BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215F21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 38,834,793 - 38,978,694
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFat4
Upstream geneLOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785, LOC665838, Ankrd50, LOC100041378, LOC665855, LOC100040824
Downstream geneLOC100041432, LOC100040853, LOC100041443, LOC100041458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215F21.bB6Ng01-215F21.g
ACCGA032356GA032357
length1,1381,006
definitionB6Ng01-215F21.b B6Ng01-215F21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,977,559 - 38,978,694)(38,834,793 - 38,836,121)
sequence
gaattcacccagctggactgactcaagaattactacacagaatttgagtt
gcttttcaaaatttgacattatatttttccatagtgcatgggaacatgag
aaatgcagagtacttgttgctatggtaactgtctcatggtgctgaaatag
tgacccagggccagatcccttggttccctcattggtatgcctgattcctt
ctcagatactctctcccactatcagagaccatagctatagcctctcaagg
cacaccattccctatacagaataatttaacatgcatataaacaaaggtaa
ttttgagaatcaaagaacaaattataaagcatttataatcttcagaaatt
aaaagggagtaaacaaaacctacacaatcatatgcaaacaaatgtttaaa
aacaaaactattcatgtcaacagcatttgataagcagtcaaccattactt
cgcatactaatttttaaaattaactgttttaagttaaccataaaaatatg
agtaattaatatatatgatcaaaataataaggttgaaatgattgttttaa
gatgatatttatgtttggaacaatggaaatgatttacttgtccagtttcc
cataattttaaatctaagaatatttttttaagttattaaatcttcaactc
aaagggggatggcttctgggtttatggtttgacctcctcttgtattttag
aaacctccaagtggttgtgtagggctacactggcccacattcccaccatc
aaagtatgggagcctctgtctccccaaggcccctcacacttgcttccatc
agccgatcaggttctagccattctaatacatgcatcctggcatttcactt
tcaatttccattttccaaatgacatattggaaatgtctgctggagctgcc
attctccaatatccaaagtgagggaatgataaaaaataaaccaatatttt
tcttacagtcacaggggctcacggctatatcaaggaagtagtggtggtta
gttttctgctcaggacttggtcttcgcttggcaactgttgctgtgtgtct
gtgcttctacatgggaacctttgatctgagtttactagctctggcatctc
tttcatatgaggacaccagcatcattgactggtgtcct
gaattccttgtgagaagaccttttcatctttatgagaaggcctttagcga
ctgagccacttacccaatcacccaggcttttcttttagctagtcagttaa
agatgagtcttgctctctcgcttaggctaagattgactttctggacagcc
acttgcctaggcctcccaaatgtaggacttatggttctgaacagccacac
ctggctttcttttcattctaaagtggggaaagagatggcctctagctaga
tagggagctcagcatttatgagcactcattgctcttacagaggacctgga
ttaagtttctaacagccacataacagcttctaactgtttgtaactcctgt
accaggggatccaacacccttttctggcttccttgagcaccaggcatgca
cagaatgcacatacagatttcagttttcactagtgtgatgttagctgagg
cagaacataattttcagccccccctggctttcctgacacctcacacacag
ctcctgccagactctaatggtatgtgatgtgaagtctttcctccaaagtc
taatttccatgacaaggattcccagttcttagttctagaccatcttcaag
atgagacatacactcttagaaccacaggctgtggaattgggtcggttcta
tgtgataaataaataaatgcctgagcatattgctcataggctgatcatga
ccctgtgtgcctccatagtccaaacgctgtggtcctgacatttgggcatt
taaatgtaagctgttcctttgttaagaccttctcataactaaaatgtgag
tcactcccaaactgtaatggaagtggccctgcagcatgataaaccaactg
ctcagaacacagggtaagctttgccaagactcatgacaacagaattctca
gtggtcgccccaaatagggaaaggcccgagggaacaaactgaagcagtcg
ggtggatcctggcacaatctttacagcagcatcgtttttccttttaggaa
tgaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_38977559_38978694
seq2: B6Ng01-215F21.b_49_1186 (reverse)

seq1  AGGACACAGCTCAATGATGCTGGTGTCTTCATAATGAAAGAGATGCCAGA  50
      |||||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  AGGACACCAGTCAATGATGCTGGTGTCCTCAT-ATGAAAGAGATGCCAGA  49

seq1  GCTAGT-AACTCAGATACAAGGGTCCCATGTAGGAGCACAGACACACAGC  99
      |||||| |||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTAGTAAACTCAGATCAAAGGTTCCCATGTAGAAGCACAGACACACAGC  99

seq1  AACAGTTTGCCAGCGAGGACCAAAGTCCTGGGCAG-AGACTAACCA-CAC  147
      |||||||  | ||||| |||| |||||||| |||| | |||||||| |||
seq2  AACAGTTGCCAAGCGAAGACC-AAGTCCTGAGCAGAAAACTAACCACCAC  148

seq1  TACTTCCTTGATATAGCCGTTGAGCCCCTGTGACTGTAAG-AAAATATTG  196
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TACTTCCTTGATATAGCCG-TGAGCCCCTGTGACTGTAAGAAAAATATTG  197

seq1  GTTTATTTTTTATCATTCCCTCACTTTGGATATTGGAGAATGGCAGCTCC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTTTTATCATTCCCTCACTTTGGATATTGGAGAATGGCAGCTCC  247

seq1  AGCAGACATTTCCAATATGTCATTTGGAAAATGGAAATTG-AAGTGAAAT  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCAGACATTTCCAATATGTCATTTGGAAAATGGAAATTGAAAGTGAAAT  297

seq1  GCCAGGATGCATGTATTAGAATGGCTAGAACCTGATCGGCTGATGGAAGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGATGCATGTATTAGAATGGCTAGAACCTGATCGGCTGATGGAAGC  347

seq1  AAGTGTGAGGGGCCTTGGGGAGACAGAGGCTCCCATACTTTGATGGTGGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAGGGGCCTTGGGGAGACAGAGGCTCCCATACTTTGATGGTGGG  397

seq1  AATGTGGGCCAGTGTAGCCCTACACAACCACTTGGAGGTTTCTAAAATAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGGCCAGTGTAGCCCTACACAACCACTTGGAGGTTTCTAAAATAC  447

seq1  AAGAGGAGGTCAAACCATAAACCCAGAAGCCATCCCCCTTTGAGTTGAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAGGTCAAACCATAAACCCAGAAGCCATCCCCCTTTGAGTTGAAG  497

seq1  ATTTAATAACTTAAAAAAATATTCTTAGATTTAAAATTATGGGAAACTGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATAACTTAAAAAAATATTCTTAGATTTAAAATTATGGGAAACTGG  547

seq1  ACAAGTAAATCATTTCCATTGTTCCAAACATAAATATCATCTTAAAACAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTAAATCATTTCCATTGTTCCAAACATAAATATCATCTTAAAACAA  597

seq1  TCATTTCAACCTTATTATTTTGATCATATATATTAATTACTCATATTTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCAACCTTATTATTTTGATCATATATATTAATTACTCATATTTTT  647

seq1  ATGGTTAACTTAAAACAGTTAATTTTAAAAATTAGTATGCGAAGTAATGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTAACTTAAAACAGTTAATTTTAAAAATTAGTATGCGAAGTAATGG  697

seq1  TTGACTGCTTATCAAATGCTGTTGACATGAATAGTTTTGTTTTTAAACAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGCTTATCAAATGCTGTTGACATGAATAGTTTTGTTTTTAAACAT  747

seq1  TTGTTTGCATATGATTGTGTAGGTTTTGTTTACTCCCTTTTAATTTCTGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGCATATGATTGTGTAGGTTTTGTTTACTCCCTTTTAATTTCTGA  797

seq1  AGATTATAAATGCTTTATAATTTGTTCTTTGATTCTCAAAATTACCTTTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATAAATGCTTTATAATTTGTTCTTTGATTCTCAAAATTACCTTTG  847

seq1  TTTATATGCATGTTAAATTATTCTGTATAGGGAATGGTGTGCCTTGAGAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGCATGTTAAATTATTCTGTATAGGGAATGGTGTGCCTTGAGAG  897

seq1  GCTATAGCTATGGTCTCTGATAGTGGGAGAGAGTATCTGAGAAGGAATCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAGCTATGGTCTCTGATAGTGGGAGAGAGTATCTGAGAAGGAATCA  947

seq1  GGCATACCAATGAGGGAACCAAGGGATCTGGCCCTGGGTCACTATTTCAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATACCAATGAGGGAACCAAGGGATCTGGCCCTGGGTCACTATTTCAG  997

seq1  CACCATGAGACAGTTACCATAGCAACAAGTACTCTGCATTTCTCATGTTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGAGACAGTTACCATAGCAACAAGTACTCTGCATTTCTCATGTTC  1047

seq1  CCATGCACTATGGAAAAATATAATGTCAAATTTTGAAAAGCAACTCAAAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCACTATGGAAAAATATAATGTCAAATTTTGAAAAGCAACTCAAAT  1097

seq1  TCTGTGTAGTAATTCTTGAGTCAGTCCAGCTGGGTGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTAGTAATTCTTGAGTCAGTCCAGCTGGGTGAATTC  1138

seq1: chr3_38834793_38836121
seq2: B6Ng01-215F21.g_71_1076

seq1  GAATTCCTTGTGAGAAGACCTTTTCATCTTTATGAGAAGGCCTTTAGCGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTGAGAAGACCTTTTCATCTTTATGAGAAGGCCTTTAGCGA  50

seq1  CTGAGCCACTTACCCAATCACCCAGGCTTTTCTTTTAGCTAGTCAGTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCACTTACCCAATCACCCAGGCTTTTCTTTTAGCTAGTCAGTTAA  100

seq1  AGATGAGTCTTGCTCTCTCGCTTAGGCTAAGATTGACTTTCTGGACAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGTCTTGCTCTCTCGCTTAGGCTAAGATTGACTTTCTGGACAGCC  150

seq1  ACTTGCCTAGGCCTCCCAAATGTAGGACTTATGGTTCTGAACAGCCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCTAGGCCTCCCAAATGTAGGACTTATGGTTCTGAACAGCCACAC  200

seq1  CTGGCTTTCTTTTCATTCTAAAGTGGGGAAAGAGATGGCCTCTAGCTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTCTTTTCATTCTAAAGTGGGGAAAGAGATGGCCTCTAGCTAGA  250

seq1  TAGGGAGCTCAGCATTTATGAGCACTCATTGCTCTTACAGAGGACCTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGCTCAGCATTTATGAGCACTCATTGCTCTTACAGAGGACCTGGA  300

seq1  TTAAGTTTCTAACAGCCACATAACAGCTTCTAACTGTTTGTAACTCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTTCTAACAGCCACATAACAGCTTCTAACTGTTTGTAACTCCTGT  350

seq1  ACCAGGGGATCCAACACCCTTTTCTGGCTTCCTTGAGCACCAGGCATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGGGATCCAACACCCTTTTCTGGCTTCCTTGAGCACCAGGCATGCA  400

seq1  CAGAATGCACATACAGATTTCAGTTTTCACTAGTGTGATGTTAGCTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCACATACAGATTTCAGTTTTCACTAGTGTGATGTTAGCTGAGG  450

seq1  CAGAACATAATTTTCAGCCCCCCCTGGCTTTCCTGACACCTCACACACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACATAATTTTCAGCCCCCCCTGGCTTTCCTGACACCTCACACACAG  500

seq1  CTCCTGCCAGACTCTAATGGTATGTGATGTGAAGTCTTTCCTCCAAAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCAGACTCTAATGGTATGTGATGTGAAGTCTTTCCTCCAAAGTC  550

seq1  TAATTTCCATGACAAGGATTCCCAGTTCTTAGTTCTAGACCATCTTCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCCATGACAAGGATTCCCAGTTCTTAGTTCTAGACCATCTTCAAG  600

seq1  ATGAGACATACACTCTTAGAACCACAGGCTGTGGAATTGGGTCGGTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACATACACTCTTAGAACCACAGGCTGTGGAATTGGGTCGGTTCTA  650

seq1  TGTGATAAATAAATAAATGCCTGAGCATATTGCTCATAGGCTGATCATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAAATAAATAAATGCCTGAGCATATTGCTCATAGGCTGATCATGA  700

seq1  CCCTGTGTGCCTCCATAGTCCAAACGCTGTGGTCCTGACATTTGGGCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGTGCCTCCATAGTCCAAACGCTGTGGTCCTGACATTTGGGCATT  750

seq1  TAAATGTAAGCTGTTCC-TTGTTAAGACCTTCTCATAACTAAAATGTGAG  799
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTAAGCTGTTCCTTTGTTAAGACCTTCTCATAACTAAAATGTGAG  800

seq1  TCACTCCCAAACTGTAATGGAAGTTGGCCCTGCAGCATGATAAACCAACT  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCCAAACTGTAATGGAAG-TGGCCCTGCAGCATGATAAACCAACT  849

seq1  GCTCAGAACACAGGGTAAGCTTTGCCCAGACTCATGACAACAGAATTCCC  899
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  GCTCAGAACACAGGGTAAGCTTTGCCAAGACTCATGACAACAGAATTCTC  899

seq1  AGTGGTCGCCCCAAATAGGGAAAGGCCCGA-GGAACAAACTGAAAGCAGT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  AGTGGTCGCCCCAAATAGGGAAAGGCCCGAGGGAACAAACTG-AAGCAGT  948

seq1  CGGGTGGATCCTGGCACCATCCTTTACAGCAGCATCGTTTTTCCTTTTAA  998
      ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CGGGTGGATCCTGGCACAAT-CTTTACAGCAGCATCGTTTTTCCTTTT-A  996

seq1  GAAATGAAA-ATTCGCAGAGGCCAGAGCCTAACAGTACAGCGTGGAACAG  1047
      | |||||||                                         
seq2  GGAATGAAAT----------------------------------------  1006

seq1  GGGTTGGGTGTTTGTTACACTTATGATAAGTTTTAAGTTTCTATTTGAGA  1097
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1006

seq1  TGTTAACCTGGAGTCAGTCATGTGTTCTACTGACAAAGCTCTCCTGTTAG  1147
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1006

seq1  TTCATCTACAATCAAAAGCCAAAGCAAAACCAAAGCAGAGTACCAGTGTT  1197
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1006

seq1  CTGGCTGATACTGAACTAGCACTTGGGGGGTTATTACAGCCGGTGTAGGC  1247
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1006

seq1  TTTCATATAAGTTTAATAAACAAAGATTTGCTCCCAGAGGTTCACAGGGC  1297
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1006

seq1  ATAATCAATGAGCCGATCCCGTGGAATGAAAT  1329
                                      
seq2  --------------------------------  1006