BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172H17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 147,608,085 - 147,698,632
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTtll7, Ppia-ps3_1528.1
Downstream geneLOC100040354, Lphn2, LOC100040368
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172H17.bB6Ng01-172H17.g
ACCGA001085GA001086
length1,1201,165
definitionB6Ng01-172H17.b B6Ng01-172H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,608,085 - 147,609,222)(147,697,448 - 147,698,632)
sequence
gaattcatatatgctaggcaagtgctctactactgagttaagttcacaga
cttccctcttaaatagcctcagacttcccgctaagcaccagcccttgaag
gtcttactacctatagtcaccatcataatgggaactaaatcttccagcac
atagtctcttggggaatgcactcaaaccatccacagtgatagatgtttca
tgagctctgcagctggtatcagatggtgtcaaagaaaactggcagcagtc
agttgggcatcatgggtaagcagaacatgcagtaagttaattaacatata
ttcttccttctagctagtctctaccgatgcacacctggtgagattaattt
tgaatttgtcaagtactcaatcacctagaagctggagtgcagacagttgt
cacctgttaccaagaaaacaaagtttagttgaaaacattatcaaacctca
gcttgcctcgtaactgctgtatgagttcctcatgggagaatacagctcaa
tgacaacaaaaacatacttaaatgaaacaatccaggggctgaggagatgc
atcggtgggtacagtgcttgctgcataggcatgagtgtttcctgtggatt
cccttccagcacacagaaggtggaggtgagtagaaacaagacagccctgt
gacttgctgcccagcaaagccaggcacatcagcgagctttaggttcaggg
agagaccttgcttcaaataatcatgtggggggacgatagagaaagacacc
tgaagacaacgtgtgaccttcacacggacacacatacatatttatgcaaa
tatcacacacacacacaaacacacacacacacacacacatcaagaaagaa
aaaaattccagtaatatagccaagagggataaaacaagccattgtctaag
caaccagatcttaagttctttgttttctggcaccttgtacattaaaccaa
aaaataaaaataaataaacacacacaaaaacatatttaatatatttgatt
ggacctgtatacattatgatatgtcctgtattagagatgaaatcatacat
ttctaatattctggtgtctcctaatacagtaatatctatgattagtgtca
ttaatagcctaaaaattttt

gaattccacaggcctgacttatctttgtattgccagtgtttctacctgta
agctatgtaagctatctttatgtaaatactgaaatctgtgtccttgtgta
tagaatcccaatgctacagaaatgtagccaggcagtactctttaactccc
gattttagtattttactatatttcctttgtgtcttaatcttcattcatat
atgtatgacaggtatacacatgtacatatgtgtgtatatatttgctgaac
tattgaactaaatgtgaaaccctaggcaaaaaatctaatttgtcagaagt
atatatacttttaagtgtgcaacatgtacatgaaaaatatctgtattgta
ttatattatcaattatacacatttgtgtgagtacacatgtgtttcattga
gcactgtgcacaaactaagcactcttccttgtcctaggttcaagttcttg
gctttgtgtctgtcatttgtttgctctgtcgctgttttcttatctgtgaa
ctcgagaaatgatttgtctcaggacttttctgtgtgctatgtgagctaat
attagtcaagtgcttgtcagagtgaccggcaaatagtgaaggctggtttt
atggttacttgttctcatatgtcactgcttgtatgacacaaggcctagat
tggttaatgagctgaaattccaggtctccaaactatgaggcaaggcacca
cttatacgatacagaattaatacagacttcatactagctgtgaggatcaa
gtgttactctgttaggtaacctccagtgtcatgtatgctgtacaatctac
ataagcagttgccaagccaaattacttaagttgtgcttcaactgatacag
agtcctaaccagggctgccctgcagtggcaagccaacatgacacacctct
ctacagatgagttgggcctcattcacagtcatcctgagaaacatagctac
ccactcctgtgcctaaacagaaaatctctggtgctggaaatgaccaggag
acatgtcgagagcagagatatttgggggataagtgagacagatgctgttc
atgatggaaatggcgttcaactcatacacagagaaagtgggttacaagtg
ccaggttgctggttttctctcaggggtactgaggtactgatgacgacttg
ttcaggcagaactta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_147608085_147609222
seq2: B6Ng01-172H17.b_40_1159

seq1  GAATTCATATATGCTAGGCAAGTGCTCTACTACTGAGTTAAGTTCACAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATATGCTAGGCAAGTGCTCTACTACTGAGTTAAGTTCACAGA  50

seq1  CTTCCCTCTTAAATAGCCTCAGACTTCCCGCTAAGCACCAGCCCTTGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTCTTAAATAGCCTCAGACTTCCCGCTAAGCACCAGCCCTTGAAG  100

seq1  GTCTTACTACCTATAGTCACCATCATAATGGGAACTAAATCTTCCAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTACTACCTATAGTCACCATCATAATGGGAACTAAATCTTCCAGCAC  150

seq1  ATAGTCTCTTGGGGAATGCACTCAAACCATCCACAGTGATAGATGTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTCTTGGGGAATGCACTCAAACCATCCACAGTGATAGATGTTTCA  200

seq1  TGAGCTCTGCAGCTGGTATCAGATGGTGTCAAAGAAAACTGGCAGCAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCTGCAGCTGGTATCAGATGGTGTCAAAGAAAACTGGCAGCAGTC  250

seq1  AGTTGGGCATCATGGGTAAGCAGAACATGCAGTAAGTTAATTAACATATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGCATCATGGGTAAGCAGAACATGCAGTAAGTTAATTAACATATA  300

seq1  TTCTTCCTTCTAGCTAGTCTCTACCGATGCACACCTGGTGAGATTAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTTCTAGCTAGTCTCTACCGATGCACACCTGGTGAGATTAATTT  350

seq1  TGAATTTGTCAAGTACTCAATCACCTAGAAGCTGGAGTGCAGACAGTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTGTCAAGTACTCAATCACCTAGAAGCTGGAGTGCAGACAGTTGT  400

seq1  CACCTGTTACCAAGAAAACAAAGTTTAGTTGAAAACATTATCAAACCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTTACCAAGAAAACAAAGTTTAGTTGAAAACATTATCAAACCTCA  450

seq1  GCTTGCCTCGTAACTGCTGTATGAGTTCCTCATGGGAGAATACAGCTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTCGTAACTGCTGTATGAGTTCCTCATGGGAGAATACAGCTCAA  500

seq1  TGACAACAAAAACATACTTAAATGAAACAATCCAGGGGCTGAGGAGATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACAAAAACATACTTAAATGAAACAATCCAGGGGCTGAGGAGATGC  550

seq1  ATCGGTGGGTACAGTGCTTGCTGCATAGGCATGAGTGTTTCCTGTGGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGTGGGTACAGTGCTTGCTGCATAGGCATGAGTGTTTCCTGTGGATT  600

seq1  CCCTTCCAGCACACAGAAGGTGGAGGTGAGTAGAAACAAGACAGCCCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCAGCACACAGAAGGTGGAGGTGAGTAGAAACAAGACAGCCCTGT  650

seq1  GACTTGCTGCCCAGCAAAGCCAGGCACATCAGCGAGCTTTAGGTTCAGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGCTGCCCAGCAAAGCCAGGCACATCAGCGAGCTTTAGGTTCAGGG  700

seq1  AGAGACCTTGCTTCAAATAATCATGT-GGGGGACGATAGAGAAAGACACC  749
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCTTGCTTCAAATAATCATGTGGGGGGACGATAGAGAAAGACACC  750

seq1  TGAAGACAACGTGTGACCTTCACACGGACACACATACATATTTATGCAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACAACGTGTGACCTTCACACGGACACACATACATATTTATGCAAA  800

seq1  TATCACACACACACACAAACACACACACACACACACACATCAAGAAAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACACACACACACAAACACACACACACACACACACATCAAGAAAGAA  850

seq1  AAAAATTCCAGTAATATAGCCAAGAGGGATAAAACAAAGCCATTGTCTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAAAATTCCAGTAATATAGCCAAGAGGGATAAAAC-AAGCCATTGTCTAA  899

seq1  GCAACCAGATCTTAAGTTCTTTGTTTTCTGGCACCTTGTACATTAAAACC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  GCAACCAGATCTTAAGTTCTTTGTTTTCTGGCACCTTGTACATTAAA--C  947

seq1  AAAAAAATAAAAAATAAAATAAAACAACAACAACAAAAAACATATTTAAA  999
       ||||||||||||   |||||||      |||   |||||||||||    
seq2  CAAAAAATAAAAA--TAAATAAA-----CACACACAAAAACATATT----  986

seq1  TAATAT-TTTGATTGGACCTGTATACATTATTGATATGTCCTGTATTAGA  1048
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAATATATTTGATTGGACCTGTATACATTA-TGATATGTCCTGTATTAGA  1035

seq1  GATGAAATCATACATTTCTAATATATCT-GTGTCTCTAAAATTACAGTAA  1097
      |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||  ||||||||
seq2  GATGAAATCATACATTTCTAATAT-TCTGGTGTCTCCTAA--TACAGTAA  1082

seq1  TAAACCTATGATATAGTGTCATAAATAG-CTAAAAATATTTT  1138
      |  | ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||| 
seq2  T--ATCTATGAT-TAGTGTCATTAATAGCCTAAAAATTTTT-  1120


seq1: chr3_147697448_147698632
seq2: B6Ng01-172H17.g_62_1226 (reverse)

seq1  TAAGTCCTGCCTGAACAAGTGCTTTCATCAGTAACTTTCAGTCACCCTTG  50
      ||||| ||||||||||||||    ||||||||| |  ||||| |||| ||
seq2  TAAGTTCTGCCTGAACAAGT--CGTCATCAGTACC--TCAGT-ACCCCTG  45

seq1  GGAGAAA--CAGCACACTTGCCACTTGT-ACCCAC-TTCTCTGTGTATGA  96
       ||||||  ||||| || || ||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  AGAGAAAACCAGCA-ACCTGGCACTTGTAACCCACTTTCTCTGTGTATGA  94

seq1  GGTTTTGGAAACGCCATTTCCATCATGAAACAGGCATCTGTCCTCACTTA  146
      |   |||  |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||
seq2  G---TTG--AACGCCATTTCCATCATG-AACA-GCATCTGT-CTCACTTA  136

seq1  TCCCCCAAATTATCCTCCTGCCTCTTCGAACAATGTCTCCTGGTCATTTC  196
      ||||||||| ||||   ||| ||| ||||   ||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCAAA-TATC--TCTG-CTC-TCGA--CATGTCTCCTGGTCATTTC  179

seq1  CAGCACCAGAGATTTTCTTGTTTAGGCACAGGAGTGGGTAGCCTATGTTT  246
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGCACCAGAGATTTTC-TGTTTAGGCACAGGAGTGGGTAG-CTATGTTT  227

seq1  CTCAGGATGACTGTGAATGAGGCCCAACTCATCTGTAGAGAGGTGTGTCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGATGACTGTGAATGAGGCCCAACTCATCTGTAGAGAGGTGTGTCA  277

seq1  TGTTGGCTTGCCACCTGCAGGGCAGCCCTGGTTAGGACTCTGTATCAGTT  346
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCTTGCCA-CTGCAGGGCAGCCCTGGTTAGGACTCTGTATCAGTT  326

seq1  GAAGCACAACTTAAGTAATTTGGCTTGGCAACTGCTTATGTAGATTGTAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACAACTTAAGTAATTTGGCTTGGCAACTGCTTATGTAGATTGTAC  376

seq1  AGCATACATGACACTGGAGGTTACCTAACAGAGTAACACTTGATCCTCAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATACATGACACTGGAGGTTACCTAACAGAGTAACACTTGATCCTCAC  426

seq1  AGCTAGTATGAAGTCTGTATTAATTCTGTATCGTATAAGTGGTGCCTTGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTATGAAGTCTGTATTAATTCTGTATCGTATAAGTGGTGCCTTGC  476

seq1  CTCATAGTTTGGAGACCTGGAATTTCAGCTCATTAACCAATCTAGGCCTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGTTTGGAGACCTGGAATTTCAGCTCATTAACCAATCTAGGCCTT  526

seq1  GTGTCATACAAGCAGTGACATATGAGAACAAGTAACCATAAAACCAGCCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCATACAAGCAGTGACATATGAGAACAAGTAACCATAAAACCAGCCT  576

seq1  TCACTATTTGCCGGTCACTCTGACAAGCACTTGACTAATATTAGCTCACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATTTGCCGGTCACTCTGACAAGCACTTGACTAATATTAGCTCACA  626

seq1  TAGCACACAGAAAAGTCCTGAGACAAATCATTTCTCGAGTTCACAGATAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACACAGAAAAGTCCTGAGACAAATCATTTCTCGAGTTCACAGATAA  676

seq1  GAAAACAGCGACAGAGCAAACAAATGACAGACACAAAGCCAAGAACTTGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGCGACAGAGCAAACAAATGACAGACACAAAGCCAAGAACTTGA  726

seq1  ACCTAGGACAAGGAAGAGTGCTTAGTTTGTGCACAGTGCTCAATGAAACA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGACAAGGAAGAGTGCTTAGTTTGTGCACAGTGCTCAATGAAACA  776

seq1  CATGTGTACTCACACAAATGTGTATAATTGATAATATAATACAATACAGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTACTCACACAAATGTGTATAATTGATAATATAATACAATACAGA  826

seq1  TATTTTTCATGTACATGTTGCACACTTAAAAGTATATATACTTCTGACAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTCATGTACATGTTGCACACTTAAAAGTATATATACTTCTGACAA  876

seq1  ATTAGATTTTTTGCCTAGGGTTTCACATTTAGTTCAATAGTTCAGCAAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATTTTTTGCCTAGGGTTTCACATTTAGTTCAATAGTTCAGCAAAT  926

seq1  ATATACACACATATGTACATGTGTATACCTGTCATACATATATGAATGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACACACATATGTACATGTGTATACCTGTCATACATATATGAATGAA  976

seq1  GATTAAGACACAAAGGAAATATAGTAAAATACTAAAATCGGGAGTTAAAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGACACAAAGGAAATATAGTAAAATACTAAAATCGGGAGTTAAAG  1026

seq1  AGTACTGCCTGGCTACATTTCTGTAGCATTGGGATTCTATACACAAGGAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGCCTGGCTACATTTCTGTAGCATTGGGATTCTATACACAAGGAC  1076

seq1  ACAGATTTCAGTATTTACATAAAGATAGCTTACATAGCTTACAGGTAGAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTTCAGTATTTACATAAAGATAGCTTACATAGCTTACAGGTAGAA  1126

seq1  ACACTGGCAATACAAAGATAAGTCAGGCCTGTGGAATTC  1185
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGCAATACAAAGATAAGTCAGGCCTGTGGAATTC  1165


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |