BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269I22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 126,874,642 - 127,071,649
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneArsj, Camk2d, Ank2, LOC100043749
Downstream geneLOC100043361, LOC100043364, Larp7, 4930422G04Rik, Neurog2, Alpk1, T2bp, BC002199, 5730508B09Rik, LOC100043382, EG668828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269I22.bB6Ng01-269I22.g
ACCGA072121GA072122
length1,1011,094
definitionB6Ng01-269I22.b B6Ng01-269I22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,070,547 - 127,071,649)(126,874,642 - 126,875,727)
sequence
gaattcccacattttattgagatttcacaagtttccttctgtgactggtt
tctggtgtcattccaccttgcatgaataataataaactttgggtggtttc
gctcctttgaatttgtcaaggtttggtggtggctcaatcaagaacttgga
gaatgtccctagttttaattttgaatattttgaacactgtgaggtatggt
ccaccgaacagaaacttaggcctggagtggtcagggaggcttagcactgt
ggataggagatgaatgtggttacaaatacctaagatctccaccaagtagg
gtcagaaaaatcataggtttaaagcagcccagtctacatactgagaacct
gtgtcccaaatataataagaaggagaacaggtactaagatgaacattttt
tttttgagacagagccttattatatagctctgcttacttgaagctctctt
atatagacccggctggtctaaaattcagagacccatttgcctctacctct
ggagtactaggactaaaggtgtgtgctaactcagcctcataacgtgaaca
cataatggttgctttgatcatactatggaatgaaattaatcagcaaggag
actgggagttttaggagaaatagctaattacattatctgctgcatttaca
ggggacaaaacgattattatacttaataattcagcagacatttatttgtt
ggaagccactctagcatgtggatggaagggctgcgagaagcagagagccc
agtttaatttagacctcaaggttgactgtgaccttacaatgtagacaagg
gtgacattaaactccttacttccctgcctctgtacctccaagggctgact
acagactgtactacacacctggctctagaactttctgtgccttacagcag
tttacttccttgaatacatgtaatttaagaaatgttttgcagatgagaat
tgtagtttggaaaaaccctaaaaggcagttatacactaagcgccagcctc
ttcctgggattacacggggaaatcactgtgtctcttctgtgaaatgggag
tcttacttggaattctatgagcctggaaacatgctaattagaaacagtgt
a
gaattcaatagataatgaaccagaaaaggggcaaggtaagacacatatgt
cattgtttgtctaaaaagaggacaatgccacacccgtaaacagtagaaaa
ctctcaaacatcaggtgtttctatcaggatcttgatctcaatcatcacta
actaactagcaagaagatctagggatgggtactatatcaaccaaactgct
gtaatttgttttgagacagggtctcatgtatctcaggctggcctggaact
cacaacatagcctagaatgatcatgaacttgtattcctcctgtctgtatc
ccctgagtgctgacactgtaagagtgcacagccgtgcctaatcttacatg
gctggagatctaacctggggctttctgtatgctaggtaagccctctacca
actgaactacatccttaggcctgaaataatgttattttttaaaatattta
tctttttaataatgttcccttttcatcatccttctactaattgatcaaaa
cagttttgatttcattatgaaatgaggagcttcttcatacaatggggagt
cttgactttgaagtttgcatctcaacttgagccctatgttgggagtattt
cctgtcctttgtgagcttcaatttcttttaccattaatggtgataatgtc
tactaacagaagcgacatgctttgtatatgtgataagtactcagcaagta
ggaactacaacaattattgtttgaggggaaaatatacatacatatatgta
tgtatacatatacatctagagcgagcgagcgagcaagagagagagagaaa
gagagagagagacttatagagacataaaaggggggaaagccccaccatga
aatgggccagcaacatgatagaatcatggtccaaaatagtttgtattaga
aactgcttgactgttagtccaggctgctttaaactatcccaggtaattga
gtaaacccaccataactttgcccttcatagtaatgtgaaaggagtcttac
agcagggggaacctaaaatgagaaagcaaactatcaagccctgacaagag
aagctctagatacacagcacaattcagggctcagaacagagatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_127070547_127071649
seq2: B6Ng01-269I22.b_46_1146 (reverse)

seq1  TACACTGTTCTAAATTAGCATGTTTCAAAGCTCATAGAAATTCCAAGTAG  50
      |||||||||   |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| 
seq2  TACACTGTTTCTAATTAGCATGTTTCCAGGCTCATAG-AATTCCAAGTAA  49

seq1  GACTCCCAATTTCACAGAAGAGACACAGTGATTATCCCCGTGGTAAATCC  100
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||
seq2  GACTCCC-ATTTCACAGAAGAGACACAGTGATT-TCCCCGTG--TAATCC  95

seq1  CAGGAAGAGGCTTGGCGCTTAGTGTATAAACTGCCTTTTAGG--TTTTTC  148
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |
seq2  CAGGAAGAGGC-TGGCGCTTAGTGTAT-AACTGCCTTTTAGGGTTTTTCC  143

seq1  AAACTACAA-TCTCATCTGCAAAACA-TTCTT-AATTACATGTATTCAAG  195
      ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  AAACTACAATTCTCATCTGCAAAACATTTCTTAAATTACATGTATTCAAG  193

seq1  GAAGTAAACTGCTGTAAGGCACAGAAAGTTCTAGAGCCAGGTGTGTAGTA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAAACTGCTGTAAGGCACAGAAAGTTCTAGAGCCAGGTGTGTAGTA  243

seq1  CAGTCTGTAGTCAGCCCTTGGAGGTACAGAGGCAGGGAAGTAAGGAGTTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGTAGTCAGCCCTTGGAGGTACAGAGGCAGGGAAGTAAGGAGTTT  293

seq1  AATGTCACCCTTGTCTACATTGTAAGGTCACAGTCAACCTTGAGGTCTAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCACCCTTGTCTACATTGTAAGGTCACAGTCAACCTTGAGGTCTAA  343

seq1  ATTAAACTGGGCTCTCTGCTTCTCGCAGCCCTTCCATCCACATGCTAGAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACTGGGCTCTCTGCTTCTCGCAGCCCTTCCATCCACATGCTAGAG  393

seq1  TGGCTTCCAACAAATAAATGTCTGCTGAATTATTAAGTATAATAATCGTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCAACAAATAAATGTCTGCTGAATTATTAAGTATAATAATCGTT  443

seq1  TTGTCCCCTGTAAATGCAGCAGATAATGTAATTAGCTATTTCTCCTAAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCCTGTAAATGCAGCAGATAATGTAATTAGCTATTTCTCCTAAAA  493

seq1  CTCCCAGTCTCCTTGCTGATTAATTTCATTCCATAGTATGATCAAAGCAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTCTCCTTGCTGATTAATTTCATTCCATAGTATGATCAAAGCAA  543

seq1  CCATTATGTGTTCACGTTATGAGGCTGAGTTAGCACACACCTTTAGTCCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTATGTGTTCACGTTATGAGGCTGAGTTAGCACACACCTTTAGTCCT  593

seq1  AGTACTCCAGAGGTAGAGGCAAATGGGTCTCTGAATTTTAGACCAGCCGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCCAGAGGTAGAGGCAAATGGGTCTCTGAATTTTAGACCAGCCGG  643

seq1  GTCTATATAAGAGAGCTTCAAGTAAGCAGAGCTATATAATAAGGCTCTGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATATAAGAGAGCTTCAAGTAAGCAGAGCTATATAATAAGGCTCTGT  693

seq1  CTCAAAAAAAAAATGTTCATCTTAGTACCTGTTCTCCTTCTTATTATATT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAAAAAAATGTTCATCTTAGTACCTGTTCTCCTTCTTATTATATT  743

seq1  TGGGACACAGGTTCTCAGTATGTAGACTGGGCTGCTTTAAACCTATGATT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACACAGGTTCTCAGTATGTAGACTGGGCTGCTTTAAACCTATGATT  793

seq1  TTTCTGACCCTACTTGGTGGAGATCTTAGGTATTTGTAACCACATTCATC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACCCTACTTGGTGGAGATCTTAGGTATTTGTAACCACATTCATC  843

seq1  TCCTATCCACAGTGCTAAGCCTCCCTGACCACTCCAGGCCTAAGTTTCTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCCACAGTGCTAAGCCTCCCTGACCACTCCAGGCCTAAGTTTCTG  893

seq1  TTCGGTGGACCATACCTCACAGTGTTCAAAATATTCAAAATTAAAACTAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGTGGACCATACCTCACAGTGTTCAAAATATTCAAAATTAAAACTAG  943

seq1  GGACATTCTCCAAGTTCTTGATTGAGCCACCACCAAACCTTGACAAATTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTCTCCAAGTTCTTGATTGAGCCACCACCAAACCTTGACAAATTC  993

seq1  AAAGGAGCGAAACCACCCAAAGTTTATTATTATTCATGCAAGGTGGAATG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGCGAAACCACCCAAAGTTTATTATTATTCATGCAAGGTGGAATG  1043

seq1  ACACCAGAAACCAGTCACAGAAGGAAACTTGTGAAATCTCAATAAAATGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGAAACCAGTCACAGAAGGAAACTTGTGAAATCTCAATAAAATGT  1093

seq1  GGGAATTC  1103
      ||||||||
seq2  GGGAATTC  1101

seq1: chr3_126874642_126875727
seq2: B6Ng01-269I22.g_67_1160

seq1  GAATTCAATAGATAATGAACCAGAAAAGGGGCAAGGTAAGACACATATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAGATAATGAACCAGAAAAGGGGCAAGGTAAGACACATATGT  50

seq1  CATTGTTTGTCTAAAAAGAGGACAATGCCACACCCGTAAACAGTAGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTGTCTAAAAAGAGGACAATGCCACACCCGTAAACAGTAGAAAA  100

seq1  CTCTCAAACATCAGGTGTTTCTATCAGGATCTTGATCTCAATCATCACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAAACATCAGGTGTTTCTATCAGGATCTTGATCTCAATCATCACTA  150

seq1  ACTAACTAGCAAGAAGATCTAGGGATGGGTACTATATCAACCAAACTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTAGCAAGAAGATCTAGGGATGGGTACTATATCAACCAAACTGCT  200

seq1  GTAATTTGTTTTGAGACAGGGTCTCATGTATCTCAGGCTGGCCTGGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTGTTTTGAGACAGGGTCTCATGTATCTCAGGCTGGCCTGGAACT  250

seq1  CACAACATAGCCTAGAATGATCATGAACTTGTATTCCTCCTGTCTGTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACATAGCCTAGAATGATCATGAACTTGTATTCCTCCTGTCTGTATC  300

seq1  CCCTGAGTGCTGACACTGTAAGAGTGCACAGCCGTGCCTAATCTTACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGTGCTGACACTGTAAGAGTGCACAGCCGTGCCTAATCTTACATG  350

seq1  GCTGGAGATCTAACCTGGGGCTTTCTGTATGCTAGGTAAGCCCTCTACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGATCTAACCTGGGGCTTTCTGTATGCTAGGTAAGCCCTCTACCA  400

seq1  ACTGAACTACATCCTTAGGCCTGAAATAATGTTATTTTTTAAAATATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAACTACATCCTTAGGCCTGAAATAATGTTATTTTTTAAAATATTTA  450

seq1  TCTTTTTAATAATGTTCCCTTTTCATCATCCTTCTACTAATTGATCAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTAATAATGTTCCCTTTTCATCATCCTTCTACTAATTGATCAAAA  500

seq1  CAGTTTTGATTTCATTATGAAATGAGGAGCTTCTTCATACAATGGGGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTGATTTCATTATGAAATGAGGAGCTTCTTCATACAATGGGGAGT  550

seq1  CTTGACTTTGAAGTTTGCATCTCAACTTGAGCCCTATGTTGGGAGTATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTTTGAAGTTTGCATCTCAACTTGAGCCCTATGTTGGGAGTATTT  600

seq1  CCTGTCCTTTGTGAGCTTCAATTTCTTTTACCATTAATGGTGATAATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCTTTGTGAGCTTCAATTTCTTTTACCATTAATGGTGATAATGTC  650

seq1  TACTAACAGAAGCGACATGCTTTGTATATGTGATAAGTACTCAGCAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAACAGAAGCGACATGCTTTGTATATGTGATAAGTACTCAGCAAGTA  700

seq1  GGAACTACAACAATTATTGTTTGAGGGGAAAATATACATACATATATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTACAACAATTATTGTTTGAGGGGAAAATATACATACATATATGTA  750

seq1  TGTATACATATACATCTAGAGCGAGCGAGCGAGCAAGAGAGAGAGAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACATATACATCTAGAGCGAGCGAGCGAGCAAGAGAGAGAGAGAAA  800

seq1  GAGAGAGAGAGAC-TATAGAGACATAAAAGGGGGGAAAG-CCCACCATG-  847
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  GAGAGAGAGAGACTTATAGAGACATAAAAGGGGGGAAAGCCCCACCATGA  850

seq1  AATGGGCCAGCAACATGATAGAATCATGGTCCAAAATAGTTTGTA-TAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AATGGGCCAGCAACATGATAGAATCATGGTCCAAAATAGTTTGTATTAGA  900

seq1  AACTGC-TGACTGTTAGTC--AGCTGCTTTAAACTATCC--AGTAA-TGA  940
      |||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||   |||| |||
seq2  AACTGCTTGACTGTTAGTCCAGGCTGCTTTAAACTATCCCAGGTAATTGA  950

seq1  GTAAACCCACCATAACCTTGCCC-TCATAGTATGGTGGAAGGAGTCTTAC  989
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||| ||||||||||||
seq2  GTAAACCCACCATAACTTTGCCCTTCATAGTAATGTGAAAGGAGTCTTAC  1000

seq1  AGCAGGGGGAACAT-AAATGAGAAAGCAAACTAACCAGCCCTGACAAAGT  1038
      |||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||||| ||| 
seq2  AGCAGGGGGAACCTAAAATGAGAAAGCAAACTATCAAGCCCTGAC-AAGA  1049

seq1  AGAGCTCCTAAGATACACAGCACA--TCAGGGGCTCCAGAACCAGAGATT  1086
        |||||   ||||||||||||||  ||| ||||| ||||| ||||||||
seq2  GAAGCTC--TAGATACACAGCACAATTCA-GGGCT-CAGAA-CAGAGATT  1094