagaatgc
ttatgtttaggtgtctatgtttagacagtttgctgggttctgtatcacac
ttgattcaacagcatgtatacagaacagctatttagtggagaaagtaact
ttcccaaatgaaatcttatttgggtggcctagcaaacaacacatggggtg
gaccaagaatgcagaccccacagctagctgaggagggtgctactggacag
gtgttattttgtgtatacactgatcctgggtctctgttgagacactgaat
aatcttacataacagcttggaatggggacttaaataatggattctgtccc
tgctgtaatgtagtctccccttagcttgatcagtctgagagaactgttca
agactgaagagtggctttgttaggagctaccatgaggtgcagcagccaga
gggatttatccaggctatcaaagatctgtcttcagtggtgtgtgattctg
tgaaacgagaataggttttaggtttccgtagagaataaataaaagcatcc
gtttgtacttttggaatagctcactcgctgaaatgtggcatttgtaattt
tttttgcttcttgaaattagaatacataaagatgatggaagaatggggct
agagcatccttttagttccaaagtattcccaggtgctgtgtagtcaggtt
gtaagtctgagcacattgagctgctaatgcaccacggaagctgcctgttt
gccttctataagatgcagatctcagcactctgacttgctgtgtgatcttt
caacaaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_154497020_154498202
seq2: B6Ng01-072K02.b_41_1211 (reverse)

seq1  TCACAGTGTGGTGTGCGCATCCCAGAAAGAACCCCTGGCCCTCACTTTGT  50
      |||||||||||||||  |||||    ||||   ||| |||||||   |||
seq2  TCACAGTGTGGTGTGGCCATCC---GAAGA--TCCTTGCCCTCA--ATGT  43

seq1  AATCAGCTTCATTTCTGG-AATGACA-TCTCTTATTGACAGCCAAGGCCA  98
      | ||||| |||  ||||| ||||||| |||||||||||||||  ||  ||
seq2  ATTCAGC-TCA--TCTGGAAATGACATTCTCTTATTGACAGC--AG--CA  86

seq1  GACTAAGGACCT-CACAAC-TCTGCCCTACTTTCAG-ACTTAGAGTTTTA  145
       ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||
seq2  -ACTAAGGACCTCCACAACTTCTGCCCTAC-TTCAGAACTTAGAG-TTTA  133

seq1  GCTTCAAAACTTGCCATCGAAGATATTGGTTATTACAAACTGCAATGCCA  195
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAAACTTGCCATCGAAGATATTGGTTA-TACAAACTGCAATGCCA  182

seq1  T-ATAAGTTTGGTTAAGTGGTTATTGTGTCCGTTGTATATTTCAAGCCTT  244
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGTTTGGTTAAGTGGTTATTGTGTCCGTTGTATATTTCAAGCCTT  232

seq1  GTTCAAGTCACAGGGGATATAAAAATAAATGAGGAAATACAGGAAAAATT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGTCACAGGGGATATAAAAATAAATGAGGAAATACAGGAAAAATT  282

seq1  CTTGAGATCTTAGAAAACGTTGGTCTCTTTTAAAGAAATAATATGTTTCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGATCTTAGAAAACGTTGGTCTCTTTTAAAGAAATAATATGTTTCC  332

seq1  CTGTGTCAGATACTAAGGACTGTGCACCCTGCCACGTCTCCTTTTATGAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCAGATACTAAGGACTGTGCACCCTGCCACGTCTCCTTTTATGAA  382

seq1  AGTTTCACTGCCAGGAGGGGGAGAGGCCCATTGAACGTGCGGGCTCAGCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCACTGCCAGGAGGGGGAGAGGCCCATTGAACGTGCGGGCTCAGCA  432

seq1  GCCAGCTAATTTAGAACCGTAGCAGAACAATTTCTCCCTCTCTATCTATT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTAATTTAGAACCGTAGCAGAACAATTTCTCCCTCTCTATCTATT  482

seq1  CCTCCCCCGAGGACACTGCTGGCTCCGGAGCCTGCACAAATGGGAGCGTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCGAGGACACTGCTGGCTCCGGAGCCTGCACAAATGGGAGCGTC  532

seq1  GTTGCTGGAGAGCTCAGTCCTGCTCCTCTGAGTTGGTGGGTGAGCAGCTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGGAGAGCTCAGTCCTGCTCCTCTGAGTTGGTGGGTGAGCAGCTG  582

seq1  TGTCTTCCTTGCTGCTGCCTATAAGGGTTTCTCCCTTTAGAGCACCATGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCCTTGCTGCTGCCTATAAGGGTTTCTCCCTTTAGAGCACCATGT  632

seq1  CATCACCTCTTCCACACAGTCTGTTCTTTGGTGTCTTAACGACTGGTTTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCTCTTCCACACAGTCTGTTCTTTGGTGTCTTAACGACTGGTTTA  682

seq1  CAGTCAAGCTCTGCATGCTCAGTTCCTTTACTGTACATATTGAAAGTCTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAGCTCTGCATGCTCAGTTCCTTTACTGTACATATTGAAAGTCTT  732

seq1  AGCACCCTGGCCTACAGGCCCCTTGTCTCCTTCTCCCTAGTGAGTTTTCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCTGGCCTACAGGCCCCTTGTCTCCTTCTCCCTAGTGAGTTTTCC  782

seq1  CTCTCCATTGACATGGGCGCTCTCTCTTGGGTCCTATCCGAGTCTCATAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATTGACATGGGCGCTCTCTCTTGGGTCCTATCCGAGTCTCATAA  832

seq1  ACAGGTCTATGAGGTTCTTCCGTGTTCCCCATCCTACTCTGACATTACTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCTATGAGGTTCTTCCGTGTTCCCCATCCTACTCTGACATTACTC  882

seq1  AGTCTATGCGAAGTCTCTTCCTTCGTGTGCCTCACTTGTAGAATTTTAGC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTATGCGAAGTCTCTTCCTTCGTGTGCCTCACTTGTAGAATTTTAGC  932

seq1  TCTAACACCCTGAATTCCTGGTTCTCCCAAGTCGTCTTACCAGGAAAAAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACACCCTGAATTCCTGGTTCTCCCAAGTCGTCTTACCAGGAAAAAC  982

seq1  AAAGCCTTCTCATTGAGACACTTTCCATAGGACCTCAGGCACCACAGCAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTTCTCATTGAGACACTTTCCATAGGACCTCAGGCACCACAGCAT  1032

seq1  CATCTAACTCTCCATTTCCTGTATCTTACCAGCTTTACCCATCCCTTTCT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAACTCTCCATTTCCTGTATCTTACCAGCTTTACCCATCCCTTTCT  1082

seq1  TTGTCTTATATTTCACCACAGTTGGTCACTCCTGTTACCATTCTCACCCA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTATATTTCACCACAGTTGGTCACTCCTGTTACCATTCTCACCCA  1132

seq1  CAAAGCCCAATTTCCTTATTCTTTCTTGTCTTTGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCCAATTTCCTTATTCTTTCTTGTCTTTGAATTC  1171

seq1: chr3_154384194_154385331
seq2: B6Ng01-072K02.g_68_1177

seq1  GAATTCACTCAGGTGTTTCTCAGTCACATCCAGCATTCCTTCCCATCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAGGTGTTTCTCAGTCACATCCAGCATTCCTTCCCATCTCT  50

seq1  TCGTAGATGAGGGAGGGAAGATGCCCCTGAGCTGGGGTGGCTTTTGAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAGATGAGGGAGGGAAGATGCCCCTGAGCTGGGGTGGCTTTTGAAGG  100

seq1  ATATCCCTATAGCTCTGGCTAGGTGGGGTGGGGACTATGGTTCAATGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCTATAGCTCTGGCTAGGTGGGGTGGGGACTATGGTTCAATGCTA  150

seq1  CCTCAGCTTTCAGTAGCCAAAGTGCCAACCTTTTCCTGAAGGGAAAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTTTCAGTAGCCAAAGTGCCAACCTTTTCCTGAAGGGAAAGGTA  200

seq1  TGAATTCCAATGAGCTCTGCATGTAGGGACAGAGGCACACACCCTTATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCCAATGAGCTCTGCATGTAGGGACAGAGGCACACACCCTTATCT  250

seq1  TAAACCAAGCAGCTCGGACACGATTGTTTTTACAAGTATGTTGTCTGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCAAGCAGCTCGGACACGATTGTTTTTACAAGTATGTTGTCTGGGT  300

seq1  GTTAATTTATGAGAATCAATGAAAGTATCTATCATGTAAAATTAGAATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTATGAGAATCAATGAAAGTATCTATCATGTAAAATTAGAATGC  350

seq1  TTATGTTTAGGTGTCTATGTTTAGACAGTTTGCTGGGTTCTGTATCACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTAGGTGTCTATGTTTAGACAGTTTGCTGGGTTCTGTATCACAC  400

seq1  TTGATTCAACAGCATGTATACAGAACAGCTATTTAGTGGAGAAAGTAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCAACAGCATGTATACAGAACAGCTATTTAGTGGAGAAAGTAACT  450

seq1  TTCCCAAATGAAATCTTATTTGGGTGGCCTAGCAAACAACACATGGGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAATGAAATCTTATTTGGGTGGCCTAGCAAACAACACATGGGGTG  500

seq1  GACCAAGAATGCAGACCCCACAGCTAGCTGAGGAGGGTGCTACTGGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGAATGCAGACCCCACAGCTAGCTGAGGAGGGTGCTACTGGACAG  550

seq1  GTGTTATTTTGTGTATACACTGATCCTGGGTCTCTGTTGAGACACTGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATTTTGTGTATACACTGATCCTGGGTCTCTGTTGAGACACTGAAT  600

seq1  AATCTTACATAACAGCTTGGAATGGGGACTTAAATAATGGATTCTGTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTACATAACAGCTTGGAATGGGGACTTAAATAATGGATTCTGTCCC  650

seq1  TGCTGTAATGTAGTCTCCCCTTAGCTTGATCAGTCTGAGAGAACTGTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAATGTAGTCTCCCCTTAGCTTGATCAGTCTGAGAGAACTGTTCA  700

seq1  AGACTGAAGAGTGGCTTTGTTAGGAGCTACCATGAGGTGCAGCAGCCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAAGAGTGGCTTTGTTAGGAGCTACCATGAGGTGCAGCAGCCAGA  750

seq1  GGGATTTATCCAGGCTATCAAAGATCTGTCTTCAGTGGTGTGTGATTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTATCCAGGCTATCAAAGATCTGTCTTCAGTGGTGTGTGATTCTG  800

seq1  TGAAACGAGAATAGGTTTTAGGTTTCCGTAGAGAATAAATAAAAGCATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACGAGAATAGGTTTTAGGTTTCCGTAGAGAATAAATAAAAGCATCC  850

seq1  GTTTGTACTTTTGGAATAGCTCACTCGCTGAAATGTGGCATTTGTTAATT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTTGTACTTTTGGAATAGCTCACTCGCTGAAATGTGGCATTTG-TAATT  899

seq1  TTTTTTGCTTCTTGAAAATTAAGAATAACAATAAAGATGATGGAAGAATG  950
      |||||||||||||||||  | ||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGCTTCTTGAAA--TTAGAATA--CATAAAGATGATGGAAGAATG  945

seq1  GGGCTAAGAGCATCCTTTTAGTCCCAAAGTAATTCCCA-GTGCTTGTTGT  999
      ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||   |||
seq2  GGGCT-AGAGCATCCTTTTAGTTCCAAAGT-ATTCCCAGGTGCT--GTGT  991

seq1  AGTCAGGTTTGTAAAGTCTGAGGCACAGTGAGCTGCTTTAATGCACCCAC  1049
      ||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||  ||||||| ||||
seq2  AGTCAGG-TTGT-AAGTCTGA-GCACATTGAGCTGC--TAATGCA-CCAC  1035

seq1  GGAGAGCCTGGCCTGTTTTCACTTCTCATAAAGACTGCAGTATCTTCCAG  1099
      ||| |||   |||||||| | ||||| || |||| ||||| ||||  || 
seq2  GGA-AGC--TGCCTGTTTGC-CTTCT-AT-AAGA-TGCAG-ATCT--CA-  1074

seq1  GCACTCTGACTTGCTGTGTGTATCCTTTCAAACAAAGAA  1138
      |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
seq2  GCACTCTGACTTGCTGTGTG-AT-CTTTC-AACAAAGAA  1110