BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095E01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 79,751,224 - 79,851,240
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041716, LOC100041725, LOC100041766, Rapgef2, LOC100041741, LOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik, Rxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik
Downstream geneEG626797, Gria2, Glrb, EG626841, Pdgfc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095E01.bB6Ng01-095E01.g
ACCDH906243DH906244
length1,2271,133
definitionDH906243|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095E01, 5' end.DH906244|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,850,002 - 79,851,240)(79,751,224 - 79,752,395)
sequence
gaattctacattacagatgcaattgaggccttcaattctaaatcctgtga
taataactccttccccaacataaagttagtacttatcattctcattttgg
tagatttaattggcaaataactctatgaagttgtagaccacaatgcacgt
ttcaaagtgtgataccggcagcatcctgcttgcactttgtttgatatgaa
atcaggaaaagaatgatctctggtcccagctcagggagactaacagcatc
gcactagaatgttatcttaaaaaggagccctcatacacagatgacctggg
cctgcttacatcccacctggatcaagctgacactagacttttcagtcatg
taaaccaaacataataagtatgttggattagtttttctcacttgcttttg
gaacatacaaaagcttatatcggaatttgcatgatagtactaagtttata
gctggcagaatcaagagaggagggggaatctagttctcccaagcttgaaa
gatggcagtacttgtggtttgactgcagagggtacaggtagcagatgaag
gcctggtctaacctgacacaatggtacaaatgatcctgaaatgaacagtg
tagttttggtcacatcatttctaaaaattcttgtcctcaacagtctcata
agcaagagacaagtttcatgttgaagttggctaatctgagtgaacacaca
gaaataagagactttactatgaaatgtgtttcaaaccagagacctttggt
tcaggacgatggacatatttcaagatgaaagtcttgaaagcacaattctg
tcctccagataaaagcagataaagcaggagacaggatcaacagaatgaac
agaagaaattaaaaccctcctcttggccaatccccttaggcaattctacc
cactatgcagctcagtcaacctcaaacatgaatgatccttctgtctcagc
ctccagagagctgagacgacagacttcatttagactaaatactcactctg
caacaatcttctgagattctatttagctacttagacaaatactcatcccc
aacgctacccaggcatgaacttgggagcagaactggattgctgagtttcc
ctcccagcccatgataaactggctttgatagaagccagaaacaaagttaa
ttctggttatgacttaagcggacaacttatgttgacaacatatggaatta
attctaatacaaatttgggtttacact
agctcttcctgcttgggccgacagtctctgagagttaaagtgcttccttt
ccagcaaaatcaagagggtaataaatcatattacataaataagaaagatc
accacttaatagagtaattacttgcatacaaaattggaaactgaacgtta
gaggaaatagtttacaaactttttattcacaaatgtaaactgatgaatca
tttattgttaatagttctgaaatttttagtcaatgttatgagttcccaat
ctactaacataattgtagcatgtcagttgcatttacttaatacttttatt
tattaaaactccgttatcggatttatttgctcttatttaaaaacaaccaa
aaaactatggtctgttttggagtaggagaaaaataagctaatatgtgata
ttaagataagcaacttgactattactcaatagtttactacacattagtaa
tggtcccacatttaatttaacaattttctaaacaaatttatgagcttttg
ccagtggagttatttccttaacattggaaaaagttttaaggccatgtgac
ctgtgtctgtgactctcaaaagcactggatgcctccttcctgtcaccttt
gcccctttccatttgacacacagctgtcttctgtcagaatatggcatctt
ccctactttttaagctctttagtcccctgggatgggcttctgctgtaaga
aaggcctgactcagagttgctggcagtctgttgcagagcctaaaaatgtg
catgctgagtgaatgaatctcagagactcttccctgtcagcagtgcatgg
gcatcatcaaccccacatttctattcgtcatggaaagattgggtagccct
ttcccctcatccctctaaaatgcacttactttgaataaaaaaaaacggaa
atattatgtatgcattaaagaatcctcatgcattgtctttctaaaatgca
tctatatttctacagtctgtcagtactttctagttttgtgatactgagct
aaactgagcagctctgtcgtctgctctcatcatgtgcagaatagctgctc
ccactctagttagcagcaagatggtctctgaacggcattggtttataagt
cgactggaagcatgaattaggttgtcaactatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_79850002_79851240
seq2: B6Ng01-095E01.b_48_1274 (reverse)

seq1  AGTGTACACCAACATTTGTATTAGAAATAATCACCATA-GTTGTCAACTA  49
      |||||| ||| | ||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||  
seq2  AGTGTAAACCCAAATTTGTATTAGAATTAAT-TCCATATGTTGTCAACAT  49

seq1  ATGTTGTTCTGCTTATGTCCTTTAACCAG-ATTACTTGTGTCT-TGGCTT  97
      | |||| || ||||| |||   ||||||| ||||  | ||| | ||||||
seq2  AAGTTG-TCCGCTTAAGTC--ATAACCAGAATTAACTTTGTTTCTGGCTT  96

seq1  CTATC-AAGGCAGTTTATCATGGGGCTGGGGAGGGAAACTCAGCCAATCC  146
      ||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  CTATCAAAGCCAGTTTATCAT-GGGCT-GGGAGGGAAACTCAG-CAATCC  143

seq1  AGTTCTTGCTCCCAGGTTCATGCCTGGGGTAGCGTTGGGGATGAGGTATT  196
      ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTTC-TGCTCCCAAGTTCATGCCT-GGGTAGCGTTGGGGATGA-GTATT  190

seq1  TGTTCTAAGTAGCTTAAATTAGAATCTCCAGAGATTGTTGCAGAGTGAGT  246
      || |||||||||||  || |||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  TG-TCTAAGTAGCT--AAATAGAATCTCAGAAGATTGTTGCAGAGTGAGT  237

seq1  ATTTAGTCCTAAATGAAGTCTGTCGTCTCAGCTCTCTGGAGGCTGAGACA  296
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGT-CTAAATGAAGTCTGTCGTCTCAGCTCTCTGGAGGCTGAGACA  286

seq1  GAAGGATCATTCATGTTTGAGGTTGACCTGAGCTGCATAGTGGGTAGAAT  346
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATCATTCATGTTTGAGGTTGA-CTGAGCTGCATAGTGGGTAGAAT  335

seq1  TGCCTAAGGGGATTGGCCAAGAGGAGGGTTTTAATTTCTTCTGTTCATTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAAGGGGATTGGCCAAGAGGAGGGTTTTAATTTCTTCTGTTCATTC  385

seq1  TGTTGATCCTGTCTCCCTGCTTTATCTGCTTTTATCTGGAGGACAGAATT  446
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGATCCTGTCT-CCTGCTTTATCTGCTTTTATCTGGAGGACAGAATT  434

seq1  GTGCTTTCAAGACTTTCATCTTGAAATATGTCCATCGTCCTGAACCAAAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTCAAGACTTTCATCTTGAAATATGTCCATCGTCCTGAACCAAAG  484

seq1  GTCTCTGGTTTGAAACACATTTCATAGTAAAGTCTCTTATTTCTGTGTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGGTTTGAAACACATTTCATAGTAAAGTCTCTTATTTCTGTGTGT  534

seq1  TCACTCAGATTAGCCAACTTCAACATGAAACTTGTCTCTTGCTTATGAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAGATTAGCCAACTTCAACATGAAACTTGTCTCTTGCTTATGAGA  584

seq1  CTGTTGAGGACAAGAATTTTTAGAAATGATGTGACCAAAACTACACTGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAGGACAAGAATTTTTAGAAATGATGTGACCAAAACTACACTGTT  634

seq1  CATTTCAGGATCATTTGTACCATTGTGTCAGGTTAGACCAGGCCTTCATC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGGATCATTTGTACCATTGTGTCAGGTTAGACCAGGCCTTCATC  684

seq1  TGCTACCTGTACCCTCTGCAGTCAAACCACAAGTACTGCCATCTTTCAAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTGTACCCTCTGCAGTCAAACCACAAGTACTGCCATCTTTCAAG  734

seq1  CTTGGGAGAACTAGATTCCCCCTCCTCTCTTGATTCTGCCAGCTATAAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAGAACTAGATTCCCCCTCCTCTCTTGATTCTGCCAGCTATAAAC  784

seq1  TTAGTACTATCATGCAAATTCCGATATAAGCTTTTGTATGTTCCAAAAGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTACTATCATGCAAATTCCGATATAAGCTTTTGTATGTTCCAAAAGC  834

seq1  AAGTGAGAAAAACTAATCCAACATACTTATTATGTTTGGTTTACATGACT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGAAAAACTAATCCAACATACTTATTATGTTTGGTTTACATGACT  884

seq1  GAAAAGTCTAGTGTCAGCTTGATCCAGGTGGGATGTAAGCAGGCCCAGGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTCTAGTGTCAGCTTGATCCAGGTGGGATGTAAGCAGGCCCAGGT  934

seq1  CATCTGTGTATGAGGGCTCCTTTTTAAGATAACATTCTAGTGCGATGCTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGTATGAGGGCTCCTTTTTAAGATAACATTCTAGTGCGATGCTG  984

seq1  TTAGTCTCCCTGAGCTGGGACCAGAGATCATTCTTTTCCTGATTTCATAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCTCCCTGAGCTGGGACCAGAGATCATTCTTTTCCTGATTTCATAT  1034

seq1  CAAACAAAGTGCAAGCAGGATGCTGCCGGTATCACACTTTGAAACGTGCA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAGTGCAAGCAGGATGCTGCCGGTATCACACTTTGAAACGTGCA  1084

seq1  TTGTGGTCTACAACTTCATAGAGTTATTTGCCAATTAAATCTACCAAAAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTCTACAACTTCATAGAGTTATTTGCCAATTAAATCTACCAAAAT  1134

seq1  GAGAATGATAAGTACTAACTTTATGTTGGGGAAGGAGTTATTATCACAGG  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGATAAGTACTAACTTTATGTTGGGGAAGGAGTTATTATCACAGG  1184

seq1  ATTTAGAATTGAAGGCCTCAATTGCATCTGTAATGTAGAATTC  1239
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAATTGAAGGCCTCAATTGCATCTGTAATGTAGAATTC  1227

seq1: chr3_79751224_79752395
seq2: B6Ng01-095E01.g_74_1206

seq1  AGCTCTTCCTGCTTGGGCCGACAGTCTCTGAGAGTTAAAGTGCTTCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTCCTGCTTGGGCCGACAGTCTCTGAGAGTTAAAGTGCTTCCTTT  50

seq1  CCAGCAAAATCAAGAGGGTAATAAATCATATTACATAAATAAGAAAGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAAATCAAGAGGGTAATAAATCATATTACATAAATAAGAAAGATC  100

seq1  ACCACTTAATAGAGTAATTACTTGCATACAAAATTGGAAACTGAACGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTAATAGAGTAATTACTTGCATACAAAATTGGAAACTGAACGTTA  150

seq1  GAGGAAATAGTTTACAAACTTTTTATTCACAAATGTAAACTGATGAATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAATAGTTTACAAACTTTTTATTCACAAATGTAAACTGATGAATCA  200

seq1  TTTATTGTTAATAGTTCTGAAATTTTTAGTCAATGTTATGAGTTCCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTTAATAGTTCTGAAATTTTTAGTCAATGTTATGAGTTCCCAAT  250

seq1  CTACTAACATAATTGTAGCATGTCAGTTGCATTTACTTAATACTTTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAACATAATTGTAGCATGTCAGTTGCATTTACTTAATACTTTTATT  300

seq1  TATTAAAACTCCGTTATCGGATTTATTTGCTCTTATTTAAAAACAACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAACTCCGTTATCGGATTTATTTGCTCTTATTTAAAAACAACCAA  350

seq1  AAAACTATGGTCTGTTTTGGAGTAGGAGAAAAATAAGCTAATATGTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATGGTCTGTTTTGGAGTAGGAGAAAAATAAGCTAATATGTGATA  400

seq1  TTAAGATAAGCAACTTGACTATTACTCAATAGTTTACTACACATTAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATAAGCAACTTGACTATTACTCAATAGTTTACTACACATTAGTAA  450

seq1  TGGTCCCACATTTAATTTAACAATTTTCTAAACAAATTTATGAGCTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCCACATTTAATTTAACAATTTTCTAAACAAATTTATGAGCTTTTG  500

seq1  CCAGTGGAGTTATTTCCTTAACATTGGAAAAAGTTTTAAGGCCATGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGAGTTATTTCCTTAACATTGGAAAAAGTTTTAAGGCCATGTGAC  550

seq1  CTGTGTCTGTGACTCTCAAAAGCACTGGATGCCTCCTTCCTGTCACCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTGTGACTCTCAAAAGCACTGGATGCCTCCTTCCTGTCACCTTT  600

seq1  GCCCCTTTCCATTTGACACACAGCTGTCTTCTGTCAGAATATGGCATCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTTCCATTTGACACACAGCTGTCTTCTGTCAGAATATGGCATCTT  650

seq1  CCCTACTTTTTAAGCTCTTTAGTCCCCTGGGATGGGCTTCTGCTGTAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTTTTTAAGCTCTTTAGTCCCCTGGGATGGGCTTCTGCTGTAAGA  700

seq1  AAGGCCTGACTCAGAGTTGCTGGCAGTCTGTTGCAGAGCCTAAAAATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTGACTCAGAGTTGCTGGCAGTCTGTTGCAGAGCCTAAAAATGTG  750

seq1  CATGCTGAGTGAATGAATCTCAGAGACTCTTCCCTGTCAGCAGTGCATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGAGTGAATGAATCTCAGAGACTCTTCCCTGTCAGCAGTGCATGG  800

seq1  GCATCATCAACCCCACATTTCTATTCGTCATGGAAAGATTGGGTAGCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATCAACCCCACATTTCTATTCGTCATGGAAAGATTGGGTAGCCCT  850

seq1  TTCCCCTCATCCCTCTAAAATGCACTTACTTTGAATAAAAAAAAAACGGA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCCCCTCATCCCTCTAAAATGCACTTACTTTGAAT-AAAAAAAAACGGA  899

seq1  AATAATTATGTATGCATTAAAGAATCCTCATGCATTGTCTTTCTTAAAAA  950
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  AAT-ATTATGTATGCATTAAAGAATCCTCATGCATTGTCTTTCT---AAA  945

seq1  ATGCAATCTATATTTCTTAACAGTCCTTGTCAGTACTTTCTAAGGTTTTT  1000
      |||| ||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||    ||||
seq2  ATGC-ATCTATATTTCT--ACAGTC--TGTCAGTACTTTCTA---GTTTT  987

seq1  GTGATACTGAGCTAAAAACTGAAGCCAGGCTCTTGGTCCGGTCTTGGCTC  1050
      |||||||||||||  |||||| |||   |||||  |||  ||||  ||||
seq2  GTGATACTGAGCT--AAACTG-AGC--AGCTCT--GTC--GTCT--GCTC  1026

seq1  TCATTCCATGTTGCAGAATAGCTGGCTCCCACTCTAGTTTAGCAGGCAAG  1100
      ||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TCAT--CATG-TGCAGAATAGCT-GCTCCCACTCTAG-TTAGCA-GCAAG  1070

seq1  ATGGGTCTCTGAGACAGCAATGGGTTTATAAGTCAGACTGAAAGCAGTGG  1150
      || ||||||||| || || || |||||||||||| ||||| ||||| || 
seq2  AT-GGTCTCTGA-ACGGC-ATTGGTTTATAAGTC-GACTGGAAGCA-TGA  1115

seq1  ATTTGTAGGTCTGTCAACTATT  1172
      ||   ||||| |||||||||||
seq2  AT---TAGGT-TGTCAACTATT  1133