BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-103P12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 97,604,299 - 97,766,494
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde4dip, Sec22b, EG433632
Upstream geneCd160, Pdzk1, Gpr89, Gja8, 9230114J08Rik, Gja5, Acp6, Bcl9, Olfr1402, Chd1l, Fmo5, Prkab2
Downstream geneLOC100042975, Notch2, Adam30, LOC622561, Reg4, Hmgcs2, Phgdh, Zfp697, LOC100043461, Hsd3b4, LOC100043456, EG545555, LOC676433, Hsd3b5, LOC668543, Hsd3b2, Hsd3b3, Hsd3b6, LOC545556, Hsd3b1, Hao3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-103P12.bB6Ng01-103P12.g
ACCDH912400DH912401
length1,167733
definitionDH912400|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103P12, 5' end.DH912401|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-103P12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,765,337 - 97,766,494)(97,604,299 - 97,605,030)
sequence
gaattcctactttatcttggcccctctttccttctcagctgccccacccc
aaccccacttcgcagatgtgttacactgtccttatccagacaaccttcct
ctgcttaaactggcaacagagtttcttactttcctttgttgactttccaa
agccaacacaccacaccagctctcctcctgggctgtgtctgcacaaccag
cttaacatactgccagccccggacagcatccgcacactggcctgcagccc
ctggaaagctgaaagatggagagaggatgcaggcgactgtatccagcagt
gcttccttggagttgttctgcccccacccccccccacccccccacgggga
aaccagctgacctactagactcgccaggcgctttcatctttgcagctgtt
cttcagtgacaggtgaggattgctgttagtgaaataatatgctcatatgg
gtgtaataggatgggataaaccaaacatgccaagcaaagaacaaggtaaa
actgcatattatccaccttctcaaaaggctagctgcaaaaaccaggaatg
gcagctctggcctgtaatcctatcacttgagagatggaggtagaatggtc
aattcaagtttgaggccagctagggttgtatggtgtgttccaggttagct
tggacgactgtgtgagacctaatctcaataatgaattaatgaacgaattt
aaaaaacaacaactcattattaatcttttctttggctttcgtttgaggta
gtttgggaggttgtttatctttctgctggggtgggaacagaccatcttgt
gcatgctgggcaagcactgagttgtatctttagctccaattgaattcctc
tgtcatcctctctcttgccgcgctccataaagtgaggttccttttccttt
gccatttgggatcataattcttgcctttagttccctaatgcagtcttcag
gaggcatcacagctgaggaggagagacaacacacaggctctgagatcaag
ctgctgcaactctcttttgggggtctggtggggttctgggcttctgctgt
gttgcctggttctctggcctctgtcaccacggtgctctcccttactcaca
aagtctctcgtcttcatggcacagtctcattataagaatcaaaattatac
gggcagggaatctcctt
gaattcttttatgaataaaattcccttctagtcacaaaatttctaagcaa
aacagaactcttgtaggtacagataatctagttctgttattcgtggtgtg
acatttgagagacatcccaaagctttgtaaacatttgattccttcagatt
gtgacctttctcttaacaatgccacctactctccctgtgacctctgtggt
gtgagacatccaggcagctggactcatgtgcacaacattaagtttctaga
ctttaacaggatagaagacttggtttatgaagtacaactcctgccttccc
acagagtctatgctcaccatcttcggttgtatactaaggccccaatgagg
cacagaggttgttccaacatgggacaagtgtcccttctttgccagggaag
gaacaacagtgcactgtcttcaggcacagtcagaccgtgcaataccaggg
tggtgcccgccagagccagcttgagtatccagtctcccaaggagatggaa
aaaaaccaagtggaaagtttgctttctataacagtaggccctgtgtccac
actgacactctgttcaggacaccgcatctcaagtccaacctccctcagtt
cttcctggggttggtcctgaagccacgctgactggctttgattagatcaa
cacagatgtttatatctgagagcactgatgccctaaaattaggtgtttgg
ggtaaatatggctaagggttggtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_97765337_97766494
seq2: B6Ng01-103P12.b_47_1213 (reverse)

seq1  AAGGAGA-TCCCTGCCCGTTATTAATATTG--TCTTATAATGAGACTGTG  47
      ||||||| |||||||||||   |||| |||  ||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATTCCCTGCCCGT--ATAATTTTGATTCTTATAATGAGACTGTG  48

seq1  CCATGGAGACGAG-GAC-TTGTGAGT-AGGGAGAGCACCGTGGTGACAGA  94
      ||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAGACGAGAGACTTTGTGAGTAAGGGAGAGCACCGTGGTGACAGA  98

seq1  GG-CAGAGAACAAGGCCACACAGCAGAAGCCAGGAACCCCA-CAGACCCC  142
      || |||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||
seq2  GGCCAGAGAACCAGGCAACACAGCAGAAGCCCAGAACCCCACCAGACCCC  148

seq1  C-AAAGAGAGTTGCAGCAGCTTGATCTCAGAGCCTGTGTGTTGTCTCTCC  191
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGAGTTGCAGCAGCTTGATCTCAGAGCCTGTGTGTTGTCTCTCC  198

seq1  TCCTCAGCTGTGATGCCTCCCTGAGACTGCA-TAGGGAACTAAAGGCAAG  240
      ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGCTGTGATGCCTCCTGAAGACTGCATTAGGGAACTAAAGGCAAG  248

seq1  AA-TATGATCCCAAATGGCAAAGG-AAAGGAACCTCACCTTATGGAGCGC  288
      || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATTATGATCCCAAATGGCAAAGGAAAAGGAACCTCACTTTATGGAGCGC  298

seq1  GGCAAGAGAGAGGATGACAGAGGAATTCAATTGGAGCTAAAGATACAACT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAGAGAGGATGACAGAGGAATTCAATTGGAGCTAAAGATACAACT  348

seq1  CAGTGCTTGCCCAGCATGCACAAGATGGTCTGTTCCCACCCCAGCAGAAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTTGCCCAGCATGCACAAGATGGTCTGTTCCCACCCCAGCAGAAA  398

seq1  GATAAACAACCTCCCAAACTACCTCAAACGAAAGCCAAAGAAAAGATTAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACAACCTCCCAAACTACCTCAAACGAAAGCCAAAGAAAAGATTAA  448

seq1  TAATGAGTTGTTGTTTTTTAAATTCGTTCATTAATTCATTATTGAGATTA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGTTGTTGTTTTTTAAATTCGTTCATTAATTCATTATTGAGATTA  498

seq1  GGTCTCACACAGTCGTCCAAGCTAACCTGGAACACACCATACAACCCTAG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCACACAGTCGTCCAAGCTAACCTGGAACACACCATACAACCCTAG  548

seq1  CTGGCCTCAAACTTGAATTGACCATTCTACCTCCATCTCTCAAGTGATAG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCAAACTTGAATTGACCATTCTACCTCCATCTCTCAAGTGATAG  598

seq1  GATTACAGGCCAGAGCTGCCATTCCTGGTTTTTGCAGCTAGCCTTTTGAG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAGGCCAGAGCTGCCATTCCTGGTTTTTGCAGCTAGCCTTTTGAG  648

seq1  AAGGTGGATAATATGCAGTTTTACCTTGTTCTTTGCTTGGCATGTTTGGT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGATAATATGCAGTTTTACCTTGTTCTTTGCTTGGCATGTTTGGT  698

seq1  TTATCCCATCCTATTACACCCATATGAGCATATTATTTCACTAACAGCAA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCCATCCTATTACACCCATATGAGCATATTATTTCACTAACAGCAA  748

seq1  TCCTCACCTGTCACTGAAGAACAGCTGCAAAGATGAAAGCGCCTGGCGAG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCACCTGTCACTGAAGAACAGCTGCAAAGATGAAAGCGCCTGGCGAG  798

seq1  TCTAGTAGGTCAGCTGGTTTCCCCGTGGGGGGGTGGGGGGGGGGTGGGGG  838
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTAGTAGGTCAGCTGGTTTCCCCGTGGGGGGGT-GGGGGGGGGTGGGGG  847

seq1  CAGAACAACTCCAAGGAAGCACTGCTGGATACAGTCGCCTGCATCCTCTC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAACTCCAAGGAAGCACTGCTGGATACAGTCGCCTGCATCCTCTC  897

seq1  TCCATCTTTCAGCTTTCCAGGGGCTGCAGGCCAGTGTGCGGATGCTGTCC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTTTCAGCTTTCCAGGGGCTGCAGGCCAGTGTGCGGATGCTGTCC  947

seq1  GGGGCTGGCAGTATGTTAAGCTGGTTGTGCAGACACAGCCCAGGAGGAGA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGGCAGTATGTTAAGCTGGTTGTGCAGACACAGCCCAGGAGGAGA  997

seq1  GCTGGTGTGGTGTGTTGGCTTTGGAAAGTCAACAAAGGAAAGTAAGAAAC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGTGGTGTGTTGGCTTTGGAAAGTCAACAAAGGAAAGTAAGAAAC  1047

seq1  TCTGTTGCCAGTTTAAGCAGAGGAAGGTTGTCTGGATAAGGACAGTGTAA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGCCAGTTTAAGCAGAGGAAGGTTGTCTGGATAAGGACAGTGTAA  1097

seq1  CACATCTGCGAAGTGGGGTTGGGGTGGGGCAGCTGAGAAGGAAAGAGGGG  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTGCGAAGTGGGGTTGGGGTGGGGCAGCTGAGAAGGAAAGAGGGG  1147

seq1  CCAAGATAAAGTAGGAATTC  1158
      ||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATAAAGTAGGAATTC  1167

seq1: chr3_97604299_97605030
seq2: B6Ng01-103P12.g_69_801

seq1  GAATTCTTTTATGAATAAAATTCCCTTCTAGTCACAAAATTTCTAAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTATGAATAAAATTCCCTTCTAGTCACAAAATTTCTAAGCAA  50

seq1  AACAGAACTCTTGTAGGTACAGATAATCTAGTTCTGTTATTCGTGGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAACTCTTGTAGGTACAGATAATCTAGTTCTGTTATTCGTGGTGTG  100

seq1  ACATTTGAGAGACATCCCAAAGCTTTGTAAACATTTGATTCCTTCAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGAGAGACATCCCAAAGCTTTGTAAACATTTGATTCCTTCAGATT  150

seq1  GTGACCTTTCTCTTAACAATGCCACCTACTCTCCCTGTGACCTCTGTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTTTCTCTTAACAATGCCACCTACTCTCCCTGTGACCTCTGTGGT  200

seq1  GTGAGACATCCAGGCAGCTGGACTCATGTGCACAACATTAAGTTTCTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACATCCAGGCAGCTGGACTCATGTGCACAACATTAAGTTTCTAGA  250

seq1  CTTTAACAGGATAGAAGACTTGGTTTATGAAGTACAACTCCTGCCTTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACAGGATAGAAGACTTGGTTTATGAAGTACAACTCCTGCCTTCCC  300

seq1  ACAGAGTCTATGCTCACCATCTTCGGTTGTATACTAAGGCCCCAATGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCTATGCTCACCATCTTCGGTTGTATACTAAGGCCCCAATGAGG  350

seq1  CACAGAGGTTGTTCCAACATGGGACAAGTGTCCCTTCTTTGCCAGGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGGTTGTTCCAACATGGGACAAGTGTCCCTTCTTTGCCAGGGAAG  400

seq1  GAACAACAGTGCACTGTCTTCAGGCACAGTCAGACCGTGCAATACCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACAGTGCACTGTCTTCAGGCACAGTCAGACCGTGCAATACCAGGG  450

seq1  TGGTGCCCGCCAGAGCCAGCTTGAGTATCCAGTCTCCCAAGGAGATGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCCGCCAGAGCCAGCTTGAGTATCCAGTCTCCCAAGGAGATGGAA  500

seq1  AAAAACCAAGTGGAAAGTTTGCTTTCTATAACAGTAGGCCCTGTGTCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCAAGTGGAAAGTTTGCTTTCTATAACAGTAGGCCCTGTGTCCAC  550

seq1  ACTGACACTCTGTTCAGGACACCGCATCTCAAGTCCAACCTCCCTCAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACACTCTGTTCAGGACACCGCATCTCAAGTCCAACCTCCCTCAGTT  600

seq1  CTTCCTGGGGTTGGTCCTGAAGCCACGCTGACTGGCTTTGATTAGATCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGGGTTGGTCCTGAAGCCACGCTGACTGGCTTTGATTAGATCAA  650

seq1  CACAGATGTTTATATCTGAGAGCACTGATGCCCTAAAATTAGGTGTTT-G  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACAGATGTTTATATCTGAGAGCACTGATGCCCTAAAATTAGGTGTTTGG  700

seq1  GGTAAATATGGCTAAGGGTTGGTGTGTGTGTGT  732
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATATGGCTAAGGGTTGGTGTGTGTGTGT  733