BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271M08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 28,576,521 - 28,682,379
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc2a2, EG624446, Eif5a2
Upstream geneFndc3b, E030011K20Rik, Pld1, Tnik
Downstream geneRpl22l1, Gm1527, 6130401L20Rik, LOC100040676
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271M08.bB6Ng01-271M08.g
ACCGA073765GA073766
length1,1201,158
definitionB6Ng01-271M08.b B6Ng01-271M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,576,521 - 28,577,655)(28,681,218 - 28,682,379)
sequence
gaattccatttgggtcttaggtgttttatgaccatgtttgtatataggga
atatgctaataatcatggtttagttcattctcataaagccatcttaatca
catccacatgtaagcagactcaaaaacgataacctttttactttgttggc
cagttcctatgccacctggaggcaactacgacctgattagagcatagctg
ctcactctatgtatgtgtggataagcaaggtgcttgtttatcagttgctt
gtgctacatgcagtcagccccacactgtatgctgaggtagaagtgtaaga
cccctgagactgaggagacctccactcaagtcccggaatgagctgacacc
ccaataacttgagagaaaaccacacctgatgcaaactgcaagaggcttca
ttgtcagctagctgaggacgaactccttcacagaagctgccgatgaagaa
attagccctgactacctccgttccccctctctaaaagccccagtcactta
gatagctgagatgggtaaggcaagagacaggaagctattatctgagataa
caacggaaggatagactaatttttgacagaggaatgaagaaactttgatg
gaactcaagagaagtgtgaggttttttttttttggagagacataaatacc
tattcacccaagataaggcactagagcaacagaccaaaaaaatgattcca
ccaaagtctagtttagggcacaagagagtttattggggttacttacagga
gcatagatgattcacaggtacttaaatcagtaaaaacaaaacaaaacaaa
acaaaacaccataaaacaaacaagaaaaataaaacaccacacccccaaga
ggtcagtgcataaccagcagtttggcaggttacagagtttttcctcatag
caatcgttactgggtatataatcaaagggagctcttataaaagttataaa
tttgggaacttcctaatcccttgtaaatttgtgtatttctggtgtctaac
aagcttcccaccagagagatttcataatggaggagaatgtatacaacaaa
gatatgagctttgagaaatgacctcccccagctttaacagaaaacaaaaa
gagtctctaactagcagaaa

gaattcaggtgtatttgtttaactagtgttgactgagtacctactatgca
caacatctacagccaatgaactaagaagaatgaaaataggattctgatat
aggaaatgtgaagcaaaacaatagtacttgctgttatgcacagctactta
tgggcgcacactctctcattcaacccacatgtccccctggtttgttcgga
aaggcagaggtttagagaagacacacactttgtaaaagaccatctagcta
gaaagtaccagaaccagattcaaacctggatttgatctccaacacaggat
agccaggcacaaagatgcaacctacaatctcagcattcacaggcagaggc
ccgagtgtccgagactgaagatcatccttgaatagtgagttcaaggccag
cctgagacctatgatctcctacttcacaacagaaaaaggcacagaatatt
aacaacaacaacaacagaactaaacaaagcactatttctctaatctgtaa
gataagtggagtctagtaactggtaaggaatatactctataaaactactc
tcaagtcttgtcaaactactactaaagagggtgtttatacacttctgaaa
tgctgttaaagaaatcagtacttacttgataatcgtttctcttaatattt
ggaacatccatgttgtgagtagaaggacaaatgtcttcatattttttgcc
agtgaaaatgtcaattccaacaaggtgtacctgacagaggagagaaccac
aggaaacatgtttaatctctgtcagctatgtcactccctacacagcagca
caatcccagctctgactgtaatggagcctttcacctcttccaaggtcatc
ttactttctttaaaaaaagttgcagtgacacagaacgagattcagtaagt
acccaaaacccgaacagtttcatggcatcaaaactcaacacaccacacac
gtcagcaagtcaatttaacaagagtccaacagaaagtgaaaaccaagtct
ctaagaattagaagaaacaggctttgtttctactaaacacgattaaaaaa
gttttaagttttcagtaatgaaacattctaaggtccgaataatggagagc
ttactgaaaagttatgtctgaccatcaagaaactgaggaagaaaaaaagt
tatttttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_28576521_28577655
seq2: B6Ng01-271M08.b_44_1163

seq1  GAATTCCATTTGGGTCTTAGGTGTTTTATGACCATGTTTGTATATAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTTGGGTCTTAGGTGTTTTATGACCATGTTTGTATATAGGGA  50

seq1  ATATGCTAATAATCATGGTTTAGTTCATTCTCATAAAGCCATCTTAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTAATAATCATGGTTTAGTTCATTCTCATAAAGCCATCTTAATCA  100

seq1  CATCCACATGTAAGCAGACTCAAAAACGATAACCTTTTTACTTTGTTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACATGTAAGCAGACTCAAAAACGATAACCTTTTTACTTTGTTGGC  150

seq1  CAGTTCCTATGCCACCTGGAGGCAACTACGACCTGATTAGAGCATAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCTATGCCACCTGGAGGCAACTACGACCTGATTAGAGCATAGCTG  200

seq1  CTCACTCTATGTATGTGTGGATAAGCAAGGTGCTTGTTTATCAGTTGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCTATGTATGTGTGGATAAGCAAGGTGCTTGTTTATCAGTTGCTT  250

seq1  GTGCTACATGCAGTCAGCCCCACACTGTATGCTGAGGTAGAAGTGTAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTACATGCAGTCAGCCCCACACTGTATGCTGAGGTAGAAGTGTAAGA  300

seq1  CCCCTGAGACTGAGGAGACCTCCACTCAAGTCCCGGAATGAGCTGACACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGAGACTGAGGAGACCTCCACTCAAGTCCCGGAATGAGCTGACACC  350

seq1  CCAATAACTTGAGAGAAAACCACACCTGATGCAAACTGCAAGAGGCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAACTTGAGAGAAAACCACACCTGATGCAAACTGCAAGAGGCTTCA  400

seq1  TTGTCAGCTAGCTGAGGACGAACTCCTTCACAGAAGCTGCCGATGAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGCTAGCTGAGGACGAACTCCTTCACAGAAGCTGCCGATGAAGAA  450

seq1  ATTAGCCCTGACTACCTCCGTTCCCCCTCTCTAAAAGCCCCAGTCACTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCCTGACTACCTCCGTTCCCCCTCTCTAAAAGCCCCAGTCACTTA  500

seq1  GATAGCTGAGATGGGTAAGGCAAGAGACAGGAAGCTATTATCTGAGATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTGAGATGGGTAAGGCAAGAGACAGGAAGCTATTATCTGAGATAA  550

seq1  CAACGGAAGGATAGACTAATTTTTGACAGAGGAATGAAGAAACTTTGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGAAGGATAGACTAATTTTTGACAGAGGAATGAAGAAACTTTGATG  600

seq1  GAACTCAAGAGAAGTGTGAGGTTTTTTTTTTTTGGAGAGACATAAATACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAAGAGAAGTGTGAGGTTTTTTTTTTTTGGAGAGACATAAATACC  650

seq1  TATTCACCCAAGATAAGGCACTAGAGCAACAGACCAAAAAAATGATTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACCCAAGATAAGGCACTAGAGCAACAGACCAAAAAAATGATTCCA  700

seq1  CCAAAGTCTAGTTTAGGGCACAAGAGAGTTTATTGGGGTTACTTACAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTCTAGTTTAGGGCACAAGAGAGTTTATTGGGGTTACTTACAGGA  750

seq1  GCATAGATGATTCACAGGTACTTAAATCAGTAAAAACAAAACAAAACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGATGATTCACAGGTACTTAAATCAGTAAAAACAAAACAAAACAAA  800

seq1  ACAAAACACCATAAAACAAACAAGAAAAATAAAACACCACACCCCCAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACACCATAAAACAAACAAGAAAAATAAAACACCACACCCCCAAGA  850

seq1  GGTCAGTGCATAACCAGCAGTTTGGCAGGTTACAGAGTTTTTCCTCATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGTGCATAACCAGCAGTTTGGCAGGTTACAGAGTTTTTCCTCATAG  900

seq1  CAATCGTTACTGGTTATATAATCAAAGGGGAGCTCTTATAAAAGTTATAA  950
      ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  CAATCGTTACTGGGTATATAATCAAA-GGGAGCTCTTATAAAAGTTAT-A  948

seq1  AATTTGGGAACTTCCTAAT-CCTTGTAAATTTTGTGTATTTCTGGTGTCT  999
      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  AATTTGGGAACTTCCTAATCCCTTGTAAA-TTTGTGTATTTCTGGTGTC-  996

seq1  TAACAAGCTTCCCACCAGAGAGAATTTTCAATATGGAGGAGATGTTATAC  1049
      |||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||   |||||
seq2  TAACAAGCTTCCCACCAGAGAGA--TTTCATAATGGAGGAGAATGTATAC  1044

seq1  AACAAAGATTATGGAAGCTTTGAAGAAATGACCTCCCCCAGCCTTTTAAC  1099
      |||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||
seq2  AACAAAGA-TATG--AGCTTTG-AGAAATGACCTCCCCCAGC--TTTAAC  1088

seq1  AGAAAACAAAAAGGAAGTCTCTTAACTAGCCAGAAA  1135
      |||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||
seq2  AGAAAACAAAAAG--AGTCTC-TAACTAG-CAGAAA  1120


seq1: chr3_28681218_28682379
seq2: B6Ng01-271M08.g_65_1222 (reverse)

seq1  GAAAAATAACTTTTTTTCCTTCCCCTCAGTCTCTTGAATGGTCAGACATT  50
      |||||||||||||||||| |   ||||||| ||||| |||||||||||| 
seq2  GAAAAATAACTTTTTTTCTT---CCTCAGTTTCTTG-ATGGTCAGACATA  46

seq1  AC-TCTCAGTAAAGCTCTCCATTTAATCGGACCCTTAGAATGTTTCATTA  99
      || | ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| 
seq2  ACTTTTCAGT-AAGCTCTCCA-TTATTCGGA-CCTTAGAATGTTTCATT-  92

seq1  ACTGGAAAC-TAAAACTTTTTTAAATCCGTGTTTAGTAGAAAC-AAGCCT  147
      |||| |||| ||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTGAAAACTTAAAACTTTTTTAA--TCGTGTTTAGTAGAAACAAAGCCT  140

seq1  G-TTCTTCTAATTCTAAGAGACTTGGTTTTCACTTTCTG-TGGACTCTTG  195
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTTTCTTCTAATTCTTAGAGACTTGGTTTTCACTTTCTGTTGGACTCTTG  190

seq1  TT-AATTGACTTGCTGACGTGTGTGGTGTGTTGAGTTTTGATGCCATGAA  244
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTGACTTGCTGACGTGTGTGGTGTGTTGAGTTTTGATGCCATGAA  240

seq1  ACTGTTCGGGTTTTGGGTACTTACTGAATCTCGTTCTGTGTCACTGCAAC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCGGGTTTTGGGTACTTACTGAATCTCGTTCTGTGTCACTGCAAC  290

seq1  TTTTTTTAAAGAAAGTAAGATGACCTTGGAAGAGGTGAAAGGCTCCATTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAAAGAAAGTAAGATGACCTTGGAAGAGGTGAAAGGCTCCATTA  340

seq1  CAGTCAGAGCTGGGATTGTGCTGCTGTGTAGGGAGTGACATAGCTGACAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGAGCTGGGATTGTGCTGCTGTGTAGGGAGTGACATAGCTGACAG  390

seq1  AGATTAAACATGTTTCCTGTGGTTCTCTCCTCTGTCAGGTACACCTTGTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAACATGTTTCCTGTGGTTCTCTCCTCTGTCAGGTACACCTTGTT  440

seq1  GGAATTGACATTTTCACTGGCAAAAAATATGAAGACATTTGTCCTTCTAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGACATTTTCACTGGCAAAAAATATGAAGACATTTGTCCTTCTAC  490

seq1  TCACAACATGGATGTTCCAAATATTAAGAGAAACGATTATCAAGTAAGTA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACATGGATGTTCCAAATATTAAGAGAAACGATTATCAAGTAAGTA  540

seq1  CTGATTTCTTTAACAGCATTTCAGAAGTGTATAAACACCCTCTTTAGTAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTCTTTAACAGCATTTCAGAAGTGTATAAACACCCTCTTTAGTAG  590

seq1  TAGTTTGACAAGACTTGAGAGTAGTTTTATAGAGTATATTCCTTACCAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGACAAGACTTGAGAGTAGTTTTATAGAGTATATTCCTTACCAGT  640

seq1  TACTAGACTCCACTTATCTTACAGATTAGAGAAATAGTGCTTTGTTTAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGACTCCACTTATCTTACAGATTAGAGAAATAGTGCTTTGTTTAGT  690

seq1  TCTGTTGTTGTTGTTGTTAATATTCTGTGCCTTTTTCTGTTGTGAAGTAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGTTGTTGTTGTTAATATTCTGTGCCTTTTTCTGTTGTGAAGTAG  740

seq1  GAGATCATAGGTCTCAGGCTGGCCTTGAACTCACTATTCAAGGATGATCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCATAGGTCTCAGGCTGGCCTTGAACTCACTATTCAAGGATGATCT  790

seq1  TCAGTCTCGGACACTCGGGCCTCTGCCTGTGAATGCTGAGATTGTAGGTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTCGGACACTCGGGCCTCTGCCTGTGAATGCTGAGATTGTAGGTT  840

seq1  GCATCTTTGTGCCTGGCTATCCTGTGTTGGAGATCAAATCCAGGTTTGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTTTGTGCCTGGCTATCCTGTGTTGGAGATCAAATCCAGGTTTGAA  890

seq1  TCTGGTTCTGGTACTTTCTAGCTAGATGGTCTTTTACAAAGTGTGTGTCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTCTGGTACTTTCTAGCTAGATGGTCTTTTACAAAGTGTGTGTCT  940

seq1  TCTCTAAACCTCTGCCTTTCCGAACAAACCAGGGGGACATGTGGGTTGAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAACCTCTGCCTTTCCGAACAAACCAGGGGGACATGTGGGTTGAA  990

seq1  TGAGAGAGTGTGCGCCCATAAGTAGCTGTGCATAACAGCAAGTACTATTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAGTGTGCGCCCATAAGTAGCTGTGCATAACAGCAAGTACTATTG  1040

seq1  TTTTGCTTCACATTTCCTATATCAGAATCCTATTTTCATTCTTCTTAGTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTCACATTTCCTATATCAGAATCCTATTTTCATTCTTCTTAGTT  1090

seq1  CATTGGCTGTAGATGTTGTGCATAGTAGGTACTCAGTCAACACTAGTTAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCTGTAGATGTTGTGCATAGTAGGTACTCAGTCAACACTAGTTAA  1140

seq1  ACAAATACACCTGAATTC  1162
      ||||||||||||||||||
seq2  ACAAATACACCTGAATTC  1158


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |