BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119I08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 135,405,847 - 135,529,445
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc39a8
Upstream geneTacr3, LOC229837, LOC100039290, EG620439, Cenpe, Bdh2, C80638, 4933425K02Rik, Zcd2, Ube2d3, Manba, LOC668745, Nfkb1, ENSMUSG00000045520
Downstream geneLOC100039350, LOC383923, Bank1, LOC100039477, LOC668868, Ppp3ca
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119I08.bB6Ng01-119I08.g
ACCDH923712DH923713
length1,077682
definitionDH923712|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119I08, 5' end.DH923713|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,405,847 - 135,406,928)(135,528,764 - 135,529,445)
sequence
gaattctctttagaaatactattgatgaaacaattctcatattgaacttc
gggcagttccagagaaaaataggaaaatctgcaagaaagattttggcaca
ggaaaatgacttcttagagtggaccaggtgtttgtgctccctgtccccag
ctccatgtgtctccggaatggagaggatgtggggagaagggacatatgga
actagttgcttctgcccttaaggatggtgtatacctcctttctctttctt
ccttccttcccattgactggaaggtggaaaccttggaccaagtgaatgac
aatggagataaaagcagccaggggccctgatgattctgcagagcataggc
cccatccctgcagagaggttttcatgaggcaggcacgaccatcagatgga
agcagtgcctgctttgtgtgtgtcagaaacagcctgggctgcagcctaac
ttctttggctcctcaatctgtgtgtcagccatgttgaatgagatagtttt
ctctacgtcaagtgtatttttatgtctttacctttacctatgttgctccc
tggcctgaactgtatctttaagtatgttttctctatcagacaggcaaata
catatttattctgcgaaatgtaaaccaaaggactgtggggatggctcagt
gggtaagagcagttgcaagtgtgagggactgtgttctaatccccagaacc
catgtgaaaagccacacaccagtgcctctgtggttccactactgtgggga
atggagacagaaaggattgctggggcttagcggctgccagcccatctccc
catttagaaagagcccctgccgtaaaggaatggggtgggagtggttgatc
aaacacttggcatcctcaggcttccatgtgtgcatatgtgtgcatatgca
tgtatatgtgtgcatatgtgcggtatatgcatgtatatgatcctcactaa
cacacatacacagggttataatcaccaacatgaaggggagatttattgtt
tggattttttggaacatcttcaatgaccacattactcatggaagcaacgt
ccttctgcggttaccctgactcactta
gaattctctatctaaagaaacagaaatacagtatgatcaaagttaccagc
caaccaatgatctgattccaacctgaaggttcatttgttatgaattgaca
ctaaaattgttcttcaagtgactacaattatgttttattcattatcttta
tcagtaacataattatcactataataatgttaattttaaaaatctagatg
attgcttcagactaaacagacatcattataagcagatgaatatctgtaga
tgttatgcagttatatgtctgtgtgcattatggatgtgagaggatgcata
tgtgtaagactctactttgtaacatgatgtcagactcaaaatcattgttc
tagtttggaatctttatattagatatatcaaaatatataccatgaatgaa
ttaaagcacttgtcaagaaacgtggatgccattcatagaaccacaaagcc
ctttggcttagggaaaatttccatcatgcaacctactaagcaaatgtaaa
ctcaccaggtcctgcttcgggattcccaagctgcaggatgtggcatgtaa
agaacagagcacaaaataagtagttttgaaagcataaatagcagaattaa
aaaggaaataaggaatgaaggaagcagagagggagggtggaaggaaggaa
ggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_135405847_135406928
seq2: B6Ng01-119I08.b_47_1123

seq1  GAATTCTCTTTAGAAATACTATTGATGAAACAATTCTCATATTGAACTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTAGAAATACTATTGATGAAACAATTCTCATATTGAACTTC  50

seq1  GGGCAGTTCCAGAGAAAAATAGGAAAATCTGCAAGAAAGATTTTGGCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGTTCCAGAGAAAAATAGGAAAATCTGCAAGAAAGATTTTGGCACA  100

seq1  GGAAAATGACTTCTTAGAGTGGACCAGGTGTTTGTGCTCCCTGTCCCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATGACTTCTTAGAGTGGACCAGGTGTTTGTGCTCCCTGTCCCCAG  150

seq1  CTCCATGTGTCTCCGGAATGGAGAGGATGTGGGGAGAAGGGACATATGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTGTCTCCGGAATGGAGAGGATGTGGGGAGAAGGGACATATGGA  200

seq1  ACTAGTTGCTTCTGCCCTTAAGGATGGTGTATACCTCCTTTCTCTTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTGCTTCTGCCCTTAAGGATGGTGTATACCTCCTTTCTCTTTCTT  250

seq1  CCTTCCTTCCCATTGACTGGAAGGTGGAAACCTTGGACCAAGTGAATGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTCCCATTGACTGGAAGGTGGAAACCTTGGACCAAGTGAATGAC  300

seq1  AATGGAGATAAAAGCAGCCAGGGGCCCTGATGATTCTGCAGAGCATAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGATAAAAGCAGCCAGGGGCCCTGATGATTCTGCAGAGCATAGGC  350

seq1  CCCATCCCTGCAGAGAGGTTTTCATGAGGCAGGCACGACCATCAGATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCCCTGCAGAGAGGTTTTCATGAGGCAGGCACGACCATCAGATGGA  400

seq1  AGCAGTGCCTGCTTTGTGTGTGTCAGAAACAGCCTGGGCTGCAGCCTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGCCTGCTTTGTGTGTGTCAGAAACAGCCTGGGCTGCAGCCTAAC  450

seq1  TTCTTTGGCTCCTCAATCTGTGTGTCAGCCATGTTGAATGAGATAGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGCTCCTCAATCTGTGTGTCAGCCATGTTGAATGAGATAGTTTT  500

seq1  CTCTACGTCAAGTGTATTTTTATGTCTTTACCTTTACCTATGTTGCTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACGTCAAGTGTATTTTTATGTCTTTACCTTTACCTATGTTGCTCCC  550

seq1  TGGCCTGAACTGTATCTTTAAGTATGTTTTCTCTATCAGACAGGCAAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGAACTGTATCTTTAAGTATGTTTTCTCTATCAGACAGGCAAATA  600

seq1  CATATTTATTCTGCGAAATGTAAACCAAAGGACTGTGGGGATGGCTCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTATTCTGCGAAATGTAAACCAAAGGACTGTGGGGATGGCTCAGT  650

seq1  GGGTAAGAGCAGTTGCAAGTGTGAGGGACTGTGTTCTAATCCCCAGAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAGAGCAGTTGCAAGTGTGAGGGACTGTGTTCTAATCCCCAGAACC  700

seq1  CATGTGAAAAGCCACACACCAGTGCCTCTGTGGTTCCACTACTGTGGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGAAAAGCCACACACCAGTGCCTCTGTGGTTCCACTACTGTGGGGA  750

seq1  ATGGAGACAG-AAGGATTGCTGGGGCTTAGCGGCTGCCAGCCCATCTCCC  799
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGACAGAAAGGATTGCTGGGGCTTAGCGGCTGCCAGCCCATCTCCC  800

seq1  CATTTAGAAAGAGCCCCTGCCGTAAAGGAATGGGGTGGGAGTGGTTGATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGAAAGAGCCCCTGCCGTAAAGGAATGGGGTGGGAGTGGTTGATC  850

seq1  AGAACACTTGGCATCCTCAGGCTTCCATGTGTGCATATGTGTGCATATGC  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-AACACTTGGCATCCTCAGGCTTCCATGTGTGCATATGTGTGCATATGC  899

seq1  ATGTATATGTGTGCATATGTGC-GTATATGCATGTATATGAATCTCACTA  948
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||
seq2  ATGTATATGTGTGCATATGTGCGGTATATGCATGTATATGATCCTCACTA  949

seq1  ACACACATACACAGGTATATAAACACACACAATGAAGGTGCAGATTCATT  998
      |||||||||||||||  ||||| ||| ||  ||||||| | ||||| |||
seq2  ACACACATACACAGGGTTATAATCAC-CAACATGAAGG-GGAGATTTATT  997

seq1  GTTTGGATTTTCTGGGACATCTTCAAATGACCACATTACCACATGGAGGC  1048
      ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| | |||||| ||
seq2  GTTTGGATTTTTTGGAACATCTTC-AATGACCACATTA-CTCATGGAAGC  1045

seq1  AACCGTCCTTCTGCGGTTACCCTGACTCGACTTA  1082
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AA-CGTCCTTCTGCGGTTACCCTGACTC-ACTTA  1077

seq1: chr3_135528764_135529445
seq2: B6Ng01-119I08.g_66_747 (reverse)

seq1  TTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCACCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCACCCTC  50

seq1  CCTCTCTGCTTCCTTCATTCCTTATTTCCTTTTTAATTCTGCTATTTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTGCTTCCTTCATTCCTTATTTCCTTTTTAATTCTGCTATTTATG  100

seq1  CTTTCAAAACTACTTATTTTGTGCTCTGTTCTTTACATGCCACATCCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAAACTACTTATTTTGTGCTCTGTTCTTTACATGCCACATCCTGC  150

seq1  AGCTTGGGAATCCCGAAGCAGGACCTGGTGAGTTTACATTTGCTTAGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGAATCCCGAAGCAGGACCTGGTGAGTTTACATTTGCTTAGTAG  200

seq1  GTTGCATGATGGAAATTTTCCCTAAGCCAAAGGGCTTTGTGGTTCTATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATGATGGAAATTTTCCCTAAGCCAAAGGGCTTTGTGGTTCTATGA  250

seq1  ATGGCATCCACGTTTCTTGACAAGTGCTTTAATTCATTCATGGTATATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATCCACGTTTCTTGACAAGTGCTTTAATTCATTCATGGTATATAT  300

seq1  TTTGATATATCTAATATAAAGATTCCAAACTAGAACAATGATTTTGAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATATATCTAATATAAAGATTCCAAACTAGAACAATGATTTTGAGTC  350

seq1  TGACATCATGTTACAAAGTAGAGTCTTACACATATGCATCCTCTCACATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCATGTTACAAAGTAGAGTCTTACACATATGCATCCTCTCACATC  400

seq1  CATAATGCACACAGACATATAACTGCATAACATCTACAGATATTCATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGCACACAGACATATAACTGCATAACATCTACAGATATTCATCTG  450

seq1  CTTATAATGATGTCTGTTTAGTCTGAAGCAATCATCTAGATTTTTAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAATGATGTCTGTTTAGTCTGAAGCAATCATCTAGATTTTTAAAAT  500

seq1  TAACATTATTATAGTGATAATTATGTTACTGATAAAGATAATGAATAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTATTATAGTGATAATTATGTTACTGATAAAGATAATGAATAAAA  550

seq1  CATAATTGTAGTCACTTGAAGAACAATTTTAGTGTCAATTCATAACAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTGTAGTCACTTGAAGAACAATTTTAGTGTCAATTCATAACAAAT  600

seq1  GAACCTTCAGGTTGGAATCAGATCATTGGTTGGCTGGTAACTTTGATCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTCAGGTTGGAATCAGATCATTGGTTGGCTGGTAACTTTGATCAT  650

seq1  ACTGTATTTCTGTTTCTTTAGATAGAGAATTC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATTTCTGTTTCTTTAGATAGAGAATTC  682