BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138N04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 129,882,169 - 130,063,024
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol25a1
Upstream genePitx2, Enpep, LOC100043415, LOC435755, LOC668840, Elovl6, LOC100043758, Egf, Gm421, Rrh, Nola1, Cfi, Pla2g12a, Casp6, Ccdc109b, Sec24b, EG668844, EG668845
Downstream geneAgxt2l1, 2310008M10Rik, Rpl34, LOC546811, LOC545568, Lef1, 6720418B01Rik, Hadh, Cyp2u1, Sgms2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138N04.bB6Ng01-138N04.g
ACCDH937970DH937971
length978832
definitionDH937970|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138N04, 5' end.DH937971|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138N04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,882,169 - 129,883,146)(130,062,193 - 130,063,024)
sequence
gaattccacagaggagagtatcgatggcatagagcagaggctcaaagaga
gaacattgagaggactggcaaagaaaaagtttgcaacccatgtacaacat
taccaccaccaccgcggcccactaaacacccacactaagcaacggaggtt
aattggaatgtggaaagaactaacatattaaactttttggctggagctag
agttcagggttagggagcttacttacctggaacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacatccttcttgagtccatttagtgtttctcat
atgtctatgtatttagagatgacagtctggagttggttccggaaggaaac
agtctcctccagcagccattgattgttagtagctcttattctaggcaccg
ggtctcatgcaaggtccccgatccacgttggcatgtgagcatagttgtta
ttcaggtcttgaggtcttgttttatgcaaccacttgttgagattcataag
tgcaggcttcctgctatgtctatcctaagtcccccttggcactgtagttt
acacacgagaagcaactgctccgggttaggtattttgttcattgattata
gtagtaactggttgtggtaatcggttagggagggaaagaaacgtacgtga
catttcttaagatgaaaaggcaaaaaggaaggtcttttggaaggagagtt
agggttgtgttttcttctctaaaatcaattggatgcaaaatgctacttgt
tatcaatttagaaaaaaaaaaaaaatcccagtagagacttagtaatttga
tccagagggaagaggcaagctgagagtcaaggaagaggaaaaactgactt
cattcttcagctctttcctaaatcctgagaaatgtgtatgcctcaaacac
tcacaaaacagcgaatcaggaaaacacattagcaccctagtacagagaaa
gagcccagagctgggggggggggggggg
gaattcaaactgagactacaaacatgacagatgtgggcagtgagtcacta
tttctcctacgagtcagtactgactgtttaataatacccaatgggtgatt
aattacaggaagtggcaccatgacagcctctgtacattgtcttcacaaaa
ccactctcgtcaattgtcagcatcaacactacatccacaactcacacata
tgtggccgatcccataggccaagcagtatgcgtgtgtgagtgttagtgat
gggtagtgctggcatttcatttacagatgagaatggcgaaattacaaaaa
ctaaataccttatttcttaacttttattttattttgtgtatgggtgttat
ccctgcatatacatgatgctgtatgggtgttatccctgcatatacatgat
gctgtatggtgttatgcctgcatatacatgatgctgtatggtgttatgcc
tgcatatacatgcatgctaggttggtcagagaggccagaagaggacagca
gatcccctggaacgagggttacagaaggttgtgagttggaatgtgagtcc
tggagctcagagggtaaactgcttgctatttgagcaaaggatttatgttc
aaatcaacatccacatacaaagtcagggtagcaatcagctcctataatac
caacacaacgagccaagtattctagaggatccatggtcatcccatctggt
gatctgtgagctcccgggtcagcaagaaaccttgtctcaaaaaataaggt
ggcgggggataaaggcaccagaccttgacctctggcctttacatatgcaa
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_129882169_129883146
seq2: B6Ng01-138N04.b_48_1025

seq1  GAATTCCACAGAGGAGAGTATCGATGGCATAGAGCAGAGGCTCAAAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGAGGAGAGTATCGATGGCATAGAGCAGAGGCTCAAAGAGA  50

seq1  GAACATTGAGAGGACTGGCAAAGAAAAAGTTTGCAACCCATGTACAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTGAGAGGACTGGCAAAGAAAAAGTTTGCAACCCATGTACAACAT  100

seq1  TACCACCACCACCGCGGCCCACTAAACACCCACACTAAGCAACGGAGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCACCACCGCGGCCCACTAAACACCCACACTAAGCAACGGAGGTT  150

seq1  AATTGGAATGTGGAAAGAACTAACATATTAAACTTTTTGGCTGGAGCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGAATGTGGAAAGAACTAACATATTAAACTTTTTGGCTGGAGCTAG  200

seq1  AGTTCAGGGTTAGGGAGCTTACTTACCTGGAACACACACACACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGGGTTAGGGAGCTTACTTACCTGGAACACACACACACACACACA  250

seq1  CACACACACACACACACACATCCTTCTTGAGTCCATTTAGTGTTTCTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACATCCTTCTTGAGTCCATTTAGTGTTTCTCAT  300

seq1  ATGTCTATGTATTTAGAGATGACAGTCTGGAGTTGGTTCCGGAAGGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTATGTATTTAGAGATGACAGTCTGGAGTTGGTTCCGGAAGGAAAC  350

seq1  AGTCTCCTCCAGCAGCCATTGATTGTTAGTAGCTCTTATTCTAGGCACCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCTCCAGCAGCCATTGATTGTTAGTAGCTCTTATTCTAGGCACCG  400

seq1  GGTCTCATGCAAGGTCCCCGATCCACGTTGGCATGTGAGCATAGTTGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCATGCAAGGTCCCCGATCCACGTTGGCATGTGAGCATAGTTGTTA  450

seq1  TTCAGGTCTTGAGGTCTTGTTTTATGCAACCACTTGTTGAGATTCATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTCTTGAGGTCTTGTTTTATGCAACCACTTGTTGAGATTCATAAG  500

seq1  TGCAGGCTTCCTGCTATGTCTATCCTAAGTCCCCCTTGGCACTGTAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCTTCCTGCTATGTCTATCCTAAGTCCCCCTTGGCACTGTAGTTT  550

seq1  ACACACGAGAAGCAACTGCTCCGGGTTAGGTATTTTGTTCATTGATTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACGAGAAGCAACTGCTCCGGGTTAGGTATTTTGTTCATTGATTATA  600

seq1  GTAGTAACTGGTTGTGGTAATCGGTTAGGGAGGGAAAGAAACGTACGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAACTGGTTGTGGTAATCGGTTAGGGAGGGAAAGAAACGTACGTGA  650

seq1  CATTTCTTAAGATGAAAAGGCAAAAAGGAAGGTCTTTTGGAAGGAGAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTTAAGATGAAAAGGCAAAAAGGAAGGTCTTTTGGAAGGAGAGTT  700

seq1  AGGGTTGTGTTTTCTTCTCTAAAATCAATTGGATGCAAAATGCTACTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGTGTTTTCTTCTCTAAAATCAATTGGATGCAAAATGCTACTTGT  750

seq1  TATCAATTTAGAAAAAAAAAAAAAATCCCAGTAGAGACTTAGTAATTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATTTAGAAAAAAAAAAAAAATCCCAGTAGAGACTTAGTAATTTGA  800

seq1  TCCAGAGGGAAGAGGCAAGCTGAGAGTCAAGGAAGAGGAAAAACTGACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGGGAAGAGGCAAGCTGAGAGTCAAGGAAGAGGAAAAACTGACTT  850

seq1  CATTCTTCAGCTCTTTCCTAAATCCTGAGAAATGTGTATGCCTCAAACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTCAGCTCTTTCCTAAATCCTGAGAAATGTGTATGCCTCAAACAC  900

seq1  TCACAAAACAGCGAATCAGGAAAACACATTAGCACCCTAGTACAGAGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAACAGCGAATCAGGAAAACACATTAGCACCCTAGTACAGAGAAA  950

seq1  GAGCCCAGAGCTGGGGGGGGGGGGGGGG  978
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAGAGCTGGGGGGGGGGGGGGGG  978

seq1: chr3_130062193_130063024
seq2: B6Ng01-138N04.g_66_897 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACTTGCATATGTAAAGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACTTGCATATGTAAAGGCCA  50

seq1  GAGGTCAAGGTCTGGTGCCTTTATCCCCCGCCACCTTATTTTTTGAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAAGGTCTGGTGCCTTTATCCCCCGCCACCTTATTTTTTGAGACA  100

seq1  AGGTTTCTTGCTGACCCGGGAGCTCACAGATCACCAGATGGGATGACCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTTGCTGACCCGGGAGCTCACAGATCACCAGATGGGATGACCAT  150

seq1  GGATCCTCTAGAATACTTGGCTCGTTGTGTTGGTATTATAGGAGCTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTCTAGAATACTTGGCTCGTTGTGTTGGTATTATAGGAGCTGATT  200

seq1  GCTACCCTGACTTTGTATGTGGATGTTGATTTGAACATAAATCCTTTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCCTGACTTTGTATGTGGATGTTGATTTGAACATAAATCCTTTGCT  250

seq1  CAAATAGCAAGCAGTTTACCCTCTGAGCTCCAGGACTCACATTCCAACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGCAAGCAGTTTACCCTCTGAGCTCCAGGACTCACATTCCAACTC  300

seq1  ACAACCTTCTGTAACCCTCGTTCCAGGGGATCTGCTGTCCTCTTCTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTTCTGTAACCCTCGTTCCAGGGGATCTGCTGTCCTCTTCTGGCC  350

seq1  TCTCTGACCAACCTAGCATGCATGTATATGCAGGCATAACACCATACAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGACCAACCTAGCATGCATGTATATGCAGGCATAACACCATACAGC  400

seq1  ATCATGTATATGCAGGCATAACACCATACAGCATCATGTATATGCAGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTATATGCAGGCATAACACCATACAGCATCATGTATATGCAGGGA  450

seq1  TAACACCCATACAGCATCATGTATATGCAGGGATAACACCCATACACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACCCATACAGCATCATGTATATGCAGGGATAACACCCATACACAAA  500

seq1  ATAAAATAAAAGTTAAGAAATAAGGTATTTAGTTTTTGTAATTTCGCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAAAGTTAAGAAATAAGGTATTTAGTTTTTGTAATTTCGCCAT  550

seq1  TCTCATCTGTAAATGAAATGCCAGCACTACCCATCACTAACACTCACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCTGTAAATGAAATGCCAGCACTACCCATCACTAACACTCACACA  600

seq1  CGCATACTGCTTGGCCTATGGGATCGGCCACATATGTGTGAGTTGTGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATACTGCTTGGCCTATGGGATCGGCCACATATGTGTGAGTTGTGGAT  650

seq1  GTAGTGTTGATGCTGACAATTGACGAGAGTGGTTTTGTGAAGACAATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTTGATGCTGACAATTGACGAGAGTGGTTTTGTGAAGACAATGTA  700

seq1  CAGAGGCTGTCATGGTGCCACTTCCTGTAATTAATCACCCATTGGGTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCTGTCATGGTGCCACTTCCTGTAATTAATCACCCATTGGGTATT  750

seq1  ATTAAACAGTCAGTACTGACTCGTAGGAGAAATAGTGACTCACTGCCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAGTCAGTACTGACTCGTAGGAGAAATAGTGACTCACTGCCCAC  800

seq1  ATCTGTCATGTTTGTAGTCTCAGTTTGAATTC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCATGTTTGTAGTCTCAGTTTGAATTC  832