BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-111P12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,795,642 - 117,967,463
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC674908, D3Bwg0562e, 4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneDpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-111P12.bB6Ng01-111P12.g
ACCDH918163DH918164
length1,0531,167
definitionDH918163|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111P12, 5' end.DH918164|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-111P12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,795,642 - 117,796,704)(117,966,286 - 117,967,463)
sequence
gaattctaatgtcttcacatccctagaattgctgaggatgtatgtgctgg
ggagcaaattaagatcttcaggcttccatatgaagtattttaccaacaga
gccatctttccagccccttgatgtctctttacttttgggtggatttccat
ttgacttgaaatttttgccttttcattaacctgtctctttactatattca
aagagtttttttacctgactagtgagatagaatgaagggattggttgtat
actcagagctcagcctctttcacctgttgtttctgtgacatgcctttgaa
tggaaagtggaatctccagtctgctctgtgtgtagtggctcctgatccct
gcagactcagaaagcctgccgccctgcagtgcctgctgtgagcgactgga
agaccagattctctctgaagtttgctatgagagatctattttgggcttga
acttaaccttcattcttcattttctgtttaatctacccctaaccccacct
gtctatctaccttagaactctgctagttgcaacaataacaaaacaacaac
aacaatcatcaactctgtagactgactctgggatgctatttaaagaagaa
ggaaattacatgtggtcatcttgtttttacttttattttggctataattt
atagagagcatttgtagttcctggcactaagcaaagacctttatgacccg
tatcttatatatccccatagcaaatatgaaagatttgcagatagaagact
gaggctcattcacaacttatactcatttggttaatatgtatttattggat
acgtgctatgttccagttctaaaataaacaagcagtcaggatatatgcat
ttgtaaagaggaattacatatacatatacatatacatatacatatagaaa
tagagatttatcatttatcatgtgaagaaatggaattccaattttgatta
gtggcatacaaaatgatacaatatgacccagaagaaaacattttctcaga
tcactgagattagttgaagaagatcatgtctactttgctgggtaggtttg
agt
gaattcatgctgtccaggttgcttcccacagggctctttctgtttgtgta
cagcatcagaaaataacataggaagactccatgtctgagtgacagtgata
gacaagatgatttttaaaacttttgttttaaccccttgatttgttttctt
accaactcctttgttaacactgtgggcacattcttttttcttttaatgaa
aaaatgaatagaaagagtgaaataaagtataccatcaaaaaataaaaccc
aaattatagagaggtgcttagtgaagttatagaggcatctggaggtcttg
gattggacttcgatcactatgacccttaaagtagatgtctcccaagtgga
agctttagagtaggggttcagaagtgtctgtattaaaatgtctatgctac
ttttatacaggttagtgatttggagtacatttcccttcatctgcatcagt
tgctttatgtgtgaaatgcaaataatagtaccctcaatgagtgttatgac
tgtgttagtctaaattagaataacaatgtagtttttgatgttctagttga
tatctaaaatgcatttagagtgtcatctctcacatatcacgataagtgat
ttgttaatgaaataaatacataaaatatggaccatgggaaagctgtcttg
gattctgaacatacatacatacatacatacatacatacatacacatatga
tacacatagaaaataataaatgttaatttatagaatttatatgtaaatat
atatatgtatatatttttctttcattctaaaacttatatcatctactttg
tatttaaaagttgttcttaacataactcactgacattcatatctaatttt
gtacattggaggctgtgctaaaattgttgttgttgcatcaggaaactgac
aagtggcacttgagattaagattttacctgtaaaacaaagctggcattgt
atagggataatagatatggaagtatgctatattttaaataatcacattct
aagactgtattatagattctgaacttcatacagccttctgtaacaagtaa
ttatccacttaatttcctctggtgagataataaaatatttgatccagatt
ccagcaaaatcagaatttacttctaaggaatgaaccagggataaacctgc
agtcattgttaatcatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117795642_117796704
seq2: B6Ng01-111P12.b_49_1101

seq1  GAATTCTAATGTCTTCACATCCCTAGAATTGCTGAGGATGTATGTGCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATGTCTTCACATCCCTAGAATTGCTGAGGATGTATGTGCTGG  50

seq1  GGAGCAAATTAAGATCTTCAGGCTTCCATATGAAGTATTTTACCAACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAATTAAGATCTTCAGGCTTCCATATGAAGTATTTTACCAACAGA  100

seq1  GCCATCTTTCCAGCCCCTTGATGTCTCTTTACTTTTGGGTGGATTTCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTTCCAGCCCCTTGATGTCTCTTTACTTTTGGGTGGATTTCCAT  150

seq1  TTGACTTGAAATTTTTGCCTTTTCATTAACCTGTCTCTTTACTATATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTGAAATTTTTGCCTTTTCATTAACCTGTCTCTTTACTATATTCA  200

seq1  AAGAGTTTTTTTACCTGACTAGTGAGATAGAATGAAGGGATTGGTTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTTTTTTACCTGACTAGTGAGATAGAATGAAGGGATTGGTTGTAT  250

seq1  ACTCAGAGCTCAGCCTCTTTCACCTGTTGTTTCTGTGACATGCCTTTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAGCTCAGCCTCTTTCACCTGTTGTTTCTGTGACATGCCTTTGAA  300

seq1  TGGAAAGTGGAATCTCCAGTCTGCTCTGTGTGTAGTGGCTCCTGATCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGTGGAATCTCCAGTCTGCTCTGTGTGTAGTGGCTCCTGATCCCT  350

seq1  GCAGACTCAGAAAGCCTGCCGCCCTGCAGTGCCTGCTGTGAGCGACTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTCAGAAAGCCTGCCGCCCTGCAGTGCCTGCTGTGAGCGACTGGA  400

seq1  AGACCAGATTCTCTCTGAAGTTTGCTATGAGAGATCTATTTTGGGCTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGATTCTCTCTGAAGTTTGCTATGAGAGATCTATTTTGGGCTTGA  450

seq1  ACTTAACCTTCATTCTTCATTTTCTGTTTAATCTACCCCTAACCCCACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAACCTTCATTCTTCATTTTCTGTTTAATCTACCCCTAACCCCACCT  500

seq1  GTCTATCTACCTTAGAACTCTGCTAGTTGCAACAATAACAAAACAACAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATCTACCTTAGAACTCTGCTAGTTGCAACAATAACAAAACAACAAC  550

seq1  AACAATCATCAACTCTGTAGACTGACTCTGGGATGCTATTTAAAGAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCATCAACTCTGTAGACTGACTCTGGGATGCTATTTAAAGAAGAA  600

seq1  GGAAATTACATGTGGTCATCTTGTTTTTACTTTTATTTTGGCTATAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTACATGTGGTCATCTTGTTTTTACTTTTATTTTGGCTATAATTT  650

seq1  ATAGAGAGCATTTGTAGTTCCTGGCACTAAGCAAAGACCTTTATGACCCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAGCATTTGTAGTTCCTGGCACTAAGCAAAGACCTTTATGACCCG  700

seq1  TATCTTATATATCCCCATAGCAAATATGAAAGATTTGCAGATAGAAGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATATATCCCCATAGCAAATATGAAAGATTTGCAGATAGAAGACT  750

seq1  GAGGCTCATTCACAACTTATACTCATTTGGTTAATATGTATTTATTGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCATTCACAACTTATACTCATTTGGTTAATATGTATTTATTGGAT  800

seq1  ACGTGCTATGTTCCAGTTCTAAAATAAACAAGCAGTCAGGATATATGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGCTATGTTCCAGTTCTAAAATAAACAAGCAGTCAGGATATATGCAT  850

seq1  TTGTAAAGAGGAATTACATATACATATACATATACATATACATATAGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGAGGAATTACATATACATATACATATACATATACATATAGAAA  900

seq1  TAGAGATATATCATTTATCCATGTGAAGAAAATGGAATTCCAATTTTGAT  950
      ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATTTATCATTTAT-CATGTGAAG-AAATGGAATTCCAATTTTGAT  948

seq1  TAGTGGCATACAAAATGATACAATATGACCCAGAAGAAAACA-TTTCTCA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAGTGGCATACAAAATGATACAATATGACCCAGAAGAAAACATTTTCTCA  998

seq1  AGAATCACTGAGGATTAGTTGAAAGAAGATTCCATGTCTACTTTGGCTGA  1049
         |||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||| 
seq2  --GATCACTGA-GATTAGTTG-AAGAAGAT--CATGTCTACTTT-GCTGG  1041

seq1  GTAGGGGTTTGAGT  1063
      |||  |||||||||
seq2  GTA--GGTTTGAGT  1053

seq1: chr3_117966286_117967463
seq2: B6Ng01-111P12.g_68_1234 (reverse)

seq1  AATGATATAAACAATGACTGGCCAGAGTTTTAACCCCTTGTTCAATTCCT  50
      ||||  || |||||||||||  ||| ||||  | |||| |||| ||||||
seq2  AATG--ATTAACAATGACTG--CAG-GTTT--ATCCCTGGTTC-ATTCCT  42

seq1  TATGAAAGATAATCTGATTTTTGCTG--ATCTGGATCAATATTTTTATTA  98
      || |||  | | ||||| ||||||||  |||||||||||   ||||||||
seq2  TA-GAAGTAAATTCTGA-TTTTGCTGGAATCTGGATCAAATATTTTATTA  90

seq1  -CTCAACCAGAGAGAATT-AGTGGAATTATTACCTTGTTTACAG-AGGCT  145
       ||| |||||||  |||| ||||| || |||| |||| |||||| |||||
seq2  TCTC-ACCAGAGGAAATTAAGTGG-ATAATTA-CTTG-TTACAGAAGGCT  136

seq1  GTATGAAGTTCAGAATCTATATAACAGTCTTAGAATGTGATTATGTAAAA  195
      |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTATGAAGTTCAGAATCTATAATACAGTCTTAGAATGTGATTATTTAAAA  186

seq1  ATAATAGCAATACTTCCATATCTATTATCCCTATACAATGCCAGCTTTGT  245
         ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --TATAGC-ATACTTCCATATCTATTATCCCTATACAATGCCAGCTTTGT  233

seq1  TTTACAGGTAAAATCTT-ATCTAAAGTGCCACTTGTCAGTTTCCCTGATG  294
      ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTACAGGTAAAATCTTAATCTCAAGTGCCACTTGTCAGTTT-CCTGATG  282

seq1  CAACAAACAACAATTTTAGCACAGCCTCCAATGTAC-AAATTAGATATGA  343
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAAC-AACAACAATTTTAGCACAGCCTCCAATGTACAAAATTAGATATGA  331

seq1  ATGTCAGTGAGTTATGTTAAGAACAACTTTTAAATAC-AAGTAGATGATA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGTCAGTGAGTTATGTTAAGAACAACTTTTAAATACAAAGTAGATGATA  381

seq1  TAAGTTTTAGAATGAAAGAAAAATATATACATATATATATTTACATATAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTTAGAATGAAAGAAAAATATATACATATATATATTTACATATAA  431

seq1  ATTCTATAAATTAACATTTATTATTTTCTATGTGTATCATATGTGTATGT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATAAATTAACATTTATTATTTTCTATGTGTATCATATGTGTATGT  481

seq1  ATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTTCAGAATCCAAGACAGCTTTCC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTTCAGAATCCAAGACAGCTTTCC  531

seq1  CATGGTCCATATTTTATGTATTTATTTCATTAACAAATCACTTATCGTGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCCATATTTTATGTATTTATTTCATTAACAAATCACTTATCGTGA  581

seq1  TATGTGAGAGATGACACTCTAAATGCATTTTAGATATCAACTAGAACATC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAGAGATGACACTCTAAATGCATTTTAGATATCAACTAGAACATC  631

seq1  AAAAACTACATTGTTATTCTAATTTAGACTAACACAGTCATAACACTCAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTACATTGTTATTCTAATTTAGACTAACACAGTCATAACACTCAT  681

seq1  TGAGGGTACTATTATTTGCATTTCACACATAAAGCAACTGATGCAGATGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTACTATTATTTGCATTTCACACATAAAGCAACTGATGCAGATGA  731

seq1  AGGGAAATGTACTCCAAATCACTAACCTGTATAAAAGTAGCATAGACATT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATGTACTCCAAATCACTAACCTGTATAAAAGTAGCATAGACATT  781

seq1  TTAATACAGACACTTCTGAACCCCTACTCTAAAGCTTCCACTTGGGAGAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACAGACACTTCTGAACCCCTACTCTAAAGCTTCCACTTGGGAGAC  831

seq1  ATCTACTTTAAGGGTCATAGTGATCGAAGTCCAATCCAAGACCTCCAGAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTTAAGGGTCATAGTGATCGAAGTCCAATCCAAGACCTCCAGAT  881

seq1  GCCTCTATAACTTCACTAAGCACCTCTCTATAATTTGGGTTTTATTTTTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTATAACTTCACTAAGCACCTCTCTATAATTTGGGTTTTATTTTTT  931

seq1  GATGGTATACTTTATTTCACTCTTTCTATTCATTTTTTCATTAAAAGAAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTATACTTTATTTCACTCTTTCTATTCATTTTTTCATTAAAAGAAA  981

seq1  AAAGAATGTGCCCACAGTGTTAACAAAGGAGTTGGTAAGAAAACAAATCA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGTGCCCACAGTGTTAACAAAGGAGTTGGTAAGAAAACAAATCA  1031

seq1  AGGGGTTAAAACAAAAGTTTTAAAAATCATCTTGTCTATCACTGTCACTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTAAAACAAAAGTTTTAAAAATCATCTTGTCTATCACTGTCACTC  1081

seq1  AGACATGGAGTCTTCCTATGTTATTTTCTGATGCTGTACACAAACAGAAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGGAGTCTTCCTATGTTATTTTCTGATGCTGTACACAAACAGAAA  1131

seq1  GAGCCCTGTGGGAAGCAACCTGGACAGCATGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTGTGGGAAGCAACCTGGACAGCATGAATTC  1167