BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220C07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 127,763,276 - 127,863,911
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043749, LOC100043361, LOC100043364, Larp7, 4930422G04Rik, Neurog2, Alpk1, T2bp, BC002199, 5730508B09Rik, LOC100043382
Downstream geneEG668828, LOC100043393, EG668831
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220C07.bB6Ng01-220C07.g
ACCGA035778GA035779
length1,131854
definitionB6Ng01-220C07.b B6Ng01-220C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,862,782 - 127,863,911)(127,763,276 - 127,764,160)
sequence
gaattcctgtgttaggagcaatctactttctaattatgactattctgtct
ttcacattcttctttttttttccctctctcttcacttcagcatggataat
tagcccctttctgaggaatgtctcctctctggttattgtgtagtaacaca
agtatgttctcatttctaaggggaatccttcttcatctgccaactgtcat
taaaaatcacatgtgctttgcctgtaggttttttttcccccctaatgttt
tgtttgcaaggggaggctaattgtagctctctcccatggccttcctactg
ttgtcaagttaaccatgggtttgctgtgctgggaaagatttagctaaggc
ctggaatccaaaacaaggggcaacaataaataccaaatatcccagggcct
ttgcttctgctgctctgctaaggcagcaggcctggctgttgacttccata
agattggaccttcttgatgctcttggcacactttgcatttggcatgctat
tctgggtcacatgctgtccttactaatagcgattattacatagtaagcag
tccctccccttctctcttccttatggaacctccatctcttgggtatctgc
agtcagggcagacatcatgagcaccacaatcatacatctcctcaacgtta
ttctgtcacagcccaactttagaaactgacgtcgaggttcaactgtagga
cagagatttagcacagagtcaaaactttatgtactattcaatatcagcag
aaatgtgcaacatgtcttcggcatttgtacagctccttgttaaattagtg
gcttattaaaacgggagctacctctatctaaaaacatacaatgtagagag
atgtgtaaactagtctctcaggaacaggaagacccagttccctataaaaa
cacttgggtgctgcagcaaacagaaaactgctgctgacaattgccctaat
caagggacatagtgccatggatattagctatcatggaacacatggcccaa
atgctgcctggctacagtgacctctagtgttcttccccttcgtgttgttg
gacacaacaatgtaacctgtgatgtttgaaagaagagcaatgccctccca
gcaaggtgggttcttgttgcaccaatcaaag

gaattccctccaagcacgtctttcagtttttacaagggatgtagtccctg
agcacccaaaggctactggttcttgaccgacccattctcgtcagttaacc
cagagaccatcaagtcttcttttgtagattaggagggatgagagaatagc
atttccttcattgggccatactaattatgcttagtaatactactaaaatt
aatattatctatgatgtttaactattaataataatgtaataacactattt
tatgttttaatagataataaaaataggaccttgttcaaagaaatgaatct
agcagtgaaataaatgttacaattctaatagtgcttttagttatttaggt
aaaattatttaaattgtgtgtgtttttctgtgtgtacatgagggagagag
agagacaaagagagagagagacaaagagagagagagaaagggagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagaagaatgtagaagatactagagaacatatctagaggtctgggaaat
atttctggattcagtcttctccttctaacttgatgaggtaaaatttttct
tgcttttgtctttgcttccagctggttgccctgtctgtgctccaccccat
cacaaggatgctgtaattacaggtgcgtgtcattgcacctggccttctcc
cctagggatcaaaccatgtggtcaggctcttaggacaagtgctttttgct
cacagaacaatctccctgactgtaaaattgcctttaaaaaaagagtcatg
ttttcttaatgtgtattttgtcatgtaagcatatgcatatgtgtaggcat
atgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_127862782_127863911
seq2: B6Ng01-220C07.b_46_1176 (reverse)

seq1  CTTTGA-TGGTGC-ACA--GACCCACCCTGCTGGGGAGGGCATGCTTCT-  45
      |||||| |||||| |||   ||||||| |||| ||||||||||   ||| 
seq2  CTTTGATTGGTGCAACAAGAACCCACCTTGCT-GGGAGGGCATTGCTCTT  49

seq1  -TTTCAAACATCACA-GTTACATTTGGTGTTG-GTCCAACACAACGAAGG  92
       |||||||||||||| |||||||    ||||| ||||||||  |||||||
seq2  CTTTCAAACATCACAGGTTACAT----TGTTGTGTCCAACAACACGAAGG  95

seq1  GGAAAGAACACTAGAGGTCACTGTAGCCAGGCAGCATTTGGGCCATTGTG  142
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GG-AAGAACACTAGAGGTCACTGTAGCCAGGCAGCATTTGGGCCA-TGTG  143

seq1  TTCCATGATAGCTAATATCCATGGCACTATGTCCCTTGATTAGGGCAATT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGATAGCTAATATCCATGGCACTATGTCCCTTGATTAGGGCAATT  193

seq1  GTCAGCAGCAGTTTTCTGTTTGCTGCAGCACCCAAGTGTTTTTATAGGGA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAGCAGTTTTCTGTTTGCTGCAGCACCCAAGTGTTTTTATAGGGA  243

seq1  ACTGGGTCTTCCTGTTCCTGAGAGACTAGTTTACACATCTCTCTACATTG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTCTTCCTGTTCCTGAGAGACTAGTTTACACATCTCTCTACATTG  293

seq1  TATGTTTTTAGATAGAGGTAGCTCCCGTTTTAATAAGCCACTAATTTAAC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTTAGATAGAGGTAGCTCCCGTTTTAATAAGCCACTAATTTAAC  343

seq1  AAGGAGCTGTACAAATGCCGAAGACATGTTGCACATTTCTGCTGATATTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCTGTACAAATGCCGAAGACATGTTGCACATTTCTGCTGATATTG  393

seq1  AATAGTACATAAAGTTTTGACTCTGTGCTAAATCTCTGTCCTACAGTTGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTACATAAAGTTTTGACTCTGTGCTAAATCTCTGTCCTACAGTTGA  443

seq1  ACCTCGACGTCAGTTTCTAAAGTTGGGCTGTGACAGAATAACGTTGAGGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCGACGTCAGTTTCTAAAGTTGGGCTGTGACAGAATAACGTTGAGGA  493

seq1  GATGTATGATTGTGGTGCTCATGATGTCTGCCCTGACTGCAGATACCCAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATGATTGTGGTGCTCATGATGTCTGCCCTGACTGCAGATACCCAA  543

seq1  GAGATGGAGGTTCCATAAGGAAGAGAGAAGGGGAGGGACTGCTTACTATG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGAGGTTCCATAAGGAAGAGAGAAGGGGAGGGACTGCTTACTATG  593

seq1  TAATAATCGCTATTAGTAAGGACAGCATGTGACCCAGAATAGCATGCCAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCGCTATTAGTAAGGACAGCATGTGACCCAGAATAGCATGCCAA  643

seq1  ATGCAAAGTGTGCCAAGAGCATCAAGAAGGTCCAATCTTATGGAAGTCAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAGTGTGCCAAGAGCATCAAGAAGGTCCAATCTTATGGAAGTCAA  693

seq1  CAGCCAGGCCTGCTGCCTTAGCAGAGCAGCAGAAGCAAAGGCCCTGGGAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGCCTGCTGCCTTAGCAGAGCAGCAGAAGCAAAGGCCCTGGGAT  743

seq1  ATTTGGTATTTATTGTTGCCCCTTGTTTTGGATTCCAGGCCTTAGCTAAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTATTTATTGTTGCCCCTTGTTTTGGATTCCAGGCCTTAGCTAAA  793

seq1  TCTTTCCCAGCACAGCAAACCCATGGTTAACTTGACAACAGTAGGAAGGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCCAGCACAGCAAACCCATGGTTAACTTGACAACAGTAGGAAGGC  843

seq1  CATGGGAGAGAGCTACAATTAGCCTCCCCTTGCAAACAAAACATTAGGGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAGAGAGCTACAATTAGCCTCCCCTTGCAAACAAAACATTAGGGG  893

seq1  GGAAAAAAAACCTACAGGCAAAGCACATGTGATTTTTAATGACAGTTGGC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAAAACCTACAGGCAAAGCACATGTGATTTTTAATGACAGTTGGC  943

seq1  AGATGAAGAAGGATTCCCCTTAGAAATGAGAACATACTTGTGTTACTACA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAGAAGGATTCCCCTTAGAAATGAGAACATACTTGTGTTACTACA  993

seq1  CAATAACCAGAGAGGAGACATTCCTCAGAAAGGGGCTAATTATCCATGCT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACCAGAGAGGAGACATTCCTCAGAAAGGGGCTAATTATCCATGCT  1043

seq1  GAAGTGAAGAGAGAGGGAAAAAAAAAGAAGAATGTGAAAGACAGAATAGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAAGAGAGAGGGAAAAAAAAAGAAGAATGTGAAAGACAGAATAGT  1093

seq1  CATAATTAGAAAGTAGATTGCTCCTAACACAGGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTAGAAAGTAGATTGCTCCTAACACAGGAATTC  1131


seq1: chr3_127763276_127764160
seq2: B6Ng01-220C07.g_64_916

seq1  GAATTCCCTCCAAGCACGTCTTTCAGTTTTTACAAGGGATGTAGTCCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCCAAGCACGTCTTTCAGTTTTTACAAGGGATGTAGTCCCTG  50

seq1  AGCACCCAAAGGCTACTGGTTCTTGACCGACCCATTCTCGTCAGTTAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCAAAGGCTACTGGTTCTTGACCGACCCATTCTCGTCAGTTAACC  100

seq1  CAGAGACCATCAAGTCTTCTTTTGTAGATTAGGAGGGATGAGAGAATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACCATCAAGTCTTCTTTTGTAGATTAGGAGGGATGAGAGAATAGC  150

seq1  ATTTCCTTCATTGGGCCATACTAATTATGCTTAGTAATACTACTAAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTTCATTGGGCCATACTAATTATGCTTAGTAATACTACTAAAATT  200

seq1  AATATTATCTATGATGTTTAACTATTAATAATAATGTAATAACACTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTATCTATGATGTTTAACTATTAATAATAATGTAATAACACTATTT  250

seq1  TATGTTTTAATAGATAATAAAAATAGGACCTTGTTCAAAGAAATGAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTAATAGATAATAAAAATAGGACCTTGTTCAAAGAAATGAATCT  300

seq1  AGCAGTGAAATAAATGTTACAATTCTAATAGTGCTTTTAGTTATTTAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGAAATAAATGTTACAATTCTAATAGTGCTTTTAGTTATTTAGGT  350

seq1  AAAATTATTTAAATTGTGTGTGTTTTTCTGTGTGTACATGAGGGAGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATTTAAATTGTGTGTGTTTTTCTGTGTGTACATGAGGGAGAGAG  400

seq1  AGAGACAAAGAGAGAGAGAGACAAAGAGAGAGAGAGAAAGGGAGAGAGAG  450
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||
seq2  AGAGACAAAGAGAGAGAGAGACAAAGAGAGAGAGAGAAAGG----GAGAG  446

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  496

seq1  AGAGAGAGAAGAATGTAGAAGATACTAGAGAACATATCTAGAGGTCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAAGAATGTAGAAGATACTAGAGAACATATCTAGAGGTCTGGG  546

seq1  AAATATTTCTGGATTCAGTCTTCTCCTTCTAACTTGATGAGGTAAAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTCTGGATTCAGTCTTCTCCTTCTAACTTGATGAGGTAAAATTT  596

seq1  TTCTTGCTTTTGTCTTTGCTTCCAGCTGGTTGCCCTGTCTGTGCTCCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTTTTGTCTTTGCTTCCAGCTGGTTGCCCTGTCTGTGCTCCACC  646

seq1  CCATCACAAGGATGCTGTAATTACAGGTGCGTGTCATTGCACCTGGCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACAAGGATGCTGTAATTACAGGTGCGTGTCATTGCACCTGGCCTT  696

seq1  CTCCCCTAGGGATCAAACCATGTGGTCAGGCTCTTAGGACAAGTGC-TTT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTCCCCTAGGGATCAAACCATGTGGTCAGGCTCTTAGGACAAGTGCTTTT  746

seq1  TGCTCACAGAACAATCTCCCTGACTGTAAAATTGCCTTTAAAAAAAGAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACAGAACAATCTCCCTGACTGTAAAATTGCCTTTAAAAAAAGAGT  796

seq1  CATGTTTT-TTAATGTGTATTTGTACATGTAAGCATATGCATATGTGTAG  848
      |||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCTTAATGTGTATTTTGTCATGTAAGCATATGCATATGTGTAG  846

seq1  GCATATGCATATGTGTACATGCATGTATATGCATATG  885
      |||||||                              
seq2  GCATATG------------------------------  853


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |