BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241D24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 145,327,320 - 145,477,938
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdah1
Upstream geneSh3glb1, LOC668890, Clca1, Clca2, Clca4, EG622139, AI747448, Clca6, Clca3, Clca5, Odf2l, Col24a1, 2410019A14Rik, Cyr61
Downstream geneLOC100040331, Bcl10, 2410004B18Rik, Syde2, Wdr63, Mcoln3, Mcoln2, Edg7, Ssx2ip, Ctbs, Spata1, Gng5, Bxdc5, LOC100040473, Dnase2b, Uox, 4930503B20Rik, Gm1652, LOC670100, Prkacb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241D24.bB6Ng01-241D24.g
ACCGA051215GA051216
length758931
definitionB6Ng01-241D24.b B6Ng01-241D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,477,184 - 145,477,938)(145,327,320 - 145,328,252)
sequence
gaattcagagggctcacaagcagtaaccttgaattcagagagtcactcca
agcgtgaaaacatactaggtgctgctgcttacaccagcatacgctgtcct
cgtgggtctgcaggaagagaagccacacaacttcgtgtggagatctctct
tctcctcagtaatgttcctggagggttggaacaatacctgacccttgatg
agatggcctaaggttagggaccccctataaaacaccttcccagagaaaga
accacagcaaacagagaccagaggaaagacatagaggatgtggggggcag
ggacgtgggtttgtactgggaagaacatggtgggtaccaaagcaggacaa
cggacttcaagtctgtccggtgaggcttttactgagacaggcatgaaaac
tgggctggggatataggtggaaggctcacctagcatgaacgaagcccagg
gttcaagccctagtaccatgtaaaatggatatggtgtatatatctgaagt
cccagcactctggaggtagaagtaagagaatcagaagatcaaggacactt
tcagctacatagcaggtttgaggccagcctgattatgtgagactctgcat
caaacacaatatcaccaaccaaagaatatccacggagggagccaggactt
cagatacacaggtagcagaggacggccttgtctgacatcagtggaagggg
agggaggcttgatgctccggcgtaggggggatgctagaggggtgagggtg
tggagtgg
gaattccatgattccatgccctttgatgacgtttaggagtgttccatcct
tgtccttgatctgatatctagcttgcttgctctctctcctctgtttactt
tgggtctaactttcttgttttttaaaaatgtcttaatgtggacattgagc
tcactgatgtaagctccctctattgctgttgggtttgtttgtgttttgag
atatggttggatatagctcaggctggctttgaacttgctacgctgtcaag
gataatgataaacgtctgcttctcctcctccatggccagactactgtgat
tacaggtgtatgccaccatgcccagtttatgtggtgttatgtatggatca
agcctagggcttggtgcatgcttggtaagcactctgcccattgaatccac
ccctagtcctgtctctactatctaagagcaagtattcctctactcctgct
ttaactgcctctcccaacctgttttgatttgagccagggtttctctttgt
agtcctggctgttgtggagttttctatgtagatcacagtggccttttacc
cacattgattcctctgctttggccttcccagtctgggattaaagtcatga
gccgccatcttggctatatcccccaattgttgatagactctgctttcatt
tcattcctgctcacagtcatctattggatgaaacacagggcccccaatga
aggagctagagaaagtacccaaggagctaaaggggtctgcagccctatag
gaggaacaacaatatgaactaaccagtaccccccagagctgtgtctctag
gtgcatatgtagcagaggatggcctagtcggccatcaatgggaggagagg
cccttggtcttgcaaagatcatataccccagtgcaggggaatgcagggcc
aggaagcaggagtgggtgggttggggagcgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_145477184_145477938
seq2: B6Ng01-241D24.b_45_802 (reverse)

seq1  CCACTCC-CA-CCTCACCCCTCTAGCAT-CCCCCTACGCCGGAGCATCAA  47
      ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCACACCCTCACCCCTCTAGCATCCCCCCTACGCCGGAGCATCAA  50

seq1  GCCTCCCTCCCCTTCCACTGATGTCAGACAAGGCCGTCCTCTGCTACCTA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCTCCCTCCCCTTCCACTGATGTCAGACAAGGCCGTCCTCTGCTACCTG  100

seq1  TGTATCTGAAGTCCTGGCTCCCTCCGTGGATATTCTTTGGTTGGTGATAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGAAGTCCTGGCTCCCTCCGTGGATATTCTTTGGTTGGTGATAT  150

seq1  TGTGTTTGATGCAGAGTCTCACATAATCAGGCTGGCCTCAAACCTGCTAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGATGCAGAGTCTCACATAATCAGGCTGGCCTCAAACCTGCTAT  200

seq1  GTAGCTGAAAGTGTCCTTGATCTTCTGATTCTCTTACTTCTACCTCCAGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGAAAGTGTCCTTGATCTTCTGATTCTCTTACTTCTACCTCCAGA  250

seq1  GTGCTGGGACTTCAGATATATACACCATATCCATTTTACATGGTACTAGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGACTTCAGATATATACACCATATCCATTTTACATGGTACTAGG  300

seq1  GCTTGAACCCTGGGCTTCGTTCATGCTAGGTGAGCCTTCCACCTATATCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAACCCTGGGCTTCGTTCATGCTAGGTGAGCCTTCCACCTATATCC  350

seq1  CCAGCCCAGTTTTCATGCCTGTCTCAGTAAAAGCCTCACCGGACAGACTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCAGTTTTCATGCCTGTCTCAGTAAAAGCCTCACCGGACAGACTT  400

seq1  GAAGTCCGTTGTCCTGCTTTGGTACCCACCATGTTCTTCCCAGTACAAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCGTTGTCCTGCTTTGGTACCCACCATGTTCTTCCCAGTACAAAC  450

seq1  CCACGTCCCTGCCCCCCACATCCTCTATGTCTTTCCTCTGGTCTCTGTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTCCCTGCCCCCCACATCCTCTATGTCTTTCCTCTGGTCTCTGTTT  500

seq1  GCTGTGGTTCTTTCTCTGGGAAGGTGTTTTATAGGGGGTCCCTAACCTTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTTCTTTCTCTGGGAAGGTGTTTTATAGGGGGTCCCTAACCTTA  550

seq1  GGCCATCTCATCAAGGGTCAGGTATTGTTCCAACCCTCCAGGAACATTAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCTCATCAAGGGTCAGGTATTGTTCCAACCCTCCAGGAACATTAC  600

seq1  TGAGGAGAAGAGAGATCTCCACACGAAGTTGTGTGGCTTCTCTTCCTGCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGAAGAGAGATCTCCACACGAAGTTGTGTGGCTTCTCTTCCTGCA  650

seq1  GACCCACGAGGACAGCGTATGCTGGTGTAAGCAGCAGCACCTAGTATGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCACGAGGACAGCGTATGCTGGTGTAAGCAGCAGCACCTAGTATGTT  700

seq1  TTCACGCTTGGAGTGACTCTCTGAATTCAAGGTTACTGCTTGTGAGCCCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACGCTTGGAGTGACTCTCTGAATTCAAGGTTACTGCTTGTGAGCCCT  750

seq1  CTGAATTC  755
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  758

seq1: chr3_145327320_145328252
seq2: B6Ng01-241D24.g_66_996

seq1  GAATTCCATGATTCCATGCCCTTTGATGACGTTTAGGAGTGTTCCATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGATTCCATGCCCTTTGATGACGTTTAGGAGTGTTCCATCCT  50

seq1  TGTCCTTGATCTGATATCTAGCTTGCTTGCTCTCTCTCCTCTGTTTACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTGATCTGATATCTAGCTTGCTTGCTCTCTCTCCTCTGTTTACTT  100

seq1  TGGGTCTAACTTTCTTGTTTTTTAAAAATGTCTTAATGTGGACATTGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTAACTTTCTTGTTTTTTAAAAATGTCTTAATGTGGACATTGAGC  150

seq1  TCACTGATGTAAGCTCCCTCTATTGCTGTTGGGTTTGTTTGTGTTTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGATGTAAGCTCCCTCTATTGCTGTTGGGTTTGTTTGTGTTTTGAG  200

seq1  ATATGGTTGGATATAGCTCAGGCTGGCTTTGAACTTGCTACGCTGTCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTGGATATAGCTCAGGCTGGCTTTGAACTTGCTACGCTGTCAAG  250

seq1  GATAATGATAAACGTCTGCTTCTCCTCCTCCATGGCCAGACTACTGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGATAAACGTCTGCTTCTCCTCCTCCATGGCCAGACTACTGTGAT  300

seq1  TACAGGTGTATGCCACCATGCCCAGTTTATGTGGTGTTATGTATGGATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTGTATGCCACCATGCCCAGTTTATGTGGTGTTATGTATGGATCA  350

seq1  AGCCTAGGGCTTGGTGCATGCTTGGTAAGCACTCTGCCCATTGAATCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGGGCTTGGTGCATGCTTGGTAAGCACTCTGCCCATTGAATCCAC  400

seq1  CCCTAGTCCTGTCTCTACTATCTAAGAGCAAGTATTCCTCTACTCCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGTCCTGTCTCTACTATCTAAGAGCAAGTATTCCTCTACTCCTGCT  450

seq1  TTAACTGCCTCTCCCAACCTGTTTTGATTTGAGCCAGGGTTTCTCTTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGCCTCTCCCAACCTGTTTTGATTTGAGCCAGGGTTTCTCTTTGT  500

seq1  AGTCCTGGCTGTTGTGGAGTTTTCTATGTAGATCACAGTGGCCTTTTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGGCTGTTGTGGAGTTTTCTATGTAGATCACAGTGGCCTTTTACC  550

seq1  CACATTGATTCCTCTGCTTTGGCCTTCCCAGTCTGGGATTAAAGTCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGATTCCTCTGCTTTGGCCTTCCCAGTCTGGGATTAAAGTCATGA  600

seq1  GCCGCCATCTTGGCTATATCCCCCAATTGTTGATAGACTCTGCTTTCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGCCATCTTGGCTATATCCCCCAATTGTTGATAGACTCTGCTTTCATT  650

seq1  TCATTCCTGCTCACAGTCATCTATTGGATGAAACACAGGGCCCCCAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCTGCTCACAGTCATCTATTGGATGAAACACAGGGCCCCCAATGA  700

seq1  AGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAGCCCTATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAGCCCTATAG  750

seq1  GAGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCCAGAGCTGTGTCTCTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCCAGAGCTGTGTCTCTAG  800

seq1  TTGCATATGTAGCAGAGGATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGGAGGAGAGG  850
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATATGTAGCAGAGGATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGGAGGAGAGG  850

seq1  CCCTTGGTCTTGCAAAGATCATATACCCCCAGTGCAGGGGAATGCAAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCTTGGTCTTGCAAAGATCATATA-CCCCAGTGCAGGGGAATGC-AGGG  898

seq1  CCAGGAAGCAGGAGTGGGTGGGTTGGGGAGCGG  933
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGCAGGAGTGGGTGGGTTGGGGAGCGG  931