BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280E15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 136,162,246 - 136,286,665
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneManba, LOC668745, Nfkb1, ENSMUSG00000045520, Slc39a8, LOC100039350, LOC383923, Bank1, LOC100039477, LOC668868
Downstream genePpp3ca, LOC668870, LOC100039447, Emcn, EG229862
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280E15.bB6Ng01-280E15.g
ACCGA080053GA080054
length1,0901,002
definitionB6Ng01-280E15.b B6Ng01-280E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,162,246 - 136,163,330)(136,286,111 - 136,286,665)
sequence
gaattcactaaatacatgcatgaaatcgtcatggaacaagttgaacaaaa
ttataatttagaaaatcaataagtgagtaagatgatggtgtagacttaaa
tgcatacaaaggaatggggcaaaggcaaagacttgacttccacagatgtc
ctgttgctattggtatagcagttactggatctgctgttgtgtctaaaaca
tagtccaaaatatctagctatgacatggagttatttgaacaaaagttcag
tatcatttccattgagtaatgctttaaatcacataatttgaaagaaaaaa
aatggttctagttcctgaggccacctcagacagtcctgggagaaaagcta
attacatatctggtttgtcttggtgcagtgggtagcattttgtgccactt
ttagcatgacagtaacttcattgtttttattcttttctcataatagtatt
tggggtttttatattggttgaataaaagaaaaccctgaattaaaacttgt
ctggtatggtagaatgacttatggggatagaattttaaggactcactaaa
agaagctgttatttggtatatgcttttcttagtgtccttctctaacatct
tcaaaggctaggaaatcatgggaggtgtgggtgacagagcctgagagagg
ggggagagaataaacaatgagaaaaggaaaaatgtgtcatcaggtagtct
ctttacctgagcccactgtagccaatggtaacccctgggagtgacaggga
accaatgtcttatgaagtatgtcacatgaatccaagccaccaagcttttt
cagtgccttattctttgattattgaagaaagcaaccttcatgatgtttat
atagcagtttatgtggacaaggacagcaaatctaaaaactggttagaaaa
cagatcagctatgacctctcacacacttaattattaatgacacaaaaaga
acagaatgtcttgcttgaatgtagattgcacatcaaagcatggacttgtt
gattacatagccaggacttctttccatttgactcatgaatgaaggacccg
tattgatgatttgaaatgggtgtgttgtttttgtggttgt

gaattctttctgtcatagtgattttttaaaattatttttatctctgttga
ttactgtatcatgcacagagcaactaccagatttttggcctttctcttgg
gagacagctattgatgggctactggcaccacagcctataagccaccttaa
taaatatatattaaaaaggaaatgatttatgcatatatataatatatgtg
tgtatatgtaacaataataattcaggaaatagtagctatcaacagtggta
ggtcatggaaggggttggcagtagtgtatctaggaaagtctggtgggagg
taagggatggacaaaaagatgtaattatatttcaattacagatattaaaa
aatcaagacaggcagtaaactatgttaaaaaacacccagccttttatact
tttattgttattctctctcatgtatatgtatgtgtacatgtatgtgtgta
tgtgtatgtatatgcatatatataaatataatctactgagtctattttgt
gactattttacattaggcaatctataaggaggctccttgctggaagaaat
tcttctctcagcagtcattagttgcctgaagttctttacctaggggtggg
accctaagaaggttttccaatttaatattaaaatgttgatttgattgata
ttgcaattgttctggtcttgtttacacagcaatatctagggggaaattgt
ttgacagtagatttcctggtcttctggctcttataccatcccctatcctt
tccctgatattctctgaagcatgagtacaggagctaaggtatagctgtat
cccatggaactggactgttcatgatcagttgatctctgtattgtgtacaa
ttgtattcttctgtgatgatttccaaatgtggtaaagagaaatctttttt
tgatgaggggatggcatacacttatctgtgcatgtaaacacaagactcag
aatataataaggaaattgttctttgactggctttttcaaatgttagttag
tc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_136162246_136163330
seq2: B6Ng01-280E15.b_45_1134

seq1  GAATTCACTAAATACATGCATGAAATCGTCATGGAACAAGTTGAACAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAATACATGCATGAAATCGTCATGGAACAAGTTGAACAAAA  50

seq1  TTATAATTTAGAAAATCAATAAGTGAGTAAGATGATGGTGTAGACTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTTAGAAAATCAATAAGTGAGTAAGATGATGGTGTAGACTTAAA  100

seq1  TGCATACAAAGGAATGGGGCAAAGGCAAAGACTTGACTTCCACAGATGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACAAAGGAATGGGGCAAAGGCAAAGACTTGACTTCCACAGATGTC  150

seq1  CTGTTGCTATTGGTATAGCAGTTACTGGATCTGCTGTTGTGTCTAAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTATTGGTATAGCAGTTACTGGATCTGCTGTTGTGTCTAAAACA  200

seq1  TAGTCCAAAATATCTAGCTATGACATGGAGTTATTTGAACAAAAGTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCAAAATATCTAGCTATGACATGGAGTTATTTGAACAAAAGTTCAG  250

seq1  TATCATTTCCATTGAGTAATGCTTTAAATCACATAATTTGAAAGAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTTCCATTGAGTAATGCTTTAAATCACATAATTTGAAAGAAAAAA  300

seq1  AATGGTTCTAGTTCCTGAGGCCACCTCAGACAGTCCTGGGAGAAAAGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTCTAGTTCCTGAGGCCACCTCAGACAGTCCTGGGAGAAAAGCTA  350

seq1  ATTACATATCTGGTTTGTCTTGGTGCAGTGGGTAGCATTTTGTGCCACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATATCTGGTTTGTCTTGGTGCAGTGGGTAGCATTTTGTGCCACTT  400

seq1  TTAGCATGACAGTAACTTCATTGTTTTTATTCTTTTCTCATAATAGTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATGACAGTAACTTCATTGTTTTTATTCTTTTCTCATAATAGTATT  450

seq1  TGGGGTTTTTATATTGGTTGAATAAAAGAAAACCCTGAATTAAAACTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTTTTATATTGGTTGAATAAAAGAAAACCCTGAATTAAAACTTGT  500

seq1  CTGGTATGGTAGAATGACTTATGGGGATAGAATTTTAAGGACTCACTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATGGTAGAATGACTTATGGGGATAGAATTTTAAGGACTCACTAAA  550

seq1  AGAAGCTGTTATTTGGTATATGCTTTTCTTAGTGTCCTTCTCTAACATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTGTTATTTGGTATATGCTTTTCTTAGTGTCCTTCTCTAACATCT  600

seq1  TCAAAGGCTAGGAAATCATGGGAGGTGTGGGTGACAGAGCCTGAGAGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGCTAGGAAATCATGGGAGGTGTGGGTGACAGAGCCTGAGAGAGG  650

seq1  GGGGAGAGAATAAACAATGAGAAAAGGAAAAATGTGTCATCAGGTAGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAGAATAAACAATGAGAAAAGGAAAAATGTGTCATCAGGTAGTCT  700

seq1  CTTTACCTGAGCCCACTGTAGCCAATGGTAACCCCTGGGAGTGACAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCTGAGCCCACTGTAGCCAATGGTAACCCCTGGGAGTGACAGGGA  750

seq1  ACCAATGTCTTATGAAGTATGTCACATGAATCCAAGCCACCAAGCTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGTCTTATGAAGTATGTCACATGAATCCAAGCCACCAAGCTTTTT  800

seq1  CAGTGCCTTATTCTTTGATTATTGAAGAAAGCAACCTTCATGATGTTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCTTATTCTTTGATTATTGAAGAAAGCAACCTTCATGATGTTTAT  850

seq1  ATAGCAGTTTATGTGGACAAGGACAGCAAATCTAAAAACTGGTTAGAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGTTTATGTGGACAAGGACAGCAAATCTAAAAACTGGTTAGAAAA  900

seq1  CAGATCAGCTATGACCTCTCACACACTTAATTATTAATGACAACAAAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGATCAGCTATGACCTCTCACACACTTAATTATTAATGAC-ACAAAAAG  949

seq1  AACAGAATGTCTTGCTTGAATGTAGATTGCACATCAAAGCATGGACTTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATGTCTTGCTTGAATGTAGATTGCACATCAAAGCATGGACTTGT  999

seq1  GGA-TACATAGCCAGGACTTCTTTCCA-TTGACTCATG-ATGAAGGACCC  1047
       || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TGATTACATAGCCAGGACTTCTTTCCATTTGACTCATGAATGAAGGACCC  1049

seq1  GTA-TGATGATTTGAA--TGGTGTGTTGTTTTTGTTGTTGT  1085
      ||| ||||||||||||   |||||||||||||||| |||||
seq2  GTATTGATGATTTGAAATGGGTGTGTTGTTTTTGTGGTTGT  1090


seq1: chr3_136286111_136286665
seq2: B6Ng01-280E15.g_68_622 (reverse)

seq1  GAAGAATTTCTTCCAGCAAGGAGCCTCCTTATAGATTGCCTAATGTAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATTTCTTCCAGCAAGGAGCCTCCTTATAGATTGCCTAATGTAAAA  50

seq1  TAGTCACAAAATAGACTCAGTAGATTATATTTATATATATGCATATACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCACAAAATAGACTCAGTAGATTATATTTATATATATGCATATACAT  100

seq1  ACACATACACACATACATGTACACATACATATACATGAGAGAGAATAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATACACACATACATGTACACATACATATACATGAGAGAGAATAACA  150

seq1  ATAAAAGTATAAAAGGCTGGGTGTTTTTTAACATAGTTTACTGCCTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTATAAAAGGCTGGGTGTTTTTTAACATAGTTTACTGCCTGTCT  200

seq1  TGATTTTTTAATATCTGTAATTGAAATATAATTACATCTTTTTGTCCATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTTAATATCTGTAATTGAAATATAATTACATCTTTTTGTCCATC  250

seq1  CCTTACCTCCCACCAGACTTTCCTAGATACACTACTGCCAACCCCTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCTCCCACCAGACTTTCCTAGATACACTACTGCCAACCCCTTCCA  300

seq1  TGACCTACCACTGTTGATAGCTACTATTTCCTGAATTATTATTGTTACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTACCACTGTTGATAGCTACTATTTCCTGAATTATTATTGTTACAT  350

seq1  ATACACACATATATTATATATATGCATAAATCATTTCCTTTTTAATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACATATATTATATATATGCATAAATCATTTCCTTTTTAATATAT  400

seq1  ATTTATTAAGGTGGCTTATAGGCTGTGGTGCCAGTAGCCCATCAATAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTAAGGTGGCTTATAGGCTGTGGTGCCAGTAGCCCATCAATAGCT  450

seq1  GTCTCCCAAGAGAAAGGCCAAAAATCTGGTAGTTGCTCTGTGCATGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCAAGAGAAAGGCCAAAAATCTGGTAGTTGCTCTGTGCATGATAC  500

seq1  AGTAATCAACAGAGATAAAAATAATTTTAAAAAATCACTATGACAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCAACAGAGATAAAAATAATTTTAAAAAATCACTATGACAGAAAG  550

seq1  AATTC  555
      |||||
seq2  AATTC  555


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |