BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125C03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 18,033,106 - 18,155,323
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyp7b1
Upstream geneLOC100040059, EG383936, LOC622737, ENSMUSG00000074674, LOC100040120, Cypt12, LOC545508, Bhlhb5
Downstream geneLOC622921, LOC100040153, Armc1, Mtfr1, Pde7a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125C03.bB6Ng01-125C03.g
ACCDH927856DH927857
length1,2241,176
definitionDH927856|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125C03, 5' end.DH927857|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125C03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,033,106 - 18,034,332)(18,154,134 - 18,155,323)
sequence
gaattctgtggcattatagcttctggacatggcagcttaaatttagatga
gaatgataattattgcacttatgtattaaaattccatgtatacttcatca
caggaatgaaaagcttcttgtaatgagatatttttatccaagtccactaa
taaatatgagtccatgaaaatacgtttgattcacagcaaagtcctttata
aagtatacagtctcatcttttaccagacacccaaagcatgatatctgtga
ctcatgtgtaaatagatcacatgctacttaccttgccaatataccatgcc
aagatgaaaaagaattttaaaaaaatgaattaaaacagcacagagagact
gatattttacagaactgcttataatatcaataacaagaattctcatacac
tattgacactgctcagctctggaaggattaggcatttcataccaagatgg
gaagatactgttaactgacagcataggctatataataatactacaatatg
ggtccagtttatggaaaaatctctaccttctatatacacagcaaaaataa
aggtgtgttcatctatggaactctgtgttcagctgtgtagtgtgagggac
atggagctgatgcaggtcagaactcttagactccccagtctatgtatcct
tgggttgatcagactacagcaagacacattccatgtttcttttgcaattg
ccatttggtagaaagctcagattaatgaaaacctgtggatgaattatttt
aaatttcatataaattcagggcagttaaaggcatcatttcatttcctaga
aactattgtttgcaccttcatctgaggagtttccataggcttcacgaaga
cagctaactgaaaattcaagctatgagtttcccatacggatgtgtatgtg
tgtgtaaccacacatatacaagtgtataagcaaccatttctgtctacttc
tagcctctagctttgcctttctctgttgtcacaaattattagttaccata
agattttgtgtgagcaatggtttaaggattaaagtgtttaaagcctagtt
caactctaacttcaaattcaaatccattcctttcatgacaacatgaattg
gttcaaggctatcctcagctggctgagtaagagaaactggaatcattggt
ctgccagggtatctgcacatgtttgcctgcctctaaatcaggaccttcaa
tgtatggccatactctttctgaag
gaattctttccttgggtacaaaggggacataaaacaatatttacacctac
ctgacaaggtttcaacaataaagcaaaaatatgattttactttgggggaa
ccagtgacattattgggcttatacaccatgggtggccccaaagaatccac
attagctactttttacatagcatagatgatggcttttctatcactgtata
catggagtgtttcttcaataaactttctccagatcacacactatagtacc
ttccaggagattccaaattcacatgtaattaaaaaagaattgcatataaa
tttgagtggtaggagtctcaggtgaggatccaatgacctttctatgagtg
aaggtcaacagtccataggcctaaccctgagagactcctgcaagtgagca
cagccaatctgataaagatgtgtattttgctgggaagactgtgttcaaca
ccactctattcctttccttagctcctacattctttctacttaccttttct
acaatggtctctgagtattgtagggcatggtataaacatctgactcttat
cctctaactttaggatagtactgagaatcctcctgtcagaagacatgagg
atctacatgcagagtatggtgatgtgtctcaccggtattccttcttccac
aaaactcaagtgagaaaagagggtggtagaaaaggaaaacagaaagatac
ctaatggactttgataagtataataacacacagaaatacacacaaatgtt
cagaaaacacattacctaccaccctcttttctttagaaaaacaatgcaat
aactttcgcaaccatagctttttctctgaactcacagtaccagatgccaa
atgtcattgactttacatagaaagggtttaaagtccaatcagataattgg
ttttattcataaccatttgtgtcactactgtactagtaggcacatgcttg
gctatttgtagtttggcatgcaggatcaatagacagctaggatttgggtc
ataatacaacacatggctccacgacagagacatctagtctactatcacca
ttttttatgtttcaaagaaatgttcctctaaacacaatgggcaatggcct
gccccccatatttaattttttactttttactttggtttgtttgttggttt
tccgagacagggttctctgtgtagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_18033106_18034332
seq2: B6Ng01-125C03.b_50_1273

seq1  GAATTCTGTGGCATTATAGCTTCTGGACATGGCAGCTTAAATTTAGATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGCATTATAGCTTCTGGACATGGCAGCTTAAATTTAGATGA  50

seq1  GAATGATAATTATTGCACTTATGTATTAAAATTCCATGTATACTTCATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATAATTATTGCACTTATGTATTAAAATTCCATGTATACTTCATCA  100

seq1  CAGGAATGAAAAGCTTCTTGTAATGAGATATTTTTATCCAAGTCCACTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATGAAAAGCTTCTTGTAATGAGATATTTTTATCCAAGTCCACTAA  150

seq1  TAAATATGAGTCCATGAAAATACGTTTGATTCACAGCAAAGTCCTTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGAGTCCATGAAAATACGTTTGATTCACAGCAAAGTCCTTTATA  200

seq1  AAGTATACAGTCTCATCTTTTACCAGACACCCAAAGCATGATATCTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATACAGTCTCATCTTTTACCAGACACCCAAAGCATGATATCTGTGA  250

seq1  CTCATGTGTAAATAGATCACATGCTACTTACCTTGCCAATATACCATGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTGTAAATAGATCACATGCTACTTACCTTGCCAATATACCATGCC  300

seq1  AAGATGAAAAAGAATTTTAAAAAAATGAATTAAAACAGCACAGAGAGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAAAAGAATTTTAAAAAAATGAATTAAAACAGCACAGAGAGACT  350

seq1  GATATTTTACAGAACTGCTTATAATATCAATAACAAGAATTCTCATACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTTACAGAACTGCTTATAATATCAATAACAAGAATTCTCATACAC  400

seq1  TATTGACACTGCTCAGCTCTGGAAGGATTAGGCATTTCATACCAAGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGACACTGCTCAGCTCTGGAAGGATTAGGCATTTCATACCAAGATGG  450

seq1  GAAGATACTGTTAACTGACAGCATAGGCTATATAATAATACTACAATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATACTGTTAACTGACAGCATAGGCTATATAATAATACTACAATATG  500

seq1  GGTCCAGTTTATGGAAAAATCTCTACCTTCTATATACACAGCAAAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGTTTATGGAAAAATCTCTACCTTCTATATACACAGCAAAAATAA  550

seq1  AGGTGTGTTCATCTATGGAACTCTGTGTTCAGCTGTGTAGTGTGAGGGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGTTCATCTATGGAACTCTGTGTTCAGCTGTGTAGTGTGAGGGAC  600

seq1  ATGGAGCTGATGCAGGTCAGAACTCTTAGACTCCCCAGTCTATGTATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCTGATGCAGGTCAGAACTCTTAGACTCCCCAGTCTATGTATCCT  650

seq1  TGGGTTGATCAGACTACAGCAAGACACATTCCATGTTTCTTTTGCAATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGATCAGACTACAGCAAGACACATTCCATGTTTCTTTTGCAATTG  700

seq1  CCATTTGGTAGAAAGCTCAGATTAATGAAAACCTGTGGATGAATTATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGGTAGAAAGCTCAGATTAATGAAAACCTGTGGATGAATTATTTT  750

seq1  AAATTTCATATAAATTCAGGGCAGTTAAAGGCATCATTTCATTTCCTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCATATAAATTCAGGGCAGTTAAAGGCATCATTTCATTTCCTAGA  800

seq1  AACTATTGTTTGCACCTTCATCTGAGGAGTTTCCATAGGCTTCACGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTGTTTGCACCTTCATCTGAGGAGTTTCCATAGGCTTCACGAAGA  850

seq1  CAGCTAACTGAAAATTCAAGCTAATGAGTTTCCCATACGGATGTGTATGT  900
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAACTGAAAATTCAAGCT-ATGAGTTTCCCATACGGATGTGTATGT  899

seq1  GTGTGTAACCACACATATACAAGTGTATAAGCAACCATTTCTGTCTAC-T  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGTGTAACCACACATATACAAGTGTATAAGCAACCATTTCTGTCTACTT  949

seq1  CTAGCCTCTAGCTTTGCCTTTCTCTGTTGTCACAAATTATTAGTAACCAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTAGCCTCTAGCTTTGCCTTTCTCTGTTGTCACAAATTATTAGTTACCAT  999

seq1  AAGATTTTGTGTGAGCAATGGTTTAAGGATTAAAGTGTTTAAAGCCTAGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTGTGTGAGCAATGGTTTAAGGATTAAAGTGTTTAAAGCCTAGT  1049

seq1  CCAACTCT-ACTTCAAATTGCAAATCCA-TCCTTTCAATGACAACATG-A  1096
       ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |
seq2  TCAACTCTAACTTCAAATT-CAAATCCATTCCTTTC-ATGACAACATGAA  1097

seq1  TTGGTCCAAGGCTATCCTCAGTTGGCTGAGTTAAGAG-AACTGAGATCAT  1145
      ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||  |||||
seq2  TTGGTTCAAGGCTATCCTCAGCTGGCTGAG-TAAGAGAAACTGGAATCAT  1146

seq1  T-GTCTGGCAAGTGATCTGCAACATGTTGCTCTG-CTCTAAAATCAGGAA  1193
      | ||||| || |  |||||| |||||||   ||| |||| ||||||||| 
seq2  TGGTCTGCCAGGGTATCTGC-ACATGTTTGCCTGCCTCT-AAATCAGGA-  1193

seq1  CCTTTCATTGTATGTGCATACTCTTTCCTTGAAG  1227
       | |||| ||||||  |||||||||||  |||||
seq2  -CCTTCAATGTATGGCCATACTCTTTC--TGAAG  1224

seq1: chr3_18154134_18155323
seq2: B6Ng01-125C03.g_65_1240 (reverse)

seq1  GGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAAACAAAACAAAACAA  50
      |||||||||||| |||||||||||| |||| |   ||||||   |||| |
seq2  GGCTACACAGAG-AACCCTGTCTCGGAAAACC---AACAAA--CAAACCA  44

seq1  AAGTAAAAAAAGTAAAAAAATTAATAATGGTGGGCAGGCAATTG-CCATT  99
      ||||  ||||||| ||||||||||  |||| |||||||| |||| |||||
seq2  AAGT--AAAAAGT-AAAAAATTAAATATGGGGGGCAGGCCATTGCCCATT  91

seq1  GTGTTTAGA-GAACATTTCTTTGATACATAAAAAATGGTGATATGTAAGA  148
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||   
seq2  GTGTTTAGAGGAACATTTCTTTGAAACATAAAAAATGGTGATA-GTA--G  138

seq1  ACTAGATGGTCTCTGTCGTGGAGCCATTGTGTTGTATTATGACCCAAAGT  198
      ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  ACTAGAT-GTCTCTGTCGTGGAGCCA-TGTGTTGTATTATGACCCAAA-T  185

seq1  CCTAGCTGTCTATTGATCCTGCATGCCAAACTACAGAATAGCCAAGCATG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTAGCTGTCTATTGATCCTGCATGCCAAACTACA-AATAGCCAAGCATG  234

seq1  TGCCTACTAGTACAGTAGTGACACAAATGGTTATGAATAAAACCAATTAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACTAGTACAGTAGTGACACAAATGGTTATGAATAAAACCAATTAT  284

seq1  CTGATTGGACTTTAAACCCTTTCTATGTAAAGTCAATGACATTTGGCATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGGACTTTAAACCCTTTCTATGTAAAGTCAATGACATTTGGCATC  334

seq1  TGGTACTGTGAGTTCAGAGAAAAAGCTATGGTTGCGAAAGTTATTGCATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTGTGAGTTCAGAGAAAAAGCTATGGTTGCGAAAGTTATTGCATT  384

seq1  GTTTTTCTAAAGAAAAGAGGGTGGTAGGTAATGTGTTTTCTGAACATTTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCTAAAGAAAAGAGGGTGGTAGGTAATGTGTTTTCTGAACATTTG  434

seq1  TGTGTATTTCTGTGTGTTATTATACTTATCAAAGTCCATTAGGTATCTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATTTCTGTGTGTTATTATACTTATCAAAGTCCATTAGGTATCTTT  484

seq1  CTGTTTTCCTTTTCTACCACCCTCTTTTCTCACTTGAGTTTTGTGGAAGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCCTTTTCTACCACCCTCTTTTCTCACTTGAGTTTTGTGGAAGA  534

seq1  AGGAATACCGGTGAGACACATCACCATACTCTGCATGTAGATCCTCATGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATACCGGTGAGACACATCACCATACTCTGCATGTAGATCCTCATGT  584

seq1  CTTCTGACAGGAGGATTCTCAGTACTATCCTAAAGTTAGAGGATAAGAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACAGGAGGATTCTCAGTACTATCCTAAAGTTAGAGGATAAGAGT  634

seq1  CAGATGTTTATACCATGCCCTACAATACTCAGAGACCATTGTAGAAAAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTTATACCATGCCCTACAATACTCAGAGACCATTGTAGAAAAGG  684

seq1  TAAGTAGAAAGAATGTAGGAGCTAAGGAAAGGAATAGAGTGGTGTTGAAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGAAAGAATGTAGGAGCTAAGGAAAGGAATAGAGTGGTGTTGAAC  734

seq1  ACAGTCTTCCCAGCAAAATACACATCTTTATCAGATTGGCTGTGCTCACT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTTCCCAGCAAAATACACATCTTTATCAGATTGGCTGTGCTCACT  784

seq1  TGCAGGAGTCTCTCAGGGTTAGGCCTATGGACTGTTGACCTTCACTCATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAGTCTCTCAGGGTTAGGCCTATGGACTGTTGACCTTCACTCATA  834

seq1  GAAAGGTCATTGGATCCTCACCTGAGACTCCTACCACTCAAATTTATATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTCATTGGATCCTCACCTGAGACTCCTACCACTCAAATTTATATG  884

seq1  CAATTCTTTTTTAATTACATGTGAATTTGGAATCTCCTGGAAGGTACTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTTTTTAATTACATGTGAATTTGGAATCTCCTGGAAGGTACTAT  934

seq1  AGTGTGTGATCTGGAGAAAGTTTATTGAAGAAACACTCCATGTATACAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGATCTGGAGAAAGTTTATTGAAGAAACACTCCATGTATACAGT  984

seq1  GATAGAAAAGCCATCATCTATGCTATGTAAAAAGTAGCTAATGTGGATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAAAGCCATCATCTATGCTATGTAAAAAGTAGCTAATGTGGATTC  1034

seq1  TTTGGGGCCACCCATGGTGTATAAGCCCAATAATGTCACTGGTTCCCCCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGCCACCCATGGTGTATAAGCCCAATAATGTCACTGGTTCCCCCA  1084

seq1  AAGTAAAATCATATTTTTGCTTTATTGTTGAAACCTTGTCAGGTAGGTGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAATCATATTTTTGCTTTATTGTTGAAACCTTGTCAGGTAGGTGT  1134

seq1  AAATATTGTTTTATGTCCCCTTTGTACCCAAGGAAAGAATTC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGTTTTATGTCCCCTTTGTACCCAAGGAAAGAATTC  1176