BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-174L13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 65,682,948 - 65,794,256
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcnl1
Upstream geneLOC670110, Kcnab1, Ssr3, EG433604, EG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866
Downstream geneLOC625048, Veph1, Tpi-rs2, Ptx3, LOC625115, Shox2, Rsrc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-174L13.bB6Ng01-174L13.g
ACCGA002719GA002720
length333775
definitionB6Ng01-174L13.b B6Ng01-174L13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,793,923 - 65,794,256)(65,682,948 - 65,683,721)
sequence
gaattcactaagtagatcaggttggtctctactcacccagatactcctgc
ctttgcctcctgagtgctagggttaaacaaaggtctacaccaccatgccc
agctaaactaggcatctttgagaaacaagatcatatttgacccttgatag
actcttgagtctaaatcttttaatactatacttttggaggccggtggaaa
aaaattaaatggggactatattttttaaatattgtggcaacattaaattt
cttagaaattataaacatgttgtagctagtatatttataattgccaacaa
ctggggctagagaaatggcttaatggttaagag
gaattcacaccaagaagaacatatacaacagcattggaatgggataagag
ggatagataccacctcagttggcaacaagctatacatggaggagaccaca
gggaactcaaggccatacattgactctaggctggaactaagaattggtat
aggctaaccaggttattggtgctttcaggatcaaggaatctgtgattttc
tcaaatccagtaacactggctaagattactccttgctataccccagacat
tcttattccatcatctaacatggacattgtaataggtgcatgggagagca
gctatgggtgggaaagagatgacatgatagtctcatttttttgtcctagt
acatacttccaaaaaggaagggaagcagaaggagacgtaaaccccagagg
aggagaaagggatgcgcaggaaacaatgactctcattgtcgagttctcat
tcgtgatcaagggcagagcaacagagacagcatgccagagaggatcaaga
aggccgtgggattaagacttaaccttgggtttgtcgatagccaccgtcat
ctatgggctgagagatctcaggaaagtcacttgaatctctagtctttatt
ttctttgtctggtctgcttaggtgacacaaccagagttgctgctaggatg
caatgtctagtgaaccaacaagccaagtccataggggtttggagactccc
tctctctggaggagctgcaccaaacagaggcaggtgtggccgcctagcgg
ccgagcatccatcacagaggatggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_65793923_65794256
seq2: B6Ng01-174L13.b_38_371 (reverse)

seq1  CTCTTAACCATTAAGCCATTTCTCTAGCCCCAGTTGTTGGCAATTATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAACCATTAAGCCATTTCTCTAGCCCCAGTTGTTGGCAATTATAAA  50

seq1  TATACTAGCTACAACATGTTTATAATTTCTAAGAAATTTAATGTTGCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTAGCTACAACATGTTTATAATTTCTAAGAAATTTAATGTTGCCAC  100

seq1  AATATTTAAAAAATATAGTCCCCATTTAATTTTTTTCCACCGGCCTCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTAAAAAATATAGTCCCCATTTAATTTTTTTCCACCGGCCTCCAA  150

seq1  AAGTATAGTATTAAAAGATTTAGACTCAAGAGTCTATCAAGGGTCAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATAGTATTAAAAGATTTAGACTCAAGAGTCTATCAAGGGTCAAATA  200

seq1  TGATCTTGTTTCTCAAAGATGCCTAGTTTAGCTGGGCATGGTGGTGTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTGTTTCTCAAAGATGCCTAGTTTAGCTGGGCATGGTGGTGTAGA  250

seq1  CCTTTGTTTAACCCTAGCACTCAGGAGGCAAAGGCAGGAGGATCTTTGTG  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||
seq2  CCTTTGTTTAACCCTAGCACTCAGGAGGCAAAGGCAGGAGTATCTGGGTG  300

seq1  AGTAGAGACCAACCTGATCTACTTAGTGAATTCC  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAGACCAACCTGATCTACTTAGTGAATTCC  334

seq1: chr3_65682948_65683721
seq2: B6Ng01-174L13.g_71_845

seq1  GAATTCACACCAAGAAGAACAGATTCAACAGCATTGGAATGGGATAAGAG  50
      ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACCAAGAAGAACATATACAACAGCATTGGAATGGGATAAGAG  50

seq1  GGATAGATACCACCTCAGTTGGCAACAAGCTATACATGGAGGAGACCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGATACCACCTCAGTTGGCAACAAGCTATACATGGAGGAGACCACA  100

seq1  GGGAACTCAAGGCCATACATTGACTCTAGGCTGGAACTAAGAATTGGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTCAAGGCCATACATTGACTCTAGGCTGGAACTAAGAATTGGTAT  150

seq1  AGGCTAACCAGGTTATTGGTGCTTTCAGGATCAAGGAATCTGTGATTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAACCAGGTTATTGGTGCTTTCAGGATCAAGGAATCTGTGATTTTC  200

seq1  TCAAATCCAGTAACACTGGCTAAGATTACTCCTTGCTATACCCCAGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCCAGTAACACTGGCTAAGATTACTCCTTGCTATACCCCAGACAT  250

seq1  TCTTATTCCATCATCTAACATGGACATTGTAATAGGTGCATGGGAGAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTCCATCATCTAACATGGACATTGTAATAGGTGCATGGGAGAGCA  300

seq1  GCTATGGGTGGGAAAGAGATGACATGATAGTCTCATTTTTTTGTCCTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGGTGGGAAAGAGATGACATGATAGTCTCATTTTTTTGTCCTAGT  350

seq1  ACATACTTCCAAAAAGGAAGGGAAGCAGAAGGAGACGTAAACCCCAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTTCCAAAAAGGAAGGGAAGCAGAAGGAGACGTAAACCCCAGAGG  400

seq1  AGGAGAAAGGGATGCGCAGGAAACAATGACTCTCATTGTCGAGTTCTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAAGGGATGCGCAGGAAACAATGACTCTCATTGTCGAGTTCTCAT  450

seq1  TCGTGATCAAGGGCAGAGCAACAGAGACAGCATGCCAGAGAGGATCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGATCAAGGGCAGAGCAACAGAGACAGCATGCCAGAGAGGATCAAGA  500

seq1  AGGCCGTGGGATTAAGACTTAACCTTGGGTTTGTCGATAGCCACCGTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGTGGGATTAAGACTTAACCTTGGGTTTGTCGATAGCCACCGTCAT  550

seq1  CTATGGGCTGAGAGATCTCAGGAAAGTCACTTGAATCTCTAGTCTTTA-T  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTATGGGCTGAGAGATCTCAGGAAAGTCACTTGAATCTCTAGTCTTTATT  600

seq1  TTCTTTGTCTGGTCTGCTTAGGTGACACAACCAGAGTTGCTGCTAGGATG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTCTGGTCTGCTTAGGTGACACAACCAGAGTTGCTGCTAGGATG  650

seq1  CAATGTCTAGTGAACCAACAAGCCAAGTCCATAGGGGTTTGGAGACTCCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCTAGTGAACCAACAAGCCAAGTCCATAGGGGTTTGGAGACTCCC  700

seq1  TCTCTCTGGAGGAGCTGCACCAAACAGAGGCAGGTGTGGCCGCCAAGCGG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTCTCTGGAGGAGCTGCACCAAACAGAGGCAGGTGTGGCCGCCTAGCGG  750

seq1  CCGAGCATCCATCACAGAGGATGGT  774
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGCATCCATCACAGAGGATGGT  775