BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239M23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,357,941 - 117,532,082
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833424O15Rik, EG668759, Snx7
Upstream geneHiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908, D3Bwg0562e
Downstream geneLOC100043260, Dpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239M23.bB6Ng01-239M23.g
ACCGA050137GA050138
length1,1341,123
definitionB6Ng01-239M23.b B6Ng01-239M23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,530,956 - 117,532,082)(117,357,941 - 117,359,060)
sequence
gaattcctatgttttgccactatgggaaaatatcatcaattgtcagtttt
gattgattttttttttcttttatgtagcacctcccttttttttttggttt
ttggtttttggtttttggtttttggtttttttttcgagacagggtttctc
tgtatagccctggctgtcctggaactcactttgtagaccagcctggcctc
gaactcagaaatccgcctgcctctgcctctacttcccaagtgctgggatt
aaaggtgtgcgccgccaccgcccagcttttgctggagtactcaaacttaa
ttgaatttcagacattacatcattgggttcacaacaatgtagtatttata
gtttgttttgtttgaatattccagcacagcctgaccagagtagaatttct
atttaacatttacaagtgaagaagacctggaggggagaggttgcctaagc
ctaattgctgttaaaacacagttgggctagtggggatgctgttgtctgtc
acagcccacattgcttcacagtgaaaatataggaagagcaattgactcat
ctgtatcctttactcaaggaagaatactttcttagtttaaagagataatc
aaattatcgttgattagctattgagtaaacttgatcaagttggtggcagg
ggactccttgacgccccctgtaaaactgtagtattgcagcctcctcaact
tgaccaggtagtggtttttgattccttctccttgcattaagaactttata
atctaaaattttatttcttaattccttcaaaatctcctacatcctcttca
acccctagcccagctttggctcctctccaaatctccctgtccatacaagg
tttaaggggcaggaactggtgaattgttcactgagtgttccagcctatac
tgtgtggactatgctagtcactcagtagatacttaatgaaacaataaaaa
tcatgatgaccactctgatccaggagacttgctgaaggctaaaatcagga
ggtgtctacaaactcagctctggtgtagaacagacaccttcatttcgatt
ctgaaccgggacctggactcataatgttcttattccatacattttcccga
acctgaaattcccgctgtctgaatggaatggtgt
gaattctttggaatctagtctttcagtattttgatagccaaaaggagggg
tacaggagtatctctttagattgtctactctgcatgaggctgctagtcca
tagctacatatgcagtggtgatccaggtttcgcaggagtctgctcactga
gttatttttaccttaggaatggacggtgagctcttcagtaaattgcaaag
agtaaatcaaagggaatgaatacatgaccataatttataagtaaacaagt
ggaatgacccttcagggtttaaatagaagggaggaaatgatgaaacagca
tgatgaaaatcatgcagactggagaaggaatcctccaaatacctggccat
aatgctatcttcaatctcatgagcaccatccatcaggaattacttcagaa
tctttatcctaatagtatgatatttcccattcttgcttcaacttaacaac
tgcaagtatttaggcttcattgcaaaagtaccgtgctaagcacgttaact
atgctagtgtattaactcttatcacactatgggataatatcttatttttt
ctttgtgtttataatctactacaaatctataaatcttcagttccttgcta
tttcttgtgactatgttacctaatcacatgcgtctttgaaaacaatgtct
cttggttgtagctagagacaaatacttggtgaagccatggtggaaggaac
acagatatactatgataaatctagtaaaagtgagggattaatttgccact
agagtgtcctcagggttgaccagatgacaagtttattttagcataatggg
ctcatagtctttcttataagaagtgactactccatagatgtttttcctga
aaatacaagacttaataaaagcaagaaagacaatttaataacaatatata
tttaagacaattttaattagtgatgtaaacagacatgcttttcacttgtg
tcttatatatttttctattgctgtgacaagacagtatgaccaattaaact
tatagaagagtttgtttgtcacttagaatttgaatgattagagttccatg
accaatcgtggggcctttgggtgtagggtaagagtatgggaggagaccat
atcctagcttagagttctggcgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117530956_117532082
seq2: B6Ng01-239M23.b_43_1176 (reverse)

seq1  ACACACATTCCACTCAGACAAC-GGAATTTCA-GTTC-GGAAAATGTATA  47
      |||| ||||||| ||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||| 
seq2  ACAC-CATTCCATTCAGACAGCGGGAATTTCAGGTTCGGGAAAATGTATG  49

seq1  GAATAAG-ACA-TATGAGTCAAGTTCCCGG-TCAG-ATTGGAATGAA-GT  92
      ||||||| ||| |||||||| || |||||| |||| || | |||||| ||
seq2  GAATAAGAACATTATGAGTCCAGGTCCCGGTTCAGAATCGAAATGAAGGT  99

seq1  GTCTGTTCTACA-CAGAGCTGAGTTTGTAGACACCTCTTGATTTTAGCCT  141
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTCTGTTCTACACCAGAGCTGAGTTTGTAGACACCTCCTGATTTTAGCCT  149

seq1  TCAGCAAGTTCTCCTGGATCAGAGTGGTCATCATGATTTTTATTGTTTCA  191
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAG-TCTCCTGGATCAGAGTGGTCATCATGATTTTTATTGTTTCA  198

seq1  TTAAGTATCTACTGAGTGACTAGCATAGTCCACACAGTATAGGCTGGAAC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTATCTACTGAGTGACTAGCATAGTCCACACAGTATAGGCTGGAAC  248

seq1  ACTCAGTGAACAATTCACCAGTTCCTGCCCCTTAAACCTTGTATGGACAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGAACAATTCACCAGTTCCTGCCCCTTAAACCTTGTATGGACAG  298

seq1  GGAGATTTGGAGAGGAGCCAAAGCTGGGCTAGGGGTTGAAGAGGATGTAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTTGGAGAGGAGCCAAAGCTGGGCTAGGGGTTGAAGAGGATGTAG  348

seq1  GAGATTTTGAAGGAATTAAGAAATAAAATTTTAGATTATAAAGTTCTTAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTTGAAGGAATTAAGAAATAAAATTTTAGATTATAAAGTTCTTAA  398

seq1  TGCAAGGAGAAGGAATCAAAAACCACTACCTGGTCAAGTTGAGGAGGCTG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGGAGAAGGAATCAAAAACCACTACCTGGTCAAGTTGAGGAGGCTG  448

seq1  CAATACTACAGTTTTACAGGGGGCGTCAAGGAGTCCCCTGCCACCAACTT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACTACAGTTTTACAGGGGGCGTCAAGGAGTCCCCTGCCACCAACTT  498

seq1  GATCAAGTTTACTCAATAGCTAATCAACGATAATTTGATTATCTCTTTAA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAGTTTACTCAATAGCTAATCAACGATAATTTGATTATCTCTTTAA  548

seq1  ACTAAGAAAGTATTCTTCCTTGAGTAAAGGATACAGATGAGTCAATTGCT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAAAGTATTCTTCCTTGAGTAAAGGATACAGATGAGTCAATTGCT  598

seq1  CTTCCTATATTTTCACTGTGAAGCAATGTGGGCTGTGACAGACAACAGCA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTATATTTTCACTGTGAAGCAATGTGGGCTGTGACAGACAACAGCA  648

seq1  TCCCCACTAGCCCAACTGTGTTTTAACAGCAATTAGGCTTAGGCAACCTC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACTAGCCCAACTGTGTTTTAACAGCAATTAGGCTTAGGCAACCTC  698

seq1  TCCCCTCCAGGTCTTCTTCACTTGTAAATGTTAAATAGAAATTCTACTCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCAGGTCTTCTTCACTTGTAAATGTTAAATAGAAATTCTACTCT  748

seq1  GGTCAGGCTGTGCTGGAATATTCAAACAAAACAAACTATAAATACTACAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGCTGTGCTGGAATATTCAAACAAAACAAACTATAAATACTACAT  798

seq1  TGTTGTGAACCCAATGATGTAATGTCTGAAATTCAATTAAGTTTGAGTAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAACCCAATGATGTAATGTCTGAAATTCAATTAAGTTTGAGTAC  848

seq1  TCCAGCAAAAGCTGGGCGGTGGCGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAAAAGCTGGGCGGTGGCGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTTG  898

seq1  GGAAGTAGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGGCTGGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTAGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGGCTGGT  948

seq1  CTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCT  998

seq1  CGAAAAAAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAAAAAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAAAAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAACCAAAAAAAAA  1048

seq1  AGGGAGGTGCTACATAAAAGAAAAAAAAAATCAATCAAAACTGACAATTG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGTGCTACATAAAAGAAAAAAAAAATCAATCAAAACTGACAATTG  1098

seq1  ATGATATTTTCCCATAGTGGCAAAACATAGGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATTTTCCCATAGTGGCAAAACATAGGAATTC  1134

seq1: chr3_117357941_117359060
seq2: B6Ng01-239M23.g_66_1188

seq1  GAATTCTTTGGAATCTAGTCTTTCAGTATTTTGATAGCCAAAAGGAGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGAATCTAGTCTTTCAGTATTTTGATAGCCAAAAGGAGGGG  50

seq1  TACAGGAGTATCTCTTTAGATTGTCTACTCTGCATGAGGCTGCTAGTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGAGTATCTCTTTAGATTGTCTACTCTGCATGAGGCTGCTAGTCCA  100

seq1  TAGCTACATATGCAGTGGTGATCCAGGTTTCGCAGGAGTCTGCTCACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACATATGCAGTGGTGATCCAGGTTTCGCAGGAGTCTGCTCACTGA  150

seq1  GTTATTTTTACCTTAGGAATGGACGGTGAGCTCTTCAGTAAATTGCAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTTACCTTAGGAATGGACGGTGAGCTCTTCAGTAAATTGCAAAG  200

seq1  AGTAAATCAAAGGGAATGAATACATGACCATAATTTATAAGTAAACAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATCAAAGGGAATGAATACATGACCATAATTTATAAGTAAACAAGT  250

seq1  GGAATGACCCTTCAGGGTTTAAATAGAAGGGAGGAAATGATGAAACAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGACCCTTCAGGGTTTAAATAGAAGGGAGGAAATGATGAAACAGCA  300

seq1  TGATGAAAATCATGCAGACTGGAGAAGGAATCCTCCAAATACCTGGCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAAATCATGCAGACTGGAGAAGGAATCCTCCAAATACCTGGCCAT  350

seq1  AATGCTATCTTCAATCTCATGAGCACCATCCATCAGGAATTACTTCAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTATCTTCAATCTCATGAGCACCATCCATCAGGAATTACTTCAGAA  400

seq1  TCTTTATCCTAATAGTATGATATTTCCCATTCTTGCTTCAACTTAACAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATCCTAATAGTATGATATTTCCCATTCTTGCTTCAACTTAACAAC  450

seq1  TGCAAGTATTTAGGCTTCATTGCAAAAGTACCGTGCTAAGCACGTTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTATTTAGGCTTCATTGCAAAAGTACCGTGCTAAGCACGTTAACT  500

seq1  ATGCTAGTGTATTAACTCTTATCACACTATGGGATAATATCTTATTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGTGTATTAACTCTTATCACACTATGGGATAATATCTTATTTTTT  550

seq1  CTTTGTGTTTATAATCTACTACAAATCTATAAATCTTCAGTTCCTTGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTTTATAATCTACTACAAATCTATAAATCTTCAGTTCCTTGCTA  600

seq1  TTTCTTGTGACTATGTTACCTAATCACATGCGTCTTTGAAAACAATGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTGACTATGTTACCTAATCACATGCGTCTTTGAAAACAATGTCT  650

seq1  CTTGGTTGTAGCTAGAGACAAATACTTGGTGAAGCCATGGTGGAAGGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTGTAGCTAGAGACAAATACTTGGTGAAGCCATGGTGGAAGGAAC  700

seq1  ACAGATATACTATGATAAATCTAGTAAAAGTGAGGGATTAATTTGCCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATATACTATGATAAATCTAGTAAAAGTGAGGGATTAATTTGCCACT  750

seq1  AGAGTGTCCTCAGGGTTGACCAGATGACAAGTTTATTTTAGCATAATGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTCCTCAGGGTTGACCAGATGACAAGTTTATTTTAGCATAATGGG  800

seq1  CTCATAGTC-TTCTTATAAGAAGTGACTACTCCATAGATGTTTTTCCTGA  849
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGTCTTTCTTATAAGAAGTGACTACTCCATAGATGTTTTTCCTGA  850

seq1  AAATACAAGACTTAATAAAAGCAAG-AAGACAATTTAATAAACAAATATA  898
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||
seq2  AAATACAAGACTTAATAAAAGCAAGAAAGACAATTTAATAA--CAATATA  898

seq1  TATTTAAGACAATTTTAAATAGTGATGTAAACAGACATGC-TTTCACTTG  947
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TATTTAAGACAATTTTAATTAGTGATGTAAACAGACATGCTTTTCACTTG  948

seq1  TGTCTTATATATTTTTCTATTGCTGTGACAAGACAGTATGACCAATT-AA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGTCTTATATATTTTTCTATTGCTGTGACAAGACAGTATGACCAATTAAA  998

seq1  CTTATAGAAGAGTTTGTTTGTCACTTAGAATTTGAAATGGTTAGAG-TCC  1045
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||
seq2  CTTATAGAAGAGTTTGTTTGTCACTTAGAATTTG-AATGATTAGAGTTCC  1047

seq1  ATGACC-ATCGTGGGGCC-TTGGGTGTAGGGGAAAGAGGAATGGGAGAGA  1093
      |||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||| | ||||||| ||
seq2  ATGACCAATCGTGGGGCCTTTGGGTGTA-GGGTAAGA-GTATGGGAG-GA  1094

seq1  ACCAATATCCT-GC-TAGAGTTCTGGCGT  1120
        | ||||||| || ||||||||||||||
seq2  GACCATATCCTAGCTTAGAGTTCTGGCGT  1123