BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111J07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 100,220,820 - 100,352,090
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930431B09Rik, OTTMUSG00000007026
Upstream geneM6pr-ps, Spag17, LOC623045, Wdr3, Gdap2, LOC195514
Downstream geneMan1a2, Vtcn1, Trim45, Ttf2, Igsf2, Ptgfrn, LOC668578, LOC668583, LOC669017, Cd2, LOC100043490, Igsf3, LOC100043032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111J07.bB6Ng01-111J07.g
ACCDH917886DH917887
length1,0871,105
definitionDH917886|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111J07, 5' end.DH917887|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111J07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,350,992 - 100,352,090)(100,220,820 - 100,221,946)
sequence
gaattctggtatgtgaatgagtgtgtggtatgtgagtctgtgtgcatgcg
tgtaggtgccccggaggccagaaggcagctgggaactaaactcaggacct
ctgcaagagcagccagtgctcttaactgcagagccatctcctcccaagct
ctgctacccactcccaatgaagtaaaggaaataaattcttataaaatgaa
taaagacagaaagtttcaggtcaaaataaaacggtgatatgctatttatg
caaggcataactaaacgctaatgacacgggaaatgtaagagccccgcccc
tgtggaagggttttaggttcttaagctcgctgaagttgaccggagggtgg
agctcaatgctagagtgcttgcttagcattctacttaggagttccatccc
taacaccaagctccaaataggagtaataataataattaggacacgtcatc
agggcgtgatctatctagacttgctaagagctggaacaagcctgaggcag
tgataaggacccgtggttagaggagacaccctctgccttcctagataaag
acaaggactctttatgctcttaatgttaaaatgacaccttggcttcaggt
tctcaagcaggaaatgttaaattcttgaccctaaaccaaggtcaaaggct
tgggaagggcataaatctgatcttcattcacttccaactgacatgagcca
tgctccaggtgctgagctattgacagaggcagctgccaagctttcacacc
aattacctgtctctggcgtggtcctttaaggctgggatccctttaccagg
agaggaagagagaagagaaagaagtgtcctctggtctgaactccagcagt
accctgttgctgcaatggcaacagtcttgcccccagcctcccaccccacc
ccactgggtgatagctggcactcttgccgagtgggtagttggtatttccc
tcatttcatttgattgacagaaatagggaccagagagctgtgtcttgcac
agtcatgcctcatgacagtaaagcagagatgaagccagtgtgggcagttt
ctctgtttgcagtcagtgccagttcaagaacagaaac
gaattccaatacaaagataggaattctgggaaagaggcaggtactagaag
atttgccactcagattctgaggaagttggacatataaaacagaggagagg
taactagccacgtcttaggcatgggatagtttcaacggaatgattgagtt
atgacctagtggaggaataagcccaagtataaggcctaagcatcttacat
aattaagcctccaagtcattattggagaattggggtgcaggtagaaagcc
caccattacagtaacactggcactgatatttacaatcaggtagcacagga
ttggtccagcaggagggcttagcaggagaactaagtacttgctgccaagc
ctgatgacccgagttagagcctggggttcacatgatgggaggtggcctcc
atatgtgtgcttggtcatatgctctcaactgcacacacatacagagagag
agagagagaaaacacaggatgtattttatatttgtttgcacagggtgaga
agacttgagtggtccttacatggtatcccccatcagctgagactcctgtc
cacacactgctgggtttggttgtcacccacgcttgggccaacctattctg
taaggatagccctctgtgcacacctatcgtgcacactccacagcagtgtc
cttggcacagctccagccgagaccctccctgtccaaaaacctcgcatacc
ctgttggtttcccccatcttctctccccagaatctgtctctcacagggaa
gaatcctctatcctgatctagtggcagggaaaaagtcttcagtgagctat
aatctggagtccagaggaaggtaggaactgaccgctattgagacccacca
tgtagcaagtattttttacacagaacatcctttgtagctctgttagcagc
ctccacggatgggtattggcaactcattttacatgcagcccaattgcagc
ctgattcctcttcctctccatgctggtgattagcacgagccctggcagcg
cagtcttcgtttccacccctctccactcccacctgttttccacatagaag
cagcacactgaagagcctgcttctttttcttgtgtacaggtgcaagagtc
tctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_100350992_100352090
seq2: B6Ng01-111J07.b_45_1131 (reverse)

seq1  GTTTCTGTTCTGTGAACTGGCACTGACTGGCAAACAGAGAAACTGGCCCC  50
      ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||
seq2  GTTTCTGTTCT-TGAACTGGCACTGACT-GCAAACAGAGAAACTG--CCC  46

seq1  ACCACTGGCTTCCACTCTCTGCTTTACTGTTCATGAGGCATGACCTGTGC  100
      | ||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| 
seq2  A-CACTGGCTTC--ATCTCTGCTTTACTG-TCATGAGGCATGA-CTGTG-  90

seq1  CAAGACACCAGCTCTCTGGTCCCTATTTCTTGTCAATCAAATGAAATGAA  150
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CAAGACA-CAGCTCTCTGGTCCCTATTTC-TGTCAATCAAATGAAATGAG  138

seq1  GGAAATACCAACTACCCACTCGGCAAGAGTGCCAGCTATCACCCAGTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATACCAACTACCCACTCGGCAAGAGTGCCAGCTATCACCCAGTGGG  188

seq1  GTGGGGTGGGAGGCTGGGGGCAAGACTGTTGCCATTGCAGCAACAGGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTGGGAGGCTGGGGGCAAGACTGTTGCCATTGCAGCAACAGGGTA  238

seq1  CTGCTGGAGTTCAGACCAGAGGACACTTCTTTCTCTTCTCTCTTCCTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGAGTTCAGACCAGAGGACACTTCTTTCTCTTCTCTCTTCCTCTC  288

seq1  CTGGTAAAGGGATCCCAGCCTTAAAGGACCACGCCAGAGACAGGTAATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAAAGGGATCCCAGCCTTAAAGGACCACGCCAGAGACAGGTAATTG  338

seq1  GTGTGAAAGCTTGGCAGCTGCCTCTGTCAATAGCTCAGCACCTGGAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAAGCTTGGCAGCTGCCTCTGTCAATAGCTCAGCACCTGGAGCAT  388

seq1  GGCTCATGTCAGTTGGAAGTGAATGAAGATCAGATTTATGCCCTTCCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATGTCAGTTGGAAGTGAATGAAGATCAGATTTATGCCCTTCCCAA  438

seq1  GCCTTTGACCTTGGTTTAGGGTCAAGAATTTAACATTTCCTGCTTGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGACCTTGGTTTAGGGTCAAGAATTTAACATTTCCTGCTTGAGAA  488

seq1  CCTGAAGCCAAGGTGTCATTTTAACATTAAGAGCATAAAGAGTCCTTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGCCAAGGTGTCATTTTAACATTAAGAGCATAAAGAGTCCTTGTC  538

seq1  TTTATCTAGGAAGGCAGAGGGTGTCTCCTCTAACCACGGGTCCTTATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTAGGAAGGCAGAGGGTGTCTCCTCTAACCACGGGTCCTTATCAC  588

seq1  TGCCTCAGGCTTGTTCCAGCTCTTAGCAAGTCTAGATAGATCACGCCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAGGCTTGTTCCAGCTCTTAGCAAGTCTAGATAGATCACGCCCTG  638

seq1  ATGACGTGTCCTAATTATTATTATTACTCCTATTTGGAGCTTGGTGTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGTGTCCTAATTATTATTATTACTCCTATTTGGAGCTTGGTGTTAG  688

seq1  GGATGGAACTCCTAAGTAGAATGCTAAGCAAGCACTCTAGCATTGAGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAACTCCTAAGTAGAATGCTAAGCAAGCACTCTAGCATTGAGCTC  738

seq1  CACCCTCCGGTCAACTTCAGCGAGCTTAAGAACCTAAAACCCTTCCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCCGGTCAACTTCAGCGAGCTTAAGAACCTAAAACCCTTCCACAG  788

seq1  GGGCGGGGCTCTTACATTTCCCGTGTCATTAGCGTTTAGTTATGCCTTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGGGGCTCTTACATTTCCCGTGTCATTAGCGTTTAGTTATGCCTTGC  838

seq1  ATAAATAGCATATCACCGTTTTATTTTGACCTGAAACTTTCTGTCTTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAGCATATCACCGTTTTATTTTGACCTGAAACTTTCTGTCTTTAT  888

seq1  TCATTTTATAAGAATTTATTTCCTTTACTTCATTGGGAGTGGGTAGCAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTATAAGAATTTATTTCCTTTACTTCATTGGGAGTGGGTAGCAGA  938

seq1  GCTTGGGAGGAGATGGCTCTGCAGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTGCAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGAGGAGATGGCTCTGCAGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTGCAGA  988

seq1  GGTCCTGAGTTTAGTTCCCAGCTGCCTTCTGGCCTCCGGGGCACCTACAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGAGTTTAGTTCCCAGCTGCCTTCTGGCCTCCGGGGCACCTACAC  1038

seq1  GCATGCACACAGACTCACATACCACACACTCATTCACATACCAGAATTC  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCACACAGACTCACATACCACACACTCATTCACATACCAGAATTC  1087

seq1: chr3_100220820_100221946
seq2: B6Ng01-111J07.g_70_1174

seq1  GAATTCCAATACAAAGATAGGAATTCTGGGAAAGAGGCAGGTACTAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATACAAAGATAGGAATTCTGGGAAAGAGGCAGGTACTAGAAG  50

seq1  ATTTGCCACTCAGATTCTGAGGAAGTTGGACATATAAAACAGAGGAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCACTCAGATTCTGAGGAAGTTGGACATATAAAACAGAGGAGAGG  100

seq1  TAACTAGCCACGTCTTAGGCATGGGATAGTTTCAACGGAATGATTGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGCCACGTCTTAGGCATGGGATAGTTTCAACGGAATGATTGAGTT  150

seq1  ATGACCTAGTGGAGGAATAAGCCCAAGTATAAGGCCTAAGCATCTTACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTAGTGGAGGAATAAGCCCAAGTATAAGGCCTAAGCATCTTACAT  200

seq1  AATTAAGCCTCCAAGTCATTATTGGAGAATTGGGGTGCAGGTAGAAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGCCTCCAAGTCATTATTGGAGAATTGGGGTGCAGGTAGAAAGCC  250

seq1  CACCATTACAGTAACACTGGCACTGATATTTACAATCAGGTAGCACAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTACAGTAACACTGGCACTGATATTTACAATCAGGTAGCACAGGA  300

seq1  TTGGTCCAGCAGGAGGGCTTAGCAGGAGAACTAAGTACTTGCTGCCAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCCAGCAGGAGGGCTTAGCAGGAGAACTAAGTACTTGCTGCCAAGC  350

seq1  CTGATGACCCGAGTTAGAGCCTGGGGTTCACATGATGGGAGGTGGCCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGACCCGAGTTAGAGCCTGGGGTTCACATGATGGGAGGTGGCCTCC  400

seq1  ATATGTGTGCTTGGTCATATGCTCTCAACTGCACACACATACAGAGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTGCTTGGTCATATGCTCTCAACTGCACACACATACAGAGAGAG  450

seq1  AGAGAGAGAAAACACAGGATGTATTTTATATTTGTTTGCACAGGGTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAAAACACAGGATGTATTTTATATTTGTTTGCACAGGGTGAGA  500

seq1  AGACTTGAGTGGTCCTTACATGGTATCCCCCATCAGCTGAGACTCCTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGAGTGGTCCTTACATGGTATCCCCCATCAGCTGAGACTCCTGTC  550

seq1  CACACACTGCTGGGTTTGGTTGTCACCCACGCTTGGGCCAACCTATTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTGCTGGGTTTGGTTGTCACCCACGCTTGGGCCAACCTATTCTG  600

seq1  TAAGGATAGCCCTCTGTGCACACCTATCGTGCACACTCCACAGCAGTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATAGCCCTCTGTGCACACCTATCGTGCACACTCCACAGCAGTGTC  650

seq1  CTTGGCACAGCTCCAGCCGAGACCCTCCCTGTCCAAAAACCTCGCATACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCACAGCTCCAGCCGAGACCCTCCCTGTCCAAAAACCTCGCATACC  700

seq1  CTGTTGGTTTCCCCCATCTTCTCTCCCCAGAATCTGTCTCTCACAGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGTTTCCCCCATCTTCTCTCCCCAGAATCTGTCTCTCACAGGGAA  750

seq1  GAATCCTCTATCCTGATCTAGTGGCAGGGAAAAAGTCTTCAGTGAGCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTCTATCCTGATCTAGTGGCAGGGAAAAAGTCTTCAGTGAGCTAT  800

seq1  AATCTGGAGTCCAGAGGAAAGGTAGGAACTGACCGCTATTGAGACCCACC  850
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGAGTCCAGAGG-AAGGTAGGAACTGACCGCTATTGAGACCCACC  849

seq1  ATGTAGCAAGTA-TTTTTACACAGAACATCCTATGTAGCTCTGTTAGCAG  899
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCAAGTATTTTTTACACAGAACATCCTTTGTAGCTCTGTTAGCAG  899

seq1  CCTCCACGGATGGGTATTGGCAAACTCATTTTACATGCAGCCCAATGGCA  949
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCTCCACGGATGGGTATTGGC-AACTCATTTTACATGCAGCCCAATTGCA  948

seq1  GCCTGATTCCTCCTTCCTCTCCCATGCTGGTGATTAGCACGAGCCCTTGG  999
      ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCCTGATTCCT-CTTCCTCT-CCATGCTGGTGATTAGCACGAGCCC-TGG  995

seq1  CAGCCGCAGTTCTTTCCGTTTCCCACCCCCTCCTTCCCACTCCCACCCCT  1049
      ||| ||||| ||||  |||||||  ||| ||     |||||||||||   
seq2  CAG-CGCAG-TCTT--CGTTTCCACCCCTCT-----CCACTCCCACC---  1033

seq1  TGTTTTCCACATAAGAAGCAGCACACTGAGAGAG-CTGCTGCTGTTTCTT  1098
      |||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||
seq2  TGTTTTCCACAT-AGAAGCAGCACACTGA-AGAGCCTGCTTCTTTTTCTT  1081

seq1  GTGTACAAGTTGCCAAGGGAAGTCTCTAT  1127
      ||||||| ||   ||||   |||||||||
seq2  GTGTACAGGT--GCAAG---AGTCTCTAT  1105