BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167B03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 54,296,015 - 54,364,718
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneStoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937, Trpc4, Postn, LOC100039951, LOC434807
Downstream geneB020017C02Rik, D3Ertd300e, Exosc8, Alg5, Smad9, Rfxap, LOC545524, 6030405A18Rik, Ccna1, 4931419H13Rik, Spg20, A730037C10Rik, Sohlh2, Dclk1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167B03.bB6Ng01-167B03.g
ACCDH958668DH958669
length1,142732
definitionDH958668|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167B03, 5' end.DH958669|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167B03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,363,571 - 54,364,718)(54,296,015 - 54,296,746)
sequence
gaattctgagtataaagaagtcttgtcactgttgcagtagggcccattac
taacgccagagccctgcacactaagcctgtttgcttagatagccttcatc
agcgatgatgctaaatccctacaactttctgccccagctgctactcaaat
tttgacctttggccaagatttattgagaccctaaattctaaaagtcaata
gatttatagagacctacccttaaaatactctacaaaattgtctccctctt
ccctccctccctcctccttccctatctcccttcctctcttctccacccct
ccccatcttaacaagcgttgccctcagtatgtctaaaccaatctttctgc
tacagcctgcttcctcttgttcacatttcagaacaaataaatcagtggtt
gaagggaaccatctggttgcaatttctttgaagttttttttttttttctt
ttaatcagaaaattccctagtttattttacttggctgctttttagggtgt
gattgtttcagttgaacatctaaatatctttctcaaagcttccactaaag
tttgaaatccaacggggatgaatctataaaccagaagtactgttagaggg
aaggtagaccctaagaacaatagatttcccaagggtctggactcagactt
tctgtagactagacagctaagcagatgtgtccctggggcccatggctctt
ctggtccattttcccattgttttttgcatagggagaagaaagtgcatggt
ggtttctactgcttcagaggaacaatgtttctagagtggttcctgttcat
aattgagattttgtttctgctgttcaccttggtgtacagtttggtcttaa
tttaaacatttctcctttttacagtttaattcatgcacagtttcattgtc
tgttttagataaagtgagatctaaaaaaaaaagtggttggcaaagtcctt
tgagagcaagatgcctctttggatttatcaagctaggggcagttagtgtg
tatgacctggctctggcagctggcgaacttttccagataggaactcagtg
ggcaaaagcaggaacagaggaacatgaatgttaaattctaagttctgagg
ccattggttaagtgcacccctagagctggctgggatcttctg
gaattcaaggcaggaaccatggaagaaggctgctaagtggctcattctct
ggcttctttccaatttctagatgactctagtttatgtcaagtcgacaacc
gaagctaactaggacacattgcaacaatctagttgagacatggtttgtac
tagagcaagatgctagcagtaaagtggagagaaggtgacacagaaatgag
cctatggtgctaggtcaatggtgcttaggatttaaatgcaatgcccctca
gtcacaaaagaaggaaatcctgtcatttacaacataatggttgaacctaa
ggagttacagagacaaagtttggagctgagacaaaaggatggaccatcta
gagactgccataccaggggatccatcccataatcagcctccaaacactga
caccattgcatacactagcaagattttgctgaaaggaccctgatatagct
gtctcttgtgagactatgccggggcctagcaaacacagaagtggatgatc
acagtcagctattggatggagcacagggcccctaacggaggagctagaga
aattacccaaggagctaaagggaactgcaaccctataggtggaacaacat
tatgaactaaccagtaccccggagctcttgactctagctgcatatgtatc
aaaagatggcctagttggccatcactggaaagagaggcccattggacatg
caaattttatatgccccagtacaggggaatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_54363571_54364718
seq2: B6Ng01-167B03.b_47_1188 (reverse)

seq1  CAGAAGGATCCAGCCAGCTCTGGGGGTGCACTTAACCAATGGCCTCAGAA  50
      ||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGATCCCAGCCAGCTCTAGGGGTGCACTTAACCAATGGCCTCAGAA  50

seq1  CTTAGAATCTAACATTCATTGTTCCTCTGTTCCTGCTTTTGGCCCACTGA  100
      |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTTAGAATTTAACATTCA-TGTTCCTCTGTTCCTGCTTTT-GCCCACTGA  98

seq1  GTTCCTATCTGGGAAAAGTTCGCCAGCTGCCAAGAGCCAGGTCATAACAC  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GTTCCTATCT-GGAAAAGTTCGCCAGCTGCC-AGAGCCAGGTCAT-ACAC  145

seq1  ACTAACTGCCCCTAGCTTGATAAATCCAAAGAAGGCATCTTGCTCTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTGCCCCTAGCTTGATAAATCCAAAG-AGGCATCTTGCTCTCAAA  194

seq1  GGACTTTGCCAACCACTTTTTTTTTTAGATCTCACTATATCTAAAACAGA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGACTTTGCCAACCACTTTTTTTTTTAGATCTCACTTTATCTAAAACAGA  244

seq1  CAATGAAACTGTGCATGAATTAAACTGTAAAAAGGAGAAATGTTTAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAACTGTGCATGAATTAAACTGTAAAAAGGAGAAATGTTTAAATT  294

seq1  AAGACCAAACTGTACACCAAGGTGAACAGCAGAAACAAAATCTCAATTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAAACTGTACACCAAGGTGAACAGCAGAAACAAAATCTCAATTAT  344

seq1  GAACAGGAACCACTCTAGAAACATTGTTCCTCTGAAGCAGTAGAAACCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGAACCACTCTAGAAACATTGTTCCTCTGAAGCAGTAGAAACCAC  394

seq1  CATGCACTTTCTTCTCCCTATGCAAAAAACAATGGGAAAATGGACCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACTTTCTTCTCCCTATGCAAAAAACAATGGGAAAATGGACCAGAA  444

seq1  GAGCCATGGGCCCCAGGGACACATCTGCTTAGCTGTCTAGTCTACAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATGGGCCCCAGGGACACATCTGCTTAGCTGTCTAGTCTACAGAAA  494

seq1  GTCTGAGTCCAGACCCTTGGGAAATCTATTGTTCTTAGGGTCTACCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGTCCAGACCCTTGGGAAATCTATTGTTCTTAGGGTCTACCTTCC  544

seq1  CTCTAACAGTACTTCTGGTTTATAGATTCATCCCCGTTGGATTTCAAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACAGTACTTCTGGTTTATAGATTCATCCCCGTTGGATTTCAAACT  594

seq1  TTAGTGGAAGCTTTGAGAAAGATATTTAGATGTTCAACTGAAACAATCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGAAGCTTTGAGAAAGATATTTAGATGTTCAACTGAAACAATCAC  644

seq1  ACCCTAAAAAGCAGCCAAGTAAAATAAACTAGGGAATTTTCTGATTAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAAAAAGCAGCCAAGTAAAATAAACTAGGGAATTTTCTGATTAAAA  694

seq1  GAAAAAAAAAAAAAACTTCAAAGAAATTGCAACCAGATGGTTCCCTTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAAAAAACTTCAAAGAAATTGCAACCAGATGGTTCCCTTCAA  744

seq1  CCACTGATTTATTTGTTCTGAAATGTGAACAAGAGGAAGCAGGCTGTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGATTTATTTGTTCTGAAATGTGAACAAGAGGAAGCAGGCTGTAGC  794

seq1  AGAAAGATTGGTTTAGACATACTGAGGGCAACGCTTGTTAAGATGGGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATTGGTTTAGACATACTGAGGGCAACGCTTGTTAAGATGGGGAG  844

seq1  GGGTGGAGAAGAGAGGAAGGGAGATAGGGAAGGAGGAGGGAGGGAGGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGAGAAGAGAGGAAGGGAGATAGGGAAGGAGGAGGGAGGGAGGGAA  894

seq1  GAGGGAGACAATTTTGTAGAGTATTTTAAGGGTAGGTCTCTATAAATCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGACAATTTTGTAGAGTATTTTAAGGGTAGGTCTCTATAAATCTA  944

seq1  TTGACTTTTAGAATTTAGGGTCTCAATAAATCTTGGCCAAAGGTCAAAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTTTAGAATTTAGGGTCTCAATAAATCTTGGCCAAAGGTCAAAAT  994

seq1  TTGAGTAGCAGCTGGGGCAGAAAGTTGTAGGGATTTAGCATCATCGCTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTAGCAGCTGGGGCAGAAAGTTGTAGGGATTTAGCATCATCGCTGA  1044

seq1  TGAAGGCTATCTAAGCAAACAGGCTTAGTGTGCAGGGCTCTGGCGTTAGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCTATCTAAGCAAACAGGCTTAGTGTGCAGGGCTCTGGCGTTAGT  1094

seq1  AATGGGCCCTACTGCAACAGTGACAAGACTTCTTTATACTCAGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCCCTACTGCAACAGTGACAAGACTTCTTTATACTCAGAATTC  1142

seq1: chr3_54296015_54296746
seq2: B6Ng01-167B03.g_64_795

seq1  GAATTCAAGGCAGGAACCATGGAAGAAGGCTGCTAAGTGGCTCATTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCAGGAACCATGGAAGAAGGCTGCTAAGTGGCTCATTCTCT  50

seq1  GGCTTCTTTCCAATTTCTAGATGACTCTAGTTTATGTCAAGTCGACAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTTCCAATTTCTAGATGACTCTAGTTTATGTCAAGTCGACAACC  100

seq1  GAAGCTAACTAGGACACATTGCAACAATCTAGTTGAGACATGGTTTGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTAACTAGGACACATTGCAACAATCTAGTTGAGACATGGTTTGTAC  150

seq1  TAGAGCAAGATGCTAGCAGTAAAGTGGAGAGAAGGTGACACAGAAATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAAGATGCTAGCAGTAAAGTGGAGAGAAGGTGACACAGAAATGAG  200

seq1  CCTATGGTGCTAGGTCAATGGTGCTTAGGATTTAAATGCAATGCCCCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGGTGCTAGGTCAATGGTGCTTAGGATTTAAATGCAATGCCCCTCA  250

seq1  GTCACAAAAGAAGGAAATCCTGTCATTTACAACATAATGGTTGAACCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAAAAGAAGGAAATCCTGTCATTTACAACATAATGGTTGAACCTAA  300

seq1  GGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGACAAAAGGATGGACCATCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGACAAAAGGATGGACCATCTA  350

seq1  GAGACTGCCATACCAGGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAACACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGCCATACCAGGGGATCCATCCCATAATCAGCCTCCAAACACTGA  400

seq1  CACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCTGATATAGCT  450

seq1  GTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATC  500

seq1  ACAGTCAGCTATTGGATGGAGCACAGGGCCCCTAACGGAGGAGCTAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCAGCTATTGGATGGAGCACAGGGCCCCTAACGGAGGAGCTAGAGA  550

seq1  AATTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAT  600

seq1  TATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATC  650

seq1  AAAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACATG  700

seq1  CAAATTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGC  732