BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190I20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,625,969 - 40,748,565
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik
Upstream geneLOC100041458, LOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4
Downstream geneLarp2, Pgrmc2, EG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190I20.bB6Ng01-190I20.g
ACCGA014280GA014281
length1,164937
definitionB6Ng01-190I20.b B6Ng01-190I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,625,969 - 40,627,143)(40,747,643 - 40,748,565)
sequence
gaattccaaagaccaataattatttccccaaatgtagtattaggggttga
gctgttgtgtaaatctgtaaaataaagatagagcaaggtatcacttgcta
cttgtaaagaatgcaggggctggtgctaaagaattgaaatcaccatacct
tcccactgtattttgggaaactgatttccccagggtaacaagataaagaa
gccgacccatacaaccacaaatcctcccaggagaatagcacgctcgccaa
tcctgtggaacagaaactatgattttgaaatgaaatgtaaatatacgatt
tcattactataactaaaaaatttaagtgacattgttatacagtttattat
agttatgaattcctgtgatgttacatagaataccctactgaaagcaacca
gcatcagacactgctgtagcaccatagtctgagctacatagtgagaccct
gacttagaaaaaaatagacttctctagtaaactgctgatttcagactagg
gggatggactctagaagataaatgtgtttatcttcctatagaaagtggag
cttgtcagtaactattaggggacagagactcagccagggtgaagaataat
cacacctatgatttagggaataaaccatgaaagctgttcatgagctaaca
acctgtgtctgcctgtaagacaagctggggatagatagctcagtggtaga
gtgcttgcctggcatgtttgatgccctggttcaattcccagcacccagag
agaaaaataaattacatgacaaaactcaatttatacatgcattcccatat
tccttacatactgggtttctaatagttactttcataaaattattctttta
aagttagttaggggctgggaatagagtggtagaacattgggcctagcata
tttgaggccctaagttcaactcccagcaccacatacacaaagttatgtga
gcaaataactgtgaaaaataataattgtatttgccatgtgagaatatagt
gtttgtaagctaaagacctaattagagttctaaaatatgtatgcctatat
cccagtgcctggctgtagagcggagcatcagattcaggactagccagggt
acatgagacctgccctcatgacgactatcccgccacaacacaatctatgt
agtccagtctgttc
gaattctttaaattccccgggaaaactatgaactcctaatcatctgacct
gtagttcccaagtgctggaattacaggcctgtgtcatcacactcagttaa
tatccttggtgaatggtaaccactttctagtccttacaagttaagagaca
tgattgtcattcccttccatactagttctgtgagagccaaagttatgttg
taagttttactatgcctaagaggtctgtcttagggttttactgctatgaa
cagacactatgtatggccaatgtaagtcttaaaaggacaatatttaattg
gggctggcttacaggttcagaggttcagtccattatcatcaagacctgag
catggcagcatccaggcaggcgtggtgcaggcagagctgagagttctaca
tcttcatctgaaggcttccaggcagttaggatgagggtcttatttcccac
acccacagtgacacacctactccaacagggccatgccttctaatagtgcc
actccctgggccaagcatatataaatcatcacaagagtcatgaaataaaa
tacctcttatcctgcaaatcctttgcccaaggacagataattcctgaaaa
tactggtgggtattgtttatgggagataacaacctgtatgttttaacacc
cctaaacaagtctgtttgacccagctataccagatatgcttgatcaaatg
tagacagggaggtagaaaaatacatcaggttgtattgcctgcctccttat
tgactggatgggaaatatgatagactttatgggttgcccttttttaagtc
tctgcaaaatgtgacttgtcattttccggggcacccaaggaatagacctg
attcagagtccatcctcctggctagtatttaaattaaaaggttgcttcaa
atttgggcttttaaaatgtgtagtggtctttattctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40625969_40627143
seq2: B6Ng01-190I20.b_46_1209

seq1  GAATTCCAAAGACCAATAATTATTTCCCCAAATGTAGTATTAGGGGTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGACCAATAATTATTTCCCCAAATGTAGTATTAGGGGTTGA  50

seq1  GCTGTTGTGTAAATCTGTAAAATAAAGATAGAGCAAGGTATCACTTGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGTGTAAATCTGTAAAATAAAGATAGAGCAAGGTATCACTTGCTA  100

seq1  CTTGTAAAGAATGCAGGGGCTGGTGCTAAAGAATTGAAATCACCATACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAAGAATGCAGGGGCTGGTGCTAAAGAATTGAAATCACCATACCT  150

seq1  TCCCACTGTATTTTGGGAAACTGATTTCCCCAGGGTAACAAGATAAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGTATTTTGGGAAACTGATTTCCCCAGGGTAACAAGATAAAGAA  200

seq1  GCCGACCCATACAACCACAAATCCTCCCAGGAGAATAGCACGCTCGCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGACCCATACAACCACAAATCCTCCCAGGAGAATAGCACGCTCGCCAA  250

seq1  TCCTGTGGAACAGAAACTATGATTTTGAAATGAAATGTAAATATACGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGGAACAGAAACTATGATTTTGAAATGAAATGTAAATATACGATT  300

seq1  TCATTACTATAACTAAAAAATTTAAGTGACATTGTTATACAGTTTATTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACTATAACTAAAAAATTTAAGTGACATTGTTATACAGTTTATTAT  350

seq1  AGTTATGAATTCCTGTGATGTTACATAGAATACCCTACTGAAAGCAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGAATTCCTGTGATGTTACATAGAATACCCTACTGAAAGCAACCA  400

seq1  GCATCAGACACTGCTGTAGCACCATAGTCTGAGCTACATAGTGAGACCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGACACTGCTGTAGCACCATAGTCTGAGCTACATAGTGAGACCCT  450

seq1  GACTTAGAAAAAAATAGACTTCTCTAGTAAACTGCTGATTTCAGACTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAGAAAAAAATAGACTTCTCTAGTAAACTGCTGATTTCAGACTAGG  500

seq1  GGGATGGACTCTAGAAGATAAATGTGTTTATCTTCCTATAGAAAGTGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGACTCTAGAAGATAAATGTGTTTATCTTCCTATAGAAAGTGGAG  550

seq1  CTTGTCAGTAACTATTAGGGGACAGAGACTCAGCCAGGGTGAAGAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCAGTAACTATTAGGGGACAGAGACTCAGCCAGGGTGAAGAATAAT  600

seq1  CACACCTATGATTTAGGGAATAAACCATGAAAGCTGTTCATGAGCTAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTATGATTTAGGGAATAAACCATGAAAGCTGTTCATGAGCTAACA  650

seq1  ACCTGTGTCTGCCTGTAAGACAAGCTGGGGATAGATAGCTCAGTGGTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGTCTGCCTGTAAGACAAGCTGGGGATAGATAGCTCAGTGGTAGA  700

seq1  GTGCTTGCCTGGCATGTTTGATGCCCTGGTTCAATTCCCAGCACCCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGCCTGGCATGTTTGATGCCCTGGTTCAATTCCCAGCACCCAGAG  750

seq1  AGAAAAATAAATTACATGACAAAACTCAATTTATACATGCATTCCCATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATAAATTACATGACAAAACTCAATTTATACATGCATTCCCATAT  800

seq1  TCCTTACATACTGGGTTTCTAATAGTTACTTTCATAAAATTATTCTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACATACTGGGTTTCTAATAGTTACTTTCATAAAATTATTCTTTTA  850

seq1  AAGTTAGTTAGGGGCTGGGAATAGAGTGGTAGAACATT-GGCCTAGCATA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGTTAGTTAGGGGCTGGGAATAGAGTGGTAGAACATTGGGCCTAGCATA  900

seq1  TTTGAGGCCCTAAGTTCAACTCCCAGCACCACATACACAAAGTTATGTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGCCCTAAGTTCAACTCCCAGCACCACATACACAAAGTTATGTGA  950

seq1  GCAAATAACTGTGAAAAATAATAATTGTATTTGCCATGGTGAGAATATAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCAAATAACTGTGAAAAATAATAATTGTATTTGCCAT-GTGAGAATATAG  999

seq1  TGTTTGTAAGCTAAAGACCTAATTAGAAGTTCTAAAATATGTATGCCTAT  1049
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTAAGCTAAAGACCTAATTAG-AGTTCTAAAATATGTATGCCTAT  1048

seq1  AATCCCAGTGCCTGGGCTGTAGAGGCGGGAGCATCAGGAATTCAAGACTA  1099
       |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||  ||||| |||||
seq2  -ATCCCAGTGCCT-GGCTGTAGAG--CGGAGCATCAG--ATTCAGGACTA  1092

seq1  GCCAGGGTACATGAGACCCTGCCTCATAAAAACAAACAAAACACGCACAC  1149
      ||||||||||||||||||   |||||| |  || | |    |||    ||
seq2  GCCAGGGTACATGAGACCTGCCCTCATGACGACTATCCCGCCAC---AAC  1139

seq1  ACAATCTATGTAAATTCAGTCTGTTC  1175
      ||||||||||| | | ||||||||||
seq2  ACAATCTATGT-AGTCCAGTCTGTTC  1164

seq1: chr3_40747643_40748565
seq2: B6Ng01-190I20.g_63_999 (reverse)

seq1  GAGAATAAA-ACCACTACACATTTTTAAAG-CCAAATATGAAGCAACCTT  48
      ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||
seq2  GAGAATAAAGACCACTACACATTTTAAAAGCCCAAATTTGAAGCAACCTT  50

seq1  T--AATTAAATACTAGCCAGGAGGATGGACTCTG-ATCAGGTCTATTCC-  94
      |  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  TTAATTTAAATACTAGCCAGGAGGATGGACTCTGAATCAGGTCTATTCCT  100

seq1  TGGGTGCCCC-GAAAATGACAAGTCACATTTTGCAGAGACTTAAAAA--G  141
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TGGGTGCCCCGGAAAATGACAAGTCACATTTTGCAGAGACTTAAAAAAGG  150

seq1  GCAACCCAT-AAGTCTATCATATTTCCCATCCAGTCAATAAGGAGGCAGG  190
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCATAAAGTCTATCATATTTCCCATCCAGTCAATAAGGAGGCAGG  200

seq1  C-ATACAACCTGATGTA-TTTTCTACCT-CCTGTCTACATTTGATCAAGC  237
      | ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAATACAACCTGATGTATTTTTCTACCTCCCTGTCTACATTTGATCAAGC  250

seq1  ATATCTGGTATAGCTGGGTCAAACAGACTTGTTTAGGGGTGTTAAAACAT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGGTATAGCTGGGTCAAACAGACTTGTTTAGGGGTGTTAAAACAT  300

seq1  ACAGGTTGTTATCTCCCATAAACAATACCCACCAGTA-TTTCAGGAATTA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACAGGTTGTTATCTCCCATAAACAATACCCACCAGTATTTTCAGGAATTA  350

seq1  TCTGTCCTTGGGCAAAGGATTTGCAGGATAAGAGGTATTTTATTTCATGA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTTGGGCAAAGGATTTGCAGGATAAGAGGTATTTTATTTCATGA  400

seq1  CTCTTGTGATGATTTATATATGCTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGAA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTGATGATTTATATATGCTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGAA  450

seq1  GGCATGGCCCTGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGAAATAAGA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGCCCTGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGAAATAAGA  500

seq1  CCCTCATCCTAACTGCCTGGAAGCCTTCAGATGAAGATGTAGAACTCTCA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATCCTAACTGCCTGGAAGCCTTCAGATGAAGATGTAGAACTCTCA  550

seq1  GCTCTGCCTGCACCACGCCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCAGGTCTTGAT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCCTGCACCACGCCTGCCTGGATGCTGCCATGCTCAGGTCTTGAT  600

seq1  GATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATATTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATATTG  650

seq1  TCCTTTTAAGACTTACATTGGCCATACATAGTGTCTGTTCATAGCAGTAA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTAAGACTTACATTGGCCATACATAGTGTCTGTTCATAGCAGTAA  700

seq1  AACCCTAAGACAGACCTCTTAGGCATAGTAAAACTTACAACATAACTTTG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTAAGACAGACCTCTTAGGCATAGTAAAACTTACAACATAACTTTG  750

seq1  GCTCTCACAGAACTAGTATGGAAGGGAATGACAATCATGTCTCTTAACTT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCACAGAACTAGTATGGAAGGGAATGACAATCATGTCTCTTAACTT  800

seq1  GTAAGGACTAGAAAGTGGTTACCATTCACCAAGGATATTAACTGAGTGTG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGACTAGAAAGTGGTTACCATTCACCAAGGATATTAACTGAGTGTG  850

seq1  ATGACACAGGCCTGTAATTCCAGCACTTGGGAACTACAGGTCAGATGATT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACAGGCCTGTAATTCCAGCACTTGGGAACTACAGGTCAGATGATT  900

seq1  AGGAGTTCATAGTTTTCCCGGGGAATTTAAAGAATTC  923
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTCATAGTTTTCCCGGGGAATTTAAAGAATTC  937