BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252B09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,916,126 - 118,028,384
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD3Bwg0562e, 4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneDpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252B09.bB6Ng01-252B09.g
ACCGA059180GA059181
length1,1311,141
definitionB6Ng01-252B09.b B6Ng01-252B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,027,249 - 118,028,384)(117,916,126 - 117,917,206)
sequence
gaattctcctttaaataaaaacgaagtcagattttagaatgaaattctct
agtgctgtcaaactgtttgaaactggatttggcagttgtcctttcaaact
gttatttcagagcacgtgtcccagaagggacagctaagaatgcttgtcat
atttgaactctttccagaaccattcagcaggatactggcagtccacttgt
tcgtgttaattatttctgccctgattgcctggcaacacataacatgggaa
gtattatattttgctatttgagaatgcttccagcagaatgcagggagaaa
atggaatacaaagtcggctggaaatgtaacttaataagttaggtgtgtat
tttgattgaaaatttgttacagatgaagtggtttgtaatcccatgattgt
gttaaccacagtttcagagagcttgagggtgtctcagtggatattggtag
aatgaaactaatgatagatcttaatggccagcacaccacaatcgatgaac
atgaatggtctcccttgtaggcagaatggatgcatatgtgtgtgtgacca
tgtgttacacataggtatgatgggcagctgctcatgcaatgggatttgtt
tacctgtgcctctctggtggggttgggaagaagagagctttgaatgacag
actttatagcactctataatggtttttttgtgtgtgtgtgtgtgtgataa
tgttttattaccttgaagtcacataggcaccaccagtcccaacaacctcc
ttatttgcattctgcaaagtgatgggcaaataggaatacatatgactcac
acaagccatatgaactcaagcccagatcttttaatgtggcccctaaggac
taagtccctcatgcttactcaacaagtgctgttcccaaagggccattctt
cttagcctataaagccacattatttcatcctgtggtaatttctccttcct
ctcttccgctcctctttctttccatcctttcctttgcttgcctgctccct
tctttcgcctgcgttttctcttttagtattgttgaagtcctgaagctgag
ttcgtcaagggaacgccaaataaatgtgatgcccaagagctttgtctagg
ggctattttatatcatataacattcaaatgt

gaattccatatgaattaatcttttgtaggcatccatatttaacagccaca
gacattgtgagtgctcaatagatatgtcatatctggcaaaaaaaaggttt
actctgtgtgatggtttgtgtatgtttgacccagggaacagcactattag
aaggtgtagccctgttggagtagcgatgaactttttagagtaggagtgtc
actgtgggtgtgggctttaagaccctcatcctagctgtctgaaaaccagt
attctgctagcagccttcagatgaagatgtagaactctcagctcctcctg
cacatgctgccatgttcccgcctttatcataatggattgaacctctgaac
ctgtaagccagccccagttaaatgttgttctttacaagagttgccttggt
catggtatctgttcacagcaataaaaccttaattaagacattctagatat
ctactatctctggatttttcaacttgtctagccactgctttgcagtgatc
tctgagccttgagatgaggaagtatacaaatgcctcattaagaacttagt
atcttttattctgtaaacattttatttattgtgtttgtgactatatatat
atatatatatacatatatatatatatatatgtatatatatatatatgcat
gcacacacaggtgtgtatgcatatatattcacagcatcacttttatgata
tgtaaaagtcgaatcaactcttttatcaataggactaagtacattttaac
acatatatagcttattttaattataacaaaccaaatttacattaaacatc
attaacatcacaaaacattcatcttaataaaaatagtcacaaaaattcta
taacaaaatgattcattttgatatccgtttaaagctcaaaaataaggaaa
tctatataatatatagtttaaggaaacacttaactttaatttactttgca
tgtaaaattgttcttaaaacaaaggaaaagaaacaaacacaaaatccaga
tgtccagaagagttaaactacatgaaaggtggagcagaaatatacttgaa
ctagtgcagctatttcatgtttataatttgagtggtggcagttgatttgt
taagagaattaatcccagtgagtgtggagatataaggtacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118027249_118028384
seq2: B6Ng01-252B09.b_45_1175 (reverse)

seq1  ACATTTGAAATGTAAAT-AGATAAAATAACCCCCTTAAGACAAAGCTC-T  48
      |||||||||   || || | |||||||| ||||    ||||||||||| |
seq2  ACATTTGAATGTTATATGATATAAAATAGCCCC---TAGACAAAGCTCTT  47

seq1  GGGCATCACATTTAATTTGGGCGTTCCCCTGACGGAACTTCAGCTTCAGG  98
      ||||||||||||||  || ||||||||| |||| |||| |||||||||||
seq2  GGGCATCACATTTA--TTTGGCGTTCCCTTGAC-GAAC-TCAGCTTCAGG  93

seq1  ACTTCAACAATACTAAAAGAAGAAAACGCAGGCGAAAGAAGGGAGCAAGC  148
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTTCAACAATACTAAAAG-AGAAAACGCAGGCGAAAGAAGGGAGCAGGC  142

seq1  AAGCAAAGGAAAGGATGGAAAGAAAGAGGAGCGGAAGAGAGGAAGGAGAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGGAAAGGATGGAAAGAAAGAGGAGCGGAAGAGAGGAAGGAGAA  192

seq1  ATTACCACAGGATGAAATAATGTGGCTTTATAGGCTAAGAAG-ATGGCCC  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTACCACAGGATGAAATAATGTGGCTTTATAGGCTAAGAAGAATGGCCC  242

seq1  TTTGGGGAACAGCACTTGTTGAGTAAGCATGAGGGACTTAGTCCTTAGGG  297
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT-GGGAACAGCACTTGTTGAGTAAGCATGAGGGACTTAGTCCTTAGGG  291

seq1  GCCACATTAAAAGATCTGGGCTTGAGTTCATAT-GCTTGTGTGAGTCATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCACATTAAAAGATCTGGGCTTGAGTTCATATGGCTTGTGTGAGTCATA  341

seq1  TGTATTCCTATTTGCCCATCACTTTGCAGAATGCAAATAAGGAGGTTGTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCCTATTTGCCCATCACTTTGCAGAATGCAAATAAGGAGGTTGTT  391

seq1  GGGACTGGTGGTGCCTATGTGACTTCAAGGTAATAAAACATTATCACACA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGGTGGTGCCTATGTGACTTCAAGGTAATAAAACATTATCACACA  441

seq1  CACACACACACAAAAAAACCATTATAGAGTGCTATAAAGTCTGTCATTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACAAAAAAACCATTATAGAGTGCTATAAAGTCTGTCATTCA  491

seq1  AAGCTCTCTTCTTCCCAACCCCACCAGAGAGGCACAGGTAAACAAATCCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTCTTCTTCCCAACCCCACCAGAGAGGCACAGGTAAACAAATCCC  541

seq1  ATTGCATGAGCAGCTGCCCATCATACCTATGTGTAACACATGGTCACACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATGAGCAGCTGCCCATCATACCTATGTGTAACACATGGTCACACA  591

seq1  CACATATGCATCCATTCTGCCTACAAGGGAGACCATTCATGTTCATCGAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATGCATCCATTCTGCCTACAAGGGAGACCATTCATGTTCATCGAT  641

seq1  TGTGGTGTGCTGGCCATTAAGATCTATCATTAGTTTCATTCTACCAATAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTGCTGGCCATTAAGATCTATCATTAGTTTCATTCTACCAATAT  691

seq1  CCACTGAGACACCCTCAAGCTCTCTGAAACTGTGGTTAACACAATCATGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAGACACCCTCAAGCTCTCTGAAACTGTGGTTAACACAATCATGG  741

seq1  GATTACAAACCACTTCATCTGTAACAAATTTTCAATCAAAATACACACCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAAACCACTTCATCTGTAACAAATTTTCAATCAAAATACACACCT  791

seq1  AACTTATTAAGTTACATTTCCAGCCGACTTTGTATTCCATTTTCTCCCTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATTAAGTTACATTTCCAGCCGACTTTGTATTCCATTTTCTCCCTG  841

seq1  CATTCTGCTGGAAGCATTCTCAAATAGCAAAATATAATACTTCCCATGTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGCTGGAAGCATTCTCAAATAGCAAAATATAATACTTCCCATGTT  891

seq1  ATGTGTTGCCAGGCAATCAGGGCAGAAATAATTAACACGAACAAGTGGAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGCCAGGCAATCAGGGCAGAAATAATTAACACGAACAAGTGGAC  941

seq1  TGCCAGTATCCTGCTGAATGGTTCTGGAAAGAGTTCAAATATGACAAGCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTATCCTGCTGAATGGTTCTGGAAAGAGTTCAAATATGACAAGCA  991

seq1  TTCTTAGCTGTCCCTTCTGGGACACGTGCTCTGAAATAACAGTTTGAAAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGCTGTCCCTTCTGGGACACGTGCTCTGAAATAACAGTTTGAAAG  1041

seq1  GACAACTGCCAAATCCAGTTTCAAACAGTTTGACAGCACTAGAGAATTTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTGCCAAATCCAGTTTCAAACAGTTTGACAGCACTAGAGAATTTC  1091

seq1  ATTCTAAAATCTGACTTCGTTTTTATTTAAAGGAGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAAATCTGACTTCGTTTTTATTTAAAGGAGAATTC  1131


seq1: chr3_117916126_117917206
seq2: B6Ng01-252B09.g_137_1206

seq1  ATATGTCATATCTGGCAAAAAAAAGGTTTACTCTGTGTGATGGTTTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCATATCTGGCAAAAAAAAGGTTTACTCTGTGTGATGGTTTGTGT  50

seq1  ATGTTTGACCCAGGGAACAGCACTATTAGAAGGTGTAGCCCTGTTGGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGACCCAGGGAACAGCACTATTAGAAGGTGTAGCCCTGTTGGAGT  100

seq1  AGCGATGAACTTTTTAGAGTAGGAGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATGAACTTTTTAGAGTAGGAGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTTAAG  150

seq1  ACCCTCATCCTAGCTGTCTGAAAACCAGTATTCTGCTAGCAGCCTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCATCCTAGCTGTCTGAAAACCAGTATTCTGCTAGCAGCCTTCAGA  200

seq1  TGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACATGCTGCCATGTTCCCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACATGCTGCCATGTTCCCGC  250

seq1  CTTTATCATAATGGATTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCATAATGGATTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAGTTAA  300

seq1  ATGTTGTTCTTTACAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTTCACAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTTCTTTACAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTTCACAGCAA  350

seq1  TAAAACCTTAATTAAGACATTCTAGATATCTACTATCTCTGGATTTTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCTTAATTAAGACATTCTAGATATCTACTATCTCTGGATTTTTCA  400

seq1  ACTTGTCTAGCCACTGCTTTGCAGTGATCTCTGAGCCTTGAGATGAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCTAGCCACTGCTTTGCAGTGATCTCTGAGCCTTGAGATGAGGAA  450

seq1  GTATACAAATGCCTCATTAAGAACTTAGTATCTTTTATTCTGTAAACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACAAATGCCTCATTAAGAACTTAGTATCTTTTATTCTGTAAACATT  500

seq1  TTATTTATTGTGTTTGTGACTATATATATATATATATATACATATATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTGTGTTTGTGACTATATATATATATATATATACATATATATA  550

seq1  TATATATATGTATATATATATATATGCATGCACACACAGGTGTGTATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATGTATATATATATATATGCATGCACACACAGGTGTGTATGCA  600

seq1  TATATATTCACAGCATCACTTTTATGATATGTAAAAGTCGAATCAACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTCACAGCATCACTTTTATGATATGTAAAAGTCGAATCAACTCT  650

seq1  TTTATCAATAGGACTAAGTACATTTTAACACATATATAGCTTATTTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAATAGGACTAAGTACATTTTAACACATATATAGCTTATTTTAAT  700

seq1  TATAACAAACCAAATTTACATTAAACATCATTAACATCACAAAACATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAAACCAAATTTACATTAAACATCATTAACATCACAAAACATTCA  750

seq1  TCTTAATAAAAATAGTCACAAAAATTCTATAACAAAATGATTCA-TTTGA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTTAATAAAAATAGTCACAAAAATTCTATAACAAAATGATTCATTTTGA  800

seq1  TATCCGTTTAAAGCTCAAAAATAAGGAAATCTATATAATATATAGTTTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCGTTTAAAGCTCAAAAATAAGGAAATCTATATAATATATAGTTTAA  850

seq1  GGAAACACTTAACTTTAATTTACTTTGCATGTAAAATTGTTCTTAAAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACACTTAACTTTAATTTACTTTGCATGTAAAATTGTTCTTAAAACA  900

seq1  AAGGAAAAAGAAACAAACACAAAATCCAGGATGTCCAGAAGGAGTTAAAC  949
      |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  AAGG-AAAAGAAACAAACACAAAATCCA-GATGTCCAGAA-GAGTTAAAC  947

seq1  TACATGAAAGGGTGGAGCAGAAATATACTTGAACTTAGGTTGCAGCTATT  999
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||
seq2  TACATGAAA-GGTGGAGCAGAAATATACTTGAAC-TAG--TGCAGCTATT  993

seq1  TCATGTTTATAATTTTGAGTGGTGGCAGTTGAATTTGT--AGAGAAATAA  1047
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||
seq2  TCATGTTTATAA-TTTGAGTGGTGGCAGTTG-ATTTGTTAAGAGAATTAA  1041

seq1  AATTCCCAAGTGAGTGTGGAGATATAAGGGTACC  1081
         |||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ---TCCC-AGTGAGTGTGGAGATATAA-GGTACC  1070


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |