BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-141D06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 124,293,850 - 124,435,849
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668817
Upstream geneNdst3, LOC100043333, EG668809, Tram1l1, LOC100043740, 1700006A11Rik, 1700003H04Rik
Downstream geneLOC668820, Ndst4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-141D06.bB6Ng01-141D06.g
ACCDH939718DH939719
length1,0541,095
definitionDH939718|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141D06, 5' end.DH939719|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,293,850 - 124,294,921)(124,434,736 - 124,435,849)
sequence
gaattctccactgcagtgaactgatacatgcaatgccatgatgtgcccag
aaaacagttttcttgtggacaaccagctgcttcaatctgctacaatcact
gaaacttgggaggaggaagtttaatatggatggcccatgcccagctgagg
agcatcctacactctccttgattcattgtgaagtcttgcaattaacatct
actcaaaagggaaacttttataatgaggctggagtggtaaactgatacat
gcatgcaatagcaagttgtcaggaattggttcaatagtatgcccatttgc
taaaatcacaattgtccattctaccataggactgctgtttgaggctcttg
gccctgataccagggcagatgtgggtttcaccttatgaaaaggaccttaa
atccatcagggactggttagttaaccccattgcgtttgtaccatcattgc
accagtgggcatattttatcaggacagtgactgttttatgtttcagggtt
cacagtcaggaagagtggcgattcctatactggtttgttttaaggcacag
atagctaacacataatcactcacagtcttcctatttttatcaaatggatg
gaacttgaaaatatcatcctaagtgaggtaactcagtcacaaaagaacat
gcactgtatgcactctctgataagtggatataagccatcccatatatagt
caccaaacctggacattaatgtgaatgccaggaagtgcttgatgaaggga
gcatgatatggttgtctcctgagagtctctgccagagcttgacaatacag
aggcagatgctcacagcccaccaatggacttagcatgggctcctcaatgc
aggagttagagaaagacagagctgacagggtttgaaacccataggaagaa
caacagtatcaacaccagaccccccccagagctccagggactaaactacc
accaaaaaatacatatgagggacccatgggtcagacccttatgtggcagt
ggatggcttgtgacatcatggagagaggcacttggcctgaggtattgatg
tcct
gaattcttttggtttaaatagtccacatagactcaaaatttgaatgcttg
gtcataagggaatgacactattacgtgtggccttatctgagtaggtatag
ccgtgttggaggaagtatgtcacccaggtgggctttgagatttcagatgc
taaaaccaggcccagaattttgatcttcttgtttgtctactgatcaggat
ctttcttcaacacgatgtcttcctatatgccatcaggtattccaccagga
cagtaatggaccaaacctctgaacctgtaagccagcctcaaataaatatt
cttgtatctataagagtttctgggtgtatggtgcctcttcacaccaatag
aaaccctaagtaagacaggaatacacagtggtacatgaataatagatgat
aattcaggttacagaaattaggactgaaataccctttattgcactctgtg
tgtgtgtgtgtatgtgcacacatgcgtgcacgcgtgcaaaagtgtgtgca
tgcgtgcacagatgtgtaaatgtacataatgagcatgaatgcattcattt
aacatatgttcttgcttcttccatgtcttatcacctacctgtagcataag
gtacagagatattattagctacaacttaagaatagatgattttatattat
ttcacctatgttctggtattttgaatatgagaataatactattctgctga
tccatgcttgttttaagaaaatgtacaatgtgatttctttgtacatatta
agacatatcaagttaagccaatctatgaccttgttatctattatatgtat
attgccatgatttggaatcggtggaaactttggattccatagttgtgaac
aaatgcctcactgacaagggatagactaatggtactaactttgtgtgtca
atgtggagtttcttttggcagattatcactcaattagattaagatttcag
gatagacttaataatatggggtggacatgtctgattgtagagtatgatta
tcatagagaaagaaggtacattctagcactcacttaaaagcttgattatt
cattaattcttatacttcaaatcacacactcttttcttctgtgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_124293850_124294921
seq2: B6Ng01-141D06.b_49_1102

seq1  GAATTCTCCACTGCAGTGAACTGATACATGCAATGCCATGATGTGCCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCACTGCAGTGAACTGATACATGCAATGCCATGATGTGCCCAG  50

seq1  AAAACAGTTTTCTTGTGGACAACCAGCTGCTTCAATCTGCTACAATCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTTTTCTTGTGGACAACCAGCTGCTTCAATCTGCTACAATCACT  100

seq1  GAAACTTGGGAGGAGGAAGTTTAATATGGATGGCCCATGCCCAGCTGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTGGGAGGAGGAAGTTTAATATGGATGGCCCATGCCCAGCTGAGG  150

seq1  AGCATCCTACACTCTCCTTGATTCATTGTGAAGTCTTGCAATTAACATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCTACACTCTCCTTGATTCATTGTGAAGTCTTGCAATTAACATCT  200

seq1  ACTCAAAAGGGAAACTTTTATAATGAGGCTGGAGTGGTAAACTGATACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAAGGGAAACTTTTATAATGAGGCTGGAGTGGTAAACTGATACAT  250

seq1  GCATGCAATAGCAAGTTGTCAGGAATTGGTTCAATAGTATGCCCATTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCAATAGCAAGTTGTCAGGAATTGGTTCAATAGTATGCCCATTTGC  300

seq1  TAAAATCACAATTGTCCATTCTACCATAGGACTGCTGTTTGAGGCTCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCACAATTGTCCATTCTACCATAGGACTGCTGTTTGAGGCTCTTG  350

seq1  GCCCTGATACCAGGGCAGATGTGGGTTTCACCTTATGAAAAGGACCTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGATACCAGGGCAGATGTGGGTTTCACCTTATGAAAAGGACCTTAA  400

seq1  ATCCATCAGGGACTGGTTAGTTAACCCCATTGCGTTTGTACCATCATTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCAGGGACTGGTTAGTTAACCCCATTGCGTTTGTACCATCATTGC  450

seq1  ACCAGTGGGCATATTTTATCAGGACAGTGACTGTTTTATGTTTCAGGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGGGCATATTTTATCAGGACAGTGACTGTTTTATGTTTCAGGGTT  500

seq1  CACAGTCAGGAAGAGTGGCGATTCCTATACTGGTTTGTTTTAAGGCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCAGGAAGAGTGGCGATTCCTATACTGGTTTGTTTTAAGGCACAG  550

seq1  ATAGCTAACACATAATCACTCACAGTCTTCCTATTTTTATCAAATGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTAACACATAATCACTCACAGTCTTCCTATTTTTATCAAATGGATG  600

seq1  GAACTTGAAAATATCATCCTAAGTGAGGTAACTCAGTCACAAAAGAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGAAAATATCATCCTAAGTGAGGTAACTCAGTCACAAAAGAACAT  650

seq1  GCACTGTATGCACTCTCTGATAAGTGGATATAAGCCATCCCATATATAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTATGCACTCTCTGATAAGTGGATATAAGCCATCCCATATATAGT  700

seq1  CACCAAACCTGGACATTAATGTGAATGCCAGGAAGTGCTTGATGAAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAACCTGGACATTAATGTGAATGCCAGGAAGTGCTTGATGAAGGGA  750

seq1  GCATGATATGGTTGTCTCCTGAGAGTCTCTGCCAGAGCTTGACAAATACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCATGATATGGTTGTCTCCTGAGAGTCTCTGCCAGAGCTTGAC-AATACA  799

seq1  GAGGCAGATGCTCACAGCCCACCAATGGACTTAGCATGGGCTCCCCAATG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGGCAGATGCTCACAGCCCACCAATGGACTTAGCATGGGCTCCTCAATG  849

seq1  CAGGAGTTAGAGAAAGACAGAGCTGACAGGGTTTGAAACCCATAGGAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTTAGAGAAAGACAGAGCTGACAGGGTTTGAAACCCATAGGAAGA  899

seq1  ACAACAGTATCAAACAACCAGACCCCCCCCCAGAGCTCCCAGGGACTAAA  950
      |||||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACAACAGTATCAA--CACCAGA-CCCCCCCCAGAGCT-CCAGGGACTAAA  945

seq1  CTACCAACCAAAAAAATACATATGGAGGGACCCATGGGTCAGACCCCTTA  1000
      ||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTACCA--CCAAAAAATACATAT-GAGGGACCCATGGGTCAGA-CCCTTA  991

seq1  TGTGGCAGTGGATGGCCTTGTTGGACATCAGTGGGAAGAGAGGCACTTGG  1050
      ||||||||||||||| |||||  ||||||| |||  |||||||||||| |
seq2  TGTGGCAGTGGATGG-CTTGT--GACATCA-TGG--AGAGAGGCACTT-G  1034

seq1  GCCTGAGGGTATTTGATGTCCT  1072
      |||||| |||| ||||||||||
seq2  GCCTGA-GGTA-TTGATGTCCT  1054

seq1: chr3_124434736_124435849
seq2: B6Ng01-141D06.g_68_1162 (reverse)

seq1  ATCACAGAAAGAAAAGGAGTTGCTTGATTTTGAAGTTATAGGGACTTATT  50
      ||||||| ||||||| ||| ||  ||| ||||||| ||||  || ||| |
seq2  ATCACAG-AAGAAAA-GAG-TGTGTGA-TTTGAAG-TATA-AGAATTAAT  44

seq1  GAATAATCAGCTTTTTATGTGAGTGCTAGGATGTGACCTTCTTTCTCTTA  100
      |||||||||   ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||  
seq2  GAATAATCAAGCTTTTAAGTGAGTGCTAGAATGT-ACCTTCTTTCTCT--  91

seq1  TTGATAATCATTACTCTTAACAGATCAGACATGTCCACCCCATATTTATA  150
       ||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||  ||
seq2  ATGATAATCA-TACTCT--ACA-ATCAGACATGTCCACCCCATATTATTA  137

seq1  AGTCTTATCCTGAAATCTTAATCTAATTTGAGTTGATAATCTTGCCCAAA  200
      |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||   |||||
seq2  AGTC-TATCCTGAAATCTTAATCTAA-TTGAG-TGATAATCT--GCCAAA  182

seq1  AGAAAACTCCACATTGACACACAAAGTTAGTACCATTAGTCTATCCCTTG  250
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-AAACTCCACATTGACACACAAAGTTAGTACCATTAGTCTATCCCTTG  231

seq1  TCAGTGAGGCATTTGTTCACAACTATGGAATCCAAAGTTTCCACCGATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAGGCATTTGTTCACAACTATGGAATCCAAAGTTTCCACCGATTC  281

seq1  CAAATCATGGCAATATACATATAATAGATAACAAGGTCATAGATTGGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCATGGCAATATACATATAATAGATAACAAGGTCATAGATTGGCTT  331

seq1  AACTTGATATGTCTTAATATGTACAAAGAAATCACATTGTACATTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGATATGTCTTAATATGTACAAAGAAATCACATTGTACATTTTCTT  381

seq1  AAAACAAGCATGGATCAGCAGAATAGTATTATTCTCATATTCAAAATACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAGCATGGATCAGCAGAATAGTATTATTCTCATATTCAAAATACC  431

seq1  AGAACATAGGTGAAATAATATAAAATCATCTATTCTTAAGTTGTAGCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATAGGTGAAATAATATAAAATCATCTATTCTTAAGTTGTAGCTAA  481

seq1  TAATATCTCTGTACCTTATGCTACAGGTAGGTGATAAGACATGGAAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCTCTGTACCTTATGCTACAGGTAGGTGATAAGACATGGAAGAAG  531

seq1  CAAGAACATATGTTAAATGAATGCATTCATGCTCATTATGTACATTTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACATATGTTAAATGAATGCATTCATGCTCATTATGTACATTTACA  581

seq1  CATCTGTGCACGCATGCACACACTTTTGCACGCGTGCACGCATGTGTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGCACGCATGCACACACTTTTGCACGCGTGCACGCATGTGTGCA  631

seq1  CATACACACACACACACAGAGTGCAATAAAGGGTATTTCAGTCCTAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACACACACACACAGAGTGCAATAAAGGGTATTTCAGTCCTAATTT  681

seq1  CTGTAACCTGAATTATCATCTATTATTCATGTACCACTGTGTATTCCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACCTGAATTATCATCTATTATTCATGTACCACTGTGTATTCCTGT  731

seq1  CTTACTTAGGGTTTCTATTGGTGTGAAGAGGCACCATACACCCAGAAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTAGGGTTTCTATTGGTGTGAAGAGGCACCATACACCCAGAAACT  781

seq1  CTTATAGATACAAGAATATTTATTTGAGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAGATACAAGAATATTTATTTGAGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGGT  831

seq1  TTGGTCCATTACTGTCCTGGTGGAATACCTGATGGCATATAGGAAGACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCCATTACTGTCCTGGTGGAATACCTGATGGCATATAGGAAGACAT  881

seq1  CGTGTTGAAGAAAGATCCTGATCAGTAGACAAACAAGAAGATCAAAATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTTGAAGAAAGATCCTGATCAGTAGACAAACAAGAAGATCAAAATTC  931

seq1  TGGGCCTGGTTTTAGCATCTGAAATCTCAAAGCCCACCTGGGTGACATAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTGGTTTTAGCATCTGAAATCTCAAAGCCCACCTGGGTGACATAC  981

seq1  TTCCTCCAACACGGCTATACCTACTCAGATAAGGCCACACGTAATAGTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCAACACGGCTATACCTACTCAGATAAGGCCACACGTAATAGTGT  1031

seq1  CATTCCCTTATGACCAAGCATTCAAATTTTGAGTCTATGTGGACTATTTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCTTATGACCAAGCATTCAAATTTTGAGTCTATGTGGACTATTTA  1081

seq1  AACCAAAAGAATTC  1114
      ||||||||||||||
seq2  AACCAAAAGAATTC  1095