BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080I10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 26,450,645 - 26,578,189
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpata16
Upstream geneNlgn1, LOC621017, LOC229152
Downstream geneLOC665258, Ect2, Aadacl1, LOC100040527, Tnfsf10, Ghsr, Fndc3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080I10.bB6Ng01-080I10.g
ACCDH895641DH895642
length1,191488
definitionDH895641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080I10, 5' end.DH895642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080I10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,576,986 - 26,578,189)(26,450,645 - 26,451,138)
sequence
gaattcatttgaggttattttaaatgcaggcttccaaagagtaaactttt
caggccatttaaaaaatacttatttttactttttactttttattttggca
tattctgagattacatatagagattgcaaagaattcagaagatgtcggag
attccaggagtggtcactggggcatttctggatacatatgccacgagtag
tgatcacatcaaaatgactggcatgtgacctggattgcctcttggtttta
ttttgatgcatggcttcattaatgtagcccagtcttgtctcagacttttg
atcctcatgtggctaaagtactgagatgacaggtttagacccccatactt
atctctgagtgtttaaaaaatagttttaggatgtttatatatctaccaat
ttttttaaaaaaagtttgatatgagttatacctattgtaagtgattaaaa
ggagaagaaattatggtcatctaggatagtgggttttcaacctgtagttg
ttcaatcaatactttactcatggagctaaaacaatcagtgtataaggcct
gtccattgtgtggatcctccacatttccgtcagactctctgatagcagcc
acatacatttagtagatctccagggcattataattatattaagaactatg
aggttggtggtcatatccaatggactgtgattcttctctcatttgtaaag
tgacaaaaatccaggacagactaatttatttaaaatctccccggcaccgc
ttgtattctccgcaccactggagtaacaggaaagcttgattctcttgggg
taatcaactacccagaaaggcctctcttgcctgtcttccgtacaatggct
actaaataccaggaaaggaagttttgctccattctctgtattgtccatag
gtgtctctatatggacaatggaggggagcctgagatgagtcagacagcca
gagaggaaggggtgggaaacctggcttatctgtgaataagtttcattgtg
tcagtcagagaactgtcagacttccatccttgatcataactcctcagact
ctcagataattctgcttaagcaaagatcagttctttttctgcatacctta
aatgctaaattgttgtggttccattgaggtgaaatcatggaagtactaaa
taaagttaattgtccaagtctttttgcactccacttctaag
aatagattgtatttatatatctgtgcatatgtgtgtgtacatttatgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaaatgaaagaaaaggaga
cccccagtttgaaagtgtgagtgaggtaagagggcataaatacataggtg
tggctagaataaggaaagggaagagagacatgatgtaattctattctaat
taaggtatttttaagataaaatttggattaatggaagaaacatcttttta
actttggatcagctaacaaacttcgattcttggtgcttttcattcatgaa
atgtctgtaaaatgctttggtgagaaattgtatgtagcttcacttccagc
tcatcttcacttccaagcaagtttgaatgtcacttcctgtgcatctcact
tctaagcaagtttgaatgtcacttcctgtgcatctcacttcctagcaagc
ttgtgatgtcacttcctgtgcatctcacttcctagcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_26576986_26578189
seq2: B6Ng01-080I10.b_49_1239 (reverse)

seq1  CTTAGA--TGGATGTGCAAAAAGACTTTGTACATATAACCTCTAATTTAG  48
      ||||||  |||| |||||||||||| ||| |||  ||||   | ||||||
seq2  CTTAGAAGTGGA-GTGCAAAAAGAC-TTGGACAATTAAC--TTTATTTAG  46

seq1  TTACTTCTCATGATTTTCACCTCAATGGGACCACAACAATTAAAGCATTT  98
       |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||
seq2  -TACTTC-CATGA-TTTCACCTCAATGGAACCACAACAATT-TAGCATTT  92

seq1  AAGGTATGCAG-AAAAGAACTGATCTTTGCTTAAAGCAGAAATGTATCTG  147
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||
seq2  AAGGTATGCAGAAAAAGAACTGATCTTTGCTT-AAGCAGAA--TTATCTG  139

seq1  AGAGTCTGA-GAGTTATGATCAAGGATGGGAAGTCTGACAGTTCTCTGAC  196
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTGAGGAGTTATGATCAAGGAT-GGAAGTCTGACAGTTCTCTGAC  188

seq1  TTGACACAATGAAAACTTTATTCACAGATAAGCCAGGTTTTCCCACCCCC  246
       |||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  -TGACACAATGAAA--CTTATTCACAGATAAGCCAGG-TTTCCCA-CCCC  233

seq1  TTCCTCTCTGGCTGTCCTGACTCATCTCAGGCTCCCCTCCATTGTCCATA  296
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCTGGCTGT-CTGACTCATCTCAGGCTCCCCTCCATTGTCCATA  282

seq1  TAGAGACACCTATGGACAATACAGAGAATGGAGCAAAACTTCC-TTCCTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAGAGACACCTATGGACAATACAGAGAATGGAGCAAAACTTCCTTTCCTG  332

seq1  GTATTTAGTAGCCATTGTACGGAAGACAAGGCAAGAGAGGCC-TTCTGGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  GTATTTAGTAGCCATTGTACGGAAGAC-AGGCAAGAGAGGCCTTTCTGGG  381

seq1  TAGTTGATTACCCCAAGAGAATCAAGCTTTCCTGTTACTCCAGTGGTGCG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGATTACCCCAAGAGAATCAAGCTTTCCTGTTACTCCAGTGGTGCG  431

seq1  GAGAATACAAGCGGTGCCGGGGAGATTTTAAATAAATTAGTCTGTCCTGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATACAAGCGGTGCCGGGGAGATTTTAAATAAATTAGTCTGTCCTGG  481

seq1  ATTTTTGTCACTTTACAAATGAGAGAAGAATCACAGTCCATTGGATATGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTCACTTTACAAATGAGAGAAGAATCACAGTCCATTGGATATGA  531

seq1  CCACCAACCTCATAGTTCTTAATATAATTATAATGCCCTGGAGATCTACT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAACCTCATAGTTCTTAATATAATTATAATGCCCTGGAGATCTACT  581

seq1  AAATGTATGTGGCTGCTATCAGAGAGTCTGACGGAAATGTGGAGGATCCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATGTGGCTGCTATCAGAGAGTCTGACGGAAATGTGGAGGATCCA  631

seq1  CACAATGGACAGGCCTTATACACTGATTGTTTTAGCTCCATGAGTAAAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGGACAGGCCTTATACACTGATTGTTTTAGCTCCATGAGTAAAGT  681

seq1  ATTGATTGAACAACTACAGGTTGAAAACCCACTATCCTAGATGACCATAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTGAACAACTACAGGTTGAAAACCCACTATCCTAGATGACCATAA  731

seq1  TTTCTTCTCCTTTTAATCACTTACAATAGGTATAACTCATATCAAACTTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTCCTTTTAATCACTTACAATAGGTATAACTCATATCAAACTTT  781

seq1  TTTTAAAAAAATTGGTAGATATATAAACATCCTAAAACTATTTTTTAAAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAAATTGGTAGATATATAAACATCCTAAAACTATTTTTTAAAC  831

seq1  ACTCAGAGATAAGTATGGGGGTCTAAACCTGTCATCTCAGTACTTTAGCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGATAAGTATGGGGGTCTAAACCTGTCATCTCAGTACTTTAGCC  881

seq1  ACATGAGGATCAAAAGTCTGAGACAAGACTGGGCTACATTAATGAAGCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGGATCAAAAGTCTGAGACAAGACTGGGCTACATTAATGAAGCCA  931

seq1  TGCATCAAAATAAAACCAAGAGGCAATCCAGGTCACATGCCAGTCATTTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCAAAATAAAACCAAGAGGCAATCCAGGTCACATGCCAGTCATTTT  981

seq1  GATGTGATCACTACTCGTGGCATATGTATCCAGAAATGCCCCAGTGACCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGATCACTACTCGTGGCATATGTATCCAGAAATGCCCCAGTGACCA  1031

seq1  CTCCTGGAATCTCCGACATCTTCTGAATTCTTTGCAATCTCTATATGTAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGAATCTCCGACATCTTCTGAATTCTTTGCAATCTCTATATGTAA  1081

seq1  TCTCAGAATATGCCAAAATAAAAAGTAAAAAGTAAAAATAAGTATTTTTT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAATATGCCAAAATAAAAAGTAAAAAGTAAAAATAAGTATTTTTT  1131

seq1  AAATGGCCTGAAAAGTTTACTCTTTGGAAGCCTGCATTTAAAATAACCTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCCTGAAAAGTTTACTCTTTGGAAGCCTGCATTTAAAATAACCTC  1181

seq1  AAATGAATTC  1204
      ||||||||||
seq2  AAATGAATTC  1191

seq1: chr3_26450645_26451138
seq2: B6Ng01-080I10.g_71_564

seq1  GAATTCAATAGATTGTATTTATATATCTGTGCATATGTGTGTGTACATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAGATTGTATTTATATATCTGTGCATATGTGTGTGTACATTT  50

seq1  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAATGAAAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAATGAAAGAAA  100

seq1  AGGAGACCCCCAGTTTGAAAGTGTGAGTGAGGTAAGAGGGCATAAATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACCCCCAGTTTGAAAGTGTGAGTGAGGTAAGAGGGCATAAATACA  150

seq1  TAGGTGTGGCTAGAATAAGGAAAGGGAAGAGAGACATGATGTAATTCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGTGGCTAGAATAAGGAAAGGGAAGAGAGACATGATGTAATTCTAT  200

seq1  TCTAATTAAGGTATTTTTAAGATAAAATTTGGATTAATGGAAGAAACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTAAGGTATTTTTAAGATAAAATTTGGATTAATGGAAGAAACATC  250

seq1  TTTTTAACTTTGGATCAGCTAACAAACTTCGATTCTTGGTGCTTTTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAACTTTGGATCAGCTAACAAACTTCGATTCTTGGTGCTTTTCATT  300

seq1  CATGAAATGTCTGTAAAATGCTTTGGTGAGAAATTGTATGTAGCTTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATGTCTGTAAAATGCTTTGGTGAGAAATTGTATGTAGCTTCACT  350

seq1  TCCAGCTCATCTTCACTTCCAAGCAAGTTTGAATGTCACTTCCTGTGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTCATCTTCACTTCCAAGCAAGTTTGAATGTCACTTCCTGTGCAT  400

seq1  CTCACTTCTAAGCAAGTTTGAATGTCACTTCCTGTGCATCTCACTTCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCTAAGCAAGTTTGAATGTCACTTCCTGTGCATCTCACTTCCTA  450

seq1  GCAAGCTTGTGATGTCACTTCCTGTGCATCTCACTTCCTAGCAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTTGTGATGTCACTTCCTGTGCATCTCACTTCCTAGCAA  494