BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128D24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 24,514,535 - 24,627,218
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG635702
Upstream geneEG665189
Downstream geneLOC100039592, Nlgn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128D24.bB6Ng01-128D24.g
ACCDH930153DH930154
length1,0691,090
definitionDH930153|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128D24, 5' end.DH930154|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128D24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,626,145 - 24,627,218)(24,514,535 - 24,515,628)
sequence
gaattcatgtcctcaaacctagctgagacatctcagctttatgttgtaaa
agaatgacttttcatcattactgttggaaatattgataaatgagaggaag
tttattttcattatctttatttctgtgctggtctaacaaccacctcaatt
tctaaaaattataaaattgtgtttaaagaattatgattaaattacaaagt
tgcttgagatgatctttttaaatattgcatattaacatgttcaggtagta
ttatgcatatgtaattgatattgtagttacagtatgtatttatttattat
actagcatgtgctttatatattttcttttttaaaaactctatatattacc
tttttgcaggaggaaatctctttaggcatatggattcttgggttgttcac
aatcacttcagccagtacctataattatgaataagcatgaagttattgct
cttgggcttattaattttcttttcaaatatgtactcatatataaattaat
aaacctatctaggaattgttcctctcctttttcctagttatgtagtcttc
atcaatttagataacatttgtttataagttcacctttttgtgtaaaagtg
tgtcttgtaggctcttgatgaagaacattccagggtacatggaatttatc
caacttatccaactgcagtatgtattcagcatttttgtcttaaaaatctt
ttttttttttaataaaaaacaacatttaattggggctggcttacaggttc
agaggttcagtccattatcatcaaggtgggaccatgacagcatccaggct
gtcatggcacaggcagagctgagagttctacatcttcatccaaaggctgc
tagtggaagactgactttcaggcaacttgggtgagagtcttaagcccaca
cccacagttaaaacacctactccaaccaggtcatacttattcaacaaggc
acaccttcgaaatggtgccactccctggtcacatacaaacaatcacattt
ccctcctggctttattcaaaacaatgagtctgtgggggcatacttaacat
gcataatcaattgcattta
gaattccagatacaagtccaagaaagcacagcatcagcatctgaacactg
aataatgccatagtcatgatatgcaaaaaaaattataataacatattaca
agcaagagtttgcttggcagaaaataaggccatgacatgaataaagaaat
cttcgaggcagatggaaaatataacaaaggacaaggaaagaatgaggaat
gaaaatatgcattagtcacgcagaggcatgtacacattgtatgtacagct
tctaggtaagagtccaggtctgatcatgttctgaggcctcaatatatgta
ttgatttaagtaggatactgaacatatgttagtacagaattaataacatt
catgagaatgaatgctagttatggacactggatgttgtgctgtggactta
cctatagaaatggtaacatgttttataggtaagtgaggctatttttataa
acaacttaaaagtttatgaaacacattcattttctttcttgatccttgaa
ataatattcaatagtaaataggaaaaaagtagatgtgttacagaggtgtc
gagttatgactgggatgtggacaatgtgagtgaagaacatagcaggtctc
ccagttacagtccatctttaccccatactggctgaaagatgcatcatcta
tagcgttatgtgataagaccagacatactttaggaaagtacatttacatg
tctagtttttctgaatacaaatattgactgcatatttgggtcatataacc
actgggtaaagtggttaaaaatacaaggaaaaaagaaaacaaacagcctt
gttttcatgctactttacagactagctctagatacagtagtgaattaagt
ttgtctcacacttacaagtaaaaataatgataaacaaagcttcagagtgg
aacaaagtctcacacatcccagcctgacctcaaaccatatgtagctgaag
tgaacttgcactctaatagtattgccactatctcacatcagctggataca
gatgtactgtccagtttatatggtgctgggatcaaacctaggaattcatg
aatattgggcaagcattctttccaactggagggtttatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_24626145_24627218
seq2: B6Ng01-128D24.b_50_1118 (reverse)

seq1  TAAATGCATTTGCATTATGCTATGTTTAAGTATGGCCCCCACAGACTCAA  50
      |||||||| ||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TAAATGCAATTG-ATTATGC-ATG-TTAAGTAT-GCCCCCACAGACTCAT  46

seq1  TGTTTTTGAAT-AAGCCAGGGAGGGAAATGTGATGGTTTGTATGTGACCA  99
      || |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TG-TTTTGAATAAAGCCA-GGAGGGAAATGTGATTGTTTGTATGTGACCA  94

seq1  GGGAGTGGCACCATTT-GGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAAGTATGACCT  148
      |||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  GGGAGTGGCACCATTTCGAAGGTGT-GCCTTGTT-GAATAAGTATGACCT  142

seq1  GGTTGGAGTAGGTG-TGTCACTGTGGGTGTGGGCTTAAGACTCTCACCCA  197
      |||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAGTAGGTGTTTTAACTGTGGGTGTGGGCTTAAGACTCTCACCCA  192

seq1  AGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGATGTAG  247
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCTGAAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGATGTAG  242

seq1  AACTCTCAGCTCTGCCTGTGCCATGACAGCCTGGATGCTGTCATGGTCCC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCAGCTCTGCCTGTGCCATGACAGCCTGGATGCTGTCATGGTCCC  292

seq1  ACCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATT  342

seq1  AAATGTTGTTTTTTATTAAAAAAAAAAAAGATTTTTAAGACAAAAATGCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTGTTTTTTATTAAAAAAAAAAAAGATTTTTAAGACAAAAATGCT  392

seq1  GAATACATACTGCAGTTGGATAAGTTGGATAAATTCCATGTACCCTGGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACATACTGCAGTTGGATAAGTTGGATAAATTCCATGTACCCTGGAA  442

seq1  TGTTCTTCATCAAGAGCCTACAAGACACACTTTTACACAAAAAGGTGAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTCATCAAGAGCCTACAAGACACACTTTTACACAAAAAGGTGAAC  492

seq1  TTATAAACAAATGTTATCTAAATTGATGAAGACTACATAACTAGGAAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAACAAATGTTATCTAAATTGATGAAGACTACATAACTAGGAAAAA  542

seq1  GGAGAGGAACAATTCCTAGATAGGTTTATTAATTTATATATGAGTACATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGAACAATTCCTAGATAGGTTTATTAATTTATATATGAGTACATA  592

seq1  TTTGAAAAGAAAATTAATAAGCCCAAGAGCAATAACTTCATGCTTATTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAGAAAATTAATAAGCCCAAGAGCAATAACTTCATGCTTATTCA  642

seq1  TAATTATAGGTACTGGCTGAAGTGATTGTGAACAACCCAAGAATCCATAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATAGGTACTGGCTGAAGTGATTGTGAACAACCCAAGAATCCATAT  692

seq1  GCCTAAAGAGATTTCCTCCTGCAAAAAGGTAATATATAGAGTTTTTAAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAAGAGATTTCCTCCTGCAAAAAGGTAATATATAGAGTTTTTAAAA  742

seq1  AAGAAAATATATAAAGCACATGCTAGTATAATAAATAAATACATACTGTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATATATAAAGCACATGCTAGTATAATAAATAAATACATACTGTA  792

seq1  ACTACAATATCAATTACATATGCATAATACTACCTGAACATGTTAATATG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAATATCAATTACATATGCATAATACTACCTGAACATGTTAATATG  842

seq1  CAATATTTAAAAAGATCATCTCAAGCAACTTTGTAATTTAATCATAATTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTTAAAAAGATCATCTCAAGCAACTTTGTAATTTAATCATAATTC  892

seq1  TTTAAACACAATTTTATAATTTTTAGAAATTGAGGTGGTTGTTAGACCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACACAATTTTATAATTTTTAGAAATTGAGGTGGTTGTTAGACCAG  942

seq1  CACAGAAATAAAGATAATGAAAATAAACTTCCTCTCATTTATCAATATTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAATAAAGATAATGAAAATAAACTTCCTCTCATTTATCAATATTT  992

seq1  CCAACAGTAATGATGAAAAGTCATTCTTTTACAACATAAAGCTGAGATGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGTAATGATGAAAAGTCATTCTTTTACAACATAAAGCTGAGATGT  1042

seq1  CTCAGCTAGGTTTGAGGACATGAATTC  1074
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTAGGTTTGAGGACATGAATTC  1069

seq1: chr3_24514535_24515628
seq2: B6Ng01-128D24.g_66_1155

seq1  GAATTCCAGATACAAGTCCAAGAAAGCACAGCATCAGCATCTGAACACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATACAAGTCCAAGAAAGCACAGCATCAGCATCTGAACACTG  50

seq1  AATAATGCCATAGTCATGATATGCAAAAAAAATTATAATAACATATTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGCCATAGTCATGATATGCAAAAAAAATTATAATAACATATTACA  100

seq1  AGCAAGAGTTTGCTTGGCAGAAAATAAGGCCATGACATGAATAAAGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGTTTGCTTGGCAGAAAATAAGGCCATGACATGAATAAAGAAAT  150

seq1  CTTCGAGGCAGATGGAAAATATAACAAAGGACAAGGAAAGAATGAGGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGAGGCAGATGGAAAATATAACAAAGGACAAGGAAAGAATGAGGAAT  200

seq1  GAAAATATGCATTAGTCACGCAGAGGCATGTACACATTGTATGTACAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATGCATTAGTCACGCAGAGGCATGTACACATTGTATGTACAGCT  250

seq1  TCTAGGTAAGAGTCCAGGTCTGATCATGTTCTGAGGCCTCAATATATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGTAAGAGTCCAGGTCTGATCATGTTCTGAGGCCTCAATATATGTA  300

seq1  TTGATTTAAGTAGGATACTGAACATATGTTAGTACAGAATTAATAACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTAAGTAGGATACTGAACATATGTTAGTACAGAATTAATAACATT  350

seq1  CATGAGAATGAATGCTAGTTATGGACACTGGATGTTGTGCTGTGGACTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGAATGAATGCTAGTTATGGACACTGGATGTTGTGCTGTGGACTTA  400

seq1  CCTATAGAAATGGTAACATGTTTTATAGGTAAGTGAGGCTATTTTTATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGAAATGGTAACATGTTTTATAGGTAAGTGAGGCTATTTTTATAA  450

seq1  ACAACTTAAAAGTTTATGAAACACATTCATTTTCTTTCTTGATCCTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTAAAAGTTTATGAAACACATTCATTTTCTTTCTTGATCCTTGAA  500

seq1  ATAATATTCAATAGTAAATAGGAAAAAAGTAGATGTGTTACAGAGGTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTCAATAGTAAATAGGAAAAAAGTAGATGTGTTACAGAGGTGTC  550

seq1  GAGTTATGACTGGGATGTGGACAATGTGAGTGAAGAACATAGCAGGTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATGACTGGGATGTGGACAATGTGAGTGAAGAACATAGCAGGTCTC  600

seq1  CCAGTTACAGTCCATCTTTACCCCATACTGGCTGAAAGATGCATCATCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTACAGTCCATCTTTACCCCATACTGGCTGAAAGATGCATCATCTA  650

seq1  TAGCGTTATGTGATAAGACCAGACATACTTTAGGAAAGTACATTTACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGTTATGTGATAAGACCAGACATACTTTAGGAAAGTACATTTACATG  700

seq1  TCTAGTTTTTCTGAATACAAATATTGACTGCATATTTGGGTCATATAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTTTTCTGAATACAAATATTGACTGCATATTTGGGTCATATAACC  750

seq1  ACTGGGTAAAGTGGTTAAAAATACAAGGAAAAAAGAAAACAAACAGCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTAAAGTGGTTAAAAATACAAGGAAAAAAGAAAACAAACAGCCTT  800

seq1  GTTTTCATGCTACTTTACAGACTAGCTCTAGATACAGTAGTGAATTAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCATGCTACTTTACAGACTAGCTCTAGATACAGTAGTGAATTAAGT  850

seq1  TTGTCTCACACTTACAAGTAAAAATAATGATAAAACAAAGCTTCAAGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TTGTCTCACACTTACAAGTAAAAATAATGAT-AAACAAAGCTTC-AGAGT  898

seq1  GGAACAAAGTCTCACACATCCCAGCCTGACCTCAAAACCATATGTAGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGAACAAAGTCTCACACATCCCAGCCTGACCTC-AAACCATATGTAGCTG  947

seq1  AAGGTGAACTTGCACTCTAATAGTATTGCCACTATCTCACATCAGCTGGG  1000
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AA-GTGAACTTGCACTCTAATAGTATTGCCACTATCTCACATCAGCTGG-  995

seq1  ATTACAGATGTACTGTCCAGTTTATATGGTGCTGGGAATCAAACCTAGGA  1050
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  -ATACAGATGTACTGTCCAGTTTATATGGTGCTGGG-ATCAAACCTAGGA  1043

seq1  ATTCATGAATATTGGGCAAGCATTC-TACCAACTG--AGGTTTATAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||| | |||||||   |||||||||
seq2  ATTCATGAATATTGGGCAAGCATTCTTTCCAACTGGAGGGTTTATAC  1090