BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277C21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,135,276 - 118,272,533
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream gene4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneLOC100043275
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277C21.bB6Ng01-277C21.g
ACCGA077766GA077767
length1,211377
definitionB6Ng01-277C21.b B6Ng01-277C21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,135,276 - 118,136,462)(118,272,133 - 118,272,533)
sequence
gaattcatgttggtttttctacttgtaagtgatgtgtcaggaaaaggatg
agttggtctacctggagaagtgttatatcaaaaaataataatgagagcag
gtacatcctaagtaccttaaattacaaccaggtcagtcagagatgagttg
tggtggtgggagagactgttacataattactccttgatggagagctattt
gcacttacataatttcagaaatcatgtctgttgccatctttccatgttcc
tcccctccactcacacagatgtactttcatgtatttgaaagtaaagcaag
aaaccaattgagaactttctaatggagctgcagcatgtcttgggtggtgg
cgttccactggtccattttatttagtgaacaatacccccctcatttattg
gtatatccactctagggtcttaagacaaagctgctcaagtaagagctatg
tagatcaccaaagaatgggggatttttctcttaatgtcaaaattagtcac
tttgagaatgagtttttattgggtttccttcttaaaattatttacttagg
gcagagcttcaaagggctttctgtcaaggtgttctcaaccctgcacagtg
atgtattcatagtgagtactgaaagggtgggctgagaaattaaacaccct
ggcagttctaaatgacccttaaaccctagaagctcaaccagcttgtcaac
ttagtgagttcagagtatggaaaatgggtttaattattttgtgcctcgaa
gctgtttccctccctttaaaaaccattatgttgtacatagctctagggcc
ttcaatggggagatgcctatgtttgcaaatctataagtatttgatttcaa
gtaataaattgaatgactgcttattttctgtgagaacatgcatttccaaa
acacactgttgaaaattccatcaatgcatgaccctatcttgatctgagat
tcacttcttcctaaagccagccaggcaaatacattgtaaatatttgtgtg
ctaactatgcatgttcttctaacagggtctgcctcgctggcatgaacact
tcaatcaaagcacctaagaggtggagcttggtcatgaaccaggaagtccg
ccatgaaagccagagccaaaataccaaggggaagcgccttggggtgacca
tcaggttaaccctgaaggtaacttatggctctccagagatcctttggcac
atactactctg

tattaactgccccatcaaaaactcacactcagcaactttcaccacacata
cctgcagcatgcatgagtctgcaagagctttcatggtaattctttgactc
tcgctactttttgcctcgtttctaccatctagattctactttcacacatc
tgctttaaaggaagatgtcactaacctgtctcagaaatcctatccaaatg
attttataaaatctggtcatgcaatcaatgtgcactgccttttcggcttt
tactaattaattctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgcctatgtgtgtgtgtatatttgtgtgtggggagtgtctg
tgtttgtgtgtgtctttgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118135276_118136462
seq2: B6Ng01-277C21.b_44_1254

seq1  GAATTCATGTTGGTTTTTCTACTTGTAAGTGATGTGTCAGGAAAAGGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTTGGTTTTTCTACTTGTAAGTGATGTGTCAGGAAAAGGATG  50

seq1  AGTTGGTCTACCTGGAGAAGTGTTATATCAAAAAATAATAATGAGAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTCTACCTGGAGAAGTGTTATATCAAAAAATAATAATGAGAGCAG  100

seq1  GTACATCCTAAGTACCTTAAATTACAACCAGGTCAGTCAGAGATGAGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATCCTAAGTACCTTAAATTACAACCAGGTCAGTCAGAGATGAGTTG  150

seq1  TGGTGGTGGGAGAGACTGTTACATAATTACTCCTTGATGGAGAGCTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTGGGAGAGACTGTTACATAATTACTCCTTGATGGAGAGCTATTT  200

seq1  GCACTTACATAATTTCAGAAATCATGTCTGTTGCCATCTTTCCATGTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTACATAATTTCAGAAATCATGTCTGTTGCCATCTTTCCATGTTCC  250

seq1  TCCCCTCCACTCACACAGATGTACTTTCATGTATTTGAAAGTAAAGCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCACTCACACAGATGTACTTTCATGTATTTGAAAGTAAAGCAAG  300

seq1  AAACCAATTGAGAACTTTCTAATGGAGCTGCAGCATGTCTTGGGTGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAATTGAGAACTTTCTAATGGAGCTGCAGCATGTCTTGGGTGGTGG  350

seq1  CGTTCCACTGGTCCATTTTATTTAGTGAACAATACCCCCCTCATTTATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCCACTGGTCCATTTTATTTAGTGAACAATACCCCCCTCATTTATTG  400

seq1  GTATATCCACTCTAGGGTCTTAAGACAAAGCTGCTCAAGTAAGAGCTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATCCACTCTAGGGTCTTAAGACAAAGCTGCTCAAGTAAGAGCTATG  450

seq1  TAGATCACCAAAGAATGGGGGATTTTTCTCTTAATGTCAAAATTAGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCACCAAAGAATGGGGGATTTTTCTCTTAATGTCAAAATTAGTCAC  500

seq1  TTTGAGAATGAGTTTTTATTGGGTTTCCTTCTTAAAATTATTTACTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAATGAGTTTTTATTGGGTTTCCTTCTTAAAATTATTTACTTAGG  550

seq1  GCAGAGCTTCAAAGGGCTTTCTGTCAAGGTGTTCTCAACCCTGCACAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCTTCAAAGGGCTTTCTGTCAAGGTGTTCTCAACCCTGCACAGTG  600

seq1  ATGTATTCATAGTGAGTACTGAAAGGGTGGGCTGAGAAATTAAACACCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTCATAGTGAGTACTGAAAGGGTGGGCTGAGAAATTAAACACCCT  650

seq1  GGCAGTTCTAAATGACCCTTAAACCCTAGAAGCTCAACCAGCTTGTCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTCTAAATGACCCTTAAACCCTAGAAGCTCAACCAGCTTGTCAAC  700

seq1  TTAGTGAGTTCAGAGTATGGAAAATGGGTTTAATTATTTTGTGCCTCGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGAGTTCAGAGTATGGAAAATGGGTTTAATTATTTTGTGCCTCGAA  750

seq1  GCTGTTTCCCTCCCTTTAAAAACCATTATGTTGTACATAGCTCTAGGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTCCCTCCCTTTAAAAACCATTATGTTGTACATAGCTCTAGGGCC  800

seq1  TTCAATGGGGAGATGCCTATGTTTGCAAATCTATAAGTATTTGATTTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGGGGAGATGCCTATGTTTGCAAATCTATAAGTATTTGATTTCAA  850

seq1  GTAATAAATTGAATGACTGCTTATTTTCTGTGAGAACATGCATTTCCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAAATTGAATGACTGCTTATTTTCTGTGAGAACATGCATTTCCAAA  900

seq1  ACACACTGTTGAAAATTCCATCAATGCATGACCCTATCTTGATCTGAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGTTGAAAATTCCATCAATGCATGACCCTATCTTGATCTGAGAT  950

seq1  TCACTTCTTCCTAAAGCCAGCCAGGCAAATACATTTGTAATATTTGTGTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  TCACTTCTTCCTAAAGCCAGCCAGGCAAATACATTGTAAATATTTGTGTG  1000

seq1  CTTAACTATGCATG-TCTTCT-ACAGGGTCCG-CTCGCTGCCATG-ACAC  1046
      | |||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||| |||| ||||
seq2  C-TAACTATGCATGTTCTTCTAACAGGGTCTGCCTCGCTGGCATGAACAC  1049

seq1  -TCAATCAAAGCACCT-AGAG--TGAGC-TGGTCATG-ACCAG--AGTCC  1088
       ||||||||||||||| ||||   |||| |||||||| |||||  |||||
seq2  TTCAATCAAAGCACCTAAGAGGTGGAGCTTGGTCATGAACCAGGAAGTCC  1099

seq1  G-CATGAA--GCAGAGC--AAATACCAAGGAG-AGCGC---TGGGTGACC  1129
      | ||||||   ||||||  ||||||||||| | |||||    ||||||||
seq2  GCCATGAAAGCCAGAGCCAAAATACCAAGGGGAAGCGCCTTGGGGTGACC  1149

seq1  ACCAGGTAAA--CTGAAGGTTACTTATCGCTCCCCAAAGATCC-TTGGCA  1176
      | ||||| ||  |||||||| |||||| |||| ||| |||||| ||||||
seq2  ATCAGGTTAACCCTGAAGGTAACTTATGGCTCTCCAGAGATCCTTTGGCA  1199

seq1  CATACT-CTCTG  1187
      |||||| |||||
seq2  CATACTACTCTG  1211


seq1: chr3_118272133_118272533
seq2: B6Ng01-277C21.g_64_446 (reverse)

seq1  ACACACACACACAGACACACACACACACAGACACACACACACACACAGAC  50
                        ||||||||||| | ||||||||| ||||||||
seq2  ------------------ACACACACACAAAGACACACACAAACACAGAC  32

seq1  ACACCCCACACACAAATATACACACACACATAGGCAGACACACACACACA  100
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTCCCCACACACAAATATACACACACACATAGGCACACACACACACACA  82

seq1  CACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAATTAATTAGTAAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAATTAATTAGTAAAAGC  132

seq1  CGAAAAGGCAGTGCACATTGATTGCATGACCAGATTTTATAAAATCATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAAGGCAGTGCACATTGATTGCATGACCAGATTTTATAAAATCATTT  182

seq1  GGATAGGATTTCTGAGACAGGTTAGTGACATCTTCCTTTAAAGCAGATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGGATTTCTGAGACAGGTTAGTGACATCTTCCTTTAAAGCAGATGT  232

seq1  GTGAAAGTAGAATCTAGATGGTAGAAACGAGGCAAAAAGTAGCGAGAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGTAGAATCTAGATGGTAGAAACGAGGCAAAAAGTAGCGAGAGTC  282

seq1  AAAGAATTACCATGAAAGCTCTTGCAGACTCATGCATGCTGCAGGTATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATTACCATGAAAGCTCTTGCAGACTCATGCATGCTGCAGGTATGT  332

seq1  GTGGTGAAAGTTGCTGAGTGTGAGTTTTTGATGGGGCAGTTAATAGAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAAAGTTGCTGAGTGTGAGTTTTTGATGGGGCAGTTAATAGAATT  382

seq1  C  401
      |
seq2  C  383


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |