BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143L06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 81,723,748 - 81,891,861
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3
Upstream geneEG626841, Pdgfc, LOC229443
Downstream geneGucy1a3, Mtap9, Npy2r, LOC100041940, EG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143L06.bB6Ng01-143L06.g
ACCDH941570DH941571
length1,1371,151
definitionDH941570|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143L06, 5' end.DH941571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143L06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,890,712 - 81,891,861)(81,723,748 - 81,724,906)
sequence
gaattcacttgaaagctatggtgatatggtgacagtggctgcggatcctg
cacctttataaatattgtagcaatttctaatgactaaagaaaactctgtg
gctttcaggcagtatttattcacaacagctacctataattcacaagatca
cagggcattgtttctaactttagaacctatctgtactgcctaattgaaaa
tttgagtccttgggccaatatagaaatatacatttatgtcggagttatcc
actatgagtgaaaaccagacagatcacccacttctgctagtttgtttgag
ccacaagggttcaaggcatatctgtgtctaccagaacccatccaagacct
cacaacgtgttcttttctgcctatgtttttagcagcactcagtcacaatc
acttgatgaatctctaggatgtttcagctcttttttcctcagcattaaca
ccattcccacactagaagaaaagaggatagttaggtcagtttaaaagtta
agtgtattttgaaaacacaataaatcacacaacatggacagtgctgtgac
ttcgtggtgaggatggagtgtttgtaggagaaagaggtcactgcaaagtt
aggaagacagcattgttccttataaagtatttatttacattgcaggtatg
ggtgttttgcttgcatgtatgtctgtgtactatataagtgtctgatgcct
agggagggcagaggagggtgtcagatcccttgggactggagatacaaata
gttgtgagcagtcaccacttggcatcgattaaaacctgaatccaggtcac
cttgaagtgctcttatcctctgaggcaaattctccaagcccttacatttc
ttaatcagattcagatacaggtccaatagaacatcttttatcttccaagc
cctaaggcttgcccactgcctcctacccttacgagtgccatcacctttca
tatcatttacactgagcccaagtctcttaaaacataatcttttgagtaag
caactacacaacacgtattcctatgtttctactgacatcacttggtgaga
ggtatctttaccaaagaagcaggatgtattgctaactacagaccttcgtg
tcggcaggaggaaattctcttgaccattgcatctctt
gaattcattgcaacaaagagtcttttgtcagctctatagtagcaatgtga
agtgtagagcagaggcaattagcaacaattacggaatactcagctcttca
caaacactgagagtctgtgcctgccagtaccgttaaagggaacaacattc
tcttcaaagtgctgaaaactgaggaggaaaatgcaaaaaccttcactaca
cttaaatgccctgatagcatttttaaaacatacaaacgagcagtcagtgc
tttaatcttcaacacacacgctgtagtgaaaagggtgttcccaccatccc
cacccccaccttgtttggaatggaaactgtctaataaagaagaactgaat
gctaaataatagacaatttttctcttataatgctgggaagtcatgacagg
cttcccacatcagaagaatcaacgacgacatatgcaactgtaaagacaac
atacaatttacttaaactcttccgcaagttcactggaaagattctctggg
caggtactcatgtctcttttcacagtttcacctcaggaatactttctggg
atgaagagatgataccagcacctcacaggccagaatggcttctttccaac
tacttgattttacatatggacacaggcaagtctttacgtgttcatcatgg
atataaaacaagtatttttctgttattttttcctccttaatacatttgct
atgtttttagcagtgctttaccagtgttatcgtaacgctatgtaacagac
acccctgttaaattttaatggaccagagaaacaatcatttttccttccat
gtctcggttgacgaacagtctgtggattatctgatggcatcagcacttgc
ctagcttctcctgcactaaaatgagctatttcaggtctttatctcagtta
tccaggctgaaggatgcttcttgaaggtgtgtctttctcatgggcaaaca
gcacagctccagaacattagctgatgagattcaataggcaaattgagctt
cggcttgtacctcattactcttatcatctaggtactgtttcatcagcaga
aggattgcatatatttgactgtcacgaagagagcctgggtgctaatatag
tggagggaaatttatctatgagattatggaggtacgccgaaagtaagatc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_81890712_81891861
seq2: B6Ng01-143L06.b_46_1182 (reverse)

seq1  AAGAGATGCAATGGTC-AGAGATTTTCCTCTTGCTGACCACGATAGTCTG  49
      |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| || |||||  |||||
seq2  AAGAGATGCAATGGTCAAGAGAATTTCCTCCTGCCGA-CACGAAGGTCTG  49

seq1  TAGTTAGCAATACATCCTGCTTCTCTGGTAAAGATACTTCTCACCAAGTG  99
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGTTAGCAATACATCCTGCTTCTTTGGTAAAGATACCTCTCACCAAGTG  99

seq1  GAATGGTCAGTAGAGATACAATAGGAATACGTGTTGTGTAGTTTGCTTTA  149
        || |||||||||   |  ||||||||||||||||||||| ||||||  
seq2  --AT-GTCAGTAGA---AACATAGGAATACGTGTTGTGTAG-TTGCTT--  140

seq1  CCTCAAAAAGATTTATGTTTT-AGAGACTTGGGCCTCAGTGTAAATGATA  198
       ||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTC-AAAAGA-TTATGTTTTAAGAGACTTGGG-CTCAGTGTAAATGATA  187

seq1  TGAAAGGTGATGGCACTCGTAAGGGGTAGGGAGCAGTGGGCAAGCCTTAG  248
      |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGTGATGGCACTCGTAA-GGGTAGGAGGCAGTGGGCAAGCCTTAG  236

seq1  GGCTTGGAAGATAAAAGATGTTCTTATTGGACCTGTATCTGAATCTGATT  298
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGAAGATAAAAGATGTTC-TATTGGACCTGTATCTGAATCTGATT  285

seq1  AAGAAATGTAAGGGCTTGGAGAATTTGCCTCAGAGGATAAGAGCACTTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGTAAGGGCTTGGAGAATTTGCCTCAGAGGATAAGAGCACTTCA  335

seq1  AGGTGACCTGGATTCAGGTTTTAATCGATGCCAAGTGGTGACTGCTCACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACCTGGATTCAGGTTTTAATCGATGCCAAGTGGTGACTGCTCACA  385

seq1  ACTATTTGTATCTCCAGTCCCAAGGGATCTGACACCCTCCTCTGCCCTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTGTATCTCCAGTCCCAAGGGATCTGACACCCTCCTCTGCCCTCC  435

seq1  CTAGGCATCAGACACTTATATAGTACACAGACATACATGCAAGCAAAACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCATCAGACACTTATATAGTACACAGACATACATGCAAGCAAAACA  485

seq1  CCCATACCTGCAATGTAAATAAATACTTTATAAGGAACAATGCTGTCTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACCTGCAATGTAAATAAATACTTTATAAGGAACAATGCTGTCTTC  535

seq1  CTAACTTTGCAGTGACCTCTTTCTCCTACAAACACTCCATCCTCACCACG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTTGCAGTGACCTCTTTCTCCTACAAACACTCCATCCTCACCACG  585

seq1  AAGTCACAGCACTGTCCATGTTGTGTGATTTATTGTGTTTTCAAAATACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACAGCACTGTCCATGTTGTGTGATTTATTGTGTTTTCAAAATACA  635

seq1  CTTAACTTTTAAACTGACCTAACTATCCTCTTTTCTTCTAGTGTGGGAAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTTTTAAACTGACCTAACTATCCTCTTTTCTTCTAGTGTGGGAAT  685

seq1  GGTGTTAATGCTGAGGAAAAAAGAGCTGAAACATCCTAGAGATTCATCAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTAATGCTGAGGAAAAAAGAGCTGAAACATCCTAGAGATTCATCAA  735

seq1  GTGATTGTGACTGAGTGCTGCTAAAAACATAGGCAGAAAAGAACACGTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGTGACTGAGTGCTGCTAAAAACATAGGCAGAAAAGAACACGTTG  785

seq1  TGAGGTCTTGGATGGGTTCTGGTAGACACAGATATGCCTTGAACCCTTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCTTGGATGGGTTCTGGTAGACACAGATATGCCTTGAACCCTTGT  835

seq1  GGCTCAAACAAACTAGCAGAAGTGGGTGATCTGTCTGGTTTTCACTCATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAACAAACTAGCAGAAGTGGGTGATCTGTCTGGTTTTCACTCATA  885

seq1  GTGGATAACTCCGACATAAATGTATATTTCTATATTGGCCCAAGGACTCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATAACTCCGACATAAATGTATATTTCTATATTGGCCCAAGGACTCA  935

seq1  AATTTTCAATTAGGCAGTACAGATAGGTTCTAAAGTTAGAAACAATGCCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCAATTAGGCAGTACAGATAGGTTCTAAAGTTAGAAACAATGCCC  985

seq1  TGTGATCTTGTGAATTATAGGTAGCTGTTGTGAATAAATACTGCCTGAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTTGTGAATTATAGGTAGCTGTTGTGAATAAATACTGCCTGAAA  1035

seq1  GCCACAGAGTTTTCTTTAGTCATTAGAAATTGCTACAATATTTATAAAGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGAGTTTTCTTTAGTCATTAGAAATTGCTACAATATTTATAAAGG  1085

seq1  TGCAGGATCCGCAGCCACTGTCACCATATCACCATAGCTTTCAAGTGAAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGATCCGCAGCCACTGTCACCATATCACCATAGCTTTCAAGTGAAT  1135

seq1  TC  1150
      ||
seq2  TC  1137

seq1: chr3_81723748_81724906
seq2: B6Ng01-143L06.g_68_1218

seq1  GAATTCATTGCAACAAAGAGTCTTTTGTCAGCTCTATAGTAGCAATGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCAACAAAGAGTCTTTTGTCAGCTCTATAGTAGCAATGTGA  50

seq1  AGTGTAGAGCAGAGGCAATTAGCAACAATTACGGAATACTCAGCTCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGAGCAGAGGCAATTAGCAACAATTACGGAATACTCAGCTCTTCA  100

seq1  CAAACACTGAGAGTCTGTGCCTGCCAGTACCGTTAAAGGGAACAACATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACTGAGAGTCTGTGCCTGCCAGTACCGTTAAAGGGAACAACATTC  150

seq1  TCTTCAAAGTGCTGAAAACTGAGGAGGAAAATGCAAAAACCTTCACTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAAGTGCTGAAAACTGAGGAGGAAAATGCAAAAACCTTCACTACA  200

seq1  CTTAAATGCCCTGATAGCATTTTTAAAACATACAAACGAGCAGTCAGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATGCCCTGATAGCATTTTTAAAACATACAAACGAGCAGTCAGTGC  250

seq1  TTTAATCTTCAACACACACGCTGTAGTGAAAAGGGTGTTCCCACCATCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCTTCAACACACACGCTGTAGTGAAAAGGGTGTTCCCACCATCCC  300

seq1  CACCCCCACCTTGTTTGGAATGGAAACTGTCTAATAAAGAAGAACTGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCACCTTGTTTGGAATGGAAACTGTCTAATAAAGAAGAACTGAAT  350

seq1  GCTAAATAATAGACAATTTTTCTCTTATAATGCTGGGAAGTCATGACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATAATAGACAATTTTTCTCTTATAATGCTGGGAAGTCATGACAGG  400

seq1  CTTCCCACATCAGAAGAATCAACGACGACATATGCAACTGTAAAGACAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCACATCAGAAGAATCAACGACGACATATGCAACTGTAAAGACAAC  450

seq1  ATACAATTTACTTAAACTCTTCCGCAAGTTCACTGGAAAGATTCTCTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATTTACTTAAACTCTTCCGCAAGTTCACTGGAAAGATTCTCTGGG  500

seq1  CAGGTACTCATGTCTCTTTTCACAGTTTCACCTCAGGAATACTTTCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACTCATGTCTCTTTTCACAGTTTCACCTCAGGAATACTTTCTGGG  550

seq1  ATGAAGAGATGATACCAGCACCTCACAGGCCAGAATGGCTTCTTTCCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGATGATACCAGCACCTCACAGGCCAGAATGGCTTCTTTCCAAC  600

seq1  TACTTGATTTTACATATGGACACAGGCAAGTCTTTACGTGTTCATCATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGATTTTACATATGGACACAGGCAAGTCTTTACGTGTTCATCATGG  650

seq1  ATATAAAACAAGTATTTTTCTGTTATTTTTTCCTCCTTAATACATTTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAACAAGTATTTTTCTGTTATTTTTTCCTCCTTAATACATTTGCT  700

seq1  ATGTTTTTAGCAGTGCTTTACCAGTGTTATCGTAACGCTATGTAACAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTAGCAGTGCTTTACCAGTGTTATCGTAACGCTATGTAACAGAC  750

seq1  ACCCCTGTTAAATTTTAATGGACCAGAGAAACAATCATTTTTCCTTCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGTTAAATTTTAATGGACCAGAGAAACAATCATTTTTCCTTCCAT  800

seq1  GTCTCGGTTGACGAACAGTCTGTGGATTATCTGATGGCATCAGCACTTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCGGTTGACGAACAGTCTGTGGATTATCTGATGGCATCAGCACTTGC  850

seq1  CTAGGCTCTCCTGCACTAGAATGAGCTATTTCAGGTCTTTATCTCAG-TA  899
      ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTAGCTTCTCCTGCACTAAAATGAGCTATTTCAGGTCTTTATCTCAGTTA  900

seq1  TCCAGGCTGAAGGATGC-TCTTGAAGGTGTGTCTTTCTCAT-GGCAAACA  947
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCAGGCTGAAGGATGCTTCTTGAAGGTGTGTCTTTCTCATGGGCAAACA  950

seq1  GCACAGGCTCCAAGAACATAAGCTGATGAGATTCAATAGGCAAATTGAGG  997
      ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCACA-GCTCC-AGAACATTAGCTGATGAGATTCAATAGGCAAATTGA-G  997

seq1  CTTCGGCTTGTAACTCA-TACTC-TATCATTCCTAGGTACTGTTTCATCA  1045
      |||||||||||| |||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CTTCGGCTTGTACCTCATTACTCTTATCAT--CTAGGTACTGTTTCATCA  1045

seq1  GCAGAA-GAATGCATA-ATTTGACTGTCAAACAAGAGAG-CTGGTGCCCA  1092
      |||||| || |||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||   | |
seq2  GCAGAAGGATTGCATATATTTGACTGTC-ACGAAGAGAGCCTGGGTGCTA  1094

seq1  AAATAAGTGAGGGGAAAAATGTTATCTATAGAGAATTTATGGAGGTACAG  1142
      | || ||||  ||||||    |||||||| ||||  |||||||||||| |
seq2  ATAT-AGTGGAGGGAAA---TTTATCTAT-GAGA--TTATGGAGGTAC-G  1136

seq1  CCGAAAGGTAAAGATCA  1159
      |||||||   |||||||
seq2  CCGAAAG--TAAGATCA  1151