BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125P03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,734,205 - 118,850,717
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125P03.bB6Ng01-125P03.g
ACCDH928440DH928441
length8951,098
definitionDH928440|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125P03, 5' end.DH928441|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125P03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,849,822 - 118,850,717)(118,734,205 - 118,735,326)
sequence
gaattctgtctttagaactcatgtttaataataacatttaaaaaaaagtg
ggcatggtggcacctcttgtaatcccattatcccagtgctttagatacaa
atgagtccttggagaccactggacagacagctgggactgtatggaaaatt
tcagggcaatagcagactgtttctcctcaatgaataaataagtataaata
aataagtaactaaacaaacacatggacatataaacaaacaaataaatgat
tgatggtaccagaggaacaatccctgacgtgtacctatgacctctacaca
tgtacatacatctgcaaaacatgcacatgcgcacatacacacacagacac
acacacatgcacacacatgcatgggagtgtatgtgcatgcacacaaactc
acatgcacacaggcaagcacacatgcagatgtaaacacaaggcaagttat
atggacaaaacctacaaacaagagtgacctgtccatgtctgctggtattt
ctattctctagaagtaaaatcagaagggcataacagagttctagttcctg
acatcggttatctttgaaagacactcatctctgtgtcattacaaaaggca
taagcactaggaaggattatgggtccaaatactgggttgatagtaattac
aaaagcactgagaagaatatgaatgatttttcacaggtctccttaagtac
cattctgaactttggtaggaagattcagtaaaataaaggtgaaaagttca
atgtaattttaaaagaattttaaagggtttttgtttattagctggctttt
tttaaaacacatgatgcttaagacaaagggaaaaacttccaaaggtgaaa
attggactgttttatagaatcaggggaagggatatgggatggggg
gaattcccgatgggcataactatgggggaccttcttgattggtaattcat
ctaggagatccaagtccactgtttcctggggcacgtgggtcctgtgctgc
atacaaaagccaactgtgtgaacctaccagcaagccagtaagaattattt
ctccatggccactgcttcaaggttctgcttgagttccagctttcacttct
ctttaatgatggactgtaacctggaagctgatataacgcgatttttcccc
tgtgttgtttttggtcagagtgtattagcacagcaacagaaaggaaactg
gaatggaaagagagtgatcaaagcatttttcagaaatgattttcatactg
aaaaacaaacaaacaaacgaacaaacaacaaagaaatataacttctgaca
ttactagaagacacaatctcacagcaaattcccccaccgttctttgattt
cttaatttagtgtcattcccttaaaaattatctaagctttttttccacac
accaagaccttgtccctgtttgactggtgaaaaccaacctgcaacattag
attcagagggttcctttgttcattgacttggtccagcacatctgagttga
acagacatgaacattgaggagtcattttaggcctggacattggtttcatc
tctctgcaattaaataaagaagggtatagttaatatgaggtctggcacat
gtgtgtttaattatacaaaatacagacttgtttgccagtatggctgtaat
attttccattcccaaaagcaatgtgtataaatgtagtctagtccatttac
atccttgtgaaagtattgtcttcacatatatctgcttttaaatgtaattt
tgcccattcttagagatgtgtgatactgtctcattaagcttttttgtggt
atcagccatgatatgatcactccagctactatgatgggcatatgtttcat
gttagcacactctatccttttataatctctgttatagaatataactgatg
tataatgcataaagtattataggatttcttagcgggtatttgagcttaca
tcaccgagacgagcaccaccgaatcatttaatcaaggtttaattaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118849822_118850717
seq2: B6Ng01-125P03.b_48_942 (reverse)

seq1  CCCCCATCCCATATCCCTTCCCCCTGATTCTATAAAACAGTCCAATTTTC  50
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATCCCATATCCCTT-CCCCTGATTCTATAAAACAGTCCAATTTTC  49

seq1  ACCTTTGGAAGTTTTTCCCTTTGTCTTAAGCATCATGTGTTTTAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGGAAGTTTTTCCCTTTGTCTTAAGCATCATGTGTTTTAAAAAAA  99

seq1  GCCAGCTAATAAACAAAAACCCTTTAAAATTCTTTTAAAATTACATTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTAATAAACAAAAACCCTTTAAAATTCTTTTAAAATTACATTGAA  149

seq1  CTTTTCACCTTTATTTTACTGAATCTTCCTACCAAAGTTCAGAATGGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCACCTTTATTTTACTGAATCTTCCTACCAAAGTTCAGAATGGTAC  199

seq1  TTAAGGAGACCTGTGAAAAATCATTCATATTCTTCTCAGTGCTTTTGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAGACCTGTGAAAAATCATTCATATTCTTCTCAGTGCTTTTGTAA  249

seq1  TTACTATCAACCCAGTATTTGGACCCATAATCCTTCCTAGTGCTTATGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTATCAACCCAGTATTTGGACCCATAATCCTTCCTAGTGCTTATGCC  299

seq1  TTTTGTAATGACACAGAGATGAGTGTCTTTCAAAGATAACCGATGTCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAATGACACAGAGATGAGTGTCTTTCAAAGATAACCGATGTCAGG  349

seq1  AACTAGAACTCTGTTATGCCCTTCTGATTTTACTTCTAGAGAATAGAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGAACTCTGTTATGCCCTTCTGATTTTACTTCTAGAGAATAGAAAT  399

seq1  ACCAGCAGACATGGACAGGTCACTCTTGTTTGTAGGTTTTGTCCATATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAGACATGGACAGGTCACTCTTGTTTGTAGGTTTTGTCCATATAA  449

seq1  CTTGCCTTGTGTTTACATCTGCATGTGTGCTTGCCTGTGTGCATGTGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTTGTGTTTACATCTGCATGTGTGCTTGCCTGTGTGCATGTGAGT  499

seq1  TTGTGTGCATGCACATACACTCCCATGCATGTGTGTGCATGTGTGTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGCATGCACATACACTCCCATGCATGTGTGTGCATGTGTGTGTGT  549

seq1  CTGTGTGTGTATGTGCGCATGTGCATGTTTTGCAGATGTATGTACATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGTATGTGCGCATGTGCATGTTTTGCAGATGTATGTACATGTG  599

seq1  TAGAGGTCATAGGTACACGTCAGGGATTGTTCCTCTGGTACCATCAATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTCATAGGTACACGTCAGGGATTGTTCCTCTGGTACCATCAATCA  649

seq1  TTTATTTGTTTGTTTATATGTCCATGTGTTTGTTTAGTTACTTATTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGTTTGTTTATATGTCCATGTGTTTGTTTAGTTACTTATTTATT  699

seq1  TATACTTATTTATTCATTGAGGAGAAACAGTCTGCTATTGCCCTGAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTATTTATTCATTGAGGAGAAACAGTCTGCTATTGCCCTGAAATT  749

seq1  TTCCATACAGTCCCAGCTGTCTGTCCAGTGGTCTCCAAGGACTCATTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATACAGTCCCAGCTGTCTGTCCAGTGGTCTCCAAGGACTCATTTGT  799

seq1  ATCTAAAGCACTGGGATAATGGGATTACAAGAGGTGCCACCATGCCCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAGCACTGGGATAATGGGATTACAAGAGGTGCCACCATGCCCACT  849

seq1  TTTTTTTAAATGTTATTATTAAACATGAGTTCTAAAGACAGAATTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAAATGTTATTATTAAACATGAGTTCTAAAGACAGAATTC  895

seq1: chr3_118734205_118735326
seq2: B6Ng01-125P03.g_67_1164

seq1  GAATTCCCGATGGGCATAACTATGGGGGACCTTCTTGATTGGTAATTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGATGGGCATAACTATGGGGGACCTTCTTGATTGGTAATTCAT  50

seq1  CTAGGAGATCCAAGTCCACTGTTTCCTGGGGCACGTGGGTCCTGTGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAGATCCAAGTCCACTGTTTCCTGGGGCACGTGGGTCCTGTGCTGC  100

seq1  ATACAAAAGCCAACTGTGTGAACCTACCAGCAAGCCAGTAAGAATTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAAGCCAACTGTGTGAACCTACCAGCAAGCCAGTAAGAATTATTT  150

seq1  CTCCATGGCCACTGCTTCAAGGTTCTGCTTGAGTTCCAGCTTTCACTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGGCCACTGCTTCAAGGTTCTGCTTGAGTTCCAGCTTTCACTTCT  200

seq1  CTTTAATGATGGACTGTAACCTGGAAGCTGATATAACGCGATTTTTCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATGATGGACTGTAACCTGGAAGCTGATATAACGCGATTTTTCCCC  250

seq1  TGTGTTGTTTTTGGTCAGAGTGTATTAGCACAGCAACAGAAAGGAAACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGTTTTTGGTCAGAGTGTATTAGCACAGCAACAGAAAGGAAACTG  300

seq1  GAATGGAAAGAGAGTGATCAAAGCATTTTTCAGAAATGATTTTCATACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAAAGAGAGTGATCAAAGCATTTTTCAGAAATGATTTTCATACTG  350

seq1  AAAAACAAACAAACAAACGAACAAACAACAAAGAAATATAACTTCTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAACAAACAAACGAACAAACAACAAAGAAATATAACTTCTGACA  400

seq1  TTACTAGAAGACACAATCTCACAGCAAATTCCCCCACCGTTCTTTGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAGAAGACACAATCTCACAGCAAATTCCCCCACCGTTCTTTGATTT  450

seq1  CTTAATTTAGTGTCATTCCCTTAAAAATTATCTAAGCTTTTTTTCCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTAGTGTCATTCCCTTAAAAATTATCTAAGCTTTTTTTCCACAC  500

seq1  ACCAAGACCTTGTCCCTGTTTGACTGGTGAAAACCAACCTGCAACATTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGACCTTGTCCCTGTTTGACTGGTGAAAACCAACCTGCAACATTAG  550

seq1  ATGCAGAGGGTTCCTTTGTTCATTGACTTGGTCCAGCACATCTGAGTTGA  600
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAGGGTTCCTTTGTTCATTGACTTGGTCCAGCACATCTGAGTTGA  600

seq1  ACAGACATGAACATTGAGGAGTCATTTTAGGCCTGGACATTGGTTTCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATGAACATTGAGGAGTCATTTTAGGCCTGGACATTGGTTTCATC  650

seq1  TCTCTGCAATTAAATAAAGAAGGGTATAGTTAATATGAGGTCTGGCACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCAATTAAATAAAGAAGGGTATAGTTAATATGAGGTCTGGCACAT  700

seq1  GTGTGTTTAATTATACAAAATACAGACTTGTTTGCCAGTATGGCTGTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTAATTATACAAAATACAGACTTGTTTGCCAGTATGGCTGTAAT  750

seq1  ATTTTCCATTCCCAAAAGCAATGTGTATAAATGTAGTCTAGTCCATTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCATTCCCAAAAGCAATGTGTATAAATGTAGTCTAGTCCATTTAC  800

seq1  ATCCTTGTGAAAGTATTGTCTTCACATATATCTGCTTTTAAATGTAATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGTGAAAGTATTGTCTTCACATATATCTGCTTTTAAATGTAATTT  850

seq1  TGCCCATTCTTAGAGATGTGTGATACTGTCTCATTAAAGCTTTTTTGTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCCATTCTTAGAGATGTGTGATACTGTCTCATT-AAGCTTTTTTGTGG  899

seq1  TATCAGCCATGATATGATCACTCCAGCTACTAATGATGGGCAATATGTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  TATCAGCCATGATATGATCACTCCAGCTACT-ATGATGGGC-ATATGTTT  947

seq1  TCCATGGTTAGCAACACTCTATCCTTTTATAATCTTCTGTTATAGAAATT  1000
        ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   
seq2  --CAT-GTTAGC-ACACTCTATCCTTTTATAATC-TCTGTTATAGAA---  989

seq1  AATAACTGATGTAATAAATGCATTAAAGTATTAATAGATTTCTTAGCGTG  1050
       ||||||||||||   |||||| ||||||||||   |||||||||||| |
seq2  TATAACTGATGTA--TAATGCA-TAAAGTATTATAGGATTTCTTAGCGGG  1036

seq1  TATTTGAGCATACATCAACAGAGACGAGCACACACCCGAATCAATTTTAA  1100
      ||||||||| |||||| || ||||||||||| || |||||||| ||    
seq2  TATTTGAGCTTACATC-ACCGAGACGAGCAC-CA-CCGAATCATTT----  1079

seq1  AAATCAAAGTTTTTAATTAAAA  1122
       |||||| |  |||||||||||
seq2  -AATCAAGG--TTTAATTAAAA  1098