BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111M21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 151,544,311 - 151,693,211
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040741, LOC100040597
Upstream geneEltd1, Ifi44, H28, Ptgfr
Downstream geneLOC676548, Gipc2, Dnajb4, Fubp1, Nexn, C030011O14Rik, Usp33, Zzz3, Ak5, LOC100040705, Pigk, Rpl29-ps1, St6galnac5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111M21.bB6Ng01-111M21.g
ACCDH918048DH918049
length1,1461,076
definitionDH918048|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111M21, 5' end.DH918049|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,544,311 - 151,545,461)(151,692,107 - 151,693,211)
sequence
gaattcaatctccagagcccacctaaaaggtagaaaaaataaactaaccc
cataaaattgtcatcggacctctacatgcacactgtggtacttgcaagcc
tatgcacacatacatgtacacactaggtagagaaataaatgtaatactta
aaacatattctgcatctaatccatcatttggttgtttttgctgagctgct
ccaaggaataatctgtgcccaggactaggtaggtgattcatcagagaggt
acctgccacacaagcatgcaagcctcagccagttcctcagcacccatgga
aaaacacaagacatggtgacatgcatatgtagcccccgttcaaggagggt
ggaagcaggcagatccctgaaggccactggacatccaaccatatcaagta
aataaactccaggttcagtgagaactttaagctagctcaaaatttaaggc
agagaagctagtaattaatagcacttactgctcttctagaggacttcaga
tttagttttcaaacccacaaggctgctcacaaccatctgtaactctagtt
ccagaggatactctcctggtctctatcagatcctgaacacacatggtgca
cataaactcacacacacacacacacacacacacacacacaaataataaat
aaaccatctcttaaagactaaggtgaagtcggcggtcttacctatgttgg
gtctatgttgagattcatgacccttcattaccacaaaggccatgtagatg
tccatgtgctgtgctgcttcaagccatgttgatgtgagtggcctgtgctt
tcactgaggattatgacggtgcccatgggcccatgcagtggcagagggtc
atgtagatgtctgtggtctgtactttcaacagagaccatgctgaggtttt
gtagctttgtccttgacaccagagaccacgtggatgtctggtggtccata
ctgtgaccagaaaccatgtgtaagtccatgatgcgtgctcctacagactg
taaaagcaagaaagctacttttacagtgtacagatgactgcagctcactg
ttgagaagggccatagaagctcttgtgacaaccttacccccttcccacca
actcacaaaaaaaaaggtacatggcctagacagaagaatgtgaaag
gaattcagtctgtggcagaggtgagatgagacctctgagggaaacacatt
ccttcaggacttggaggcgataaaattgctgaggaagggagtaaggttgg
ggcctcttcttttccatcttccactctaggttttatttcttttgagtctt
accacaaaagagctcagagtggccccaacatagcaggttagtggtgtgat
ggaaccactatttacatagcttcattagcttcttatttgattggaatgaa
aatattccccactgatgggtgagtgacctaacgcagcagcaagttacttg
ggattgcttagtggctcatgctcaaagcagagcacatttgtttacaggag
ttgtgcctttttaggcagggccagccacttcgtttgcttcttttgaagtc
tcttctgcctgcatttgctggtttgtggctgggtgttatcagggcagata
accacagtgtggtcatctgtctgtggttaggctattagagagtgggaaga
tggccttgctctaattgtgcacaatcatatctccacctccctccacactt
tttctcctggtgactgtgatggttagctctaatgatgggccttccacagt
ctagaatcacagcatgagagagcctcgtagagcatgtgtacatcaggttg
gccttagggcattcctaggagggacttttcttaattaggataattgttgt
gggaagacccagcccactttgggaggtaccataccctaggttgggctctg
gcttatctagggagagtgagaatgagctgcggaccaggcaggcatgaatt
atttctgtctttgcccttagatatgatgtgactgagtcatgcagtgtgac
ctcaattgtgagttcagtaaacctttttttcccctgagtacttttgtagt
gattgtatcacagtatggagtgacacaggacagtcacgacttgtaagcct
catgacactgatggaaacaaactacagagtgtttgtgatgcgacaagcga
cagtgtggggtgccctcccagtgaccgatcttcctcagcaagtgatcaaa
ctctcctccctcaagatctttttata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_151544311_151545461
seq2: B6Ng01-111M21.b_46_1191

seq1  GAATTCAATCTCCAGAGCCCACCTAAAAGGTAGAAAAAATAAACTAACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTCCAGAGCCCACCTAAAAGGTAGAAAAAATAAACTAACCC  50

seq1  CATAAAATTGTCATCGGACCTCTACATGCACACTGTGGTACTTGCAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATTGTCATCGGACCTCTACATGCACACTGTGGTACTTGCAAGCC  100

seq1  TATGCACACATACATGTACACACTAGGTAGAGAAATAAATGTAATACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACACATACATGTACACACTAGGTAGAGAAATAAATGTAATACTTA  150

seq1  AAACATATTCTGCATCTAATCCATCATTTGGTTGTTTTTGCTGAGCTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATATTCTGCATCTAATCCATCATTTGGTTGTTTTTGCTGAGCTGCT  200

seq1  CCAAGGAATAATCTGTGCCCAGGACTAGGTAGGTGATTCATCAGAGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAATAATCTGTGCCCAGGACTAGGTAGGTGATTCATCAGAGAGGT  250

seq1  ACCTGCCACACAAGCATGCAAGCCTCAGCCAGTTCCTCAGCACCCATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCACACAAGCATGCAAGCCTCAGCCAGTTCCTCAGCACCCATGGA  300

seq1  AAAACACAAGACATGGTGACATGCATATGTAGCCCCCGTTCAAGGAGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAAGACATGGTGACATGCATATGTAGCCCCCGTTCAAGGAGGGT  350

seq1  GGAAGCAGGCAGATCCCTGAAGGCCACTGGACATCCAACCATATCAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAGGCAGATCCCTGAAGGCCACTGGACATCCAACCATATCAAGTA  400

seq1  AATAAACTCCAGGTTCAGTGAGAACTTTAAGCTAGCTCAAAATTTAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACTCCAGGTTCAGTGAGAACTTTAAGCTAGCTCAAAATTTAAGGC  450

seq1  AGAGAAGCTAGTAATTAATAGCACTTACTGCTCTTCTAGAGGACTTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCTAGTAATTAATAGCACTTACTGCTCTTCTAGAGGACTTCAGA  500

seq1  TTTAGTTTTCAAACCCACAAGGCTGCTCACAACCATCTGTAACTCTAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTTTCAAACCCACAAGGCTGCTCACAACCATCTGTAACTCTAGTT  550

seq1  CCAGAGGATACTCTCCTGGTCTCTATCAGATCCTGAACACACATGGTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGATACTCTCCTGGTCTCTATCAGATCCTGAACACACATGGTGCA  600

seq1  CATAAACTCACACACACACACACACACACACACACACACAAATAATAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACTCACACACACACACACACACACACACACACACAAATAATAAAT  650

seq1  AAACCATCTCTTAAAGACTAAGGTGAAGTCGGCGGTCTTACCTATGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATCTCTTAAAGACTAAGGTGAAGTCGGCGGTCTTACCTATGTTGG  700

seq1  GTCTATGTTGAGATTCATGACCCTTCATTACCACAAAGGCCATGTAGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGTTGAGATTCATGACCCTTCATTACCACAAAGGCCATGTAGATG  750

seq1  TCCATGTGCTGTGCTGCTTCAGGCCATGTTGATGTGAGTGGCCTGTGCTT  800
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTGCTGTGCTGCTTCAAGCCATGTTGATGTGAGTGGCCTGTGCTT  800

seq1  TCACTGAGGATTATGACGGTGCCCAT-GGCCCATGCAGTGGCAGAGGGTC  849
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGGATTATGACGGTGCCCATGGGCCCATGCAGTGGCAGAGGGTC  850

seq1  ATGTAGATGTCTGTGGTCTGTACTTCCAACAGAGACCATGCTGAGG-TCT  898
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |
seq2  ATGTAGATGTCTGTGGTCTGTACTTTCAACAGAGACCATGCTGAGGTTTT  900

seq1  GTAGC-TTGTCC-TGACACCAGAGACCACGTGGATGTCT-GTGGTCCATA  945
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTAGCTTTGTCCTTGACACCAGAGACCACGTGGATGTCTGGTGGTCCATA  950

seq1  CTGTGACCAGAAACCATGTGTAAGTCCATGATGCGTGCTCCTACAGACTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACCAGAAACCATGTGTAAGTCCATGATGCGTGCTCCTACAGACTG  1000

seq1  TAAAAGGCAAGAAAGCTACTTTTACAGTGGTACAGATGACTGCAGGCTCA  1045
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  TAAAA-GCAAGAAAGCTACTTTTACAGT-GTACAGATGACTGCA-GCTCA  1047

seq1  CTGTTGAGAAAGGGCCATAGAAGGCTTCTGTGACAACCCTTACCCCCTCC  1095
      |||||||| ||||||||||||| |||  |||||||| ||||||||||| |
seq2  CTGTTGAG-AAGGGCCATAGAA-GCTCTTGTGACAA-CCTTACCCCCTTC  1094

seq1  CCACCCCACTCACCAAAAAAAAAAGGTA-ACAGCCTAGACAGAAAGAATT  1144
      ||| || ||||||  ||||||||||||| |  |||||||||| ||||| |
seq2  CCA-CCAACTCAC--AAAAAAAAAGGTACATGGCCTAGACAG-AAGAA-T  1139

seq1  GTGAAAG  1151
      |||||||
seq2  GTGAAAG  1146

seq1: chr3_151692107_151693211
seq2: B6Ng01-111M21.g_68_1143 (reverse)

seq1  TATAAAAAGGAATCTTGGGAGGGAGGGAGAGGTTTGATTCACTTGGGCTG  50
      |||||||||  |||||  |||||| ||||| |||||| ||||||  ||||
seq2  TATAAAAAG--ATCTT--GAGGGA-GGAGA-GTTTGA-TCACTT--GCTG  41

seq1  AGGAGGGATCGGTCACTGGGGGAGGGGCACCCCACACTGTCGCTTTTGTC  100
      ||||  ||||||||||||||    |||||||||||||||||||  |||||
seq2  AGGA-AGATCGGTCACTGGG---AGGGCACCCCACACTGTCGC--TTGTC  85

seq1  GCATCACAAACACCTCTTGTAGTTTTGGTTTCCATCACGTTGTCATGAGG  150
      |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||   ||||||||||
seq2  GCATCACAAACA-CTC-TGTAGTTT--GTTTCCATCA--GTGTCATGAGG  129

seq1  CTTTACAAGTCGGTGACTGTCCCTGTGTCACCTCCATTACTGTGATACAA  200
      | ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  C-TTACAAGTC-GTGACTGT-CCTGTGTCA-CTCCA-TACTGTGATACAA  174

seq1  TCACTAACAAAAGTAACTCAGGGGAAAAAAAGGTTTACTGAACTCACAAT  250
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCACT-ACAAAAGT-ACTCAGGGGAAAAAAAGGTTTACTGAACTCACAA-  221

seq1  TTGAGGTCACACTGCATGACTCAGTCACATCATATCTAAGGGCAAAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTCACACTGCATGACTCAGTCACATCATATCTAAGGGCAAAGACA  271

seq1  GAAATAATTCATGCCTGCCTGGTCCGCAGCTCATTCTCACTCTCCCTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATTCATGCCTGCCTGGTCCGCAGCTCATTCTCACTCTCCCTAGA  321

seq1  TAAGCCAGAGCCCAACCTAGGGTATGGTACCTCCCAAAGTGGGCTGGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAGAGCCCAACCTAGGGTATGGTACCTCCCAAAGTGGGCTGGGTC  371

seq1  TTCCCACAACAATTATCCTAATTAAGAAAAGTCCCTCCTAGGAATGCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACAACAATTATCCTAATTAAGAAAAGTCCCTCCTAGGAATGCCCT  421

seq1  AAGGCCAACCTGATGTACACATGCTCTACGAGGCTCTCTCATGCTGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAACCTGATGTACACATGCTCTACGAGGCTCTCTCATGCTGTGAT  471

seq1  TCTAGACTGTGGAAGGCCCATCATTAGAGCTAACCATCACAGTCACCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGACTGTGGAAGGCCCATCATTAGAGCTAACCATCACAGTCACCAGG  521

seq1  AGAAAAAGTGTGGAGGGAGGTGGAGATATGATTGTGCACAATTAGAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGTGTGGAGGGAGGTGGAGATATGATTGTGCACAATTAGAGCAA  571

seq1  GGCCATCTTCCCACTCTCTAATAGCCTAACCACAGACAGATGACCACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCTTCCCACTCTCTAATAGCCTAACCACAGACAGATGACCACACT  621

seq1  GTGGTTATCTGCCCTGATAACACCCAGCCACAAACCAGCAAATGCAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTATCTGCCCTGATAACACCCAGCCACAAACCAGCAAATGCAGGCA  671

seq1  GAAGAGACTTCAAAAGAAGCAAACGAAGTGGCTGGCCCTGCCTAAAAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGACTTCAAAAGAAGCAAACGAAGTGGCTGGCCCTGCCTAAAAAGG  721

seq1  CACAACTCCTGTAAACAAATGTGCTCTGCTTTGAGCATGAGCCACTAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTCCTGTAAACAAATGTGCTCTGCTTTGAGCATGAGCCACTAAGC  771

seq1  AATCCCAAGTAACTTGCTGCTGCGTTAGGTCACTCACCCATCAGTGGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAAGTAACTTGCTGCTGCGTTAGGTCACTCACCCATCAGTGGGGA  821

seq1  ATATTTTCATTCCAATCAAATAAGAAGCTAATGAAGCTATGTAAATAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCATTCCAATCAAATAAGAAGCTAATGAAGCTATGTAAATAGTG  871

seq1  GTTCCATCACACCACTAACCTGCTATGTTGGGGCCACTCTGAGCTCTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCATCACACCACTAACCTGCTATGTTGGGGCCACTCTGAGCTCTTTT  921

seq1  GTGGTAAGACTCAAAAGAAATAAAACCTAGAGTGGAAGATGGAAAAGAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAAGACTCAAAAGAAATAAAACCTAGAGTGGAAGATGGAAAAGAAG  971

seq1  AGGCCCCAACCTTACTCCCTTCCTCAGCAATTTTATCGCCTCCAAGTCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCCAACCTTACTCCCTTCCTCAGCAATTTTATCGCCTCCAAGTCCT  1021

seq1  GAAGGAATGTGTTTCCCTCAGAGGTCTCATCTCACCTCTGCCACAGACTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAATGTGTTTCCCTCAGAGGTCTCATCTCACCTCTGCCACAGACTG  1071

seq1  AATTC  1105
      |||||
seq2  AATTC  1076