BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250H17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 6,924,059 - 7,069,437
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041193, EG620570, LOC100041214, LOC383818, 1700008P02Rik, LOC100039349, Olfr289-ps1
Downstream geneEG667801, Pkia, LOC667807, 3110050N22Rik, Il7, LOC620822
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250H17.bB6Ng01-250H17.g
ACCGA058016GA058017
length1,1321,109
definitionB6Ng01-250H17.b B6Ng01-250H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,068,281 - 7,069,437)(6,924,059 - 6,925,177)
sequence
gaattctcaaaatatttgggatatgttgtgaataataggtattcatgaca
tgtcatctgggttttaacaaatgttgacaggacttagtttccataggccc
ttttgtttttatttagaggtataatgctatacatagtgagttcactgtta
attcttcttctatatactcctaagttaacttttgtcttgaagtttgtaca
tatccttcctaatgtatgtttttaaacaacatagtctataatcataattc
aacaaaacatagttttgcatgtttcaaaaatatgattatgaaatgaatgt
attgtttagaacccccccccctgattattatggcttcaagcttagtataa
atacagattcggtgaactgcattgtttcaattttgcaagaattctgcttc
tcattagtaatcaggataattaactatttatttatataatttgagatttt
tttcatgtgtaccctgccaatgtacatctttcactcatctactacaatgg
tatatttctgatggtattatatctttaagagaggttctttatattaatat
tacacctttgttaattattataattaaaataccattcccatgctaataac
catttttgtttgtgttagtgatttttattatacagattatatataaattt
tctctcatatattatatccagattaaagcctcccccctccattcctccca
gttcttcctcctacctctccattccccagatccattcctcctccatttcc
ctttataaaaggagcaggtctcccagggatattcaccaaatatggcctaa
caagaatcaataaaactagacacaaaccctcatatcacgtctggcaaggc
aacccagaaaggaggaaagggatcccaaatataggcaaaagtgtaagaac
cgtccactcccactgttgggagtctcacaagaacaaaaagctgtacaaca
acaacatatatgcaaaagacctagctcagacacataacaggtcatgtatg
atcatctttgtagcgcctatgagcctgctagtgattctgtaactatgttc
tcttggtgtatgactctctgggtctacatcatgtccctcatctgtgggat
ttcccagtccatttagtttgtatggtcctctc

gaattcagtcataccgaacttgggccacatccagcagatgttttccacag
attcaaaggagatctgagagagaggttaagattaactcaataatttgggg
atgaatatcttaaagcgtggaaataattttttaaggcagagcaaaaagag
aggagggtaaggattgagtgaatttgagagtctggagtctgatttagatg
gctatttgacaattaattacatttgtcataaaaagtaactcaaaaaattc
ttaaataagaattagacttttatagactcaaattctatacatctcaatga
acatacagttagatcaggcattcttaagcttggatccctacatcataatt
tatactttcactatcaaatatatttatatacatgtatctaccactaaaac
atacaaaaacacatcattgatttaaaactagaaaatcaatgagaattata
cattgtttcatgaatcatgtctattgcctacatttagtccttcctcatct
cctaacacttcaatgttccttttctatcctttacattttacactatgccc
acatgtatatttgtcttcaaatttgttattacatttttctttagagctat
ataatattcatatgtacacacacaaaattttcttcataatttttattatc
cattcattcatctactgatgaatatgtaggttgatttcagatctttggta
cagtctataaagcagtaataagtctgggagtgatggctattaactattta
ttacaataccaaagaggcaaagagagaaggtagctatgtttactctagaa
aggctcactatcttcatcatatttgtatttgtccgtcactgtcataactt
gaccttggtcatttctactatcatacccatgcaattcagtatgatagtga
caaacaagggcttctcctactctataagccattgttgtcagagctacagg
cggtattcctgtgacaaagtgaactctaatgtgagacaaaatgccttacc
agtttgcttctatttttgccattactctacatttacattatttgctcaag
tgatatttttctgcatcataatgcactgcttcagcccacactcagcatga
tgttatagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_7068281_7069437
seq2: B6Ng01-250H17.b_43_1174 (reverse)

seq1  GAGAGGACCATAACCAAACACTAAAAGGGAACTGGGAAACCCCACAGAAA  50
      ||||||||||||  |||  |||||| ||  ||||||||| |||||||  |
seq2  GAGAGGACCATA--CAA--ACTAAATGG--ACTGGGAAATCCCACAG--A  42

seq1  AGAGAGACAAAGATTGTAAGACCCAGAGGAGTCAATAACACCAAGAGAAC  100
       ||| ||| | || ||| ||||||||| ||||||   |||||||||||||
seq2  TGAGGGAC-ATGA-TGT-AGACCCAGA-GAGTCA--TACACCAAGAGAAC  86

seq1  ATAGTTTACAGAATCAACTAAGCAGGGCTCATAGGCGCTAACAAAGATGG  150
      |||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||| 
seq2  ATAG-TTACAGAATC-ACT-AGCA-GGCTCATAGGCGCT-ACAAAGATG-  130

seq1  AATCAATAACAATGGACCCTGTTATGTGTCTGAGCTAGGTCTTTTGCATA  200
       ||| |||   |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ATC-ATA--CATG--ACCTGTTATGTGTCTGAGCTAGGTCTTTTGCATA  174

seq1  TATGTTGTTGTTGTACAGCTTTTTGTTCTTGTGAGACTCCCAACAGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGTTGTTGTACAGCTTTTTGTTCTTGTGAGACTCCCAACAGTGGG  224

seq1  AGTGGACGGTTCTTACACTTTTGCCTATATTTGGGATCCCTTTCCTCC-T  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTGGACGGTTCTTACACTTTTGCCTATATTTGGGATCCCTTTCCTCCTT  274

seq1  TCTGGGTTGCCTTGCCAGACGTGATATGAGGGTTTGTGTCTAGTTTTATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTTGCCTTGCCAGACGTGATATGAGGGTTTGTGTCTAGTTTTATT  324

seq1  GATTCTTGTTAGGCCATATTTGGTGAATATCCCTGGGAGACCTGCTCCTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTGTTAGGCCATATTTGGTGAATATCCCTGGGAGACCTGCTCCTT  374

seq1  TTATAAAGGGAAATGGAGGAGGAATGGATCTGGGGAATGGAGAGGTAGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGGGAAATGGAGGAGGAATGGATCTGGGGAATGGAGAGGTAGGA  424

seq1  GGAAGAACTGGGAGGAATGGAGGGGGGAGGCTTTAATCTGGATATAATAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACTGGGAGGAATGGAGGGGGGAGGCTTTAATCTGGATATAATAT  474

seq1  ATGAGAGAAAATTTATATATAATCTGTATAATAAAAATCACTAACACAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGAAAATTTATATATAATCTGTATAATAAAAATCACTAACACAAA  524

seq1  CAAAAATGGTTATTAGCATGGGAATGGTATTTTAATTATAATAATTAACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATGGTTATTAGCATGGGAATGGTATTTTAATTATAATAATTAACA  574

seq1  AAGGTGTAATATTAATATAAAGAACCTCTCTTAAAGATATAATACCATCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTAATATTAATATAAAGAACCTCTCTTAAAGATATAATACCATCA  624

seq1  GAAATATACCATTGTAGTAGATGAGTGAAAGATGTACATTGGCAGGGTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATACCATTGTAGTAGATGAGTGAAAGATGTACATTGGCAGGGTAC  674

seq1  ACATGAAAAAAATCTCAAATTATATAAATAAATAGTTAATTATCCTGATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAAAAAATCTCAAATTATATAAATAAATAGTTAATTATCCTGATT  724

seq1  ACTAATGAGAAGCAGAATTCTTGCAAAATTGAAACAATGCAGTTCACCGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGAGAAGCAGAATTCTTGCAAAATTGAAACAATGCAGTTCACCGA  774

seq1  ATCTGTATTTATACTAAGCTTGAAGCCATAATAATCAGGGGGGGGGGTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTATTTATACTAAGCTTGAAGCCATAATAATCAGGGGGGGGGGTTC  824

seq1  TAAACAATACATTCATTTCATAATCATATTTTTGAAACATGCAAAACTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAATACATTCATTTCATAATCATATTTTTGAAACATGCAAAACTAT  874

seq1  GTTTTGTTGAATTATGATTATAGACTATGTTGTTTAAAAACATACATTAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTGAATTATGATTATAGACTATGTTGTTTAAAAACATACATTAG  924

seq1  GAAGGATATGTACAAACTTCAAGACAAAAGTTAACTTAGGAGTATATAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATATGTACAAACTTCAAGACAAAAGTTAACTTAGGAGTATATAGA  974

seq1  AGAAGAATTAACAGTGAACTCACTATGTATAGCATTATACCTCTAAATAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATTAACAGTGAACTCACTATGTATAGCATTATACCTCTAAATAA  1024

seq1  AAACAAAAGGGCCTATGGAAACTAAGTCCTGTCAACATTTGTTAAAACCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAGGGCCTATGGAAACTAAGTCCTGTCAACATTTGTTAAAACCC  1074

seq1  AGATGACATGTCATGAATACCTATTATTCACAACATATCCCAAATATTTT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACATGTCATGAATACCTATTATTCACAACATATCCCAAATATTTT  1124

seq1  GAGAATTC  1157
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1132


seq1: chr3_6924059_6925177
seq2: B6Ng01-250H17.g_65_1173

seq1  GAATTCAGTCATACCGAACTTGGGCCACATCCAGCAGATGTTTTCCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCATACCGAACTTGGGCCACATCCAGCAGATGTTTTCCACAG  50

seq1  ATTCAAAGGAGATCTGAGAGAGAGGTTAAGATTAACTCAATAATTTGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAGGAGATCTGAGAGAGAGGTTAAGATTAACTCAATAATTTGGGG  100

seq1  ATGAATATCTTAAAGCGTGGAAATAATTTTTTAAGGCAGAGCAAAAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATCTTAAAGCGTGGAAATAATTTTTTAAGGCAGAGCAAAAAGAG  150

seq1  AGGAGGGTAAGGATTGAGTGAATTTGAGAGTCTGGAGTCTGATTTAGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGTAAGGATTGAGTGAATTTGAGAGTCTGGAGTCTGATTTAGATG  200

seq1  GCTATTTGACAATTAATTACATTTGTCATAAAAAGTAACTCAAAAAATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTGACAATTAATTACATTTGTCATAAAAAGTAACTCAAAAAATTC  250

seq1  TTAAATAAGAATTAGACTTTTATAGACTCAAATTCTATACATCTCAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAGAATTAGACTTTTATAGACTCAAATTCTATACATCTCAATGA  300

seq1  ACATACAGTTAGATCAGGCATTCTTAAGCTTGGATCCCTACATCATAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGTTAGATCAGGCATTCTTAAGCTTGGATCCCTACATCATAATT  350

seq1  TATACTTTCACTATCAAATATATTTATATACATGTATCTACCACTAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTCACTATCAAATATATTTATATACATGTATCTACCACTAAAAC  400

seq1  ATACAAAAACACATCATTGATTTAAAACTAGAAAATCAATGAGAATTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAAACACATCATTGATTTAAAACTAGAAAATCAATGAGAATTATA  450

seq1  CATTGTTTCATGAATCATGTCTATTGCCTACATTTAGTCCTTCCTCATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTCATGAATCATGTCTATTGCCTACATTTAGTCCTTCCTCATCT  500

seq1  CCTAACACTTCAATGTTCCTTTTCTATCCTTTACATTTTACACTATGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACACTTCAATGTTCCTTTTCTATCCTTTACATTTTACACTATGCCC  550

seq1  ACATGTATATTTGTCTTCAAATTTGTTATTACATTTTTCTTTAGAGCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTATATTTGTCTTCAAATTTGTTATTACATTTTTCTTTAGAGCTAT  600

seq1  ATAATATTCATATGTACACACACAAAATTTTCTTCATAATTTTTATTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTCATATGTACACACACAAAATTTTCTTCATAATTTTTATTATC  650

seq1  CATTCATTCATCTACTGATGAATATGTAGGTTGATTTCAGATCTTTGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTCATCTACTGATGAATATGTAGGTTGATTTCAGATCTTTGGTA  700

seq1  CAGTCTATAAAGCAGTAATAAGTCTGGGAGTGATGGCTATTAACTATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTATAAAGCAGTAATAAGTCTGGGAGTGATGGCTATTAACTATTTA  750

seq1  TTACAATACCAAAGAGGCAAAGAGAGAAGGTAGCTATGTTTACTCTAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATACCAAAGAGGCAAAGAGAGAAGGTAGCTATGTTTACTCTAGAA  800

seq1  AGGCTCACTATCTTCATCATATTTGTATTTGTCCGTCACTGTCATAACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCACTATCTTCATCATATTTGTATTTGTCCGTCACTGTCATAACTT  850

seq1  GACCTTGGTCATTTCTACTATCATACCCATGCAATTCAGTATGATAGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGGTCATTTCTACTATCATACCCATGCAATTCAGTATGATAGTGA  900

seq1  CAAACAAGGGCTTCTCCTACTCTATAAGCCATTGTTGTCAGAGCTACAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGGGCTTCTCCTACTCTATAAGCCATTGTTGTCAGAGCTACAGG  950

seq1  CGGTATTCCTGTGAACAAAGTGAACTCTAATGTGAGACAAAAATGCCTTA  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CGGTATTCCTGTG-ACAAAGTGAACTCTAATGTGAGAC-AAAATGCCTTA  998

seq1  CCAAGGTTTGCTTCCTATTTTTTGCCATTACTCTACATTTAACCATTATT  1050
      |||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  CCA--GTTTGCTT-CTA-TTTTTGCCATTACTCTACATTTA--CATTATT  1042

seq1  TGCCTCAAGTGATA--TTTCTGCATCCATAATGCACTGGCCTTTCAGCCC  1098
      || |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    ||||||||
seq2  TG-CTCAAGTGATATTTTTCTGCAT-CATAATGCACTG---CTTCAGCCC  1087

seq1  ACACTCAGCATGATG-TATAGG  1119
      ||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACTCAGCATGATGTTATAGG  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |