BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089K10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 39,843,925 - 39,951,730
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFat4, LOC100041432, LOC100040853, LOC100041443, LOC100041458
Downstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089K10.bB6Ng01-089K10.g
ACCDH902176DH902177
length1,0881,133
definitionDH902176|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089K10, 5' end.DH902177|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089K10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,843,925 - 39,845,016)(39,950,587 - 39,951,730)
sequence
gaattcttttaatctttgaagtggttaactttactctccttacaatgtag
tagaagagttcagtcatgattttgtgtgtaaatcttttggagcatgacaa
ttattacttttacccaataataaatttaaaagtctaatagcaagtactgt
gtagaaaatcaagataagatttaagaaataataagtaccctaaatatagg
catcatggaaggtttctgaaatgatcttcatgcctttagattcccactat
acaatgagggaaagataggcattgaggaatagaccacaatggcatccatg
taagattctgtcagatcccagctcctgcaatcagcttggcaaacaatgaa
tttgactgtgaatgaatttgactgtggttcatctcacattgcaccaagag
tccttaacccactgtcaatcctaaccaaagccaccttccagataagcaac
catttagttaaactctccatattacccatagccccagatgattagcactt
ttcttcaatttttctgctattctgagcaatactatcaccctcattaagat
catatgagtatgtgagttcacagtagaatcaagtcaaagggcactgtaca
atggctgccttctaactttgcctgaacacatattctacattcaatgttcc
ttaaaacttgcataggcacttaaatgataagtggtcaaagtcgcttgcag
attaaactgttgtgtgcttagtcatcttttcctgatggcatctttttatt
taaggcatttgttgaaaatgtctcatgtcactctcctcagctccaatgat
aggaaaagatgtgtttttcattgaatatgttcccttaagtcaaagaatgt
cataccttctaacttcaggaggagagaacctcaacaccaggtagcaaatg
ggaccactgcagagcctgcaacagggaaacctaaggtgtcttctgaatgg
gcatagaaagccaagatgcttctttgaagtcaaactttgatgcattgatt
ggaatagagttcactgtgtctgtgaaataatcaatggttaaaattgaagt
cattccttgttataaaagcagttccttaggagatagga
gaattccaaaaataggtagagtggaacaaccagggctccttgagtcaggg
gtggatggtcttggccctcagctgcacatctttaagcaccccagggtgtt
ttctgcatgattgtgcattcctgttccagacacatgggagtttccaaaca
caaaacgaggttagaagtccttgcaataatctgtaaacagagagaagagt
cagttctaagttacactttcaagggcaaaggacaattcactccagaagcc
aggcttagtccccagatttccagtcctgaaactatggttggcttcaaaat
gtttttttctgaagccttgcatggacttaaaagtcagggggatttgccta
ggtagggagaagctagattgttttttgttttctgctatccataattaggt
gaaaaacaagatgttcttaaaaagaatccccagaattctaaaggcagcac
aaaatacaatgtgtttggaccttcatgctaaggattgaaatatttcacat
ttatttcttcctttatctttataaatcaagaaggactgtgtaactaagat
ggtcatttaatgagtaaggaaagcagtagaaagcaatccccaactctgct
gttacagacagcccaattagaagggaggacgggtccttggagcttctgcc
tcatccatggttttctttgtgtgtttagtatttgttgcttggaggcacat
cactccagcagcttcttagatattcacaatgtttgactagttgtcctttc
tagctaacgatgttatgatgcgtcgtggtactcttatctcatttattcca
tttccttctggaatttgacatttgttcagctacaggagtaacctttccaa
ttgtgccttgttatacaagactggagccctgctaaaccgctgcctttcac
tgtgttctgtgtacaaggatattgaaccatgttacatgaaaattccacag
acctatagcctgtttagtgtggtgtgtttgtgcaaagatatggactgggt
ttgatgtaattgaattttttttctatttataacagtgtatgtagctagta
ggttcccctcagttgaaatcctgggaccgtttgaatatacgaaattatgt
tccattttactggttcgatcttaatcatccatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_39843925_39845016
seq2: B6Ng01-089K10.b_48_1135

seq1  GAATTCTTTTAATCTTTGAAGTGGTTAACTTTACTCTCCTTACAATGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAATCTTTGAAGTGGTTAACTTTACTCTCCTTACAATGTAG  50

seq1  TAGAAGAGTTCAGTCATGATTTTGTGTGTAAATCTTTTGGAGCATGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAGTTCAGTCATGATTTTGTGTGTAAATCTTTTGGAGCATGACAA  100

seq1  TTATTACTTTTACCCAATAATAAATTTAAAAGTCTAATAGCAAGTACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTTTTACCCAATAATAAATTTAAAAGTCTAATAGCAAGTACTGT  150

seq1  GTAGAAAATCAAGATAAGATTTAAGAAATAATAAGTACCCTAAATATAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAATCAAGATAAGATTTAAGAAATAATAAGTACCCTAAATATAGG  200

seq1  CATCATGGAAGGTTTCTGAAATGATCTTCATGCCTTTAGATTCCCACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGGAAGGTTTCTGAAATGATCTTCATGCCTTTAGATTCCCACTAT  250

seq1  ACAATGAGGGAAAGATAGGCATTGAGGAATAGACCACAATGGCATCCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAGGGAAAGATAGGCATTGAGGAATAGACCACAATGGCATCCATG  300

seq1  TAAGATTCTGTCAGATCCCAGCTCCTGCAATCAGCTTGGCAAACAATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTCTGTCAGATCCCAGCTCCTGCAATCAGCTTGGCAAACAATGAA  350

seq1  TTTGACTGTGAATGAATTTGACTGTGGTTCATCTCACATTGCACCAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGTGAATGAATTTGACTGTGGTTCATCTCACATTGCACCAAGAG  400

seq1  TCCTTAACCCACTGTCAATCCTAACCAAAGCCACCTTCCAGATAAGCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAACCCACTGTCAATCCTAACCAAAGCCACCTTCCAGATAAGCAAC  450

seq1  CATTTAGTTAAACTCTCCATATTACCCATAGCCCCAGATGATTAGCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGTTAAACTCTCCATATTACCCATAGCCCCAGATGATTAGCACTT  500

seq1  TTCTTCAATTTTTCTGCTATTCTGAGCAATACTATCACCCTCATTAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAATTTTTCTGCTATTCTGAGCAATACTATCACCCTCATTAAGAT  550

seq1  CATATGAGTATGTGAGTTCACAGTAGAATCAAGTCAAAGGGCACTGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAGTATGTGAGTTCACAGTAGAATCAAGTCAAAGGGCACTGTACA  600

seq1  ATGGCTGCCTTCTAACTTTGCCTGAACACATATTCTACATTCAATGTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGCCTTCTAACTTTGCCTGAACACATATTCTACATTCAATGTTCC  650

seq1  TTAAAACTTGCATAGGCACTTAAATGATAAGTGGTCAAAGTCGCTTGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTTGCATAGGCACTTAAATGATAAGTGGTCAAAGTCGCTTGCAG  700

seq1  ATTAAACTGTTGTGTGCTTAGTCATCTTTTCCTGATGGCATCTTTTTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACTGTTGTGTGCTTAGTCATCTTTTCCTGATGGCATCTTTTTATT  750

seq1  TAAGGCATTTGTTGAAAATGTCTCATGTCACTCTCCTCAGCTCCAATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCATTTGTTGAAAATGTCTCATGTCACTCTCCTCAGCTCCAATGAT  800

seq1  AGGAAAAGATGTGTTTTTCATTGAATATGTTCCCTTAAGTCAAAGAATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAGATGTGTTTTTCATTGAATATGTTCCCTTAAGTCAAAGAATGT  850

seq1  CATACCTTCTAACTTCAGGAGGAGAGAAACCTCAACACCAGGTAGCAAAT  900
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTTCTAACTTCAGGAGGAGAG-AACCTCAACACCAGGTAGCAAAT  899

seq1  GGGACCACTGCAGAGCCTGCAACAGGGAAAACCTAAGGTGTCTTCTGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  GGGACCACTGCAGAGCCTGCAACAGGG-AAACCTAAGGTGTCTTCTG-AA  947

seq1  TGGGCATAGAAAGCCAAGATGCTTCTTTGAAGTCAAACTTTGATGCATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGGCATAGAAAGCCAAGATGCTTCTTTGAAGTCAAACTTTGATGCA-TT  996

seq1  GATTGGAATAGAGTTCACTGTGTCTGTGATAT-ATCAATGGTTAAAATTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
seq2  GATTGGAATAGAGTTCACTGTGTCTGTGAAATAATCAATGGTTAAAATTG  1046

seq1  AAGTCATTTCCTTGTTTATAAAGCAGTTCTTTAGGAGATAGGA  1092
      |||||| |||||||||   |||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGTCA-TTCCTTGTTATAAAAGCAGTTCCTTAGGAGATAGGA  1088

seq1: chr3_39950587_39951730
seq2: B6Ng01-089K10.g_68_1200 (reverse)

seq1  CATGGATGATTAAAAGATCTGAAAACAGTAAAATTGGAACATTTAAATCG  50
      |||||||||||  ||||||   || |||||||| ||||||| | |  |||
seq2  CATGGATGATT--AAGATC--GAACCAGTAAAA-TGGAACA-TAATTTCG  44

seq1  TTACTACTCAAACGGTCCCAGAGTTTCAACTGA-GGGAACCTACTAAGCT  99
      |   || ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  T--ATATTCAAACGGTCCCAGGATTTCAACTGAGGGGAACCTACT-AGCT  91

seq1  ACATACACTGTTATAATTAGAAAAAAAATTCAATTAACATTCAAAACCAG  149
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||
seq2  ACATACACTGTTATAAATAGAAAAAAAATTCAATT-ACA-TCAAACCCAG  139

seq1  TCCATATCTTTGCAACAAACACACCACACTAAACAGGCTATAGGTCTGTG  199
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATCTTTGC-ACAAACACACCACACTAAACAGGCTATAGGTCTGTG  188

seq1  GAATTTTTCATGTAACATGGTTCAATATCCTTGTACACAGAACACAGTG-  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAA-TTTTCATGTAACATGGTTCAATATCCTTGTACACAGAACACAGTGA  237

seq1  AAGGCAGCGGTTTAGCAGGGCTCCAGTCTTGTATAACAAGGCACAATTGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCGGTTTAGCAGGGCTCCAGTCTTGTATAACAAGGCACAATTGG  287

seq1  AAAGGTTACTCCTGTAGCTGAACAAATGTCAAATTCCAGAAGGAAATGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTACTCCTGTAGCTGAACAAATGTCAAATTCCAGAAGGAAATGGA  337

seq1  ATAAATGAGATAAGAGTACCACGACGCATCATAACATCGTTAGCTAGAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGAGATAAGAGTACCACGACGCATCATAACATCGTTAGCTAGAAA  387

seq1  GGACAACTAGTCAAACATTGTGAATATCTAAGAAGCTGCTGGAGTGATGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACTAGTCAAACATTGTGAATATCTAAGAAGCTGCTGGAGTGATGT  437

seq1  GCCTCCAAGCAACAAATACTAAACACACAAAGAAAACCATGGATGAGGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCAAGCAACAAATACTAAACACACAAAGAAAACCATGGATGAGGCA  487

seq1  GAAGCTCCAAGGACCCGTCCTCCCTTCTAATTGGGCTGTCTGTAACAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCAAGGACCCGTCCTCCCTTCTAATTGGGCTGTCTGTAACAGCA  537

seq1  GAGTTGGGGATTGCTTTCTACTGCTTTCCTTACTCATTAAATGACCATCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGGGATTGCTTTCTACTGCTTTCCTTACTCATTAAATGACCATCT  587

seq1  TAGTTACACAGTCCTTCTTGATTTATAAAGATAAAGGAAGAAATAAATGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACACAGTCCTTCTTGATTTATAAAGATAAAGGAAGAAATAAATGT  637

seq1  GAAATATTTCAATCCTTAGCATGAAGGTCCAAACACATTGTATTTTGTGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTTCAATCCTTAGCATGAAGGTCCAAACACATTGTATTTTGTGC  687

seq1  TGCCTTTAGAATTCTGGGGATTCTTTTTAAGAACATCTTGTTTTTCACCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTAGAATTCTGGGGATTCTTTTTAAGAACATCTTGTTTTTCACCT  737

seq1  AATTATGGATAGCAGAAAACAAAAAACAATCTAGCTTCTCCCTACCTAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGATAGCAGAAAACAAAAAACAATCTAGCTTCTCCCTACCTAGG  787

seq1  CAAATCCCCCTGACTTTTAAGTCCATGCAAGGCTTCAGAAAAAAACATTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCCCTGACTTTTAAGTCCATGCAAGGCTTCAGAAAAAAACATTT  837

seq1  TGAAGCCAACCATAGTTTCAGGACTGGAAATCTGGGGACTAAGCCTGGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCAACCATAGTTTCAGGACTGGAAATCTGGGGACTAAGCCTGGCT  887

seq1  TCTGGAGTGAATTGTCCTTTGCCCTTGAAAGTGTAACTTAGAACTGACTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTGAATTGTCCTTTGCCCTTGAAAGTGTAACTTAGAACTGACTC  937

seq1  TTCTCTCTGTTTACAGATTATTGCAAGGACTTCTAACCTCGTTTTGTGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTGTTTACAGATTATTGCAAGGACTTCTAACCTCGTTTTGTGTT  987

seq1  TGGAAACTCCCATGTGTCTGGAACAGGAATGCACAATCATGCAGAAAACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTCCCATGTGTCTGGAACAGGAATGCACAATCATGCAGAAAACA  1037

seq1  CCCTGGGGTGCTTAAAGATGTGCAGCTGAGGGCCAAGACCATCCACCCCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGGTGCTTAAAGATGTGCAGCTGAGGGCCAAGACCATCCACCCCT  1087

seq1  GACTCAAGGAGCCCTGGTTGTTCCACTCTACCTATTTTTGGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAAGGAGCCCTGGTTGTTCCACTCTACCTATTTTTGGAATTC  1133