BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279K01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 130,127,213 - 130,284,481
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol25a1
Upstream geneLOC435755, LOC668840, Elovl6, LOC100043758, Egf, Gm421, Rrh, Nola1, Cfi, Pla2g12a, Casp6, Ccdc109b, Sec24b, EG668844, EG668845
Downstream geneAgxt2l1, 2310008M10Rik, Rpl34, LOC546811, LOC545568, Lef1, 6720418B01Rik, Hadh, Cyp2u1, Sgms2, LOC100043443, Papss1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279K01.bB6Ng01-279K01.g
ACCGA079561GA079562
length6261,140
definitionB6Ng01-279K01.b B6Ng01-279K01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,283,856 - 130,284,481)(130,127,213 - 130,128,350)
sequence
gaattctaccggtagagatgtgggacagggctttactccctcttctcatg
gtttccgtctaagtggagagcaggcatgacttacatttttcttttaagct
tagggggttgacaaagctacttaactctgtcagctaacaacacatagcgt
gtgatgagatcgccagagatggagatctttaagacttggagaccttctta
acactttatatttgctaacaatgaagcagcagtggtatgcaggggcagtg
gccaggctgtcaatgaaataaagcttaaatttgaattatagttctggctc
tttctggaagtgaggcccccagaactctaggaactttctcaatccttctg
tgtttggattacatttaccataaaataaaacgtcgataaatgttctgtga
aacttgtcctgaagactgtgtatgatagcaatatatgacattattcagtg
ctaaataattcatgttacaagggcgagctgctgtacagtgaggggtcgta
tttttaatggaagctttaaagcatgctgatttaaaaatcgattctttcag
atggatttagcagtgttacttgtgagttttaaaatggtgcctgcatgcgt
gcgtgtgcgtgtgcgtgtgtgtgtgt
gaattctttcagggtaagatattgtactgtgggggcagtatttaactttc
tattcatatgttttaaattatgtatgaagctccttctaacctaacacttt
agcaattcccatatttcatagttgtgtttcagtccagctttttccagatt
caaatagtctgatttgggggcagaaggagggcacatacattctctagaaa
tttgaaaaatgtgtgcatgcctttgtgcacaaggaagtgtagagagccca
gatttcactcactgctatgcaaacccagtaatgtattatcacctggataa
ctcagtactcttgcaaagtatattttattgttattatggaaccttgagga
tgataatacaaatctgaatgctttaagagttcaggagttttaatcaagca
tcattggtattgtggccttaaggacttcactgtactccagatgggttata
ttattaagagtatacatggtataactatttttttattttattgtaacaca
tatgtctttatttcatatgctcattcgtgtttttaaatagtgtagaagat
agaattatttccaactaaattaattaaagaacttctatggccaacattat
gctgtatttcctaaggaatatattgcctttcatttcaactgaattaacgt
ggatgacctgtagtgttccgtgaataattaaactgcttgtatattacttt
acaccatggaaactgtttccattctcagagccccttggtttggtattttg
gtctctccatgcagtgttgatagaaaatgtataatacagtttctgtttag
tgctgagaactgagcccaaagcattgcaagggctagatgaatgctctacc
actgagttctatcccaagcccctcagcaaactctggctaatagatacaca
cttagtaattcatcattaatgataatttatatgcatggggtaagatgtct
gccttctgccactctacttttaggcagcatatgaaacaacatgcagagtg
ctgaggagtgggctcccggctctgcagcagacaccttggctgggcattct
tgttctcttgctaacaaatgggtgtggacctttggcaataatggaccttt
aattccctcagctttcagcttaaagggagactgattttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_130283856_130284481
seq2: B6Ng01-279K01.b_47_672 (reverse)

seq1  ACACACACACACGCACACGCACACGCACGCATGCAGGCACCATTTTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACGCACACGCACACGCACGCATGCAGGCACCATTTTAAAA  50

seq1  CTCACAAGTAACACTGCTAAATCCATCTGAAAGAATCGATTTTTAAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAGTAACACTGCTAAATCCATCTGAAAGAATCGATTTTTAAATCA  100

seq1  GCATGCTTTAAAGCTTCCATTAAAAATACGACCCCTCACTGTACAGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTTTAAAGCTTCCATTAAAAATACGACCCCTCACTGTACAGCAGC  150

seq1  TCGCCCTTGTAACATGAATTATTTAGCACTGAATAATGTCATATATTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCCTTGTAACATGAATTATTTAGCACTGAATAATGTCATATATTGCT  200

seq1  ATCATACACAGTCTTCAGGACAAGTTTCACAGAACATTTATCGACGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACACAGTCTTCAGGACAAGTTTCACAGAACATTTATCGACGTTTT  250

seq1  ATTTTATGGTAAATGTAATCCAAACACAGAAGGATTGAGAAAGTTCCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGGTAAATGTAATCCAAACACAGAAGGATTGAGAAAGTTCCTAG  300

seq1  AGTTCTGGGGGCCTCACTTCCAGAAAGAGCCAGAACTATAATTCAAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGGGGGCCTCACTTCCAGAAAGAGCCAGAACTATAATTCAAATTT  350

seq1  AAGCTTTATTTCATTGACAGCCTGGCCACTGCCCCTGCATACCACTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTATTTCATTGACAGCCTGGCCACTGCCCCTGCATACCACTGCTG  400

seq1  CTTCATTGTTAGCAAATATAAAGTGTTAAGAAGGTCTCCAAGTCTTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTGTTAGCAAATATAAAGTGTTAAGAAGGTCTCCAAGTCTTAAAG  450

seq1  ATCTCCATCTCTGGCGATCTCATCACACGCTATGTGTTGTTAGCTGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCATCTCTGGCGATCTCATCACACGCTATGTGTTGTTAGCTGACAG  500

seq1  AGTTAAGTAGCTTTGTCAACCCCCTAAGCTTAAAAGAAAAATGTAAGTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGTAGCTTTGTCAACCCCCTAAGCTTAAAAGAAAAATGTAAGTCA  550

seq1  TGCCTGCTCTCCACTTAGACGGAAACCATGAGAAGAGGGAGTAAAGCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTCTCCACTTAGACGGAAACCATGAGAAGAGGGAGTAAAGCCCT  600

seq1  GTCCCACATCTCTACCGGTAGAATTC  626
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACATCTCTACCGGTAGAATTC  626

seq1: chr3_130127213_130128350
seq2: B6Ng01-279K01.g_67_1206

seq1  GAATTCTTTCAGGGTAAGATATTGTACTGTGGGGGCAGTATTTAACTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAGGGTAAGATATTGTACTGTGGGGGCAGTATTTAACTTTC  50

seq1  TATTCATATGTTTTAAATTATGTATGAAGCTCCTTCTAACCTAACACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATATGTTTTAAATTATGTATGAAGCTCCTTCTAACCTAACACTTT  100

seq1  AGCAATTCCCATATTTCATAGTTGTGTTTCAGTCCAGCTTTTTCCAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTCCCATATTTCATAGTTGTGTTTCAGTCCAGCTTTTTCCAGATT  150

seq1  CAAATAGTCTGATTTGGGGGCAGAAGGAGGGCACATACATTCTCTAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGTCTGATTTGGGGGCAGAAGGAGGGCACATACATTCTCTAGAAA  200

seq1  TTTGAAAAATGTGTGCATGCCTTTGTGCACAAGGAAGTGTAGAGAGCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAATGTGTGCATGCCTTTGTGCACAAGGAAGTGTAGAGAGCCCA  250

seq1  GATTTCACTCACTGCTATGCAAACCCAGTAATGTATTATCACCTGGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCACTCACTGCTATGCAAACCCAGTAATGTATTATCACCTGGATAA  300

seq1  CTCAGTACTCTTGCAAAGTATATTTTATTGTTATTATGGAACCTTGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTACTCTTGCAAAGTATATTTTATTGTTATTATGGAACCTTGAGGA  350

seq1  TGATAATACAAATCTGAATGCTTTAAGAGTTCAGGAGTTTTAATCAAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATACAAATCTGAATGCTTTAAGAGTTCAGGAGTTTTAATCAAGCA  400

seq1  TCATTGGTATTGTGGCCTTAAGGACTTCACTGTACTCCAGATGGGTTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGTATTGTGGCCTTAAGGACTTCACTGTACTCCAGATGGGTTATA  450

seq1  TTATTAAGAGTATACATGGTATAACTATTTTTTTATTTTATTGTAACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAGAGTATACATGGTATAACTATTTTTTTATTTTATTGTAACACA  500

seq1  TATGTCTTTATTTCATATGCTCATTCGTGTTTTTAAATAGTGTAGAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTTTATTTCATATGCTCATTCGTGTTTTTAAATAGTGTAGAAGAT  550

seq1  AGAATTATTTCCAACTAAATTAATTAAAGAACTTCTATGGCCAACATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTATTTCCAACTAAATTAATTAAAGAACTTCTATGGCCAACATTAT  600

seq1  GCTGTATTTCCTAAGGAATATATTGCCTTTCATTTCAACTGAATTAACGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATTTCCTAAGGAATATATTGCCTTTCATTTCAACTGAATTAACGT  650

seq1  GGATGACCTGTAGTGTTCCGTGAATAATTAAACTGCTTGTATATTACTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGACCTGTAGTGTTCCGTGAATAATTAAACTGCTTGTATATTACTTT  700

seq1  ACACCATGGAAACTGTTTCCATTCTCAGAGCCCCTTGGTTTGGTATTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCATGGAAACTGTTTCCATTCTCAGAGCCCCTTGGTTTGGTATTTTG  750

seq1  GTCTCTCCATGCAGTGTTGATAGAAAATGTATAATACAGTTTCTGTTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCATGCAGTGTTGATAGAAAATGTATAATACAGTTTCTGTTTAG  800

seq1  TGCTGAGAACTGAGCCCAAAGCATTGCAAGGGCTAGATGAATGCTCTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGAACTGAGCCCAAAGCATTGCAAGGGCTAGATGAATGCTCTACC  850

seq1  ACTGAGTTCTATCCCAAGCCCCTCAGCAAACTCTGGCTAATAGATACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTTCTATCCCAAGCCCCTCAGCAAACTCTGGCTAATAGATACACA  900

seq1  CTTAGTAATTCATCATTAATGATAATTTTATATGCATGGGGTAAGATGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTAATTCATCATTAATGATAA-TTTATATGCATGGGGTAAGATGTC  949

seq1  TGCCTTCTG-CACTCTACTTTTAAGGCAGCATATGAAAC-ACATGCAGAG  998
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCCTTCTGCCACTCTACTTTT-AGGCAGCATATGAAACAACATGCAGAG  998

seq1  TGCTGAGGGAGTGGGCTCCCGGCTCTGCAGGCAGACACCTGGGCT-GGCA  1047
      |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||
seq2  TGCTGA-GGAGTGGGCTCCCGGCTCTGCA-GCAGACACCTTGGCTGGGCA  1046

seq1  TTC-TGTTCTCCTGCTTACAAAT-GGTGT-GACTTTGGGCAATTTATGGA  1094
      ||| ||||||| |||| |||||| ||||| ||| || ||||| | |||||
seq2  TTCTTGTTCTCTTGCTAACAAATGGGTGTGGACCTTTGGCAA-TAATGGA  1095

seq1  ACTTTA--TTCCTCAGCTTTTCAGTATAAAGGGAGACTGATTTTGA  1138
       |||||  | ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAATTCCCTCAGC-TTTCAGCTTAAAGGGAGACTGATTTTGA  1140