BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273P19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 156,347,379 - 156,531,890
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNegr1, LOC100041152, LOC668853
Upstream geneEG668902, LOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik
Downstream geneLOC546818, Zranb2, Ptger3, LOC433686
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273P19.bB6Ng01-273P19.g
ACCGA075410GA075411
length1,0911,088
definitionB6Ng01-273P19.b B6Ng01-273P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,530,798 - 156,531,890)(156,347,379 - 156,348,475)
sequence
gaattccttgcagctattttgcattccctcccctctcttctataaagcac
acctgggatgggaaatgcactgtgtgttgtctgtctacataagtttggat
tgctctattcctacatctctgttgtcaaactacataatgtcagaatataa
tcaaacattacaaaattttacagaaactcattttaaaagaattattggta
tgactataactttatcagtttaaagactaaaaaattatatagtctttagt
gttaactcaaagtcaataaaatataggttacatactagtaatataaaagt
atatttctactgcatattttctattccaggacatagagtgtcttcacctt
ttgtcagagttggctgatattctgattttgattatattgtcctcttcaca
taagtacttagtagaaaatggaaacatatacttgtattatttctgaggat
tctctccaaatagcaagatgatattcatcagtaacagcactgttaaaata
aaatattctaacagctcagtccaatgatgcactaatttaacagttatatt
ctgaagcacaagggtgggaaatctcacactcagtagtactgatctgagca
gcatgtgggcagctcatggggtacaaagtgctgggttgtgtgcaatgaag
ccatatgatatagcaccggtaggcagtgtcaaataccttgggttcattat
gtgaattgttctagaactacattttgtcattgcatagtcagaaacatttt
gcaaagtttcctcaacccccacattcatttacctgactccagatgggaag
tggtactctgcccaggaagttaggcttataagaactaacaacaacacatg
tgttccccttgtggatagtgatcagtacatttagaattttaacagagctt
ttttttaatatcagagcttttgttggtatttaaattttttacaaattaag
ttttgaatgggaatatatgatcactgcatttacagagaaaaaaatttatg
aaagaaaaatgtcagctattgatataatcctcctgttctatctcacttat
aggaaactaagcctaatatatccctacttcagaaacataca

gaattcatagtcattggagttgtcagaacaactaaaagggtcagtagctt
ataagaggcaaagacttagaagaaatgccaactgaggactgaagtcttag
tgtaagactcctcaacagaaaagtgatagcacacggctttgtagcagagg
cttcccaaaccaccaaatcagggggtctctaggcacccatctaaggtgtt
taataaagaaactcatatacaaattacattagcattttcctgacataaca
gaaaaagtgctgtaccccattatgcccttacatatggtttacatagagct
aaagaatgctgcatttggtgggaacaagcttctatgtgtccaacagttta
atccttcattgtttttatcaacagctcaaacagcgtcattaattcagagg
gaatatttaaggtttgggtctgggttcagatctttccacatgattaatca
gttctcccccaaaccccactgccctctccctctcagcacagagaaggaaa
gggtgatctgaggctaggtcaccaactgcctgtctactgtataagaaagt
ggaattgtctcagagtaaaatgggaaacactggatagttaagattaagag
agactgtctggattactagttattctggactggattgtgaggacaccctg
tgaagacatggtggaggaaaggaatcagctgtggtaataatggccactgt
cacttggtgactttgtttttgttgaggctcccctaggtcactctctgtga
ggttaatatcttgattcattttgacattggttcttgctctatgatgaaaa
ctggttaaattctaagtatatgttcaaggcaaataaattatacacttagg
ttgttgtatctcaaccctcatcagagacgctcctttttgtagtaattggt
gtctaatacagagacccacaaatgtgcagacatgaaaggctatgagtgct
aagctctaaatggcacatgcacacactcattcatttgagtatgtgtgtat
gtgcatatgtgtatttataccaactcgcccacccccctacccccccaact
ccctggaggagtgatgcctacagagctgtattgccaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_156530798_156531890
seq2: B6Ng01-273P19.b_47_1137 (reverse)

seq1  TGTATGTTTCTGAAAGTAGGATTATATTAGGCCTTAGTTTTCTATAAGTG  50
      |||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TGTATGTTTCTG-AAGTAGGGATATATTAGG-CTTAGTTTCCTATAAGTG  48

seq1  AGATAGAACAGGAGGATTTATATCAATAGCTGACATTTTTCTTTCATAAA  100
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAACAGGAGGA-TTATATCAATAGCTGACATTTTTCTTTCATAAA  97

seq1  TTTTTTTCTTCTGTAAATGCAGTGATCATATATTCCCATTCAAAACTTAA  150
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTC-TCTGTAAATGCAGTGATCATATATTCCCATTCAAAACTTAA  146

seq1  TTTGT-AAAAATTTAAATACCAACAAAAGCTCTGATATT-AAAAAAAGCT  198
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTGTAAAAAATTTAAATACCAACAAAAGCTCTGATATTAAAAAAAAGCT  196

seq1  CTGTTAAAATTCTAAATGTACTGATCACTATCCACAAGGGGAACACATGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAAAATTCTAAATGTACTGATCACTATCCACAAGGGGAACACATGT  246

seq1  GTTGTTGTTAGTTCTTATAAGCCTAACTTCCTGGGCAGAGTACCACTTCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTTAGTTCTTATAAGCCTAACTTCCTGGGCAGAGTACCACTTCC  296

seq1  CATCTGGAGTCAGGTAAATGAATGTGGGGGTTGAGGAAACTTTGCAAAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGAGTCAGGTAAATGAATGTGGGGGTTGAGGAAACTTTGCAAAAT  346

seq1  GTTTCTGACTATGCAATGACAAAATGTAGTTCTAGAACAATTCACATAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGACTATGCAATGACAAAATGTAGTTCTAGAACAATTCACATAAT  396

seq1  GAACCCAAGGTATTTGACACTGCCTACCGGTGCTATATCATATGGCTTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCAAGGTATTTGACACTGCCTACCGGTGCTATATCATATGGCTTCA  446

seq1  TTGCACACAACCCAGCACTTTGTACCCCATGAGCTGCCCACATGCTGCTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACACAACCCAGCACTTTGTACCCCATGAGCTGCCCACATGCTGCTC  496

seq1  AGATCAGTACTACTGAGTGTGAGATTTCCCACCCTTGTGCTTCAGAATAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGTACTACTGAGTGTGAGATTTCCCACCCTTGTGCTTCAGAATAT  546

seq1  AACTGTTAAATTAGTGCATCATTGGACTGAGCTGTTAGAATATTTTATTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTAAATTAGTGCATCATTGGACTGAGCTGTTAGAATATTTTATTT  596

seq1  TAACAGTGCTGTTACTGATGAATATCATCTTGCTATTTGGAGAGAATCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGCTGTTACTGATGAATATCATCTTGCTATTTGGAGAGAATCCT  646

seq1  CAGAAATAATACAAGTATATGTTTCCATTTTCTACTAAGTACTTATGTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATAATACAAGTATATGTTTCCATTTTCTACTAAGTACTTATGTGA  696

seq1  AGAGGACAATATAATCAAAATCAGAATATCAGCCAACTCTGACAAAAGGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACAATATAATCAAAATCAGAATATCAGCCAACTCTGACAAAAGGT  746

seq1  GAAGACACTCTATGTCCTGGAATAGAAAATATGCAGTAGAAATATACTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACACTCTATGTCCTGGAATAGAAAATATGCAGTAGAAATATACTTT  796

seq1  TATATTACTAGTATGTAACCTATATTTTATTGACTTTGAGTTAACACTAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTACTAGTATGTAACCTATATTTTATTGACTTTGAGTTAACACTAA  846

seq1  AGACTATATAATTTTTTAGTCTTTAAACTGATAAAGTTATAGTCATACCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATATAATTTTTTAGTCTTTAAACTGATAAAGTTATAGTCATACCA  896

seq1  ATAATTCTTTTAAAATGAGTTTCTGTAAAATTTTGTAATGTTTGATTATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCTTTTAAAATGAGTTTCTGTAAAATTTTGTAATGTTTGATTATA  946

seq1  TTCTGACATTATGTAGTTTGACAACAGAGATGTAGGAATAGAGCAATCCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACATTATGTAGTTTGACAACAGAGATGTAGGAATAGAGCAATCCA  996

seq1  AACTTATGTAGACAGACAACACACAGTGCATTTCCCATCCCAGGTGTGCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATGTAGACAGACAACACACAGTGCATTTCCCATCCCAGGTGTGCT  1046

seq1  TTATAGAAGAGAGGGGAGGGAATGCAAAATAGCTGCAAGGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAAGAGAGGGGAGGGAATGCAAAATAGCTGCAAGGAATTC  1091


seq1: chr3_156347379_156348475
seq2: B6Ng01-273P19.g_67_1154

seq1  GAATTCATAGTCATTGGAGTTGTCAGAACAACTAAAAGGGTCAGTAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGTCATTGGAGTTGTCAGAACAACTAAAAGGGTCAGTAGCTT  50

seq1  ATAAGAGGCAAAGACTTAGAAGAAATGCCAACTGAGGACTGAAGTCTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGGCAAAGACTTAGAAGAAATGCCAACTGAGGACTGAAGTCTTAG  100

seq1  TGTAAGACTCCTCAACAGAAAAGTGATAGCACACGGCTTTGTAGCAGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGACTCCTCAACAGAAAAGTGATAGCACACGGCTTTGTAGCAGAGG  150

seq1  CTTCCCAAACCACCAAATCAGGGGGTCTCTAGGCACCCATCTAAGGTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCAAACCACCAAATCAGGGGGTCTCTAGGCACCCATCTAAGGTGTT  200

seq1  TAATAAAGAAACTCATATACAAATTACATTAGCATTTTCCTGACATAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGAAACTCATATACAAATTACATTAGCATTTTCCTGACATAACA  250

seq1  GAAAAAGTGCTGTACCCCATTATGCCCTTACATATGGTTTACATAGAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGTGCTGTACCCCATTATGCCCTTACATATGGTTTACATAGAGCT  300

seq1  AAAGAATGCTGCATTTGGTGGGAACAAGCTTCTATGTGTCCAACAGTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGCTGCATTTGGTGGGAACAAGCTTCTATGTGTCCAACAGTTTA  350

seq1  ATCCTTCATTGTTTTTATCAACAGCTCAAACAGCGTCATTAATTCAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCATTGTTTTTATCAACAGCTCAAACAGCGTCATTAATTCAGAGG  400

seq1  GAATATTTAAGGTTTGGGTCTGGGTTCAGATCTTTCCACATGATTAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTAAGGTTTGGGTCTGGGTTCAGATCTTTCCACATGATTAATCA  450

seq1  GTTCTCCCCCAAACCCCACTGCCCTCTCCCTCTCAGCACAGAGAAGGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCCCCAAACCCCACTGCCCTCTCCCTCTCAGCACAGAGAAGGAAA  500

seq1  GGGTGATCTGAGGCTAGGTCACCAACTGCCTGTCTACTGTATAAGAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGATCTGAGGCTAGGTCACCAACTGCCTGTCTACTGTATAAGAAAGT  550

seq1  GGAATTGTCTCAGAGTAAAATGGGAAACACTGGATAGTTAAGATTAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGTCTCAGAGTAAAATGGGAAACACTGGATAGTTAAGATTAAGAG  600

seq1  AGACTGTCTGGATTACTAGTTATTCTGGACTGGATTGTGAGGACACCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTCTGGATTACTAGTTATTCTGGACTGGATTGTGAGGACACCCTG  650

seq1  TGAAGACATGGTGGAGGAAAGGAATCAGCTGTGGTAATAATGGCCACTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACATGGTGGAGGAAAGGAATCAGCTGTGGTAATAATGGCCACTGT  700

seq1  CACTTGGTGACTTTGTTTTTGTTGAGGCTCCCCTAGGTCACTCTCTGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGTGACTTTGTTTTTGTTGAGGCTCCCCTAGGTCACTCTCTGTGA  750

seq1  GGTTAATATCTTGATTCATTTTGACATTGGTTCTTGCTCTATGATGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATATCTTGATTCATTTTGACATTGGTTCTTGCTCTATGATGAAAA  800

seq1  CTGGTTAAATTCTAAGTATATGTTCAAGGCAAATAAATTATACACTTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTAAATTCTAAGTATATGTTCAAGGCAAATAAATTATACACTTAGG  850

seq1  TTGTTGTATCTCAACCCTCATCAGAGACGCTCCTTTTTGTAGTAATTGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTATCTCAACCCTCATCAGAGACGCTCCTTTTTGTAGTAATTGGT  900

seq1  GTCTAATACAGAGACCCACAAATGTGCAGACAATGAAAGGCTATTGAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  GTCTAATACAGAGACCCACAAATGTGCAGAC-ATGAAAGGCTA-TGAGTG  948

seq1  CTAAGCTCTAAATGGCACATGCACACACTCATTCATTTGAGTATGTGTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCTCTAAATGGCACATGCACACACTCATTCATTTGAGTATGTGTGT  998

seq1  ATGTGCATATGTGTATTTATACCAACTCCGCCCACCCCCCTACCCCCCCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTGCATATGTGTATTTATACCAACT-CGCCCACCCCCCTA-CCCCCCC  1046

seq1  ACCCCCCCTGAGGAGGTGGATGCCTACAAGGAAGCTGTATTGCCAAC  1097
      | | |||  ||||||   ||||||||||    |||||||||||||||
seq2  AACTCCCTGGAGGAG--TGATGCCTACA---GAGCTGTATTGCCAAC  1088


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |