BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274P13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 65,531,339 - 65,702,946
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4933425M15Rik, LOC670110, Kcnab1, Ssr3, EG433604, EG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866
Downstream geneCcnl1, LOC625048, Veph1, Tpi-rs2, Ptx3, LOC625115
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274P13.bB6Ng01-274P13.g
ACCGA076133GA076134
length1,173757
definitionB6Ng01-274P13.b B6Ng01-274P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,531,339 - 65,532,527)(65,702,190 - 65,702,946)
sequence
gaattcagcagttatatactggtctaataacataagctacaatacatctg
ttttaagttatagtcaaaagtctaactgctcttgttaagcatatgaattt
gtttaaaatttttctcagtggctgggtaataatgttagatcatcctccct
caaataataattacaaatactaaacaaaaatactcaacattgctgagaga
ctggaaccaagcacagacaggtggaatcgtcgaacattaaagatggttac
cccgtgaaaaatgccagtctgaaaaggcagcatggtgtatcacattcatg
tgactgttggaaagggagaagtagaaaacagtgcacttctgtgactgaga
ggggttaggagcaaggatgaataaacacatgatacacagaggaatttaaa
gatatggaaagtattctctaagatgtgtagtggcacactcacatcattat
gcatttgctaaaacttatagaacatacaacaccacgtgtgacgtctaata
taaatggtgagctctggctaaaaataaaatgtcccagttgattgtcttga
agtggatataccctgtggtacaggctgtcagtgagaggaggctggggtgg
tctggggcaggaggcatgcaagaactctctgcttttcccttacttttact
gtgaacctaaaactgctgtaaagaatgctaagattattttaaatattgaa
aagaatatggaacgtgattcattcctttccttttttattttttaaaggcc
aataggctcaggtcaggatactgtttattttgaataaaagcaaaaggtat
gaaagacaaatgtgttcttttaaacctgaggatgagaggacagagatgaa
aggtggccccggcctctgggaagaggcaggggcagagacagtggggacag
caggttccgcatgggatgaatgcgttcccgaatcctttggctgccctctg
gagtgcatgtatacaagtaagactgagcagcccattggagacaaagtgat
gatacttaacagacaccttcccctggacagcctttatagtgtgaatgtag
ctatattacctgctcataaacagaagcagatctaaatctaaaccaactaa
caccaaacatcctgataccttaaaaaaattatgtcatgagatacctgaat
tctgtacatttgtgtgcctgggc

gaattctgaaggatgaatccccagctgtggctctcacaagggatagtaag
tacagcaaggctgagcaaaacatttccctgtagggacggcaatgctttgt
tacttgagtttctttttttctggggtcacagctgtctggctacttcttcc
catcatactccgacttacacctttggccgacagggacacagctatactcc
ctggtaaaagaaagcccttgtgggactgcatatctcacccagggctgagt
gaggccagggccacaggtacctgccagctctctgactctgtgtccactgt
ggagtcttctaatccctgtctcttccaggcatccattgtgaaaccctgcc
ttctgaactcagagaatggtggctcaggaggcagttcacgtgaattatgc
ttcacctacggaccctgacaagtccaataaaggcaagggacctgtgtaaa
acgaacaagtagctggagctgacctcagcaggacaaaggggactttatgg
aatgagctctaatttaataattgccccacccacctcggggcattaaccct
gtaggcaactcaagctgacaaatctaaacacatccgagctgcagaacaaa
ggagatgcccctcggaggtatggattaaagttgacacacaacagttgcta
ccagtgcccgggtacccagcaaaggtacctgtctgcttctttccttttag
tgaagtctcacccttcctgctctagtcccactttttttggtggtgggggt
gggaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_65531339_65532527
seq2: B6Ng01-274P13.b_42_1214

seq1  GAATTCAGCAGTTATATACTGGTCTAATAACATAAGCTACAATACATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGTTATATACTGGTCTAATAACATAAGCTACAATACATCTG  50

seq1  TTTTAAGTTATAGTCAAAAGTCTAACTGCTCTTGTTAAGCATATGAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGTTATAGTCAAAAGTCTAACTGCTCTTGTTAAGCATATGAATTT  100

seq1  GTTTAAAATTTTTCTCAGTGGCTGGGTAATAATGTTAGATCATCCTCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAATTTTTCTCAGTGGCTGGGTAATAATGTTAGATCATCCTCCCT  150

seq1  CAAATAATAATTACAAATACTAAACAAAAATACTCAACATTGCTGAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAATAATTACAAATACTAAACAAAAATACTCAACATTGCTGAGAGA  200

seq1  CTGGAACCAAGCACAGACAGGTGGAATCGTCGAACATTAAAGATGGTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAACCAAGCACAGACAGGTGGAATCGTCGAACATTAAAGATGGTTAC  250

seq1  CCCGTGAAAAATGCCAGTCTGAAAAGGCAGCATGGTGTATCACATTCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTGAAAAATGCCAGTCTGAAAAGGCAGCATGGTGTATCACATTCATG  300

seq1  TGACTGTTGGAAAGGGAGAAGTAGAAAACAGTGCACTTCTGTGACTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTTGGAAAGGGAGAAGTAGAAAACAGTGCACTTCTGTGACTGAGA  350

seq1  GGGGTTAGGAGCAAGGATGAATAAACACATGATACACAGAGGAATTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTAGGAGCAAGGATGAATAAACACATGATACACAGAGGAATTTAAA  400

seq1  GATATGGAAAGTATTCTCTAAGATGTGTAGTGGCACACTCACATCATTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGAAAGTATTCTCTAAGATGTGTAGTGGCACACTCACATCATTAT  450

seq1  GCATTTGCTAAAACTTATAGAACATACAACACCACGTGTGACGTCTAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGCTAAAACTTATAGAACATACAACACCACGTGTGACGTCTAATA  500

seq1  TAAATGGTGAGCTCTGGCTAAAAATAAAATGTCCCAGTTGATTGTCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGTGAGCTCTGGCTAAAAATAAAATGTCCCAGTTGATTGTCTTGA  550

seq1  AGTGGATATACCCTGTGGTACAGGCTGTCAGTGAGAGGAGGCTGGGGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATATACCCTGTGGTACAGGCTGTCAGTGAGAGGAGGCTGGGGTGG  600

seq1  TCTGGGGCAGGAGGCATGCAAGAACTCTCTGCTTTTCCCTTACTTTTACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGCAGGAGGCATGCAAGAACTCTCTGCTTTTCCCTTACTTTTACT  650

seq1  GTGAACCTAAAACTGCTGTAAAGAATGCTAAGATTATTTTAAATATTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACCTAAAACTGCTGTAAAGAATGCTAAGATTATTTTAAATATTGAA  700

seq1  AAGAATATGGAACGTGATTCATTCCTTTCCTTTTTTATTTTTTAAAGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATGGAACGTGATTCATTCCTTTCCTTTTTTATTTTTTAAAGGCC  750

seq1  AATAGGCTCAGGTCAGGATACTGTTTATTTTGAATAAAAGCAAAAGGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGCTCAGGTCAGGATACTGTTTATTTTGAATAAAAGCAAAAGGTAT  800

seq1  GAAAGACAAATGTGTTCTTTTAAACCTGAGGATGAGAGGACAGAGATG-A  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAAAGACAAATGTGTTCTTTTAAACCTGAGGATGAGAGGACAGAGATGAA  850

seq1  AGGTGGCCCCGGCCTCTGGGAAGAGGCAGGGGCAGAGACAGTGGGGACAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCCCCGGCCTCTGGGAAGAGGCAGGGGCAGAGACAGTGGGGACAG  900

seq1  CAGGTTCCGCATGGGATGAATGCGTT-CCGAATCC-TTGGCTGCCCTCTG  947
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  CAGGTTCCGCATGGGATGAATGCGTTCCCGAATCCTTTGGCTGCCCTCTG  950

seq1  GAGTGCATGTATACAAGTAAGACTGAGCAGCCCATTGGAGACAAAAGTGA  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGTGCATGTATACAAGTAAGACTGAGCAGCCCATTGGAGAC-AAAGTGA  999

seq1  TGATACTTAACAGACACC-TCCCCTGGGAACAGCCTTTATAGTGTGAATG  1046
      |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTTAACAGACACCTTCCCCTGG--ACAGCCTTTATAGTGTGAATG  1047

seq1  TAGCTATATTACCTGCTCATTAAACCAGAGCAGAACCAAAACCAAAACAA  1096
      ||||||||||||||||||| |||||   |||||| | ||| | ||| |||
seq2  TAGCTATATTACCTGCTCA-TAAACAGAAGCAGATCTAAATCTAAACCAA  1096

seq1  CAAACAAACAAAACACCCTTAAATAACTAAAAAAAAAAATTATGTGCATG  1146
      | |||  || ||||| |||   ||| ||    ||||||||||||| ||||
seq2  CTAAC--ACCAAACATCCT--GATACCT---TAAAAAAATTATGT-CATG  1138

seq1  AAGGATTTACTCTGAATATCTGGCACCATTTGTGTGCCTGGGC  1189
      |  ||  ||| |||||| ||||    |||||||||||||||||
seq2  A--GA--TAC-CTGAAT-TCTG--TACATTTGTGTGCCTGGGC  1173


seq1: chr3_65702190_65702946
seq2: B6Ng01-274P13.g_67_823 (reverse)

seq1  TCTTCCCACCCCCACCACCAAAAAAAGTGGGACTAGAGCAGGAAGGGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCACCCCCACCACCAAAAAAAGTGGGACTAGAGCAGGAAGGGTGA  50

seq1  GACTTCACTAAAAGGAAAGAAGCAGACAGGTACCTTTGCTGGGTACCCGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCACTAAAAGGAAAGAAGCAGACAGGTACCTTTGCTGGGTACCCGG  100

seq1  GCACTGGTAGCAACTGTTGTGTGTCAACTTTAATCCATACCTCCGAGGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGTAGCAACTGTTGTGTGTCAACTTTAATCCATACCTCCGAGGGG  150

seq1  CATCTCCTTTGTTCTGCAGCTCGGATGTGTTTAGATTTGTCAGCTTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCTTTGTTCTGCAGCTCGGATGTGTTTAGATTTGTCAGCTTGAGT  200

seq1  TGCCTACAGGGTTAATGCCCCGAGGTGGGTGGGGCAATTATTAAATTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACAGGGTTAATGCCCCGAGGTGGGTGGGGCAATTATTAAATTAGA  250

seq1  GCTCATTCCATAAAGTCCCCTTTGTCCTGCTGAGGTCAGCTCCAGCTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTCCATAAAGTCCCCTTTGTCCTGCTGAGGTCAGCTCCAGCTACT  300

seq1  TGTTCGTTTTACACAGGTCCCTTGCCTTTATTGGACTTGTCAGGGTCCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGTTTTACACAGGTCCCTTGCCTTTATTGGACTTGTCAGGGTCCGT  350

seq1  AGGTGAAGCATAATTCACGTGAACTGCCTCCTGAGCCACCATTCTCTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAAGCATAATTCACGTGAACTGCCTCCTGAGCCACCATTCTCTGAG  400

seq1  TTCAGAAGGCAGGGTTTCACAATGGATGCCTGGAAGAGACAGGGATTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAGGCAGGGTTTCACAATGGATGCCTGGAAGAGACAGGGATTAGA  450

seq1  AGACTCCACAGTGGACACAGAGTCAGAGAGCTGGCAGGTACCTGTGGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCACAGTGGACACAGAGTCAGAGAGCTGGCAGGTACCTGTGGCCC  500

seq1  TGGCCTCACTCAGCCCTGGGTGAGATATGCAGTCCCACAAGGGCTTTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCACTCAGCCCTGGGTGAGATATGCAGTCCCACAAGGGCTTTCTT  550

seq1  TTACCAGGGAGTATAGCTGTGTCCCTGTCGGCCAAAGGTGTAAGTCGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGGGAGTATAGCTGTGTCCCTGTCGGCCAAAGGTGTAAGTCGGAG  600

seq1  TATGATGGGAAGAAGTAGCCAGACAGCTGTGACCCCAGAAAAAAAGAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGGGAAGAAGTAGCCAGACAGCTGTGACCCCAGAAAAAAAGAAAC  650

seq1  TCAAGTAACAAAGCATTGCCGTCCCTACAGGGAAATGTTTTGCTCAGCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAACAAAGCATTGCCGTCCCTACAGGGAAATGTTTTGCTCAGCCT  700

seq1  TGCTGTACTTACTATCCCTTGTGAGAGCCACAGCTGGGGATTCATCCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTACTTACTATCCCTTGTGAGAGCCACAGCTGGGGATTCATCCTTC  750

seq1  AGAATTC  757
      |||||||
seq2  AGAATTC  757


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |