BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227E24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 124,326,163 - 124,434,226
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNdst3, LOC100043333, EG668809, Tram1l1, LOC100043740, 1700006A11Rik, 1700003H04Rik, LOC668817
Downstream geneLOC668820, Ndst4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227E24.bB6Ng01-227E24.g
ACCGA041014GA041015
length1,1771,126
definitionB6Ng01-227E24.b B6Ng01-227E24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,326,163 - 124,327,317)(124,433,101 - 124,434,226)
sequence
gaattcacaacaataatgaatggacaagtgacacttcatcattgaattta
attatcccaagaagcaaggtgtttttgtatgtggtaagaatgtcagtgtt
tagttttaaacggaagtttgaaacatgcatattattgttttgaaatgata
aaatgttatcaatttataatcctgatattaaaataagataatttctcaga
aagttatttaattcagtgcaagcatccatatttaattgattttattattt
agtcctctgatcttcttttataatttactaacatctacttttagtgcagg
tataaaagctgcatataggatgcattcttttctgatgtttggtgagcact
gtgcagtagtcattcattctgctaccctaacatgtgctagacagcatata
gagaagtacagttgtcagagaacctagaattgccaagcatgggacagata
ctcactaataaatcactgtaagagagataggaatatggttctgaacttaa
gaagacatactgctcctgcaaatgatctcagcttgcttcccagcaactat
gtcagatggtttacaatcaacatttagtccagctcatggagtcaatgcct
ctggcttccaaaaaaaaaatcctctatttgctcatgctcatatatagaca
tacatacataaaaaatcttaaaaaaaaatcccccaaactttgcaaagtgt
tcactccttggtatctaagaaataataaataccaaataggttatattgta
aatcaacttatgttttatgtgttttaaagcaataatagcagatgtgtgtc
tatgttaatattttgattagtaactttcaaattctatcttttatactttt
tcttccaaatactgtacattttcttgtaatactgggatagctgaagtttt
atatatatttatacacataaattatatttacatatttatatacatacata
tccatcatatacatataattttctagtactgacttgagattcagggagaa
gaaaaattgaagtaaattcacagtcttaacaattaatatttgaaggagtt
ttctcttattgttgttatacaatgtacttaatatacattgaatataaatt
tatatagaaaggtagtaaacaaaactagttaaggtatttttaagaaatta
catgccatgttaacttatatgttaaaa

gaattcagaggattcaaactgaaactgacacacatgcacacatacaaaga
caaagacgaacacacacacactcacacacacacactcacacacacacctg
atctcatggaaagtctctgactaatacaataaacaaacaaaacaaaacaa
aacaaaaagcaaaacaaccaaacaataaaaccaagaaaagagaagtgttc
cctgaagactagatttcatagcaccattatgagactaataaagaacaata
agggaaatatattatagtttgataagaaatgtttatactgttaaggagct
ggagtttgctattatgatattccttgtaacagtgatcaattttcagaaga
aatgaaaacttcaggaaaaaagtgacttaaaaagcagttgaagaaactga
tatttagtaacttcaaatcctttagccaaaattacaaatgatgctgcctg
tcaatttcaggtgacttttgtctgcatacaactgtgaattactgttgttt
tcaccatttatacagttttattaattctattattctgatagatttgcttc
aaatagctttaaagtaagaaagacaaatgctatcacagtgccccacttga
ttgactcttatatcctgattttttttagtttattaaccccattcatattg
tatgcactcttaaatactgaactacaaatatatgtatcaatatgtgtaat
agtttcgaatttttacgatggtttatacattgaagctacatgcatagtat
tgatattgtttaattatttaagtatgttttatgatactatattttatatg
tatcaacagtatattaatatttaatgccataaagcactttttatatgtac
ctaagtagcaggcataaatggagacattgttagtagagcattgatttcca
gtggatgagtgcacataagcaataatgcattagacaagggacaggttgtt
tttctgcattatctgtggaggtgtcagggcaagggaagaacataacagca
atgttaatacatccactcaagtgacaatagaaaataaggaaagctattga
tttatacatctttaaaatatagatgatccttgtctcatgaagagaaagac
atgccttatttatcccatgccctggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_124326163_124327317
seq2: B6Ng01-227E24.b_50_1226

seq1  GAATTCACAACAATAATGAATGGACAAGTGACACTTCATCATTGAATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAACAATAATGAATGGACAAGTGACACTTCATCATTGAATTTA  50

seq1  ATTATCCCAAGAAGCAAGGTGTTTTTGTATGTGGTAAGAATGTCAGTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCCAAGAAGCAAGGTGTTTTTGTATGTGGTAAGAATGTCAGTGTT  100

seq1  TAGTTTTAAACGGAAGTTTGAAACATGCATATTATTGTTTTGAAATGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTAAACGGAAGTTTGAAACATGCATATTATTGTTTTGAAATGATA  150

seq1  AAATGTTATCAATTTATAATCCTGATATTAAAATAAGATAATTTCTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTATCAATTTATAATCCTGATATTAAAATAAGATAATTTCTCAGA  200

seq1  AAGTTATTTAATTCAGTGCAAGCATCCATATTTAATTGATTTTATTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTTAATTCAGTGCAAGCATCCATATTTAATTGATTTTATTATTT  250

seq1  AGTCCTCTGATCTTCTTTTATAATTTACTAACATCTACTTTTAGTGCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCTGATCTTCTTTTATAATTTACTAACATCTACTTTTAGTGCAGG  300

seq1  TATAAAAGCTGCATATAGGATGCATTCTTTTCTGATGTTTGGTGAGCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGCTGCATATAGGATGCATTCTTTTCTGATGTTTGGTGAGCACT  350

seq1  GTGCAGTAGTCATTCATTCTGCTACCCTAACATGTGCTAGACAGCATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTAGTCATTCATTCTGCTACCCTAACATGTGCTAGACAGCATATA  400

seq1  GAGAAGTACAGTTGTCAGAGAACCTAGAATTGCCAAGCATGGGACAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTACAGTTGTCAGAGAACCTAGAATTGCCAAGCATGGGACAGATA  450

seq1  CTCACTAATAAATCACTGTAAGAGAGATAGGAATATGGTTCTGAACTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTAATAAATCACTGTAAGAGAGATAGGAATATGGTTCTGAACTTAA  500

seq1  GAAGACATACTGCTCCTGCAAATGATCTCAGCTTGCTTCCCAGCAACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACATACTGCTCCTGCAAATGATCTCAGCTTGCTTCCCAGCAACTAT  550

seq1  GTCAGATGGTTTACAATCAACATTTAGTCCAGCTCATGGAGTCAATGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATGGTTTACAATCAACATTTAGTCCAGCTCATGGAGTCAATGCCT  600

seq1  CTGGCTTCCAAAAAAAAAATCCTCTATTTGCTCATGCTCATATATAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTCCAAAAAAAAAATCCTCTATTTGCTCATGCTCATATATAGACA  650

seq1  TACATACATAAAAAATCTTAAAAAAAAATCCCCCAAACTTTGCAAAGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATAAAAAATCTTAAAAAAAAATCCCCCAAACTTTGCAAAGTGT  700

seq1  TCACTCCTTGGTATCTAAGAAATAATAAATACCAAATAGGTTATATTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCTTGGTATCTAAGAAATAATAAATACCAAATAGGTTATATTGTA  750

seq1  AATCAACTTATGTTTTATGTGTTTTAAAGCAATAATAGCAGATGTGTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACTTATGTTTTATGTGTTTTAAAGCAATAATAGCAGATGTGTGTC  800

seq1  TATGTTAATATTTTGATTAGTAACTTTCAAATTCTATCTTTTATAC-TTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATGTTAATATTTTGATTAGTAACTTTCAAATTCTATCTTTTATACTTTT  850

seq1  TCTTCCAAATACTGTACATTTTCTTGTAATACTGGGATAGCTGAAGTTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAAATACTGTACATTTTCTTGTAATACTGGGATAGCTGAAGTTTT  900

seq1  ATATATATTTATACACATAAATTATA-TTACATA-TTATATACATACATA  947
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  ATATATATTTATACACATAAATTATATTTACATATTTATATACATACATA  950

seq1  TCCATCATATACATATAA-TTTCTAGTACTGACTTGAGATTCAGGGGAGA  996
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCCATCATATACATATAATTTTCTAGTACTGACTTGAGATTCA-GGGAGA  999

seq1  AG-AAAATTG-AGTAAATTCACAGTC-TAACAAT--ATATTTG-AGGAGT  1040
      || ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||
seq2  AGAAAAATTGAAGTAAATTCACAGTCTTAACAATTAATATTTGAAGGAGT  1049

seq1  TTTCTCT--ATGTTGTTATACAATGTAATTTATATACAATG-ATAT-AAT  1086
      |||||||   ||||||||||||||||| || ||||||| || |||| |||
seq2  TTTCTCTTATTGTTGTTATACAATGTACTTAATATACATTGAATATAAAT  1099

seq1  TTATATAGAAAGTAGGTAAACAAAACTAG-TAAAGTATTTTT-AGAA--T  1132
      ||||||||||||   |||||||||||||| ||| |||||||| ||||  |
seq2  TTATATAGAAAGGTAGTAAACAAAACTAGTTAAGGTATTTTTAAGAAATT  1149

seq1  ACATG-CATG-TAAC---TATGTTAAAA  1155
      ||||| |||| ||||   ||||||||||
seq2  ACATGCCATGTTAACTTATATGTTAAAA  1177


seq1: chr3_124433101_124434226
seq2: B6Ng01-227E24.g_66_1191 (reverse)

seq1  GCCA-GGCATGGAATAAATAA-GCATGTCTTTCTCTTCATGAGACAAGGA  48
      |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGCATGGGATAAATAAGGCATGTCTTTCTCTTCATGAGACAAGGA  50

seq1  TTCATTCTATATTTTAAAAGATGTTATAAAATCAATAGCTTT-CTTA-TT  96
       ||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||
seq2  -TCA-TCTATATTTT-AAAGATG-TAT-AAATCAATAGCTTTCCTTATTT  95

seq1  TCTATTGTCACTTTGAGTTGATGTATTAACATTGCTGTTATTGTCTT-CC  145
      ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||
seq2  TCTATTGTCAC-TTGAGTGGATGTATTAACATTGCTGTTATGTTCTTCCC  144

seq1  TTGCCCTGACACCT-CACAGATAATGCAGAAAAACAACCTGTCCCTTGTC  194
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTGACACCTCCACAGATAATGCAGAAAAACAACCTGTCCCTTGTC  194

seq1  TAATGCATTATTGCTTATGTGCACTCATCCACTGGAAATCAATGCTCTAC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCATTATTGCTTATGTGCACTCATCCACTGGAAATCAATGCTCTAC  244

seq1  TAACAATGTCTCCATTTATGCCTGCTACTTAGGTACATATAAAAAGTGCT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATGTCTCCATTTATGCCTGCTACTTAGGTACATATAAAAAGTGCT  294

seq1  TTATGGCATTAAATATTAATATACTGTTGATACATATAAAATATAGTATC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGCATTAAATATTAATATACTGTTGATACATATAAAATATAGTATC  344

seq1  ATAAAACATACTTAAATAATTAAACAATATCAATACTATGCATGTAGCTT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACATACTTAAATAATTAAACAATATCAATACTATGCATGTAGCTT  394

seq1  CAATGTATAAACCATCGTAAAAATTCGAAACTATTACACATATTGATACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATAAACCATCGTAAAAATTCGAAACTATTACACATATTGATACA  444

seq1  TATATTTGTAGTTCAGTATTTAAGAGTGCATACAATATGAATGGGGTTAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGTAGTTCAGTATTTAAGAGTGCATACAATATGAATGGGGTTAA  494

seq1  TAAACTAAAAAAAATCAGGATATAAGAGTCAATCAAGTGGGGCACTGTGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTAAAAAAAATCAGGATATAAGAGTCAATCAAGTGGGGCACTGTGA  544

seq1  TAGCATTTGTCTTTCTTACTTTAAAGCTATTTGAAGCAAATCTATCAGAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTTGTCTTTCTTACTTTAAAGCTATTTGAAGCAAATCTATCAGAA  594

seq1  TAATAGAATTAATAAAACTGTATAAATGGTGAAAACAACAGTAATTCACA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAATTAATAAAACTGTATAAATGGTGAAAACAACAGTAATTCACA  644

seq1  GTTGTATGCAGACAAAAGTCACCTGAAATTGACAGGCAGCATCATTTGTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATGCAGACAAAAGTCACCTGAAATTGACAGGCAGCATCATTTGTA  694

seq1  ATTTTGGCTAAAGGATTTGAAGTTACTAAATATCAGTTTCTTCAACTGCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGCTAAAGGATTTGAAGTTACTAAATATCAGTTTCTTCAACTGCT  744

seq1  TTTTAAGTCACTTTTTTCCTGAAGTTTTCATTTCTTCTGAAAATTGATCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGTCACTTTTTTCCTGAAGTTTTCATTTCTTCTGAAAATTGATCA  794

seq1  CTGTTACAAGGAATATCATAATAGCAAACTCCAGCTCCTTAACAGTATAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACAAGGAATATCATAATAGCAAACTCCAGCTCCTTAACAGTATAA  844

seq1  ACATTTCTTATCAAACTATAATATATTTCCCTTATTGTTCTTTATTAGTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCTTATCAAACTATAATATATTTCCCTTATTGTTCTTTATTAGTC  894

seq1  TCATAATGGTGCTATGAAATCTAGTCTTCAGGGAACACTTCTCTTTTCTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATGGTGCTATGAAATCTAGTCTTCAGGGAACACTTCTCTTTTCTT  944

seq1  GGTTTTATTGTTTGGTTGTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTATTGTTTGGTTGTTTTGCTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTGT  994

seq1  TTATTGTATTAGTCAGAGACTTTCCATGAGATCAGGTGTGTGTGTGAGTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTATTAGTCAGAGACTTTCCATGAGATCAGGTGTGTGTGTGAGTG  1044

seq1  TGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTTCGTCTTTGTCTTTGTATGTGTGCATG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTTCGTCTTTGTCTTTGTATGTGTGCATG  1094

seq1  TGTGTCAGTTTCAGTTTGAATCCTCTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCAGTTTCAGTTTGAATCCTCTGAATTC  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |