BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224G12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 133,871,360 - 134,029,966
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039199, Cxxc4, Ppia-ps3_1390.1
Upstream gene9130221D24Rik, Ppa2, E130014J05Rik, EG620205, LOC100039168, LOC668862
Downstream geneLOC100039234, Tacr3, LOC229837, LOC100039290, EG620439, Cenpe, Bdh2, C80638, 4933425K02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224G12.bB6Ng01-224G12.g
ACCGA038876GA038877
length3871,086
definitionB6Ng01-224G12.b B6Ng01-224G12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,029,574 - 134,029,966)(133,871,360 - 133,872,456)
sequence
atctctgcttagtggtcaggaagccatttatcactcatagactggaaagt
acccgttcttccctaagcattaaccaaaacaccctccctgttcctgttga
gtaagtgtctgcacccatgagcatatataatggctacattccttcaatat
tctcagtttctttacttacatcctgtcaactggaaacataaaattgtcat
tttatgactacagctatttcagaatatatggttatattcatatgtatctg
tatatttgtatgtgaagctaagtatagatctaacatagaaacacactcca
atttatctataaatgttataatttgaatagattggaagtaagatatgaga
atgtagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt

gaattcacagatctggaaatttgatgaaatttaaagctatgaaagtctaa
gaggtcagttagataagaacagctgtgcaccctacttgaacccaaaaggt
ctagagccaaactttggactgatgaagaggaggcaacataggaaaccagc
ctggatactagtgaccagggtgcctccatgccaacagatatggaagtttc
agaagtctacagtgaatggacagaaaatgattattataaaagttagaaaa
aagttattagactccagatagcctatagaattgacagtggcatattctgt
gtcctgtggttagcaacaggattgcagcaagataaaaagcaaccaagtag
agaaaaaatagtcaatggagacagccaggtcattcttgtaagatgtttgg
gacaatcagaggtaatatgatcaattttcatctgttttgaatgtcggtga
atctgcagatgaatatgtttttaggacatggggataatgctgcaaagatt
cgagtaaaccaagacgagaagagtaatatacagggtcatgtggatcaaat
gaggcacatgtgattcagagaatctggtgcagtgtttgtcaggttttgga
agtagctacattggatctttgtaattagcgagacagaatataggaacaag
aggagatagatttatgagtttgatgcagtgatgttgggaagagattttga
ctactttcacttctttattggaaagtaggggagcataattatcaagcaga
ggctgagtggagatgaaaggatggctgtcgaaggagtgaaaatgaagtca
caaagtggaagaacttcaacatatgaaattggagtaagaaaaggaaaccg
tgagctgcccaggactgctacctggtgtggctcttcatatattgactagg
tatttgagatatgaacttaggctttgggtatatcacatgtggtatctact
tgtttttatatgggagtcatgattttcttccgaaatgtgtgagtttttta
tataactgagtacttggctatctattcctgaaattttccctattggagaa
catcttgtactttaggtcatagtctgacttgggaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_134029574_134029966
seq2: B6Ng01-224G12.b_46_438 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACTACATTCTCATATCTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACTACATTCTCATATCTTAC  50

seq1  TTCCAATCTATTCAAATTATAACATTTATAGATAAATTGGAGTGTGTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATCTATTCAAATTATAACATTTATAGATAAATTGGAGTGTGTTTC  100

seq1  TATGTTAGATCTATACTTAGCTTCACATACAAATATACAGATACATATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTAGATCTATACTTAGCTTCACATACAAATATACAGATACATATGA  150

seq1  ATATAACCATATATTCTGAAATAGCTGTAGTCATAAAATGACAATTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACCATATATTCTGAAATAGCTGTAGTCATAAAATGACAATTTTAT  200

seq1  GTTTCCAGTTGACAGGATGTAAGTAAAGAAACTGAGAATATTGAAGGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAGTTGACAGGATGTAAGTAAAGAAACTGAGAATATTGAAGGAAT  250

seq1  GTAGCCATTATATATGCTCATGGGTGCAGACACTTACTCAACAGGAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCATTATATATGCTCATGGGTGCAGACACTTACTCAACAGGAACAG  300

seq1  GGAGGGTGTTTTGGTTAATGCTTAGGGAAGAACGGGTACTTTCCAGTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTGTTTTGGTTAATGCTTAGGGAAGAACGGGTACTTTCCAGTCTA  350

seq1  TGAGTGATAAATGGCTTCCTGACCACTAAGCAGAGATGAATTC  393
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATAAATGGCTTCCTGACCACTAAGCAGAGATGAATTC  393


seq1: chr3_133871360_133872456
seq2: B6Ng01-224G12.g_67_1152

seq1  GAATTCACAGATCTGGAAATTTGATGAAATTTAAAGCTATGAAAGTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGATCTGGAAATTTGATGAAATTTAAAGCTATGAAAGTCTAA  50

seq1  GAGGTCAGTTAGATAAGAACAGCTGTGCACCCTACTTGAACCCAAAAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGTTAGATAAGAACAGCTGTGCACCCTACTTGAACCCAAAAGGT  100

seq1  CTAGAGCCAAACTTTGGACTGATGAAGAGGAGGCAACATAGGAAACCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCCAAACTTTGGACTGATGAAGAGGAGGCAACATAGGAAACCAGC  150

seq1  CTGGATACTAGTGACCAGGGTGCCTCCATGCCAACAGATATGGAAGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATACTAGTGACCAGGGTGCCTCCATGCCAACAGATATGGAAGTTTC  200

seq1  AGAAGTCTACAGTGAATGGACAGAAAATGATTATTATAAAAGTTAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTACAGTGAATGGACAGAAAATGATTATTATAAAAGTTAGAAAA  250

seq1  AAGTTATTAGACTCCAGATAGCCTATAGAATTGACAGTGGCATATTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTAGACTCCAGATAGCCTATAGAATTGACAGTGGCATATTCTGT  300

seq1  GTCCTGTGGTTAGCAACAGGATTGCAGCAAGATAAAAAGCAACCAAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTGGTTAGCAACAGGATTGCAGCAAGATAAAAAGCAACCAAGTAG  350

seq1  AGAAAAAATAGTCAATGGAGACAGCCAGGTCATTCTTGTAAGATGTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAATAGTCAATGGAGACAGCCAGGTCATTCTTGTAAGATGTTTGG  400

seq1  GACAATCAGAGGTAATATGATCAATTTTCATCTGTTTTGAATGTCGGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATCAGAGGTAATATGATCAATTTTCATCTGTTTTGAATGTCGGTGA  450

seq1  ATCTGCAGATGAATATGTTTTTAGGACATGGGGATAATGCTGCAAAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCAGATGAATATGTTTTTAGGACATGGGGATAATGCTGCAAAGATT  500

seq1  CGAGTAAACCAAGACGAGAAGAGTAATATACAGGGTCATGTGGATCAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTAAACCAAGACGAGAAGAGTAATATACAGGGTCATGTGGATCAAAT  550

seq1  GAGGCACATGTGATTCAGAGAATCTGGTGCAGTGTTTGTCAGGTTTTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACATGTGATTCAGAGAATCTGGTGCAGTGTTTGTCAGGTTTTGGA  600

seq1  AGTAGCTACATTGGATCTTTGTAATTAGCGAGACAGAATATAGGAACAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTACATTGGATCTTTGTAATTAGCGAGACAGAATATAGGAACAAG  650

seq1  AGGAGATAGATTTATGAGTTTGATGCAGTGATGTTGGGAAGAGATTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATAGATTTATGAGTTTGATGCAGTGATGTTGGGAAGAGATTTTGA  700

seq1  CTACTTTCACTTCTTTATTGGAAAGTAGGGGAGCATAATTATCAAGCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTCACTTCTTTATTGGAAAGTAGGGGAGCATAATTATCAAGCAGA  750

seq1  GGCTGAGTGGAGATGAAAGGATGGCTGTCGAAGGAGTGAAAATGAAGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGTGGAGATGAAAGGATGGCTGTCGAAGGAGTGAAAATGAAGTCA  800

seq1  CAAAGTGGAAGAACTTCAACATATGAAATTGGAGTAAGAAAAGGAAACCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGGAAGAACTTCAACATATGAAATTGGAGTAAGAAAAGGAAACCG  850

seq1  TGAGCTGCCCAGGACTGCTACCTGGTGTGGCTCTTCATATATTGACTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGCCCAGGACTGCTACCTGGTGTGGCTCTTCATATATTGACTAGG  900

seq1  TATTTGAGATATGAACTTAGGCTTT-GGTATATCACATGTGGTTATCTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TATTTGAGATATGAACTTAGGCTTTGGGTATATCACATGTGG-TATCTAC  949

seq1  TTGTTTTTTATATGGGAGTCATGATTTTCTTCCGAAATGTGTGAGTTTTT  999
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTG-TTTTTATATGGGAGTCATGATTTTCTTCCGAAATGTGTGAGTTTTT  998

seq1  TTAATATACCTGAGTACTTGGTTATCTTATTTCTAGAAATATTTTCCCTT  1049
      |  ||||| |||||||||||| |||| |||| || |||  |||||||| |
seq2  T--ATATAACTGAGTACTTGGCTATC-TATTCCT-GAA--ATTTTCCC-T  1041

seq1  ATTGGAGACCATCTTGTACTTTAGTTCATAAGTTCTGACATAGGGAAT  1097
      |||||||| ||||||||||||||| |||||   |||||| | ||||||
seq2  ATTGGAGAACATCTTGTACTTTAGGTCATA--GTCTGAC-TTGGGAAT  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |