BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136J19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 34,932,939 - 35,073,428
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFxr1h, Dnajc19, LOC435727, EG665636, EG622074, Sox2, LOC100041108
Downstream geneLOC665655, Ube2l3-ps1, LOC625963, Atp11b, LOC665667, Dcun1d1, Mccc1, BC050811, Acad9, D3Ertd254e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136J19.bB6Ng01-136J19.g
ACCDH936342DH936343
length1,1861,077
definitionDH936342|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136J19, 5' end.DH936343|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136J19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,072,227 - 35,073,428)(34,932,939 - 34,934,031)
sequence
gaattctgtggtcagaaaagttgggaaaagtctgcaaattacatctgtct
tctgttcccagcaacagacattaacaggagagaatgctgggaagtcccac
agcaaagaagcttatgaactttcagtccccagactccccaaaccaacatc
ttgtagcatgttggctgtatactgtcctatggaaagtctgcattaaagcc
agaaaatgctccccagagcctggatccaccctaagctttcctaaataaat
gtcccattcccactgtatctgttcaggttgttaaatatggactcatttat
aaagtgcatttttaacagctgttatgttgtggtcaggttctaggcttacc
aacacagaatcttccttgtgggagtagctagcaattctagaaagaaaaga
aatagttctttaaaaggtggctgcacagaaaagcgacttgtgatgatgta
aagttggatgcttgcatgtgagctctcccaggatttaggggaccaggcaa
gcagtgctcactgccacttaagcatcagtggcaaactgctgtgtaacctt
tgttcctcttagcctttgttcctttctgtcatgatttccccttttctcag
acacacccagaatacaaaatgtgttatttgttctgtgccacagttttagc
agattggaaccctgacattattaagccaaagcatattcaatattagaatt
tcctgtcagaaagtcatagatcttaaagccatagttataggaaaaccctt
gtccccctgtaagcccctccctgacctggcgctcttagcctgggtcctta
cttgcagtccccaccccagactgattcttttcccatgtaaatctgagtgg
cttcccaccatggttaacataaacctatctcctttctacgcttactgtgc
cttcttcactacctgtgcctcctactttccacctccacaagcctccctca
gagagcccaatgtggtagcatcaagtgtccttggtgaccctttcttcctg
tgtcatttctctaatattcccagatctccttgaaacaactatctcctccc
cctgctgctcccgctgttccccagctctctgcctccatttcggaacttta
tgagcttgtttaatttctaaggtacttgtctgttactgtgcactttatga
gggctaacttgactcctctatcgcctctgaactgtg
gaattcctcattcacgctcctgcaagcaactgtcattaaattcatcgggg
tggacacacacacacatacacacacacagacgcacacatacagacacaca
cacagacacatacacacacactcacactcacatacagacactctcacaca
caaatacacacacacagagacattttcacacacatacacacagacactca
cacacacatacacacacactcacacacatatacatacactcacacacata
cacactcacatatactcacatacacacacatatgcacatatagacactca
cacacacatacacacacacaaagaggagggagatcagctcaagccgggag
gggacaagaaaggggggtaaatttgatcaacgtacagaatgtgtgtctga
aaatgtcataacaagcccattgtcatgtatagtgaatatatgccaataga
aaaaaaaaagttaaactcacggatgcagtatctgggccaatcatgttcct
gtccactcccccacccccccacccccgttggcacttagcattttctgccc
ctttgttatttattctgtaactggatattcctcaaaggagaggatgtgca
gactcatcccgtgtgtaaccctcaggcccttgttcatgtcaagttctcca
taaacaattatggttcaacaagttcctcaagactgtgaccccaaccacct
gccaactttccaccatgatggatgtgacattctgtcactgttgagggact
gaagttggggacaaaccctgaggggctggttagttcctcttgggggtatc
taccaccaggtgaataagagatttgactcttgggaaatttagcaggaaaa
tgagtttcgttttctgaggcagacacagaaacatttgaaagcttagctag
agcctccccaacatgccttgaaatgtactgcatgtttgcactggaaatgt
tcgcactaacagaagcgttgccctttgaagtcagatgacggaagctgtct
taatgctacaccacttcttctatcaggaagtagtttaaacactagagagg
actgatccctttcgagggttccatatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_35072227_35073428
seq2: B6Ng01-136J19.b_42_1227 (reverse)

seq1  CACAGTTCCAGAGCTGGATAGAAGAGAGTCAAGTTTAGCCCTCATAGAAG  50
      ||||||| |||||   ||||||   |||||||| |||||||||||| |||
seq2  CACAGTT-CAGAG-GCGATAGA--GGAGTCAAG-TTAGCCCTCATA-AAG  44

seq1  TGCACAGGTAAACAGACAAGTACTTTAGAAATTAAAACAAGCTCATTAAA  100
      |||||||   ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TGCACAG--TAACAGACAAGTACCTTAGAAATT-AAACAAGCTCA-TAAA  90

seq1  GTACGGAAATGGGAGGCAGAGAGCTGGGGGAACAGCGGGAGCAAGCAGGG  150
      || | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTCCGAAAT-GGAGGCAGAGAGCT-GGGGAACAGCGGGAGC-AGCAGGG  137

seq1  GGAGGAGATAGTTGTTTCAAAGGAGATCTGGGGATATTAAGAGAAATGAC  200
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  GGAGGAGATAGTTGTTTC-AAGGAGATCTGGGAATATT-AGAGAAATGAC  185

seq1  ACAGGAAGAAAGGGTCACCAAGGACACCTGATGCTACCCACATTGGGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  ACAGGAAGAAAGGGTCACCAAGGACACTTGATGCTA-CCACATTGGGCTC  234

seq1  TCTGAGGGAGGCTTGTGGAGGTGGAAAGTAGGAGGCACAGGTAGTGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGGAGGCTTGTGGAGGTGGAAAGTAGGAGGCACAGGTAGTGAAGA  284

seq1  AGGCACAGTAAGCGTAGAAAGGAGATAGGTTTATGTTAACCATGGTGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAGTAAGCGTAGAAAGGAGATAGGTTTATGTTAACCATGGTGGGA  334

seq1  AGCCACTCAGATTTACATGGGAAAAGAATCAGTCTGGGGTGGGGACTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTCAGATTTACATGGGAAAAGAATCAGTCTGGGGTGGGGACTGCA  384

seq1  AGTAAGGACCCAGGCTAAGAGCGCCAGGTCAGGGAGGGGCTTACAGGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGGACCCAGGCTAAGAGCGCCAGGTCAGGGAGGGGCTTACAGGGGG  434

seq1  ACAAGGGTTTTCCTATAACTATGGCTTTAAGATCTATGACTTTCTGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGTTTTCCTATAACTATGGCTTTAAGATCTATGACTTTCTGACAG  484

seq1  GAAATTCTAATATTGAATATGCTTTGGCTTAATAATGTCAGGGTTCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCTAATATTGAATATGCTTTGGCTTAATAATGTCAGGGTTCCAAT  534

seq1  CTGCTAAAACTGTGGCACAGAACAAATAACACATTTTGTATTCTGGGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAAACTGTGGCACAGAACAAATAACACATTTTGTATTCTGGGTGT  584

seq1  GTCTGAGAAAAGGGGAAATCATGACAGAAAGGAACAAAGGCTAAGAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGAAAAGGGGAAATCATGACAGAAAGGAACAAAGGCTAAGAGGAA  634

seq1  CAAAGGTTACACAGCAGTTTGCCACTGATGCTTAAGTGGCAGTGAGCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTTACACAGCAGTTTGCCACTGATGCTTAAGTGGCAGTGAGCACT  684

seq1  GCTTGCCTGGTCCCCTAAATCCTGGGAGAGCTCACATGCAAGCATCCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTGGTCCCCTAAATCCTGGGAGAGCTCACATGCAAGCATCCAAC  734

seq1  TTTACATCATCACAAGTCGCTTTTCTGTGCAGCCACCTTTTAAAGAACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATCATCACAAGTCGCTTTTCTGTGCAGCCACCTTTTAAAGAACTA  784

seq1  TTTCTTTTCTTTCTAGAATTGCTAGCTACTCCCACAAGGAAGATTCTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTCTTTCTAGAATTGCTAGCTACTCCCACAAGGAAGATTCTGTG  834

seq1  TTGGTAAGCCTAGAACCTGACCACAACATAACAGCTGTTAAAAATGCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAGCCTAGAACCTGACCACAACATAACAGCTGTTAAAAATGCACT  884

seq1  TTATAAATGAGTCCATATTTAACAACCTGAACAGATACAGTGGGAATGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATGAGTCCATATTTAACAACCTGAACAGATACAGTGGGAATGGG  934

seq1  ACATTTATTTAGGAAAGCTTAGGGTGGATCCAGGCTCTGGGGAGCATTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATTTAGGAAAGCTTAGGGTGGATCCAGGCTCTGGGGAGCATTTT  984

seq1  CTGGCTTTAATGCAGACTTTCCATAGGACAGTATACAGCCAACATGCTAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTAATGCAGACTTTCCATAGGACAGTATACAGCCAACATGCTAC  1034

seq1  AAGATGTTGGTTTGGGGAGTCTGGGGACTGAAAGTTCATAAGCTTCTTTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTGGTTTGGGGAGTCTGGGGACTGAAAGTTCATAAGCTTCTTTG  1084

seq1  CTGTGGGACTTCCCAGCATTCTCTCCTGTTAATGTCTGTTGCTGGGAACA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGACTTCCCAGCATTCTCTCCTGTTAATGTCTGTTGCTGGGAACA  1134

seq1  GAAGACAGATGTAATTTGCAGACTTTTCCCAACTTTTCTGACCACAGAAT  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGATGTAATTTGCAGACTTTTCCCAACTTTTCTGACCACAGAAT  1184

seq1  TC  1202
      ||
seq2  TC  1186

seq1: chr3_34932939_34934031
seq2: B6Ng01-136J19.g_67_1143

seq1  GAATTCCTCATTCACGCTCCTGCAAGCAACTGTCATTAAATTCATCGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATTCACGCTCCTGCAAGCAACTGTCATTAAATTCATCGGGG  50

seq1  TGGACACACACACACATACACACACACAGACGCACACATACAGACACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACACACACACATACACACACACAGACGCACACATACAGACACACA  100

seq1  CACAGACACATACACACACACTCACACTCACATACAGACACTCTCACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACACATACACACACACTCACACTCACATACAGACACTCTCACACA  150

seq1  CAAATACACACACACAGAGACATTTTCACACACATACACACAGACACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACACACACACAGAGACATTTTCACACACATACACACAGACACTCA  200

seq1  CACACACATACACACACACTCACACACATATACATACACTCACACACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATACACACACACTCACACACATATACATACACTCACACACATA  250

seq1  CACACTCACATATACTCACATACACACACATATGCACATATAGACACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCACATATACTCACATACACACACATATGCACATATAGACACTCA  300

seq1  CACACACATACACACACACAAAGAGGAGGGAGATCAGCTCAAGCCGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATACACACACACAAAGAGGAGGGAGATCAGCTCAAGCCGGGAG  350

seq1  GGGACAAGAAAGGGGGGTAAATTTGATCAACGTACAGAATGTGTGTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAGAAAGGGGGGTAAATTTGATCAACGTACAGAATGTGTGTCTGA  400

seq1  AAATGTCATAACAAGCCCATTGTCATGTATAGTGAATATATGCCAATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCATAACAAGCCCATTGTCATGTATAGTGAATATATGCCAATAGA  450

seq1  AAAAAAAAAGTTAAACTCACGGATGCAGTATCTGGGCCAATCATGTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGTTAAACTCACGGATGCAGTATCTGGGCCAATCATGTTCCT  500

seq1  GTCCACTCCCCCACCCCCCCACCCCCGTTGGCACTTAGCATTTTCTGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACTCCCCCACCCCCCCACCCCCGTTGGCACTTAGCATTTTCTGCCC  550

seq1  CTTTGTTATTTATTCTGTAACTGGATATTCCTCAAAGGAGAGGATGTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTATTTATTCTGTAACTGGATATTCCTCAAAGGAGAGGATGTGCA  600

seq1  GACTCATCCCGTGTGTAACCCTCAGGCCCTTGTTCATGTCAAGTTCTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATCCCGTGTGTAACCCTCAGGCCCTTGTTCATGTCAAGTTCTCCA  650

seq1  TAAACAATTATGGTTCAACAAGTTCCTCAAGACTGTGACCCCAACCACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAATTATGGTTCAACAAGTTCCTCAAGACTGTGACCCCAACCACCT  700

seq1  GCCAACTTTCCACCATGATGGATGTGACATTCTGTCACTGTTGAGGGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACTTTCCACCATGATGGATGTGACATTCTGTCACTGTTGAGGGACT  750

seq1  GAAGTTGGGGACAAACCCTGAGGGGCTGGTTAGTTCCTCTTGGGGGTATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGGGGACAAACCCTGAGGGGCTGGTTAGTTCCTCTTGGGGGTATC  800

seq1  TACCACCAGGTGAATAAGAGATTTGACTCTTGGGAAATTTAGCAGGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCAGGTGAATAAGAGATTTGACTCTTGGGAAATTTAGCAGGAAAA  850

seq1  TGAGTTTCG-TTTCTGAGGCAGACACAGAAACA-TTGAAAGCTTAGGCTA  898
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TGAGTTTCGTTTTCTGAGGCAGACACAGAAACATTTGAAAGCTTA-GCTA  899

seq1  GAGCCTCCCCAACATGCCTTGAAATGTACTGCATGTTTTGCACTGGGAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GAGCCTCCCCAACATGCCTTGAAATGTACTGCATG-TTTGCACT-GGAAA  947

seq1  TGTTCGCACTAACAGAAGCGTTGCCCTTTGAAGTCAGATGAAGGGGAAGC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  TGTTCGCACTAACAGAAGCGTTGCCCTTTGAAGTCAGATGA--CGGAAGC  995

seq1  TGTCTTTAAATGCTACACCACTTCTTCCTAATCAAGGGAAAGGTAGTTTT  1048
      ||||||  |||||||||||||||||||   ||||  ||||  |||| |||
seq2  TGTCTT--AATGCTACACCACTTCTTC--TATCA--GGAA--GTAG-TTT  1036

seq1  AAACACTAGAGAGACTTGATCCCCTTTTCAGAGGGTTTCCATATC  1093
      |||||||||||||   |||||||  |||| ||||| |||||||||
seq2  AAACACTAGAGAGGACTGATCCC--TTTC-GAGGG-TTCCATATC  1077