BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263F02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,623,238 - 83,731,608
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC633522, Tlr2, D930015E06Rik
Upstream geneEG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2, 1700028M03Rik, LOC100042007, LOC100042091, Sfrp2
Downstream geneMnd1, Trim2, EG624713, 6330505N24Rik, Arfip1, EG667788, EG627369, Tigd4, Tmem154, LOC624889
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263F02.bB6Ng01-263F02.g
ACCGA067518GA067519
length1,1681,109
definitionB6Ng01-263F02.b B6Ng01-263F02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,623,238 - 83,624,398)(83,730,504 - 83,731,608)
sequence
gaattcctttgtcctctttccactggagctgggtggtacaatttgataaa
gagaactttatagtctccagttttaaaaaggaagataacaagaacagcaa
caaaaacgagttattgagcaaatgcataactaccctgtaaaatattatgg
tgttagtatttcccaagcacctgccatctcctacccaaccaaaatgccac
attcttacttccttctacattgctttttccatagactcaaatctaaagac
tgcatggatttggagattggatccttgttctatggcctttactatggaat
atggactttgctgagatctgctcagaccacatgacatctactctaggggt
aagtggggttttctttgtttgatttatttatttaaatggaggaggaagca
gccccatcttctacatcagtcccttcagcactgtcatggttctccagacc
cattgctccctggagtcacattctatcaagaactatttgttgttagttta
ttggaaaatacatccctagggccaacaagatggctcaatggataaaggca
cttgctgataagactaatgacatgactttagtatctggactccatatggt
ggaaggagtgaactgactcctgcaagttgtcttctgtccttcatatataa
gccagtgacatgtgcccatctactccaccacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacactaaataatttctaaatgagaaga
aaatgcattctttgtataaaagtacttgggaaatgtgatattttgtaaaa
tgtgttacttattcgcgttatcatgtctagcatattctaattgcccacat
ttaaggaattaattaaagatgagtcataagagaaaccacttaattctgac
tgaaacttcatctatggaataaaagtgacatttcaggagtcaggatatag
ctcaagagtaaagcacttgactaaacacatgtgaagcccctgagttgact
tcttaagtcatggaaggatataatctgttatttgatgctaacataaaaaa
catttttagaatcaacctccagggtaaatcctgtcatgagatagtccacc
attatggcagccacatgtaagtaggatttccaagtgataaatgtgctctg
aggttaccctccgtaact
gaattcagtcgtgtgtgtgtgtcctttagctgtccacataacagtccatc
tttagccagcatggtgtccattaacaaaatgataagaactactctgtacc
actgcatcaataagaatctgactagttagatgtaagttggggtgtgattt
ttggagtttctatttctggggtcatcccataaggcagtatttcttctgaa
atacaatcactatgaaaacgtcttaattcacttagttttattattttgtc
aagtttgttagcatctgggttgaccactccatttcatgtcttggtgaatg
gccatcaccccaatgccagtttgttagaaagctgaactggctttggtgat
gggtggttggagagtgatgtcactcaccccttctgctgccaggtggcatt
ttagtctgtgagaggcaggagatgccacacttggaagaggttgttgctgg
ctaggagtagtgccaggtaagttgagtttctctctgttgacgtaggcctg
gagtgatgctgctgtgtttcccttccctgtaggaataacttgactgtcgt
tgacatggttggtgtggaaggatttggagcacaagagctcttgaaagtgg
gaggaagacttcctggtgcaggaggctctctccgatttaaggtgcctgag
tccaccctgatggattgtcatcgacgtgagttcacaggcttggcactgca
gcatgggcttctacattcattggataacttagagttctctggagtgattg
aattaaggattgatatagaaaccatagatcgagttagattgtgttaactt
tacagttacctttgaagttgtttgactctttcccaaactcccaatataaa
atatgcttttcatttatttccagaggtttgatatcatatctgaactgtgt
ctagtacttgttgatgttaaagcaaaagtgtatgtaaccttgggatgggt
ggggacatagcttgtattccagggacctgggcagtacaagcaggaagttc
agtataaaggcaatctctggctactacatagtcagtgtgaagcagcctgg
gaatacatgagaccttctttacctcatccctgtcccagtgtaggtgaagt
tccagggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83623238_83624398
seq2: B6Ng01-263F02.b_45_1212

seq1  GAATTCCTTTGTCCTCTTTCCACTGGAGCTGGGTGGTACAATTTGATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGTCCTCTTTCCACTGGAGCTGGGTGGTACAATTTGATAAA  50

seq1  GAGAACTTTATAGTCTCCAGTTTTAAAAAGGAAGATAACAAGAACAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTTTATAGTCTCCAGTTTTAAAAAGGAAGATAACAAGAACAGCAA  100

seq1  CAAAAACGAGTTATTGAGCAAATGCATAACTACCCTGTAAAATATTATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACGAGTTATTGAGCAAATGCATAACTACCCTGTAAAATATTATGG  150

seq1  TGTTAGTATTTCCCAAGCACCTGCCATCTCCTACCCAACCAAAATGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTATTTCCCAAGCACCTGCCATCTCCTACCCAACCAAAATGCCAC  200

seq1  ATTCTTACTTCCTTCTACATTGCTTTTTCCATAGACTCAAATCTAAAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTACTTCCTTCTACATTGCTTTTTCCATAGACTCAAATCTAAAGAC  250

seq1  TGCATGGATTTGGAGATTGGATCCTTGTTCTATGGCCTTTACTATGGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGATTTGGAGATTGGATCCTTGTTCTATGGCCTTTACTATGGAAT  300

seq1  ATGGACTTTGCTGAGATCTGCTCAGACCACATGACATCTACTCTAGGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTTTGCTGAGATCTGCTCAGACCACATGACATCTACTCTAGGGGT  350

seq1  AAGTGGGGTTTTCTTTGTTTGATTTATTTATTTAAATGGAGGAGGAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGGTTTTCTTTGTTTGATTTATTTATTTAAATGGAGGAGGAAGCA  400

seq1  GCCCCATCTTCTACATCAGTCCCTTCAGCACTGTCATGGTTCTCCAGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATCTTCTACATCAGTCCCTTCAGCACTGTCATGGTTCTCCAGACC  450

seq1  CATTGCTCCCTGGAGTCACATTCTATCAAGAACTATTTGTTGTTAGTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTCCCTGGAGTCACATTCTATCAAGAACTATTTGTTGTTAGTTTA  500

seq1  TTGGAAAATACATCCCTAGGGCCAACAAGATGGCTCAATGGATAAAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAATACATCCCTAGGGCCAACAAGATGGCTCAATGGATAAAGGCA  550

seq1  CTTGCTGATAAGACTAATGACATGACTTTAGTATCTGGACTCCATATGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGATAAGACTAATGACATGACTTTAGTATCTGGACTCCATATGGT  600

seq1  GGAAGGAGTGAACTGACTCCTGCAAGTTGTCTTCTGTCCTTCATATATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAGTGAACTGACTCCTGCAAGTTGTCTTCTGTCCTTCATATATAA  650

seq1  GCCAGTGACATGTGCCCATCTACTCCACCACACACACACACACACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTGACATGTGCCCATCTACTCCACCACACACACACACACACACACA  700

seq1  CACACACACACACACACACACACACACTAAATAATTTCTAAATGAGAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACTAAATAATTTCTAAATGAGAAGA  750

seq1  AAATGCATTCTTTGTATAAAAGTACTTGGGAAATGTGATATTTTGTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATTCTTTGTATAAAAGTACTTGGGAAATGTGATATTTTGTAAAA  800

seq1  TGTGTTACTTATTCGCGTTATCATGTCTAGCATATTCTAATTGCCAACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTGTTACTTATTCGCGTTATCATGTCTAGCATATTCTAATTGCCCACAT  850

seq1  TTAAGGAATTAATTAAAGATGAGTCATAAGAGAAACCACTTAATTCTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAATTAATTAAAGATGAGTCATAAGAGAAACCACTTAATTCTGAC  900

seq1  TGAAACTTCATCTAATGGAATAAAAGTGACATTTCAGGAGTCAGGATATA  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTCATCT-ATGGAATAAAAGTGACATTTCAGGAGTCAGGATATA  949

seq1  GCTCAAGAGTAAAGCACTTGACT-AACACATGTGAAG-CCCTGAGTTGAC  998
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTCAAGAGTAAAGCACTTGACTAAACACATGTGAAGCCCCTGAGTTGAC  999

seq1  TTCTT-AGTCATGGAAGGATATAATCTG-TATTTGATGCT-ACAT-AAAA  1044
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||
seq2  TTCTTAAGTCATGGAAGGATATAATCTGTTATTTGATGCTAACATAAAAA  1049

seq1  ACA-TTTTAGAATCAAC--TCAGGGT-AATCTTGTCATGGAGATTAGT-C  1089
      ||| |||||||||||||   |||||| |||| |||||| |||| |||| |
seq2  ACATTTTTAGAATCAACCTCCAGGGTAAATCCTGTCAT-GAGA-TAGTCC  1097

seq1  ACCATTAT-GCAG-CACATGAAAAAGTAGAAATATAAAAAGTGATAAATG  1137
      |||||||| |||| ||||||   |||||| |   |   ||||||||||||
seq2  ACCATTATGGCAGCCACATG--TAAGTAGGA--TTTCCAAGTGATAAATG  1143

seq1  TGCTCTGAGTGTA-CCTCCGTAACT  1161
      |||||||||  || |||||||||||
seq2  TGCTCTGAGGTTACCCTCCGTAACT  1168

seq1: chr3_83730504_83731608
seq2: B6Ng01-263F02.g_69_1177 (reverse)

seq1  GACCCTGGAACTTTCACTTACACTGGACCAGGGATGAGGT-AAGAGGGTC  49
      ||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| |||| ||||
seq2  GACCCTGGAAC-TTCACCTACACTGGGACAGGGATGAGGTAAAGAAGGTC  49

seq1  TCATGTA-TCCCAGGCTGGCTTCACACTTGCTATGTAGTAGCCAGAGA-T  97
      ||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |
seq2  TCATGTATTCCCAGGCT-GCTTCACACTGACTATGTAGTAGCCAGAGATT  98

seq1  GGCTTTAAACTGAACTTCCTGCCTGTACTGCCCAGGTCCTGGGATTAC-A  146
      | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||| |
seq2  GCCTTTATACTGAACTTCCTGCTTGTACTGCCCAGGTCCCTGGAATACAA  148

seq1  GCTATGTCCC--ACCATCCCAGGGTTTACATACACTTTTGCTTTAACATC  194
      ||||||||||   |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTCCCCACCCATCCCAAGG-TTACATACACTTTTGCTTTAACATC  197

seq1  -ACAGTTACTAGACACAGTTCAGATATGATATCAAACCTCTGGAAATAAA  243
       |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTACTAGACACAGTTCAGATATGATATCAAACCTCTGGAAATAAA  247

seq1  TG-AAAGCATATTTTATATTGGGAGTTTTGGGAAAGAGTCAAACAACTTC  292
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGCATATTTTATATTGGGAG-TTTGGGAAAGAGTCAAACAACTTC  296

seq1  AAAGGTAACTGTAAAGTTAACACAATCTAACTCGATCTATGGTTTCTATA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAACTGTAAAGTTAACACAATCTAACTCGATCTATGGTTTCTATA  346

seq1  TCAATCCTTAATTCAATCACTCCAGAGAACTCTAAGTTATCCAATGAATG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCCTTAATTCAATCACTCCAGAGAACTCTAAGTTATCCAATGAATG  396

seq1  TAGAAGCCCATGCTGCAGTGCCAAGCCTGTGAACTCACGTCGATGACAAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCCCATGCTGCAGTGCCAAGCCTGTGAACTCACGTCGATGACAAT  446

seq1  CCATCAGGGTGGACTCAGGCACCTTAAATCGGAGAGAGCCTCCTGCACCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGGGTGGACTCAGGCACCTTAAATCGGAGAGAGCCTCCTGCACCA  496

seq1  GGAAGTCTTCCTCCCACTTTCAAGAGCTCTTGTGCTCCAAATCCTTCCAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCTTCCTCCCACTTTCAAGAGCTCTTGTGCTCCAAATCCTTCCAC  546

seq1  ACCAACCATGTCAACGACAGTCAAGTTATTCCTACAGGGAAGGGAAACAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCATGTCAACGACAGTCAAGTTATTCCTACAGGGAAGGGAAACAC  596

seq1  AGCAGCATCACTCCAGGCCTACGTCAACAGAGAGAAACTCAACTTACCTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCATCACTCCAGGCCTACGTCAACAGAGAGAAACTCAACTTACCTG  646

seq1  GCACTACTCCTAGCCAGCAACAACCTCTTCCAAGTGTGGCATCTCCTGCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTACTCCTAGCCAGCAACAACCTCTTCCAAGTGTGGCATCTCCTGCC  696

seq1  TCTCACAGACTAAAATGCCACCTGGCAGCAGAAGGGGTGAGTGACATCAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAGACTAAAATGCCACCTGGCAGCAGAAGGGGTGAGTGACATCAC  746

seq1  TCTCCAACCACCCATCACCAAAGCCAGTTCAGCTTTCTAACAAACTGGCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAACCACCCATCACCAAAGCCAGTTCAGCTTTCTAACAAACTGGCA  796

seq1  TTGGGGTGATGGCCATTCACCAAGACATGAAATGGAGTGGTCAACCCAGA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTGATGGCCATTCACCAAGACATGAAATGGAGTGGTCAACCCAGA  846

seq1  TGCTAACAAACTTGACAAAATAATAAAACTAAGTGAATTAAGACGTTTTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAACAAACTTGACAAAATAATAAAACTAAGTGAATTAAGACGTTTTC  896

seq1  ATAGTGATTGTATTTCAGAAGAAATACTGCCTTATGGGATGACCCCAGAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGATTGTATTTCAGAAGAAATACTGCCTTATGGGATGACCCCAGAA  946

seq1  ATAGAAACTCCAAAAATCACACCCCAACTTACATCTAACTAGTCAGATTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAACTCCAAAAATCACACCCCAACTTACATCTAACTAGTCAGATTC  996

seq1  TTATTGATGCAGTGGTACAGAGTAGTTCTTATCATTTTGTTAATGGACAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATGCAGTGGTACAGAGTAGTTCTTATCATTTTGTTAATGGACAC  1046

seq1  CATGCTGGCTAAAGATGGACTGTTATGTGGACAGCTAAAGGACACACACA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGGCTAAAGATGGACTGTTATGTGGACAGCTAAAGGACACACACA  1096

seq1  CACGACTGAATTC  1105
      |||||||||||||
seq2  CACGACTGAATTC  1109