BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262I05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 144,122,948 - 144,289,992
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHs2st1, Sep15, LOC435761
Upstream geneEG668889, EG621809, LOC100039938, LOC100039952, Lmo4, LOC545572
Downstream geneSh3glb1, LOC668890, Clca1, Clca2, Clca4, EG622139, AI747448, Clca6, Clca3, Clca5, Odf2l, Col24a1, 2410019A14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262I05.bB6Ng01-262I05.g
ACCGA066908GA066909
length1,1531,163
definitionB6Ng01-262I05.b B6Ng01-262I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,288,836 - 144,289,992)(144,122,948 - 144,124,125)
sequence
gaattcaaacagggtaggatcctggaggcaggagctgatgcagaagccat
gaaggggtgctgcttactggcttgctcttcatggcttgctcagcccactt
tcttacagaattcaagaccaccagcccaggggctgtaccacctacagtgg
gctggaccctgccccatgacactaataagaaaatgccttatagctgggtc
ttatggaagcattttctcaattgaggctcctttgtctctgaggactctag
cttttgtccagttagcataaaaccagtaaatccccagactacaaagcagg
ctgatggtccagctgatgtaacaggctgaaggaactgagtacagagtcag
aattctgggaagagaaagtgagacaccttggtgatcaggttgcagaggga
gtttggaatgaaagcctgagggagagatggactctgccagatattaggat
gtctcccaagagctctataaatagagctctataaatgtttaaggctgatg
tgtttccggtgtgaaatggcatattgtaattgtttcattcattcattcat
tcattcattcattcattttgttcttctctgtgccagatacggtgctgggt
actaaggacagaacaaggggacactctgcagagatgtgtctttctggtcg
gcgagtgcttcatgagactgagaataaattggtaagattacccattatag
aagggtcaataggattctaagggaggaagacttctccaccttacaagatt
agaaagtagagacttaaatggagcgaagcagtttttgttgcttcagaacc
tatcatagccattaatagcctggaaacctttacctacctggggcttcatc
cctctgtatttattgattctatttgacactgcacacaatcacaccggaag
cacacacatatatttatatttcttatacaagtgtttctcagacagtgtta
ctctaagagaggccacagaccaacatacgttcacaaactgacagcaaagc
cagtgtttgtgtgacaaacttcccttgaaagacattctctctttgcccat
ctactgttgagaatgagaaacattctctgaaatcgactgtcgacatttca
gaagaatgtcgacactccactctggaaaggcacaagctctagggaactct
gca
gaattcagagtttcgacactctgattgaagcgtgctatcaagaaggatgg
ctcagaaggagtagttagatacagtacatgaaaataacacttttatggct
agcctggagcggatgctaaactatgacttctgtcaggttgtataactcca
gcagagctgggctagcaagtaatcacaacacacctctagggaaaacataa
gccgtggaggtggggggacatgatttatttacttgctgaatcagacctga
accaacactaaaggaaaaagccaagacagcaccatcgcaagaatgttggc
ctccattctcagtaagctcaactctacactgatatccgagatcacaaaag
aactcatttccagtatctgaaggagtaggagtagtcctgaatgccctggc
ctacttccaactctgtaattactatctattgagatgaagactattattag
tttgagtaattactatacaccaactcctactgataactttactttaaata
aatatttcttgtatagccacaggcatattttttgagtctaaaccagggag
aagattttctacactaaggggaaacgtgatgtgcagataaggagtaagga
gttggcctctggcacacagccctgggactgaggttcagatccgagctgct
gtggggggtgagttctaaatcactcaagagggggaggtaaagtctcatca
gccagagggtttactctgcttatagctgtagccatggcactggggacagc
tagggaccactaccaaaatctaggctggctgatttgcttatacactcatc
aagtaacaaaaatgtatcaagtaccttccatgccttggtcactattcaag
gcatgtgggcatgaggtatacagtggacaaacaatatgtctgccctttag
gggcttacactacatagaggaaaacaggtagaagcccaaactaatatgca
ggtaactgaataaactaatcagtacttaggagtgaatgtggtccaatact
tggaagttgtattttacttacacagatggctaagtcaggtccagagcctg
tcacctgacagaaacacaatcactagccatgaaaagcatggaagaagaat
tgcctctacaaattgttagacgatggttagaaggaacggcttgctggtga
tgagctcaaaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_144288836_144289992
seq2: B6Ng01-262I05.b_46_1198 (reverse)

seq1  TGCAGAGTTCCCCTGAGGCTGTGTGCCCTTTCAGAGTG--ATGTCGACA-  47
      ||||||||||||  || ||| |||||| || |||||||   |||||||| 
seq2  TGCAGAGTTCCCTAGA-GCT-TGTGCCTTTCCAGAGTGGAGTGTCGACAT  48

seq1  TCTTCTGGAATGTCGACAGTCTGATTTCAGAGAATGTTCTTCATTCTC-A  96
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |
seq2  TCTTCTGAAATGTCGACAGTC-GATTTCAGAGAATGTTTCTCATTCTCAA  97

seq1  CAGTAGATGGGGCAAAGAGAGAATGTCCTTTCCAGGGAAGGTTTTGTCAC  146
      |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||
seq2  CAGTAGAT-GGGCAAAGAGAGAATGT-CTTTCAAGGGAAG--TTTGTCAC  143

seq1  AC-AACACTGGCTTTGCTGTCAGTTTGTGAACGTATGTTGGTCTGTGGCC  195
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACTGGCTTTGCTGTCAGTTTGTGAACGTATGTTGGTCTGTGGCC  193

seq1  TCTTCTTAGAGTAACACTGTTCTGAGAAACACTTGTATAAGAAATATAAA  245
      || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-TCTTAGAGTAACACTG-TCTGAGAAACACTTGTATAAGAAATATAAA  241

seq1  TATATGTGTGTGCTTCCGGTGTGATTGTGTGCAGTGTCAAATAGAATCAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGTGTGCTTCCGGTGTGATTGTGTGCAGTGTCAAATAGAATCAA  291

seq1  TAAATACAGAGGGATGAAGCCCCAGGTAGGTAAAGGTTTCCAGGCTATTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACAGAGGGATGAAGCCCCAGGTAGGTAAAGGTTTCCAGGCTATTA  341

seq1  ATGGCTATGATAGGTTCTGAAGCAACAAAAACTGCTTCGCTCCATTTAAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTATGATAGGTTCTGAAGCAACAAAAACTGCTTCGCTCCATTTAAG  391

seq1  TCTCTACTTTCTAATCTTGTAAGGTGGAGAAGTCTTCCTCCCTTAGAATC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACTTTCTAATCTTGTAAGGTGGAGAAGTCTTCCTCCCTTAGAATC  441

seq1  CTATTGACCCTTCTATAATGGGTAATCTTACCAATTTATTCTCAGTCTCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGACCCTTCTATAATGGGTAATCTTACCAATTTATTCTCAGTCTCA  491

seq1  TGAAGCACTCGCCGACCAGAAAGACACATCTCTGCAGAGTGTCCCCTTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCACTCGCCGACCAGAAAGACACATCTCTGCAGAGTGTCCCCTTGT  541

seq1  TCTGTCCTTAGTACCCAGCACCGTATCTGGCACAGAGAAGAACAAAATGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTTAGTACCCAGCACCGTATCTGGCACAGAGAAGAACAAAATGA  591

seq1  ATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAACAATTACAATATGCCATTTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAACAATTACAATATGCCATTTC  641

seq1  ACACCGGAAACACATCAGCCTTAAACATTTATAGAGCTCTATTTATAGAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCGGAAACACATCAGCCTTAAACATTTATAGAGCTCTATTTATAGAG  691

seq1  CTCTTGGGAGACATCCTAATATCTGGCAGAGTCCATCTCTCCCTCAGGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGGAGACATCCTAATATCTGGCAGAGTCCATCTCTCCCTCAGGCT  741

seq1  TTCATTCCAAACTCCCTCTGCAACCTGATCACCAAGGTGTCTCACTTTCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCCAAACTCCCTCTGCAACCTGATCACCAAGGTGTCTCACTTTCT  791

seq1  CTTCCCAGAATTCTGACTCTGTACTCAGTTCCTTCAGCCTGTTACATCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCAGAATTCTGACTCTGTACTCAGTTCCTTCAGCCTGTTACATCAG  841

seq1  CTGGACCATCAGCCTGCTTTGTAGTCTGGGGATTTACTGGTTTTATGCTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACCATCAGCCTGCTTTGTAGTCTGGGGATTTACTGGTTTTATGCTA  891

seq1  ACTGGACAAAAGCTAGAGTCCTCAGAGACAAAGGAGCCTCAATTGAGAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACAAAAGCTAGAGTCCTCAGAGACAAAGGAGCCTCAATTGAGAAA  941

seq1  ATGCTTCCATAAGACCCAGCTATAAGGCATTTTCTTATTAGTGTCATGGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCATAAGACCCAGCTATAAGGCATTTTCTTATTAGTGTCATGGG  991

seq1  GCAGGGTCCAGCCCACTGTAGGTGGTACAGCCCCTGGGCTGGTGGTCTTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGTCCAGCCCACTGTAGGTGGTACAGCCCCTGGGCTGGTGGTCTTG  1041

seq1  AATTCTGTAAGAAAGTGGGCTGAGCAAGCCATGAAGAGCAAGCCAGTAAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGTAAGAAAGTGGGCTGAGCAAGCCATGAAGAGCAAGCCAGTAAG  1091

seq1  CAGCACCCCTTCATGGCTTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAGGATCCTACC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCCCTTCATGGCTTCTGCATCAGCTCCTGCCTCCAGGATCCTACC  1141

seq1  CTGTTTGAATTC  1157
      ||||||||||||
seq2  CTGTTTGAATTC  1153

seq1: chr3_144122948_144124125
seq2: B6Ng01-262I05.g_68_1230

seq1  GAATTCAGAGTTTCGACACTCTGATTGAAGCGTGCTATCAAGAAGGATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTTTCGACACTCTGATTGAAGCGTGCTATCAAGAAGGATGG  50

seq1  CTCAGAAGGAGTAGTTAGATACAGTACATGAAAATAACACTTTTATGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGGAGTAGTTAGATACAGTACATGAAAATAACACTTTTATGGCT  100

seq1  AGCCTGGAGCGGATGCTAAACTATGACTTCTGTCAGGTTGTATAACTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGAGCGGATGCTAAACTATGACTTCTGTCAGGTTGTATAACTCCA  150

seq1  GCAGAGCTGGGCTAGCAAGTAATCACAACACACCTCTAGGGAAAACATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCTGGGCTAGCAAGTAATCACAACACACCTCTAGGGAAAACATAA  200

seq1  GCCGTGGAGGTGGGGGGACATGATTTATTTACTTGCTGAATCAGACCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGGAGGTGGGGGGACATGATTTATTTACTTGCTGAATCAGACCTGA  250

seq1  ACCAACACTAAAGGAAAAAGCCAAGACAGCACCATCGCAAGAATGTTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACACTAAAGGAAAAAGCCAAGACAGCACCATCGCAAGAATGTTGGC  300

seq1  CTCCATTCTCAGTAAGCTCAACTCTACACTGATATCCGAGATCACAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTCTCAGTAAGCTCAACTCTACACTGATATCCGAGATCACAAAAG  350

seq1  AACTCATTTCCAGTATCTGAAGGAGTAGGAGTAGTCCTGAATGCCCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATTTCCAGTATCTGAAGGAGTAGGAGTAGTCCTGAATGCCCTGGC  400

seq1  CTACTTCCAACTCTGTAATTACTATCTATTGAGATGAAGACTATTATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCCAACTCTGTAATTACTATCTATTGAGATGAAGACTATTATTAG  450

seq1  TTTGAGTAATTACTATACACCAACTCCTACTGATAACTTTACTTTAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTAATTACTATACACCAACTCCTACTGATAACTTTACTTTAAATA  500

seq1  AATATTTCTTGTATAGCCACAGGCATATTTTTTGAGTCTAAACCAGGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCTTGTATAGCCACAGGCATATTTTTTGAGTCTAAACCAGGGAG  550

seq1  AAGATTTTCTACACTAAGGGGAAACGTGATGTGCAGATAAGGAGTAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTCTACACTAAGGGGAAACGTGATGTGCAGATAAGGAGTAAGGA  600

seq1  GTTGGCCTCTGGCACACAGCCCTGGGACTGAGGTTCAGATCCGAGCTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCTCTGGCACACAGCCCTGGGACTGAGGTTCAGATCCGAGCTGCT  650

seq1  GTGGGGGGTGAGTTCTAAATCACTCAAGAGGGGGAGGTAAAGTCTCATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGGTGAGTTCTAAATCACTCAAGAGGGGGAGGTAAAGTCTCATCA  700

seq1  GCCAGAGGGTTTACTCTGCTTATAGCTGTAGCCATGGCACTGGGGACAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGGTTTACTCTGCTTATAGCTGTAGCCATGGCACTGGGGACAGC  750

seq1  TAGGGACCACTACCAAAATCTAGGCTGGCTGATTTGCTTATACACTCATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACCACTACCAAAATCTAGGCTGGCTGATTTGCTTATACACTCATC  800

seq1  AAGTAACAAAAATGTATCAAGTACCTTCCATGCCTTGGTCACTATTCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAACAAAAATGTATCAAGTACCTTCCATGCCTTGGTCACTATTCAAG  850

seq1  GCATGT-GGCATGAGGTATACAGTGGACAAACAATATGTCTGCCCTTTAG  899
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGGGCATGAGGTATACAGTGGACAAACAATATGTCTGCCCTTTAG  900

seq1  GGGCTTACACTACAATAGAGGAAAACAGGGAGAAG-CCAAACTAATATGC  948
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GGGCTTACACTAC-ATAGAGGAAAACAGGTAGAAGCCCAAACTAATATGC  949

seq1  AAGGTAACTGAATAAACTAACCAGTAC-TAGGAGTG-ATGTGGTCCCAAT  996
       ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||||
seq2  -AGGTAACTGAATAAACTAATCAGTACTTAGGAGTGAATGTGGT-CCAAT  997

seq1  ACCTTGGAAGTGGTATTTAACTTAACACAGGATGGCTAGGCCAGGTCCAA  1046
      | ||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| | ||||||| |
seq2  A-CTTGGAAGTTGTATTTTACTT-ACACA-GATGGCTAAGTCAGGTCC-A  1043

seq1  GAGCCTGTCACTGAACAAGAAACACCAAACACATAG-CATGAAAACAATT  1095
      |||||||||||   || ||||||| ||| ||| ||| ||||||||  || 
seq2  GAGCCTGTCACCTGAC-AGAAACA-CAATCAC-TAGCCATGAAAAGCATG  1090

seq1  GAAGAAGAAATGCACTCTACAAAATGGTAAGAACAGATGTGTAGGAAGGA  1145
      ||||||||| ||| |||||| |||| || |||   |||| ||  ||||  
seq2  GAAGAAGAATTGC-CTCTAC-AAATTGTTAGA--CGATG-GTTAGAAG--  1133

seq1  GAACGGCTTGTCAGGGTTGATGAGCTCAAAGGC  1178
      |||||||||| | ||  ||||||||||||||||
seq2  GAACGGCTTG-CTGG--TGATGAGCTCAAAGGC  1163