BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087D15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 14,587,038 - 14,802,338
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE2f5, 1810022K09Rik, LOC100039929, Car13, EG545507, Car1, LOC100041785
Upstream gene0710005M24Rik, LOC100041667, LOC100039882, EG622229, LOC668062, Slc7a12, LOC668068, Lrrcc1
Downstream geneCar3, Car2, EG634323, LOC100039985, LOC751864, Sirpb1, LOC668101, LOC100038947, LOC622425
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087D15.bB6Ng01-087D15.g
ACCDH900413DH900414
length1,2021,119
definitionDH900413|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087D15, 5' end.DH900414|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,587,038 - 14,588,251)(14,801,219 - 14,802,338)
sequence
gaattctactatgttctcttatttttgatggccttttgttatgatcttaa
ttatttttcttttctccaacatctgctaatgtttaagtggagtgatttct
ctggtattggcaaagtctgggaagtacttcaaatgtatctagctattgtt
ctgaagacacggagtgggtcagatttgggattagactcacgttgtgagtc
aacattctctttgactgtaatgtacagacatattgactactatgctttct
ttgttctctttgtcttaaacaggctgcagataccttggctgtgaggcaaa
agcgaagaatttatgatatcaccaatgtcttagagggaattgatctaatt
gaaaaaaaatcaaagaacagtatccagtggaagtaagtcacaaactttgc
tcaaacactatacatgatagaaatcaaactttaaagtttccttcctcctg
aatgctcagttttagccctgtcatcacacaggcctgtctgtcttgtaggg
gacagacctttggccctgcccactgtgcgctggatgtttccttgccctct
ccactgtttgatggattagccataatgaggttgcttgcttatgacaaata
ctttctgtttttacaagtacttcctttggccttcgctttttcctttgata
gaattctgcccaaataccagaagttagaattaactttaccagcgccttat
tgtacactaggagagttttaaatttaactattagagctgatatgatttat
ttattattatgggcattggtattttgcctgcatgtatgttgtgtgagggc
accagattttctgacagacagttgtaagttgtaagttgtctgggaataga
actgtgtcctctgaaaaagtagccagtagtgctcttaactgctgagccat
ttctctagacccctgtcagtaaatttctagccagtgtgtttagagctttg
gtgtttaaattttgtaaggtttataatgtttgattttcagaagattgtaa
actcattttgattaacttataggtcagttttattactattaaagtaatga
ttattaaatagagtcttatttctgtggagtatttttttctccatgccttt
aaagggtgtaagtcctggctgtataacttaagagtatcgatagattaagg
gtctaagctgaattgaaaatctcgattgagaagaacctgaccagcgaagt
tg
gaattctttggattgcgctccatagaagttcattgctgacctgcgctcct
gagctatgaaacatgaatatgtgggctaaggagtagtttctttcaataaa
cagtaattatacggacagtaaaaataaatagggaagttggagaagagagc
atagcaagcaaggtgaaagcatatatgagcaaggatcaaggagggcaaaa
cttcattttctcagatctgccaaccaaccgtaattctgacctctgctttc
cctaaagcaatcacattcacaaagtaaacatacactataatggccatgca
attatcatgtacaatataatggaatgggaagagcgcaaagactagaactt
gaggccatgggagaagcaatattcttaggtctcaggaaatgtcattaagg
aacggcatcaaacctaacctaaaagcaaaccttttctaacctttctgtag
acacctaatgacctaaagagccttcctctgaagcttactccagggggatg
gcacttgtccacaaagaaggtctgatttggtttccaagcaagatggcctg
tggataggtgcatgatactgacagatctggagcctcgtgtttcaaacact
tagctttgggaccatactaacaatagagacctgtgtgccattgaggcttg
cttctggaaatctcagatagttctgacaaaagggataaaatgttttaaag
caatggttttgagtgtcgtccttaggccagcatcaccaactttactggaa
cactagatacaagtccatatttccagttttcacccccagacctattcacc
aagtccctaaaggttggggaagaggagcagtaacttttcccagcatgcca
ggtggttctaattcacactgatgtcccagagtgtgtggtaaagagtgtca
tacctcagagattacactgagcttccatcattctccagtcacctagcttg
aatgttttagttccttatgccattcggatcagtgagactaatccttttgt
tttctccaaacctcagatgtttaaccaagcaaatactttttttttttttt
ctcacaagaagtatcatcatcatgaagaaagaataaataaaatttctcct
catgtattcatctggttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_14587038_14588251
seq2: B6Ng01-087D15.b_46_1247

seq1  GAATTCTACTATGTTCTCTTATTTTTGATGGCCTTTTGTTATGATCTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTATGTTCTCTTATTTTTGATGGCCTTTTGTTATGATCTTAA  50

seq1  TTATTTTTCTTTTCTCCAACATCTGCTAATGTTTAAGTGGAGTGATTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTCTTTTCTCCAACATCTGCTAATGTTTAAGTGGAGTGATTTCT  100

seq1  CTGGTATTGGCAAAGTCTGGGAAGTACTTCAAATGTATCTAGCTATTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATTGGCAAAGTCTGGGAAGTACTTCAAATGTATCTAGCTATTGTT  150

seq1  CTGAAGACACGGAGTGGGTCAGATTTGGGATTAGACTCACGTTGTGAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACACGGAGTGGGTCAGATTTGGGATTAGACTCACGTTGTGAGTC  200

seq1  AACATTCTCTTTGACTGTAATGTACAGACATATTGACTACTATGCTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTCTTTGACTGTAATGTACAGACATATTGACTACTATGCTTTCT  250

seq1  TTGTTCTCTTTGTCTTAAACAGGCTGCAGATACCTTGGCTGTGAGGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCTTTGTCTTAAACAGGCTGCAGATACCTTGGCTGTGAGGCAAA  300

seq1  AGCGAAGAATTTATGATATCACCAATGTCTTAGAGGGAATTGATCTAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAAGAATTTATGATATCACCAATGTCTTAGAGGGAATTGATCTAATT  350

seq1  GAAAAAAAATCAAAGAACAGTATCCAGTGGAAGTAAGTCACAAACTTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAATCAAAGAACAGTATCCAGTGGAAGTAAGTCACAAACTTTGC  400

seq1  TCAAACACTATACATGATAGAAATCAAACTTTAAAGTTTCCTTCCTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACTATACATGATAGAAATCAAACTTTAAAGTTTCCTTCCTCCTG  450

seq1  AATGCTCAGTTTTAGCCCTGTCATCACACAGGCCTGTCTGTCTTGTAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTCAGTTTTAGCCCTGTCATCACACAGGCCTGTCTGTCTTGTAGGG  500

seq1  GACAGACCTTTGGCCCTGCCCACTGTGCGCTGGATGTTTCCTTGCCCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACCTTTGGCCCTGCCCACTGTGCGCTGGATGTTTCCTTGCCCTCT  550

seq1  CCACTGTTTGATGGATTAGCCATAATGAGGTTGCTTGCTTATGACAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTTTGATGGATTAGCCATAATGAGGTTGCTTGCTTATGACAAATA  600

seq1  CTTTCTGTTTTTACAAGTACTTCCTTTGGCCTTCGCTTTTTCCTTTGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTTTTTACAAGTACTTCCTTTGGCCTTCGCTTTTTCCTTTGATA  650

seq1  GAATTCTGCCCAAATACCAGAAGTTAGAATTAACTTTACCAGCGCCTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCCAAATACCAGAAGTTAGAATTAACTTTACCAGCGCCTTAT  700

seq1  TGTACACTAGGAGAGTTTTAAATTTAACTATTAGAGCTGATATGATTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACTAGGAGAGTTTTAAATTTAACTATTAGAGCTGATATGATTTAT  750

seq1  TTATTATTATGGGCATTGGTATTTTGCCTGCATGTATGTTGTGTGAGGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTATGGGCATTGGTATTTTGCCTGCATGTATGTTGTGTGAGGGC  800

seq1  ACCAGATTTTCTGACAGACAGTTGTAAGTTGTAAGTTGTCTGGGAATAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATTTTCTGACAGACAGTTGTAAGTTGTAAGTTGTCTGGGAATAGA  850

seq1  ACTGTGTCCTCTGAAAAAGTAGCCAGTAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTCCTCTGAAAAAGTAGCCAGTAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCAT  900

seq1  TTCTCTAGACCCCTGTCAGTAAAATTTCTAGCCAGTGTGTTTAGAGCTTT  950
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAGACCCCTGTCAGT-AAATTTCTAGCCAGTGTGTTTAGAGCTTT  949

seq1  GGTGTTTAAATTTTGTAAGGTTTATAATGTTTGATTTTCAGAAGATTGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTAAATTTTGTAAGGTTTATAATGTTTGATTTTCAGAAGATTGTA  999

seq1  AACTCATTTTGATTAACCTATAGGTCAGTTTTATTACTATAAAAGTAAAA  1050
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||
seq2  AACTCATTTTGATTAACTTATAGGTCAGTTTTATTACTATTAAAGT--AA  1047

seq1  TGA-TATTAAATAGGAGTCTTA-TTCTGT-GAGTA-TTTTTTCT-CATGC  1095
      ||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||
seq2  TGATTATTAAATA-GAGTCTTATTTCTGTGGAGTATTTTTTTCTCCATGC  1096

seq1  TTTTAAGGGGTGTAGGTGCTGGCTGTAATACTAAAGAAGTTATCGATAGA  1145
       ||||| ||||||| || |||||||||  ||| ||||   ||||||||||
seq2  CTTTAAAGGGTGTAAGTCCTGGCTGTATAACTTAAGA--GTATCGATAGA  1144

seq1  TTAAGGTGTCTTAAAGCTGAAATTGAAGATCTCGAATTGAAGGAAAGAGA  1195
      |||||| ||||  |||||| ||||||| |||||| |||||  ||   |||
seq2  TTAAGG-GTCT--AAGCTG-AATTGAAAATCTCG-ATTGA--GA---AGA  1184

seq1  ACTTGACCAGCAGAAGTTG  1214
      || |||||||| |||||||
seq2  ACCTGACCAGC-GAAGTTG  1202

seq1: chr3_14801219_14802338
seq2: B6Ng01-087D15.g_69_1187 (reverse)

seq1  CTAACCAGATGAATACATGGAGGAGAAATTTTATTTTATTCTTTCTACAT  50
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CTAACCAGATGAATACAT-GAGGAGAAATTTTA-TTTATTCTTTCTTCAT  48

seq1  GATGATGATAC-TCTTGTGAGATAAAAAAAAAAAAAGTATTTGCTTGGTT  99
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGATACTTCTTGTGAGA-AAAAAAAAAAAAAGTATTTGCTTGGTT  97

seq1  AAACATCTGAGGTTTGGAGAAAAC-AAAGGATTAGTCTCACTGATCCGAA  148
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCTGAGGTTTGGAGAAAACAAAAGGATTAGTCTCACTGATCCGAA  147

seq1  TGGCATAAGGAACTAAAACATTCAAGCTAGGTGACTGGAGAATGATGGAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAAGGAACTAAAACATTCAAGCTAGGTGACTGGAGAATGATGGAA  197

seq1  GCTCAGTGTAATCTCTGAGGTATGACACTCTTTACCACACACTCTGGGAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGTGTAATCTCTGAGGTATGACACTCTTTACCACACACTCTGGGAC  247

seq1  ATCAGTGTGAATTAGAACCACCTGGCATGCTGGGAAAAGTTACTGCTCCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGTGAATTAGAACCACCTGGCATGCTGGGAAAAGTTACTGCTCCT  297

seq1  CTTCCCCAACCTTTAGGGACTTGGTGAATAGGTCTGGGGGTGAAAACTGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCAACCTTTAGGGACTTGGTGAATAGGTCTGGGGGTGAAAACTGG  347

seq1  AAATATGGACTTGTATCTAGTGTTCCAGTAAAGTTGGTGATGCTGGCCTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGGACTTGTATCTAGTGTTCCAGTAAAGTTGGTGATGCTGGCCTA  397

seq1  AGGACGACACTCAAAACCATTGCTTTAAAACATTTTATCCCTTTTGTCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACGACACTCAAAACCATTGCTTTAAAACATTTTATCCCTTTTGTCAG  447

seq1  AACTATCTGAGATTTCCAGAAGCAAGCCTCAATGGCACACAGGTCTCTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCTGAGATTTCCAGAAGCAAGCCTCAATGGCACACAGGTCTCTAT  497

seq1  TGTTAGTATGGTCCCAAAGCTAAGTGTTTGAAACACGAGGCTCCAGATCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTATGGTCCCAAAGCTAAGTGTTTGAAACACGAGGCTCCAGATCT  547

seq1  GTCAGTATCATGCACCTATCCACAGGCCATCTTGCTTGGAAACCAAATCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTATCATGCACCTATCCACAGGCCATCTTGCTTGGAAACCAAATCA  597

seq1  GACCTTCTTTGTGGACAAGTGCCATCCCCCTGGAGTAAGCTTCAGAGGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTCTTTGTGGACAAGTGCCATCCCCCTGGAGTAAGCTTCAGAGGAA  647

seq1  GGCTCTTTAGGTCATTAGGTGTCTACAGAAAGGTTAGAAAAGGTTTGCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTTAGGTCATTAGGTGTCTACAGAAAGGTTAGAAAAGGTTTGCTT  697

seq1  TTAGGTTAGGTTTGATGCCGTTCCTTAATGACATTTCCTGAGACCTAAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTAGGTTTGATGCCGTTCCTTAATGACATTTCCTGAGACCTAAGA  747

seq1  ATATTGCTTCTCCCATGGCCTCAAGTTCTAGTCTTTGCGCTCTTCCCATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCTTCTCCCATGGCCTCAAGTTCTAGTCTTTGCGCTCTTCCCATT  797

seq1  CCATTATATTGTACATGATAATTGCATGGCCATTATAGTGTATGTTTACT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTATATTGTACATGATAATTGCATGGCCATTATAGTGTATGTTTACT  847

seq1  TTGTGAATGTGATTGCTTTAGGGAAAGCAGAGGTCAGAATTACGGTTGGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAATGTGATTGCTTTAGGGAAAGCAGAGGTCAGAATTACGGTTGGT  897

seq1  TGGCAGATCTGAGAAAATGAAGTTTTGCCCTCCTTGATCCTTGCTCATAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGATCTGAGAAAATGAAGTTTTGCCCTCCTTGATCCTTGCTCATAT  947

seq1  ATGCTTTCACCTTGCTTGCTATGCTCTCTTCTCCAACTTCCCTATTTATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTCACCTTGCTTGCTATGCTCTCTTCTCCAACTTCCCTATTTATT  997

seq1  TTTACTGTCCGTATAATTACTGTTTATTGAAAGAAACTACTCCTTAGCCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTGTCCGTATAATTACTGTTTATTGAAAGAAACTACTCCTTAGCCC  1047

seq1  ACATATTCATGTTTCATAGCTCAGGAGCGCAGGTCAGCAATGAACTTCTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTCATGTTTCATAGCTCAGGAGCGCAGGTCAGCAATGAACTTCTA  1097

seq1  TGGAGCGCAATCCAAAGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCGCAATCCAAAGAATTC  1119