BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188O22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 147,530,143 - 147,698,632
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTtll7, Ppia-ps3_1528.1
Downstream geneLOC100040354, Lphn2, LOC100040368
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188O22.bB6Ng01-188O22.g
ACCGA013091GA013092
length1,1921,184
definitionB6Ng01-188O22.b B6Ng01-188O22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,697,457 - 147,698,632)(147,530,143 - 147,531,322)
sequence
gaattccacaggcctgacttatctttgtattgccagtgtttctacctgta
agctatgtaagctatctttatgtaaatactgaaatctgtgtccttgtgta
tagaatcccaatgctacagaaatgtagccaggcagtactctttaactccc
gattttagtattttactatatttcctttgtgtcttaatcttcattcatat
atgtatgacaggtatacacatgtacatatgtgtgtatatatttgctgaac
tattgaactaaatgtgaaaccctaggcaaaaaatctaatttgtcagaagt
atatatacttttaagtgtgcaacatgtacatgaaaaatatctgtattgta
ttatattatcaattatacacatttgtgtgagtacacatgtgtttcattga
gcactgtgcacaaactaagcactcttccttgtcctaggttcaagttcttg
gctttgtgtctgtcatttgtttgctctgtcgctgttttcttatctgtgaa
ctcgagaaatgatttgtctcaggacttttctgtgtgctatgtgagctaat
attagtcaagtgcttgtcagagtgaccggcaaatagtgaaggctggtttt
atggttacttgttctcatatgtcactgcttgtatgacacaaggcctagat
tggttaatgagctgaaattccaggtctccaaactatgaggcaaggcacca
cttatacgatacagaattaatacagacttcatactagctgtgaggatcaa
gtgttactctgttaggtaacctccagtgtcatgtatgctgtacaatctac
ataagcagttgccaagccaaattacttaagttgtgcttcaactgatacag
agtcctaaccagggctgccctgcaggtggcaaagccaaacatgacacacc
tctctacagatgagttggggcctcattcacagtcatcctgagaaaaatag
gctacccactcctgtgcctaaacaagaaaatcttctggtgctggaaatga
ccaggagacattgttcgaagaggcaggaggataatttgggggataagtgg
agggacagatgcctgtttcatgaatggaaatgggcgttccaaatctcata
acatcaggagaaaggtgggtacaagtggccaagtgtgcctggtttctctt
caagggtgactgaagttactgaatgaaggcaacctgttcagg
gaattccatgtgttgaagaacaagtcataggcaaaagagttgagcaatga
ctacatggtaagcatcctgcttgaagtgaacactgtggcaagtctcaggc
ttctgctagttgaatgatgataagagaagtgggaactttgcaacaaagcc
attagagttaaatgataatcgccaaccaatattgatgtgcaccagaagtg
gataaactgaagttgatggatgttactggagaattaaaagtcaagtaaat
gagcaagacgactccttggtagacacaggcaagaacaactgggtagatct
ctgattatttgaatcatggagctgaagaaatgtttctatgacctaatagc
ctccaaagaatagtttatgtgatcgctaatgttgattgttaacttggaag
aatctaggatgaccaagagacaaacttctaggggtgactttgagaggttt
tctagataagattgctagagggttgaagtcaccagttagcatatttgggt
gcctgtggtgatttgaatgttcttagctgatagggagtggctctgttagg
agatgtggcattgtaggaggatgtgtatcattgtgcggttgggctttgaa
gctctccccagtatagataagtcagttttcttcaggctacagtcagatca
agacatagaactctcagcttctccagcaccatgcctgcctgcatgctgcc
atgcttcccccccttgatggtaacagacttgtcttttcaggaacctaacc
agaactttgttaaaactatgggcccatcatccaggagatgtagcttaatt
ggtagagtactggtctaacatctagaggcctagagttcaatccctagcat
gttctattatgggatgtagaagcacagagacctgcatggcaacctgcaat
gtgatctctgacactctagtgatggagacagagaaccaggaacttcagtc
tcaagcttagcctcatctggttacagttccacctgggtaaacttatcaga
tccttgtctcaggactacacagggcaatgttagactccatctttttctgt
agggctagaaagtggcattggtgtttttaaggccacctgtggtagagcag
ttcttcagaaggaactcacatttccagctcagaccttgcttcatgtgaac
ctctagacacttgcagagatccttgtagaagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_147697457_147698632
seq2: B6Ng01-188O22.b_50_1241 (reverse)

seq1  CCTGAACAAG-TGCTTTCA-TCAGTAACTTTCAGTCACCCTTG-GGAGAA  47
      |||||||| | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||  |||||
seq2  CCTGAACAGGTTGCCTTCATTCAGTAAC-TTCAGTCACCCTTGAAGAGAA  49

seq1  AC--AGCACACTT-GCCACTTGTACCCAC--TTCTC----TGTGTATGAG  88
      ||   |||||||| |||||||||||||||  |||||    ||| ||||| 
seq2  ACCAGGCACACTTGGCCACTTGTACCCACCTTTCTCCTGATGT-TATGA-  97

seq1  GTTTTGGAAACGCCATTTCCA-TCATGAAACAGGCATCTGTCC--TCACT  135
      | |||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||
seq2  GATTTGGAACGCCCATTTCCATTCATGAAACAGGCATCTGTCCCTCCACT  147

seq1  TATCCCCCAAATTATCCTCCTGCCTCTTCGAACAATGTCTCCTGGTCATT  185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCCCAAATTATCCTCCTGCCTCTTCGAACAATGTCTCCTGGTCATT  197

seq1  TCCAGCACCAG-AGATTTTCTTGTTTAGGCACAGGAGTGGGTAGCCTATG  234
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCAGCACCAGAAGATTTTCTTGTTTAGGCACAGGAGTGGGTAGCCTATT  247

seq1  TTTCTCAGGATGACTGTGAATGAGG-CCCAACTCATCTGTAGAGAGGTGT  283
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAGGATGACTGTGAATGAGGCCCCAACTCATCTGTAGAGAGGTGT  297

seq1  GTCATG-TTGGC-TTGCCACCTGCAGGGCAGCCCTGGTTAGGACTCTGTA  331
      |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTTTGGCTTTGCCACCTGCAGGGCAGCCCTGGTTAGGACTCTGTA  347

seq1  TCAGTTGAAGCACAACTTAAGTAATTTGGCTTGGCAACTGCTTATGTAGA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGAAGCACAACTTAAGTAATTTGGCTTGGCAACTGCTTATGTAGA  397

seq1  TTGTACAGCATACATGACACTGGAGGTTACCTAACAGAGTAACACTTGAT  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAGCATACATGACACTGGAGGTTACCTAACAGAGTAACACTTGAT  447

seq1  CCTCACAGCTAGTATGAAGTCTGTATTAATTCTGTATCGTATAAGTGGTG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACAGCTAGTATGAAGTCTGTATTAATTCTGTATCGTATAAGTGGTG  497

seq1  CCTTGCCTCATAGTTTGGAGACCTGGAATTTCAGCTCATTAACCAATCTA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCTCATAGTTTGGAGACCTGGAATTTCAGCTCATTAACCAATCTA  547

seq1  GGCCTTGTGTCATACAAGCAGTGACATATGAGAACAAGTAACCATAAAAC  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTGTCATACAAGCAGTGACATATGAGAACAAGTAACCATAAAAC  597

seq1  CAGCCTTCACTATTTGCCGGTCACTCTGACAAGCACTTGACTAATATTAG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTCACTATTTGCCGGTCACTCTGACAAGCACTTGACTAATATTAG  647

seq1  CTCACATAGCACACAGAAAAGTCCTGAGACAAATCATTTCTCGAGTTCAC  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATAGCACACAGAAAAGTCCTGAGACAAATCATTTCTCGAGTTCAC  697

seq1  AGATAAGAAAACAGCGACAGAGCAAACAAATGACAGACACAAAGCCAAGA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGAAAACAGCGACAGAGCAAACAAATGACAGACACAAAGCCAAGA  747

seq1  ACTTGAACCTAGGACAAGGAAGAGTGCTTAGTTTGTGCACAGTGCTCAAT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAACCTAGGACAAGGAAGAGTGCTTAGTTTGTGCACAGTGCTCAAT  797

seq1  GAAACACATGTGTACTCACACAAATGTGTATAATTGATAATATAATACAA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACATGTGTACTCACACAAATGTGTATAATTGATAATATAATACAA  847

seq1  TACAGATATTTTTCATGTACATGTTGCACACTTAAAAGTATATATACTTC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATATTTTTCATGTACATGTTGCACACTTAAAAGTATATATACTTC  897

seq1  TGACAAATTAGATTTTTTGCCTAGGGTTTCACATTTAGTTCAATAGTTCA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATTAGATTTTTTGCCTAGGGTTTCACATTTAGTTCAATAGTTCA  947

seq1  GCAAATATATACACACATATGTACATGTGTATACCTGTCATACATATATG  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATATATACACACATATGTACATGTGTATACCTGTCATACATATATG  997

seq1  AATGAAGATTAAGACACAAAGGAAATATAGTAAAATACTAAAATCGGGAG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGATTAAGACACAAAGGAAATATAGTAAAATACTAAAATCGGGAG  1047

seq1  TTAAAGAGTACTGCCTGGCTACATTTCTGTAGCATTGGGATTCTATACAC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGTACTGCCTGGCTACATTTCTGTAGCATTGGGATTCTATACAC  1097

seq1  AAGGACACAGATTTCAGTATTTACATAAAGATAGCTTACATAGCTTACAG  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACACAGATTTCAGTATTTACATAAAGATAGCTTACATAGCTTACAG  1147

seq1  GTAGAAACACTGGCAATACAAAGATAAGTCAGGCCTGTGGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAACACTGGCAATACAAAGATAAGTCAGGCCTGTGGAATTC  1192

seq1: chr3_147530143_147531322
seq2: B6Ng01-188O22.g_71_1254

seq1  GAATTCCATGTGTTGAAGAACAAGTCATAGGCAAAAGAGTTGAGCAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTGTTGAAGAACAAGTCATAGGCAAAAGAGTTGAGCAATGA  50

seq1  CTACATGGTAAGCATCCTGCTTGAAGTGAACACTGTGGCAAGTCTCAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGGTAAGCATCCTGCTTGAAGTGAACACTGTGGCAAGTCTCAGGC  100

seq1  TTCTGCTAGTTGAATGATGATAAGAGAAGTGGGAACTTTGCAACAAAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTAGTTGAATGATGATAAGAGAAGTGGGAACTTTGCAACAAAGCC  150

seq1  ATTAGAGTTAAATGATAATCGCCAACCAATATTGATGTGCACCAGAAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGTTAAATGATAATCGCCAACCAATATTGATGTGCACCAGAAGTG  200

seq1  GATAAACTGAAGTTGATGGATGTTACTGGAGAATTAAAAGTCAAGTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACTGAAGTTGATGGATGTTACTGGAGAATTAAAAGTCAAGTAAAT  250

seq1  GAGCAAGACGACTCCTTGGTAGACACAGGCAAGAACAACTGGGTAGATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGACGACTCCTTGGTAGACACAGGCAAGAACAACTGGGTAGATCT  300

seq1  CTGATTATTTGAATCATGGAGCTGAAGAAATGTTTCTATGACCTAATAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTATTTGAATCATGGAGCTGAAGAAATGTTTCTATGACCTAATAGC  350

seq1  CTCCAAAGAATAGTTTATGTGATCGCTAATGTTGATTGTTAACTTGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGAATAGTTTATGTGATCGCTAATGTTGATTGTTAACTTGGAAG  400

seq1  AATCTAGGATGACCAAGAGACAAACTTCTAGGGGTGACTTTGAGAGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGGATGACCAAGAGACAAACTTCTAGGGGTGACTTTGAGAGGTTT  450

seq1  TCTAGATAAGATTGCTAGAGGGTTGAAGTCACCAGTTAGCATATTTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATAAGATTGCTAGAGGGTTGAAGTCACCAGTTAGCATATTTGGGT  500

seq1  GCCTGTGGTGATTTGAATGTTCTTAGCTGATAGGGAGTGGCTCTGTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGGTGATTTGAATGTTCTTAGCTGATAGGGAGTGGCTCTGTTAGG  550

seq1  AGATGTGGCATTGTAGGAGGATGTGTATCATTGTGCGGTTGGGCTTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGGCATTGTAGGAGGATGTGTATCATTGTGCGGTTGGGCTTTGAA  600

seq1  GCTCTCCCCAGTATAGATAAGTCAGTTTTCTTCAGGCTACAGTCAGATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCCCAGTATAGATAAGTCAGTTTTCTTCAGGCTACAGTCAGATCA  650

seq1  AGACATAGAACTCTCAGCTTCTCCAGCACCATGCCTGCCTGCATGCTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAGAACTCTCAGCTTCTCCAGCACCATGCCTGCCTGCATGCTGCC  700

seq1  ATGCTTCCCCCCCTTGATGGTAACAGACTTGTCTTTTCAGGAACCTAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCCCCCCTTGATGGTAACAGACTTGTCTTTTCAGGAACCTAACC  750

seq1  AGAACTTTGTTAAAACTATGGGCCCATCATCCAGGAGATGTAGCTTAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTTGTTAAAACTATGGGCCCATCATCCAGGAGATGTAGCTTAATT  800

seq1  GGTAGAGTACTGGTCTAACATCTAGAGGCCTAGAGTTCAATCCCTAGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGTACTGGTCTAACATCTAGAGGCCTAGAGTTCAATCCCTAGCAT  850

seq1  GTTCTATTATGGGATGTAGAAGCACAGAGACCTGCATGGCAACCTGCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATTATGGGATGTAGAAGCACAGAGACCTGCATGGCAACCTGCAAT  900

seq1  GTGATCTCTGACACTCTAGTGATGGAAGACAGAGAACCA-GAACTTCAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGATCTCTGACACTCTAGTGATGG-AGACAGAGAACCAGGAACTTCAGT  949

seq1  CTCAAGCTTAGCCTCATCTGGTTACAGGTCCACCTGGGTAAACTTATCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGCTTAGCCTCATCTGGTTACAGTTCCACCTGGGTAAACTTATCAG  999

seq1  A-CCCTGTCTCAGAACTACACA-GGCAATGTTAGACTCCATCCTTTTTCT  1047
      | || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCCTTGTCTCAGGACTACACAGGGCAATGTTAGACTCCAT-CTTTTTCT  1048

seq1  GTAGGGGCTAGAAAAGTGGCA-TGGTGTTTTAAAG--CACTTGTGGTTAA  1094
      ||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||  ||| ||||||  |
seq2  GTA-GGGCTAG-AAAGTGGCATTGGTGTTTTTAAGGCCACCTGTGGT--A  1094

seq1  GAGCAGTTCTTCCAGAGGA--CCACATTCCCAGTCTCAGAACCTGCTTCA  1142
      ||||||||||||   ||||   |||||| |||| |||||| | |||||||
seq2  GAGCAGTTCTTCAGAAGGAACTCACATTTCCAG-CTCAGACCTTGCTTCA  1143

seq1  TGTGA--CTCTAAACACATGCAGAGA-CCTGTAAGAAGAAA  1180
      |||||  ||||| |||| |||||||| |||   ||||||||
seq2  TGTGAACCTCTAGACACTTGCAGAGATCCTTGTAGAAGAAA  1184