BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245H23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 79,215,841 - 79,387,354
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041793, LOC667613
Upstream geneLOC100041691, LOC383883, LOC100041748, LOC100041716, LOC100041725, LOC100041766, Rapgef2, LOC100041741
Downstream genePpid, Etfdh, 4930579G24Rik, Rxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik, EG626797
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245H23.bB6Ng01-245H23.g
ACCGA054363GA054364
length4301,131
definitionB6Ng01-245H23.b B6Ng01-245H23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,215,841 - 79,216,276)(79,386,216 - 79,387,354)
sequence
attaagtttagggagccttatgcatgtggtcccagctctgtttgggtgtg
ctggtgtgcacacacaaacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacagtactgcaaatgaatgcttcaggacctccctcaagtaggg
aaggatgtagggtgggtgaaggggtgctttgctttgccgtaatgttgagg
aagagccaaagttaagttctagctactgtgcagaatgcctctaaccagta
agccccttgacctaggacagattctttctgaaatgcataaggcttttgtt
ttttttttcattcccctacacaagtctgtgacctgattgcacctggtgtg
cttgaccacagataggtgagaagtacccaggcaggaagtacggcagaata
tatgcttgccttgattagactgatgggaaa
gaattcaaccccagatcctacttaaaggaagccaggcatggagatgcttg
caatcttagcagtagaaagacagaaacaggtgggtgggtgggtccagact
agtttttgaggtccatctcagtgagagatcttgtctattttcttttaaag
ggcgagagactaaattactttgtttttcttgtataaaaatcctttcacgg
tatcaacagctggagcctgggtcctctgaacagagactctggtatgggat
ttcacagatggttagggaattcctgataaggagacttggtgaacacagtc
cctttccagaggtcaggtcaggtagttgtatgtcttggagatggcatcaa
aggtggccttggcaatgttgcccagggtgtcagtgcagcccttggctaat
gagtagcagtcatcagtactggccagccgccgcagcttcttgggcacagg
ggcagagacagatgccagtgcctctgggtgcaggggtgagatgcaccagg
acagccacagcagcctgtcaccttgcatgggacagtatggggtttatccc
tccagcagcctttctgcacaggggcgatgacaagcttgacccaccaagat
gatggcccctcggatggcagcgtctacctacttggagaacttaacaccaa
gaccagcatgacccgttagtccccaatagcgacaaaacccttgaacctgg
tcctctggacagactgagtctgcatctgtactggcatggcctttagcacc
tcatcctttagagatgcaaaagccagggaaaagccaatgatatcagattc
cttaatgagcaagaacaagcagatctcttccattttcatgtttttgtagc
tatgtggcccagcttggtgcctggtctttggctttacctctatgggatca
gtgtcctcctaagcttgagccctaagacactctaagtcctcccaccatcc
agcatcaacatccattcgtgttttccaaaagaagagagagattctttcta
gtttttaaaaaagtttttctgagacagggtttctcatgtaacctagctgc
tcaactcagagatgcatctgcttgtgcctccagtgcgggattaattgcct
tgtgcctagccttaccttggaacctcatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_79215841_79216276
seq2: B6Ng01-245H23.b_47_482

seq1  GAATTCATTAAGTTTAGGGAGCCTTATGCATGTGGTCCCAGCTCTGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAAGTTTAGGGAGCCTTATGCATGTGGTCCCAGCTCTGTTTG  50

seq1  GGTGTGCTGGTGTGCACACACAAACACACACACACACACACACACACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGCTGGTGTGCACACACAAACACACACACACACACACACACACACA  100

seq1  CACACACACACACACAGTACTGCAAATGAATGCTTCAGGACCTCCCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACAGTACTGCAAATGAATGCTTCAGGACCTCCCTCAA  150

seq1  GTAGGGAAGGATGTAGGGTGGGTGAAGGGGTGCTTTGCTTTGCCGTAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGAAGGATGTAGGGTGGGTGAAGGGGTGCTTTGCTTTGCCGTAATG  200

seq1  TTGAGGAAGAGCCAAAGTTAAGTTCTAGCTACTGTGCAGAATGCCTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAGAGCCAAAGTTAAGTTCTAGCTACTGTGCAGAATGCCTCTAA  250

seq1  CCAGTAAGCCCCTTGACCTAGGACAGATTCTTTCTGAAATGCAGAAGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCAGTAAGCCCCTTGACCTAGGACAGATTCTTTCTGAAATGCATAAGGCT  300

seq1  TTTGTTTTTGTTTTCATTCCCCTACACAAGTCTGTGACCTGATTGCACCT  350
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTTTTTTCATTCCCCTACACAAGTCTGTGACCTGATTGCACCT  350

seq1  GGTGTGCTTGACCACAGATAGGTGAGAAGTACCCAGGCAGGAAGTACGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGCTTGACCACAGATAGGTGAGAAGTACCCAGGCAGGAAGTACGGC  400

seq1  AGAATATATGCTTGCCTTGATTAGACTGATGGGAAA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATATGCTTGCCTTGATTAGACTGATGGGAAA  436

seq1: chr3_79386216_79387354
seq2: B6Ng01-245H23.g_67_1197 (reverse)

seq1  AAGATGAGGTCTCAAGCT-AGGCTATGCAC-AGGCATTTAATCCCGCACT  48
      ||||||||||  |||| | |||||| |||| ||||| |||||||||||||
seq2  AAGATGAGGTTCCAAGGTAAGGCTAGGCACAAGGCAATTAATCCCGCACT  50

seq1  TGGGAGGCACAAGCAGATGCATCTCTGAGTTTGAGGCCAGCTAGGGTTAC  98
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||
seq2  --GGAGGCACAAGCAGATGCATCTCTGAG-TTGAG--CAGCTA-GGTTAC  94

seq1  ATGGAGAAACCCTGTCTCAGAAAACCTTTTTTAAAAAACCTAGAAAGAAT  148
      || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||
seq2  AT-GAGAAACCCTGTCTCAGAAAAACTTTTTTAAAAA--CTAGAAAGAAT  141

seq1  CTCTCTCTTCTTTTGGAAAACACGAAATGGATGTTGATGCTGGATGGTGG  198
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTTCTTTTGGAAAACACG-AATGGATGTTGATGCTGGATGGTGG  190

seq1  GAGGACTTAGAGTGTCTTAGGGCTCAAGCTTAGGAGGACACTGATCCCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTTAGAGTGTCTTAGGGCTCAAGCTTAGGAGGACACTGATCCCAT  240

seq1  AGAGGTAAAGCCAAAGACCAGGCACCAAGCTGGGCCACATAGCTACAAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAAAGCCAAAGACCAGGCACCAAGCTGGGCCACATAGCTACAAAA  290

seq1  ACATGAAAATGGAAGAGATCTGCTTGTTCTTGCTCATTAAGGAATCTGAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAAATGGAAGAGATCTGCTTGTTCTTGCTCATTAAGGAATCTGAT  340

seq1  ATCATTGGCTTTTCCCTGGCTTTTGCATCTCTAAAGGATGAGGTGCTAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGGCTTTTCCCTGGCTTTTGCATCTCTAAAGGATGAGGTGCTAAA  390

seq1  GGCCATGCCAGTACAGATGCAGACTCAGTCTGTCCAGAGGACCAGGTTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGCCAGTACAGATGCAGACTCAGTCTGTCCAGAGGACCAGGTTCA  440

seq1  AGGGTTTTGTCGCTATTGGGGACTAACGGGTCATGCTGGTCTTGGTGTTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTTGTCGCTATTGGGGACTAACGGGTCATGCTGGTCTTGGTGTTA  490

seq1  AGTTCTCCAAGTAGGTAGACGCTGCCATCCGAGGGGCCATCATCTTGGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCCAAGTAGGTAGACGCTGCCATCCGAGGGGCCATCATCTTGGTG  540

seq1  GGTCAAGCTTGTCATCGCCCCTGTGCAGAAAGGCTGCTGGAGGGATAAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGCTTGTCATCGCCCCTGTGCAGAAAGGCTGCTGGAGGGATAAAC  590

seq1  CCCATACTGTCCCATGCAAGGTGACAGGCTGCTGTGGCTGTCCTGGTGCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACTGTCCCATGCAAGGTGACAGGCTGCTGTGGCTGTCCTGGTGCA  640

seq1  TCTCACCCCTGCACCCAGAGGCACTGGCATCTGTCTCTGCCCCTGTGCCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCCCTGCACCCAGAGGCACTGGCATCTGTCTCTGCCCCTGTGCCC  690

seq1  AAGAAGCTGCGGCGGCTGGCCAGTACTGATGACTGCTACTCATTAGCCAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTGCGGCGGCTGGCCAGTACTGATGACTGCTACTCATTAGCCAA  740

seq1  GGGCTGCACTGACACCCTGGGCAACATTGCCAAGGCCACCTTTGATGCCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCACTGACACCCTGGGCAACATTGCCAAGGCCACCTTTGATGCCA  790

seq1  TCTCCAAGACATACAACTACCTGACCTGACCTCTGGAAAGGGACTGTGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAGACATACAACTACCTGACCTGACCTCTGGAAAGGGACTGTGTT  840

seq1  CACCAAGTCTCCTTATCAGGAATTCCCTAACCATCTGTGAAATCCCATAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGTCTCCTTATCAGGAATTCCCTAACCATCTGTGAAATCCCATAC  890

seq1  CAGAGTCTCTGTTCAGAGGACCCAGGCTCCAGCTGTTGATACCGTGAAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCTCTGTTCAGAGGACCCAGGCTCCAGCTGTTGATACCGTGAAAG  940

seq1  GATTTTTATACAAGAAAAACAAAGTAATTTAGTCTCTCGCCCTTTAAAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTATACAAGAAAAACAAAGTAATTTAGTCTCTCGCCCTTTAAAAG  990

seq1  AAAATAGACAAGATCTCTCACTGAGATGGACCTCAAAAACTAGTCTGGAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGACAAGATCTCTCACTGAGATGGACCTCAAAAACTAGTCTGGAC  1040

seq1  CCACCCACCCACCTGTTTCTGTCTTTCTACTGCTAAGATTGCAAGCATCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCACCCACCTGTTTCTGTCTTTCTACTGCTAAGATTGCAAGCATCT  1090

seq1  CCATGCCTGGCTTCCTTTAAGTAGGATCTGGGGTTGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCTGGCTTCCTTTAAGTAGGATCTGGGGTTGAATTC  1131