BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227L18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 64,786,309 - 64,869,795
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGmps, LOC670032, EG56544, 4930518C23Rik, LOC380739, EG637004, EG667031, EG637053, LOC672951, EG639869, EG667060, EG667069, LOC100040918, 4933425M15Rik, LOC670110
Downstream geneKcnab1, Ssr3, EG433604, EG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866, Ccnl1, LOC625048, Veph1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227L18.bB6Ng01-227L18.g
ACCGA041327GA041328
length1,1371,124
definitionB6Ng01-227L18.b B6Ng01-227L18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,786,309 - 64,787,465)(64,868,665 - 64,869,795)
sequence
gaattccattccccatctgaaaaacagactaaatcaacatcacagcagca
ggtcacatgttaccagaggctgggttcactcttagatttttctgtggacc
taacatggcacttgttccaatgctgattagttttgtttaaacgtggggaa
tttctgtatttatgtttattattggcaagtagacaaggcctctcacatta
gctgaagtaggactgggaactctctgcatagcttcagtttcaagttcatg
gtaaataataagtaagtaagtaagtaaataaatcctgcctcctatgtaat
gggactattaacttcaatcactgcacctccctctacttgaagcaatgaaa
agaaacatgtattggctccctttaaaagatggacagaaaataataacacc
tacaaagtaaatcttacacaatcctgagctcactaccatttctccccatt
ggctcatacaaattcattgcttcttctattgtagtagatctttagaaaac
actcagaaaatgcattttttctcatgtcttcacttaacacgtgaattctc
atttgatcaaattagaatttgagctaacttgttctccaaatggttgtaat
atgatggtacctatcatcaatactgtactcttcctgccttgagtaatgtg
cttagaataaaaatatttaagagggactaatatggaagtgacccaaactc
ccagcagctcaagttcctctcctgctagctttccccagtgtcagatggta
ttgtcagagtggagacatcttagaggctgccatcacactgagtcggataa
gggggaactacacaaagtttctagaaggcagatggaaacaggaagaagag
agccttggcctaaaaccaagaggagagggtaagaaacaggtgctctatat
tgataggcagccccaagtgagaacatacatagtgcttcacactgacttca
cacaagagacaaaaggggctgaacaagggaagttaagtcagagcacttta
cccagctaagaacattttatcagacatgtccgagttgaggtacttgtgct
gtgtttcactgctctcaaaataaacctcaaagagcagtttgagcactttt
actctaacactttctgagaatggatgagttcgtcata
gaattcttagggttctgatgtgcctattaaaatccaatgtgttgaaagcc
actaagaagccaagcacatctatcacaaaagtgtgaagagtataatcttg
gaataggcatgtaattctggaaaatgaacatttctagtttcagtgaagat
tgtgccagcaaccagacactgtagttatgctttaaattgtcagtgcaccc
caaaccacatgtgttgaaggcttgcctctgccttaccagcagttttaaag
atgtggggcttcaggaaatttttttggaaccatagtttcaaaacttatac
tgagagtggtggaaattttggaattttggtgttaattgggggaaaaagtt
atgaggatgtgcctgtaaaggctggccacatcttgtccctgctctccctt
gcatcctggctgctgaggtgaaagatttgtgtcaccacatcctctttgac
actcttctcaccacagatacagaaatagtggagtcaagtggccatgaact
gaaacctcagaaactgcgttctattcctttacagctaattcatctcaagt
atgtttctatagagccagagtggtgtttaacatgatgccagagcacggga
agagaccacatcagagaatagccagtggtatcatggctaatcaggaggag
attggaggccatggtaagaaagggatgaactgaagacccagctcaggaag
aagttttcaataaaggtgggtctcaatcttgctgccatcggttagagggg
acattttcttttcaccaacttcacagttttgtagctgtgccatagattat
agaatcctgcttctgaacctgccaggttctaatgtctatgctgtttctga
aatgagttttctgggctctgttcctagagaccacaaatgcacatgtctgt
cttggagcttcagagtttgtgatttttgcagacaggtgatacagtcactt
tgggaaagccaagaggagcggactggcatgcttgcattgtcatgatacag
ctcagaagcatcacacccagtatctgaggtgctaccagcataaagagctc
agagccactactggctcttttactaggccatggttttttgagcagaggga
gttttattcaaagtatctgagtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_64786309_64787465
seq2: B6Ng01-227L18.b_45_1181

seq1  GAATTCCATTCCCCATCTGAAAAACAGACTAAATCAACATCACAGCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCCCCATCTGAAAAACAGACTAAATCAACATCACAGCAGCA  50

seq1  GGTCACATGTTACCAGAGGCTGGGTTCACTCTTAGATTTTTCTGTGGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACATGTTACCAGAGGCTGGGTTCACTCTTAGATTTTTCTGTGGACC  100

seq1  TAACATGGCACTTGTTCCAATGCTGATTAGTTTTGTTTAAACGTGGGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGGCACTTGTTCCAATGCTGATTAGTTTTGTTTAAACGTGGGGAA  150

seq1  TTTCTGTATTTATGTTTATTATTGGCAAGTAGACAAGGCCTCTCACATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTATTTATGTTTATTATTGGCAAGTAGACAAGGCCTCTCACATTA  200

seq1  GCTGAAGTAGGACTGGGAACTCTCTGCATAGCTTCAGTTTCAAGTTCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGTAGGACTGGGAACTCTCTGCATAGCTTCAGTTTCAAGTTCATG  250

seq1  GTAAATAATAAGTAAGTAAGTAAGTAAATAAATCCTGCCTCCTATGTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAATAAGTAAGTAAGTAAGTAAATAAATCCTGCCTCCTATGTAAT  300

seq1  GGGACTATTAACTTCAATCACTGCACCTCCCTCTACTTGAAGCAATGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTATTAACTTCAATCACTGCACCTCCCTCTACTTGAAGCAATGAAA  350

seq1  AGAAACATGTATTGGCTCCCTTTAAAAGATGGACAGAAAATAATAACACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACATGTATTGGCTCCCTTTAAAAGATGGACAGAAAATAATAACACC  400

seq1  TACAAAGTAAATCTTACACAATCCTGAGCTCACTACCATTTCTCCCCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTAAATCTTACACAATCCTGAGCTCACTACCATTTCTCCCCATT  450

seq1  GGCTCATACAAATTCATTGCTTCTTCTATTGTAGTAGATCTTTAGAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATACAAATTCATTGCTTCTTCTATTGTAGTAGATCTTTAGAAAAC  500

seq1  ACTCAGAAAATGCATTTTTTCTCATGTCTTCACTTAACACGTGAATTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAAAATGCATTTTTTCTCATGTCTTCACTTAACACGTGAATTCTC  550

seq1  ATTTGATCAAATTAGAATTTGAGCTAACTTGTTCTCCAAATGGTTGTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATCAAATTAGAATTTGAGCTAACTTGTTCTCCAAATGGTTGTAAT  600

seq1  ATGATGGTACCTATCATCAATACTGTACTCTTCCTGCCTTGAGTAATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGTACCTATCATCAATACTGTACTCTTCCTGCCTTGAGTAATGTG  650

seq1  CTTAGAATAAAAATATTTAAGAGGGACTAATATGGAAGTGACCCAAACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATAAAAATATTTAAGAGGGACTAATATGGAAGTGACCCAAACTC  700

seq1  CCAGCAGCTCAAGTTCCTCTCCTGCTAGCTTTCCCCAGTGTCAGATGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGCTCAAGTTCCTCTCCTGCTAGCTTTCCCCAGTGTCAGATGGTA  750

seq1  TTGTCAGAGTGGAGACATCTTAGAGGCTGCCATCACACTGAGTCGGATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGAGTGGAGACATCTTAGAGGCTGCCATCACACTGAGTCGGATAA  800

seq1  GGGGGAACTACACAAAGTTTCTAGAAGGCAGATGGAAACAGGAAGAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAACTACACAAAGTTTCTAGAAGGCAGATGGAAACAGGAAGAAGAG  850

seq1  AGCCTTGGCCTAAAACCAAGAGGAGAGGGTAAGAAACAGGTGCTCTATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGGCCTAAAACCAAGAGGAGAGGGTAAGAAACAGGTGCTCTATAT  900

seq1  TGATAGGCAGCCCCAAGGTGAGAACATACATAGTGCTTCACACTGACTTC  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGCAGCCCCAA-GTGAGAACATACATAGTGCTTCACACTGACTTC  949

seq1  ACACAAAGAGACAAAAGGGGGCTGAACAAGGGGAAGTTAAGTCAGGAGCA  1000
      |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  ACAC-AAGAGACAAAA-GGGGCTGAACAA-GGGAAGTTAAGTCA-GAGCA  995

seq1  CCTTACCCAGCTAAG-ACATTTTATCAGACATGTCCGAGTTTGAGGGTAC  1049
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  CTTTACCCAGCTAAGAACATTTTATCAGACATGTCCGAG-TTGA-GGTAC  1043

seq1  TTGTTGGCTGTTGGTTTTCACTGCTCTCAAAATAAACCTTCAAAAGAGCA  1099
      ||||  |||||    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  TTGT--GCTGT---GTTTCACTGCTCTCAAAATAAACCT--CAAAGAGCA  1086

seq1  GTTTGAAGCACTTTTTTACTCTAAACACCTTTCTGAG-ATGGATGAGTGT  1148
      ||||| |||||  ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||   
seq2  GTTTG-AGCAC--TTTTACTCT-AACA-CTTTCTGAGAATGGATGAG---  1128

seq1  TCCGTCATA  1157
      | |||||||
seq2  TTCGTCATA  1137

seq1: chr3_64868665_64869795
seq2: B6Ng01-227L18.g_67_1190 (reverse)

seq1  GCACT-AGATACTTTTGGATTAAAAACTCCTTCTGCTAAAAAAAACCCAT  49
      ||||| |||||||||  || | |||||||| |||||| ||||||  ||||
seq2  GCACTCAGATACTTT--GAAT-AAAACTCCCTCTGCTCAAAAAA--CCAT  45

seq1  GGCTTAGTAAAAGAGCCAGTAGTGGCTCTTGAGCTCTTTATGCTGGTAGC  99
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGTAAAAGAGCCAGTAGTGGCTC-TGAGCTCTTTATGCTGGTAGC  94

seq1  ACCTCAGATACTTGGGTGTGGTGCTTCTGAGCTGTATCATGACAATGCAA  149
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGATAC-TGGGTGTGATGCTTCTGAGCTGTATCATGACAATGCAA  143

seq1  GCATGCCAGTCCCGCTCCTCTTGGCTTTCCCAAAGTGACTGTATCACCTG  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCAGT-CCGCTCCTCTTGGCTTTCCCAAAGTGACTGTATCACCTG  192

seq1  TCTGCAAAAATCACAAACTCTGAAGCTCCAAGACAGACATGTGCATTTGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAAAATCACAAACTCTGAAGCTCCAAGACAGACATGTGCATTTGT  242

seq1  GGTCTCTAGGAACAGAGCCCAGAAAACTCATTTCAGAAACAGCATAGACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTAGGAACAGAGCCCAGAAAACTCATTTCAGAAACAGCATAGACA  292

seq1  TTAGAACCTGGCAGGTTCAGAAGCAGGATTCTATAATCTATGGCACAGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACCTGGCAGGTTCAGAAGCAGGATTCTATAATCTATGGCACAGCT  342

seq1  ACAAAACTGTGAAGTTGGTGAAAAGAAAATGTCCCCTCTAACCGATGGCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTGTGAAGTTGGTGAAAAGAAAATGTCCCCTCTAACCGATGGCA  392

seq1  GCAAGATTGAGACCCACCTTTATTGAAAACTTCTTCCTGAGCTGGGTCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATTGAGACCCACCTTTATTGAAAACTTCTTCCTGAGCTGGGTCTT  442

seq1  CAGTTCATCCCTTTCTTACCATGGCCTCCAATCTCCTCCTGATTAGCCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCATCCCTTTCTTACCATGGCCTCCAATCTCCTCCTGATTAGCCAT  492

seq1  GATACCACTGGCTATTCTCTGATGTGGTCTCTTCCCGTGCTCTGGCATCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCACTGGCTATTCTCTGATGTGGTCTCTTCCCGTGCTCTGGCATCA  542

seq1  TGTTAAACACCACTCTGGCTCTATAGAAACATACTTGAGATGAATTAGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAACACCACTCTGGCTCTATAGAAACATACTTGAGATGAATTAGCT  592

seq1  GTAAAGGAATAGAACGCAGTTTCTGAGGTTTCAGTTCATGGCCACTTGAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGGAATAGAACGCAGTTTCTGAGGTTTCAGTTCATGGCCACTTGAC  642

seq1  TCCACTATTTCTGTATCTGTGGTGAGAAGAGTGTCAAAGAGGATGTGGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTATTTCTGTATCTGTGGTGAGAAGAGTGTCAAAGAGGATGTGGTG  692

seq1  ACACAAATCTTTCACCTCAGCAGCCAGGATGCAAGGGAGAGCAGGGACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAATCTTTCACCTCAGCAGCCAGGATGCAAGGGAGAGCAGGGACAA  742

seq1  GATGTGGCCAGCCTTTACAGGCACATCCTCATAACTTTTTCCCCCAATTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGCCAGCCTTTACAGGCACATCCTCATAACTTTTTCCCCCAATTA  792

seq1  ACACCAAAATTCCAAAATTTCCACCACTCTCAGTATAAGTTTTGAAACTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAAATTCCAAAATTTCCACCACTCTCAGTATAAGTTTTGAAACTA  842

seq1  TGGTTCCAAAAAAATTTCCTGAAGCCCCACATCTTTAAAACTGCTGGTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCCAAAAAAATTTCCTGAAGCCCCACATCTTTAAAACTGCTGGTAA  892

seq1  GGCAGAGGCAAGCCTTCAACACATGTGGTTTGGGGTGCACTGACAATTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAAGCCTTCAACACATGTGGTTTGGGGTGCACTGACAATTTA  942

seq1  AAGCATAACTACAGTGTCTGGTTGCTGGCACAATCTTCACTGAAACTAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAACTACAGTGTCTGGTTGCTGGCACAATCTTCACTGAAACTAGA  992

seq1  AATGTTCATTTTCCAGAATTACATGCCTATTCCAAGATTATACTCTTCAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCATTTTCCAGAATTACATGCCTATTCCAAGATTATACTCTTCAC  1042

seq1  ACTTTTGTGATAGATGTGCTTGGCTTCTTAGTGGCTTTCAACACATTGGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGTGATAGATGTGCTTGGCTTCTTAGTGGCTTTCAACACATTGGA  1092

seq1  TTTTAATAGGCACATCAGAACCCTAAGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAGGCACATCAGAACCCTAAGAATTC  1124