BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096F06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 80,591,891 - 80,779,735
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGria2, Glrb, EG626841
Upstream geneTmem144, 1110032E23Rik, EG626797
Downstream genePdgfc, LOC229443, LOC100041901, Ctso, Tdo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096F06.bB6Ng01-096F06.g
ACCDH907019DH907020
length1,188762
definitionDH907019|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096F06, 5' end.DH907020|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096F06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,591,891 - 80,593,098)(80,778,974 - 80,779,735)
sequence
gaattcaagtcaagaaaataagatagaatttttatatacttgacaattgt
ttgtgttaaatgaaaaatgaagttggattcctggaatttctatacataat
aaataaattaagatgatttactttgaaacaaaacaatcaaaattcagagg
atatgaaataaaagcacaggcagctttatctctttatgctctgttacaca
gagaaaccctgtcctaaaagacaagcaagcaaacaaacaaacaaacaaaa
aatcagagaaccagacaaaaggactgcacatgtggataggaatgcatatt
actttcatgtatcaataaataaaaaatgtacatggcatacactaaactaa
actatgatgaaatgtacatgctttatttatggacacacaagtgcatacac
acacacatacaaaaatacaaattgtatcttcttgcctaaaatttacataa
gaaatattgtagtaaaagtttaaaaggtttaaattgagcactaagaggct
gaagacagtaccagaaacatatacatatgtgtgtgtatacacatacatat
atacatatatatatacacatatatatacatatatacatatatatatacat
aaagtaggtatataaagttatatctttttaaacacgtagaaaaaccataa
ttgcttctactatttgctcacaatttattatgtttgtaactgtttactct
gtaatcctatatgcagataattaaaatggacagtgagtgagagaatacag
ttcagtgattgatacttgcttagtgtgtgcatgatcctgggttctgcctt
catcatacaaaaaagatgtccatctaagtaacaggacagggtagacgaaa
agattcatcaacaaacttcatgatggctaccagcctactgagcaagtacg
aggaagacaggctgtgctagtaataaagaattctacttacgttaacgcag
aggtgatcgaagtaaacaccatactattactattttcccatttctagaag
tcttcttaaaatgatatctcagacaatgggtgggggtgagaagcataatt
aatactgattgtattcccctttgcagcgttaaaatatggtgtagtaactt
gaaaatttttccatgtattttattcttggacatatctgatgcgtgcatct
acatgaccaagcataccatgttctccactcctcaccca
gaattccaaatttgacacactgtactgcagcagatgtaaaataatgtaag
atgaaggactactcatggaggttaaaaatcctccaggaatttgcagatgt
tcattactccaccaactctcctgaactctaggcttgaacatgattgaccc
agggagtggcactattaggaggtacagccttgttgcaggaggtgtggcct
tgttggaggaagtgtgttactatggtgatttgccttggaaacctcctcct
agctccctgaggacagtctgctcctggcttcctttggatgaagatgtaga
ccacttggctctgccagtaccatgcctgcctgaacactgctgtgcttcct
tgcttgatgataattggttgaacctctgaacctgtaagtaagccccgatt
aaacattgtcatttctaagagttgccatggtcatggtgtcacagtaatga
agccctaactaagacatctagtgaaaaacaatgttgagggatgggagaca
aaatgccgaatgtctacattagtaatgaggtcatttcttagtcagcttgt
gattaccacccttgaaatatgggcagttgctgaatatttggatccaaatt
aggtcatgaaacatcacattaaatcttgctaaagaataactaaaatattt
tttttccaagaccaaagtattaaaacccattaacaaaacagaatggggaa
aggcctcaatcaaattagacagaaagagctgagagatgaggggaagggag
agagggtggagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_80591891_80593098
seq2: B6Ng01-096F06.b_45_1232

seq1  GAATTCAAGTCAAGAAAATAAGATAGAATTTTTATATACTTGACAATTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCAAGAAAATAAGATAGAATTTTTATATACTTGACAATTGT  50

seq1  TTGTGTTAAATGAAAAATGAAGTTGGATTCCTGGAATTTCTATACATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTAAATGAAAAATGAAGTTGGATTCCTGGAATTTCTATACATAAT  100

seq1  AAATAAATTAAGATGATTTACTTTGAAACAAAACAATCAAAATTCAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATTAAGATGATTTACTTTGAAACAAAACAATCAAAATTCAGAGG  150

seq1  ATATGAAATAAAAGCACAGGCAGCTTTATCTCTTTATGCTCTGTTACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAATAAAAGCACAGGCAGCTTTATCTCTTTATGCTCTGTTACACA  200

seq1  GAGAAACCCTGTCCTAAAAGACAAGCAAGCAAACAAACAAACAAACAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACCCTGTCCTAAAAGACAAGCAAGCAAACAAACAAACAAACAAAA  250

seq1  AATCAGAGAACCAGACAAAAGGACTGCACATGTGGATAGGAATGCATATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAGAACCAGACAAAAGGACTGCACATGTGGATAGGAATGCATATT  300

seq1  ACTTTCATGTATCAATAAATAAAAAATGTACATGGCATACACTAAACTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCATGTATCAATAAATAAAAAATGTACATGGCATACACTAAACTAA  350

seq1  ACTATGATGAAATGTACATGCTTTATTTATGGACACACAAGTGCATACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGATGAAATGTACATGCTTTATTTATGGACACACAAGTGCATACAC  400

seq1  ACACACATACAAAAATACAAATTGTATCTTCTTGCCTAAAATTTACATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACAAAAATACAAATTGTATCTTCTTGCCTAAAATTTACATAA  450

seq1  GAAATATTGTAGTAAAAGTTTAAAAGGTTTAAATTGAGCACTAAGAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTGTAGTAAAAGTTTAAAAGGTTTAAATTGAGCACTAAGAGGCT  500

seq1  GAAGACAGTACCAGAAACATATACATATGTGTGTGTATACACATACATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGTACCAGAAACATATACATATGTGTGTGTATACACATACATAT  550

seq1  ATACATATATATATACACATATATATACATATATACATATATATATACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATATATATACACATATATATACATATATACATATATATATACAT  600

seq1  AAAGTAGGTATATAAAGTTATATCTTTTTAAACACGTAGAAAAACCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGGTATATAAAGTTATATCTTTTTAAACACGTAGAAAAACCATAA  650

seq1  TTGCTTCTACTATTTGCTCACAATTTATTATGTTTGTAACTGTTTACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTACTATTTGCTCACAATTTATTATGTTTGTAACTGTTTACTCT  700

seq1  GTAATCCTATATGCAGATAATTAAAATGGACAGTGAGTGAGAGAATACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCCTATATGCAGATAATTAAAATGGACAGTGAGTGAGAGAATACAG  750

seq1  TTCAGTGATTGATACTTGCTTAGTGTGTGCATGATCCTGGGTTCTGCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGATTGATACTTGCTTAGTGTGTGCATGATCCTGGGTTCTGCCTT  800

seq1  CATCATACAAAAAAGATGTCCATCTAAGTAACAGGACAGGGTAGACGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATACAAAAAAGATGTCCATCTAAGTAACAGGACAGGGTAGACGAAA  850

seq1  AGATTCATCAACAAACTTCAGGATGGCTACCAGCCTACTGAGCAAGTACG  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCATCAACAAACTTCATGATGGCTACCAGCCTACTGAGCAAGTACG  900

seq1  AGGAAGACAGGCTGTGCTAGTAATAAAGAATTCTACTTACGTTAAGGCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGAAGACAGGCTGTGCTAGTAATAAAGAATTCTACTTACGTTAACGCAG  950

seq1  AGGTGATCGAAGTAAACAACCATACTATTACTATTTTCCCATTTCTAGAA  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATCGAAGTAAAC-ACCATACTATTACTATTTTCCCATTTCTAGAA  999

seq1  GTC-TCTGAAAATGATTATCTCAGACAAATGGGT-GGGGTGAGAGGCATA  1048
      ||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||
seq2  GTCTTCTTAAAATGA-TATCTCAGAC-AATGGGTGGGGGTGAGAAGCATA  1047

seq1  ATTAATACTGATTGTA-TCCCCTTTGCAGCGTTTTAAAATTATGTGTAAG  1097
      |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||   |||| ||
seq2  ATTAATACTGATTGTATTCCCCTTTGCAGCG--TTAAAATATGGTGT-AG  1094

seq1  TAACTTTGAAAATTTTTTCCATGTAATTTTTTAATTCTTTGACTATTTCG  1147
      |||| ||||||| ||||||||||||    ||| |||||| ||| || || 
seq2  TAAC-TTGAAAA-TTTTTCCATGTA----TTTTATTCTTGGAC-ATATC-  1136

seq1  TGGATGCGTGCAATCTACATGATCAGAGTCATACCCCATGTTTCTCTCAA  1197
        ||||||||| |||||||||| || || ||||  ||||||   |||| |
seq2  -TGATGCGTGC-ATCTACATGACCA-AG-CATA--CCATGT---TCTCCA  1177

seq1  CTCCTCACCCA  1208
      |||||||||||
seq2  CTCCTCACCCA  1188

seq1: chr3_80778974_80779735
seq2: B6Ng01-096F06.g_68_829 (reverse)

seq1  ACTCCACCCTCTCTCCCTTCCCCTCATCTCTCAGCTCTTTCTGTCTAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACCCTCTCTCCCTTCCCCTCATCTCTCAGCTCTTTCTGTCTAATT  50

seq1  TGATTGAGGCCTTTCCCCATTCTGTTTTGTTAATGGGTTTTAATACTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAGGCCTTTCCCCATTCTGTTTTGTTAATGGGTTTTAATACTTTG  100

seq1  GTCTTGGAAAAAAAATATTTTAGTTATTCTTTAGCAAGATTTAATGTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGAAAAAAAATATTTTAGTTATTCTTTAGCAAGATTTAATGTGAT  150

seq1  GTTTCATGACCTAATTTGGATCCAAATATTCAGCAACTGCCCATATTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATGACCTAATTTGGATCCAAATATTCAGCAACTGCCCATATTTCA  200

seq1  AGGGTGGTAATCACAAGCTGACTAAGAAATGACCTCATTACTAATGTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGTAATCACAAGCTGACTAAGAAATGACCTCATTACTAATGTAGA  250

seq1  CATTCGGCATTTTGTCTCCCATCCCTCAACATTGTTTTTCACTAGATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCGGCATTTTGTCTCCCATCCCTCAACATTGTTTTTCACTAGATGTC  300

seq1  TTAGTTAGGGCTTCATTACTGTGACACCATGACCATGGCAACTCTTAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTAGGGCTTCATTACTGTGACACCATGACCATGGCAACTCTTAGAA  350

seq1  ATGACAATGTTTAATCGGGGCTTACTTACAGGTTCAGAGGTTCAACCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAATGTTTAATCGGGGCTTACTTACAGGTTCAGAGGTTCAACCAAT  400

seq1  TATCATCAAGCAAGGAAGCACAGCAGTGTTCAGGCAGGCATGGTACTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCAAGCAAGGAAGCACAGCAGTGTTCAGGCAGGCATGGTACTGGC  450

seq1  AGAGCCAAGTGGTCTACATCTTCATCCAAAGGAAGCCAGGAGCAGACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAAGTGGTCTACATCTTCATCCAAAGGAAGCCAGGAGCAGACTGT  500

seq1  CCTCAGGGAGCTAGGAGGAGGTTTCCAAGGCAAATCACCATAGTAACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGGGAGCTAGGAGGAGGTTTCCAAGGCAAATCACCATAGTAACACA  550

seq1  CTTCCTCCAACAAGGCCACACCTCCTGCAACAAGGCTGTACCTCCTAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCAACAAGGCCACACCTCCTGCAACAAGGCTGTACCTCCTAATA  600

seq1  GTGCCACTCCCTGGGTCAATCATGTTCAAGCCTAGAGTTCAGGAGAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACTCCCTGGGTCAATCATGTTCAAGCCTAGAGTTCAGGAGAGTTG  650

seq1  GTGGAGTAATGAACATCTGCAAATTCCTGGAGGATTTTTAACCTCCATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTAATGAACATCTGCAAATTCCTGGAGGATTTTTAACCTCCATGA  700

seq1  GTAGTCCTTCATCTTACATTATTTTACATCTGCTGCAGTACAGTGTGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCCTTCATCTTACATTATTTTACATCTGCTGCAGTACAGTGTGTCA  750

seq1  AATTTGGAATTC  762
      ||||||||||||
seq2  AATTTGGAATTC  762